Mass spectrometric profiling of the

Mass spectrometric profiling of the proteome of a small number of cells requires not only a sensitive instrument for protein/peptide separation and detection, but also a robust sample preparation protocol to process a very small amount of proteins (

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

Spectrometric โดยรวมสร้างโพรไฟล์ proteome ของจำนวนเซลล์ขนาดเล็กต้องไม่เพียงแต่เครื่องมือที่สำคัญสำหรับการแยกโปรตีน/เพปไทด์และตรวจพบ แต่การเตรียมตัวอย่างแข็งแกร่งโพรโทคอลยัง ประมวลผลปริมาณที่น้อยมากของโปรตีน (< 1 μg) อยู่ในเซลล์ไม่ เรามีพัฒนา และประเมินประสิทธิภาพของ microbore เหลว chromatography (LC) UV ตรวจสอบระบบสำหรับ quantifying ยอดของเปปไทด์ในลำดับวิเคราะห์ proteome ปืนที่เหมาะสำหรับการวิเคราะห์ของหลายร้อยเซลล์มะเร็ง เมื่อฉีดตัวอย่างลงในคอลัมน์ 1-มม.เส้นผ่าศูนย์กลางระยะกลับ ขั้นตอนไล่ถูกใช้ก่อน เอาเกลือและสิ่งสกปรกอื่น ๆ แล้ว elute เปปไทด์ได้อย่างรวดเร็วโดยไม่ต้องแยกมาก Absorbance UV ของเปปไทด์ eluted ที่ 214 nm ใช้สำหรับนับเพปไทด์กับความช่วยเหลือของเทียบของย่อย tryptic ของส่วนผสมของโปรตีนมาตรฐาน 4 สามารถได้รับสองเทียบเชิงภูมิภาคในยอดเพปไทด์ตั้งแต่ จาก 0.03 μg เพื่อ 0.3 μg และ 0.6 μg กับ 5 μg จำนวนนับ (LOQ) ถูกกำหนดเป็น 30 ng (หรือ 39 ng ในช่วงเชิงเส้นเทียบ) อย่างไรก็ตาม ของโปรตีนเบื้องหลัง ส่วนใหญ่ keratins แนะนำการเตรียมตัวอย่างพบเป็น ปัจจัยจำกัดใน quantifying ยอดล่างของเปปไทด์จากเซลล์ย่อย lysate มี absorbance ในพื้นหลังจากการย่อยของโปรตีนสารปนเปื้อนในโซลูชัน LOQ ที่พบจะ 200 ng Microbore LC-UV วิธีนี้ทำลายควรจะเป็นประโยชน์ในการประเมินคุณภาพตัวอย่างในระหว่างการพัฒนาและใช้วิธีเตรียมการอย่างมีประสิทธิภาพสำหรับการวิเคราะห์ proteome จำนวนเล็ก ๆ ของเซลล์ เป็นตัวอย่าง วิธีนี้ถูกใช้สำหรับ quantifying เปปไทด์ที่สร้างขึ้นจากเต้านมสารสกัดจากเซลล์มะเร็ง MCF-7 มีจำนวนจำกัดของเซลล์: 250, 500 และ 1000 เซลล์ เส้นเลือดฝอย LC quadrupole เวลาบินรเมท 81-126, 122-154 และ 256 – 282 โปรตีนสามารถระบุจาก 250, 500 และ 1000 เซลล์ ตามลำดับ ในการทดลองซ้ำ วิธีนี้ยังใช้สำหรับการวิเคราะห์ตัวอย่าง triplicate ชีวภาพเซลล์ MCF-7 ตัวเลขเฉลี่ยของเปปไทด์และโปรตีนที่ตรวจพบจากการวิเคราะห์ triplicate ทดลองตัวอย่าง triplicate ชีวภาพได้ 400 ± 71 (9 datasets) และ± 124 14 ตามลำดับ จากเซลล์ 250, 531 ±± 44 และ 162 16 ตามลำดับ จากเซลล์ 500

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

โปรไฟล์ spectrometric มวลของโปรตีนในจำนวนน้อยของเซลล์ต้องไม่เพียง แต่เป็นเครื่องมือที่มีความสำคัญสำหรับโปรตีน / แยกเปปไทด์และการตรวจสอบ แต่ยังเป็นตัวอย่างที่แข็งแกร่งเตรียมโปรโตคอลที่จะดำเนินการเป็นจำนวนเงินที่น้อยมากของโปรตีน (<1 ไมโครกรัม) อยู่ในเซลล์ไม่กี่ . เราได้มีการพัฒนาและการประเมินประสิทธิภาพการทำงานของของเหลว chromatography แบบ Microbore นี้ (LC) ระบบตรวจจับรังสียูวีสำหรับปริมาณจำนวนของเปปไทด์ในเวิร์กโฟลว์การวิเคราะห์โปรตีนปืนลูกซองที่เหมาะสำหรับการวิเคราะห์ของหลายร้อยของเซลล์มะเร็ง เมื่อฉีดตัวอย่างเป็น 1 มิลลิเมตรเส้นผ่าศูนย์กลางกลับคอลัมน์เฟสขั้นตอนการไล่ระดับสีได้ถูกใช้ในครั้งแรกที่เอาเกลือและสิ่งสกปรกอื่น ๆ แล้วชะเปปไทด์ได้อย่างรวดเร็วโดยแยกมาก ปราศจากสิ่งรบกวนของเปปไทด์ชะที่ 214 นาโนเมตรที่ใช้สำหรับปริมาณเปปไทด์ด้วยความช่วยเหลือของเส้นโค้งการสอบเทียบย่อย tryptic ส่วนผสมของสี่โปรตีนมาตรฐานที่ สองภูมิภาคการสอบเทียบเชิงเส้นอาจจะได้รับในปริมาณที่เปปไทด์ตั้งแต่ 0.03 ไมโครกรัม 0.3 ไมโครกรัมและ 0.6 ไมโครกรัม 5 ไมโครกรัม ขีด จำกัด ของปริมาณ (LOQ) มุ่งมั่นจะเป็น 30 นาโนกรัม (หรือ 39 นาโนกรัมอยู่ในช่วงการสอบเทียบเชิงเส้น) แต่การปรากฏตัวของโปรตีนพื้นหลังส่วนใหญ่ keratins แนะนำในระหว่างขั้นตอนการเตรียมตัวอย่างที่พบจะเป็นปัจจัยในเชิงปริมาณเป็นจำนวนเงินที่ลดลงของเปปไทด์จาก lysate เซลล์ย่อย ด้วยการดูดกลืนแสงพื้นหลังจากแยกย่อยของโปรตีนสารปนเปื้อนในการแก้ปัญหาที่ LOQ ที่ถูกพบว่ามี 200 นาโนกรัม นี้ไม่ทำลายแบบ Microbore วิธี LC-UV ควรจะเป็นประโยชน์ในการประเมินคุณภาพตัวอย่างในระหว่างการพัฒนาและการประยุกต์ใช้วิธีการเตรียมตัวอย่างมีประสิทธิภาพสำหรับการวิเคราะห์โปรตีนของจำนวนเล็ก ๆ ของเซลล์ ตัวอย่างเช่นวิธีการนี​​้ถูกนำมาใช้เชิงปริมาณเปปไทด์ที่เกิดจากสารสกัดจากโรคมะเร็งเต้านม MCF-7 มือถือที่มีจำนวน จำกัด ของเซลล์: 250, 500 และ 1,000 เซลล์ ใช้ฝอย quadrupole LC เวลาของเที่ยวบินมวลสาร 81-126, 122-154 และ 256-282 โปรตีนสามารถระบุได้จาก 250, 500, และ 1,000 เซลล์ตามลำดับในการทดลองที่ซ้ำกัน วิธีการนี​​้ถูกนำมาใช้สำหรับการวิเคราะห์ตัวอย่างทางชีวภาพเพิ่มขึ้นสามเท่าของ MCF-7 เซลล์ ตัวเลขเฉลี่ยของเปปไทด์และโปรตีนที่ตรวจพบจากเพิ่มขึ้นสามเท่าการทดลองวิเคราะห์ตัวอย่างเพิ่มขึ้นสามเท่าชีวภาพ 400 ± 71 (9 ชุดข้อมูล) และ 124 ± 14 ตามลำดับจาก 250 เซลล์และ 531 ± 44 และ 162 ± 16 ตามลำดับจาก 500 เซลล์ .

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

มวลความโปรไฟล์ของจำนวนเล็ก ๆของโปรตีนของเซลล์ต้องไม่เพียง แต่เป็นเครื่องมือสำคัญสำหรับโปรตีนเปปไทด์ การแยกและการตรวจสอบ แต่ยังทนทานการเตรียมตัวขั้นตอนกระบวนการปริมาณที่น้อยมากของโปรตีน ( < 1 μ g ) ปัจจุบันในไม่กี่เซลล์ เราได้พัฒนาและประเมินประสิทธิภาพของ microbore liquid chromatography ( LC ) ระบบตรวจจับยูวีสำหรับปริมาณยอดรวมของเปปไทด์ในโปรตีนแนวทางการวิเคราะห์ปืนลูกซองที่เหมาะสำหรับการวิเคราะห์ของหลายร้อยเซลล์มะเร็ง เมื่อฉีดเข้าไปในคอลัมน์ ตัวอย่าง 1-mm-diameter กลับเฟส ขั้นตอนการใช้แรกเอาเกลือและสิ่งสกปรกอื่น ๆแล้ว elute ที่เปปอย่างรวดเร็วโดยไม่แยกมาก การดูดกลืนแสงยูวีของตัวอย่างที่ 214 นาโนเมตรที่ใช้เปปไทด์ เปปไทด์ปริมาณด้วยความช่วยเหลือของรูปโค้งของการย่อยอาหารของส่วนผสมของ 4 โปรตีนมาตรฐาน สองภูมิภาคการสอบเทียบเชิงเส้นสามารถรองรับปริมาณเปปไทด์ตั้งแต่ 0.03 กรัมμμ 0.3 กรัม และ จาก 0.6 μกรัม 5 กรัม μจำกัดปริมาณ ( loq ) ถูกกำหนดให้ 30 ng ( หรือ 39 ng ในช่วงการสอบเทียบเชิงเส้น ) อย่างไรก็ตาม การปรากฏตัวของพื้นหลังของโปรตีนเคอราติน ส่วนใหญ่ แนะนำในการเตรียมตัวในกระบวนการพบว่า มีปัจจัยจำกัดปริมาณในจํานวนล่างของเปปไทด์จากเซลล์ lysate ย่อย กับพื้นหลังของการดูดกลืนแสงจากการย่อยของโปรตีนในสารละลาย , loq อยู่ 200 ng นี้แบบไม่ microbore lc-uv วิธีน่าจะมีประโยชน์ในการประเมินคุณภาพตัวอย่างในการพัฒนาและการประยุกต์ใช้ที่มีประสิทธิภาพ การเตรียมตัวอย่างวิธีวิเคราะห์โปรตีนของจำนวนเล็ก ๆของเซลล์ ตัวอย่าง วิธีนี้ใช้สำหรับปริมาณเปปไทด์ที่เกิดจากโรคมะเร็งเต้านม mcf-7 เซลล์สารสกัดที่มีจำนวน จำกัด ของเซลล์ : 250 , 500 และ 1 , 000 เซลล์ การใช้คำฝอย LC ครั้ง - ของ - เครื่องแมสสเปกโตรเมทรี , 81 – 126 , 122 – 154 และ 256 – 282 โปรตีนสามารถระบุจาก 250 , 500 และ 1 , 000 เซลล์ ตามลำดับ ในการทดลองที่ซ้ำกัน วิธีนี้ยังใช้ในการวิเคราะห์ตัวอย่างทางชีวภาพทำสำเนาสามฉบับของ mcf-7 เซลล์ ตัวเลขเฉลี่ยของเปปไทด์และโปรตีนที่ตรวจพบจากการวิเคราะห์ตัวอย่างทางชีวภาพของทำสำเนาสามฉบับทดลองทำสำเนาสามฉบับคือ 400 ± 71 ( 9 ข้อมูล ) และ 124 ± 14 ตามลำดับ จาก 250 เซลล์ , และมัน± 44 162 ± 16 , 500 ตามลำดับ จากเซลล์