Genes encoding proteoglycans are im

Genes encoding proteoglycans are important regulators of cartilage and bone formation. We searched for the small leucine-rich proteoglycan (SLRP) gene family clusters: (a) Fmod, Prelp, Optc; (b) Ecm2, Aspn, Omd, Ogn; (c) Dcn, Lum, Kera, Epyc; and (d) Ecm2-like and Bgn. We first ran BLASTP (with default settings) of the human, zebrafish and/or fugu reference proteins against the annotated sunfish proteins. For genes that could not be identified using this method, we proceeded to a TBLASTN of the human and fish proteins against the sunfish genome assembly followed by a BLASTX of the resulting sunfish genomic loci against the NCBI non-redundant (NR) protein database. Using this strategy, we identified orthologues for all the above genes in the sunfish genome on (a) scaffold10.1, (b) scaffold39.1, (c) scaffold20.1, and (d) scaffold77.1, except Optc and Omd. In addition, we identified second copies of Ogn and Fmod located within nine genes of each other on scaffold13.1 (Additional file 5). We BLASTX-searched (with default settings) the sunfish loci of (a) and (b) against the NCBI NR protein database to identify Optc and Omdrespectively, but did not identify these genes. Optc and Omd are present in zebrafish and cavefish but are absent in the Percomorphaceae fishes such as fugu, Tetraodon, tilapia and platyfish. Thus, they may not be responsible for the cartilaginous skeleton of the sunfish. We also searched for the lectican-hyaluronan- and proteoglycan-binding link protein (HAPLN) gene family clusters (Hapln2 and Bcan; Vcan and Hapln1;Acan and Hapln3; Ncan and Hapln4) and other non-clustered proteoglycans (Fn1, Lepre1, Tuft1, Podn). Orthologues for all these genes are present in the sunfish.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ยีนที่เข้ารหัส proteoglycans เป็นหน่วยงานกำกับดูแลที่สำคัญของการสร้างกระดูกอ่อนและกระดูก เราค้นหาครอบครัว clusters ยีนมันลินซีด leucine รวยขนาดเล็ก (SLRP): (a) Fmod, Prelp, Optc (b) Ecm2, Aspn รับ Ogn (ค) Dcn หลุม Kera, Epyc และ (d) เช่น Ecm2 และ Bgn เรารัน BLASTP (ด้วยการตั้งค่าเริ่มต้น) ของมนุษย์ ปลาม้าลาย หรือปลาปักเป้าโปรตีนอ้างอิงกับแสงอาทิตย์ประกอบโปรตีน สำหรับยีนที่ไม่สามารถระบุใช้วิธีนี้ เราดำเนินต่อไป TBLASTN ของมนุษย์ และโปรตีนปลากับแอสเซมบลีของจีโนมที่ sunfish ตาม ด้วย BLASTX ของแสงอาทิตย์ผลออกตำแหน่งอ่อนแอกับโปรตีน NCBI ไม่ซ้ำซ้อน (NR) ฐานข้อมูล เราใช้กลยุทธ์นี้ ระบุ orthologues สำหรับยีนข้างต้นทั้งหมดในจีโน (ก) scaffold10.1, (b) scaffold39.1, scaffold20.1 (c) และ (d) scaffold77.1 ยกเว้น Optc และรับแสงอาทิตย์ นอกจากนี้ เราระบุสองสำเนา Ogn Fmod อยู่ภายในยีนเก้ากันบน scaffold13.1 (เพิ่มเติมไฟล์ 5) เราค้นหา BLASTX (ด้วยการตั้งค่าเริ่มต้น) ตำแหน่งอ่อนแอ sunfish ของ (ก) และ (ข) กับโปรตีน NCBI NR Optc และ Omdrespectively ของฐานข้อมูล แต่ไม่ระบุยีนเหล่านี้ Optc และรับที่มีอยู่ในปลาม้าลาย และ cavefish แต่จะขาดในปลาเช่นปลาปักเป้า ปลา ปลานิล และ platyfish Percomorphaceae ดังนั้น พวกเขาอาจไม่รับผิดชอบโครงกระดูก cartilaginous ของแสงอาทิตย์ เรายังค้นหารวมมันลินซีด และ lectican hyaluronan ลิงค์โปรตีน (HAPLN) ยีนครอบครัว clusters (Hapln2 และ Bcan Vcan และ Hapln1 Acan และ Hapln3 Ncan และ Hapln4) และอื่น ๆ ไม่ใช่ภูมิ proteoglycans (Fn1, Lepre1, Tuft1, Podn) Orthologues สำหรับยีนเหล่านี้มีอยู่ในแสงอาทิตย์

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ยีน proteoglycans มีหน่วยงานกำกับดูแลที่สำคัญของกระดูกอ่อนและกระดูกก่อ เราได้ค้นหาสำหรับ leucine ที่อุดมไปด้วย proteoglycan (SLRP) กลุ่มครอบครัวขนาดเล็กยีน (ก) Fmod, Prelp, Optc; (ข) Ecm2, ASPN, Omd, OGN; (ค) Dcn, ลุม, Kera, Epyc; และ (ง) Ecm2 เหมือนและ BGN ครั้งแรกที่เราวิ่ง BLASTP (ด้วยการตั้งค่าเริ่มต้น) ของมนุษย์ zebrafish และ / หรือโปรตีนอ้างอิง Fugu กับโปรตีน sunfish ข้อเขียน ยีนที่ไม่สามารถระบุการใช้วิธีการนี้เราดำเนินการต่อไป TBLASTN ของมนุษย์และปลาโปรตีนต่อต้านการชุมนุม sunfish จีโนมตามด้วย BLASTX ของผลตำแหน่งจีโนม sunfish กับ NCBI ที่ไม่ซ้ำซ้อน (NR) ฐานข้อมูลโปรตีน การใช้กลยุทธ์นี้เราระบุ orthologues สำหรับทุกยีนดังกล่าวข้างต้นในจีโนม sunfish ใน (ก) scaffold10.1 (ข) scaffold39.1 (ค) scaffold20.1 และ (ง) scaffold77.1 ยกเว้น Optc และ Omd . นอกจากนี้เราระบุเล่มที่สองของ OGN และ Fmod ตั้งอยู่ภายในเก้ายีนของแต่ละอื่น ๆ บน scaffold13.1 (แฟ้มเพิ่มเติม 5) เรา BLASTX สืบค้น (ด้วยการตั้งค่าเริ่มต้น) เดอะสถานะ sunfish ของ (ก) และ (ข) กับฐานข้อมูลโปรตีน NCBI NR เพื่อแจ้ง Optc และ Omdrespectively แต่ไม่ได้ระบุยีนเหล่านี้ Optc และ Omd ที่มีอยู่ใน zebrafish และ cavefish แต่จะมีอยู่ในปลา Percomorphaceae เช่น Fugu, Tetraodon ปลานิลและ platyfish ดังนั้นพวกเขาอาจจะไม่รับผิดชอบต่อโครงกระดูกกระดูกอ่อนของ sunfish นอกจากนี้เรายังสืบค้นสำหรับ lectican-hyaluronan- และ proteoglycan-binding protein การเชื่อมโยง (HAPLN) กลุ่มครอบครัวยีน (Hapln2 และ BCAN; Vcan และ Hapln1; ACAN และ Hapln3; ก็จะมองและ Hapln4) และ proteoglycans ไม่มีคลัสเตอร์อื่น ๆ (Fn1, Lepre1, Tuft1 , Podn) Orthologues ยีนเหล่านี้ทั้งหมดที่มีอยู่ใน sunfish

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ยีนควบคุมที่สำคัญของการเข้ารหัส proteoglycans เป็นกระดูกอ่อนและการพัฒนาของกระดูก เราค้นหาขนาดเล็กต่างๆที่อุดมไปด้วยโปรตีนโอไกลแคน ( slrp ) กลุ่มครอบครัวจีน : ( ) fmod prelp optc , , ; ( b ) ecm2 aspn OMD ogn , , , ; ( c ) dcn Kera , ขาย , , epyc ; และ ( d ) ecm2 ชอบ BGN . ในครั้งแรกที่เรารัน blastp ( ด้วยการตั้งค่าเริ่มต้น ) ของมนุษย์ ปลาม้าลาย และ / หรือ โปรตีนอ้างอิงฟุกุกับบันทึกย่อ sunfish โปรตีน สำหรับยีนที่ไม่สามารถระบุได้โดยวิธีนี้ เราก็เป็น tblastn ของมนุษย์และปลาโปรตีนกับฟิชจีโนมประกอบตาม blastx ของจีโนมที่เกิดฟิชสถานะกับ ncbi ไม่ซ้ำซ้อน ( NR ) ฐานข้อมูลโปรตีน การใช้กลยุทธ์นี้เราระบุ orthologues ทั้งหมดข้างต้นยีนในจีโนม ฟิช ( ) scaffold10.1 ( B ) scaffold39.1 scaffold20.1 ( c ) และ ( d ) scaffold77.1 ยกเว้น optc OMD และ . นอกจากนี้ เราระบุสองสำเนาของ ogn fmod ตั้งอยู่ภายในเก้าและยีนของแต่ละอื่น ๆใน scaffold13.1 ( ไฟล์เพิ่มเติม 5 ) เรา blastx ค้นหา ( ด้วยการตั้งค่าเริ่มต้น ) Sunfish โลกัส ( a ) และ ( b ) กับ ncbi ยางธรรมชาติโปรตีนฐานข้อมูลเพื่อระบุและ optc omdrespectively แต่ไม่ได้ระบุยีนเหล่านี้ optc OMD และเป็นปัจจุบันในปลาม้าลาย และเคฟฟิช แต่ไม่อยู่ใน percomorphaceae ปลา เช่น ปลานิล และ platyfish ฟุกุวัดอุโมงค์ , , . จึงไม่อาจรับผิดชอบต่อโครงกระดูกคาทิแลจของฟิช . เรายังหา lectican hyaluronan - และโปรตีนโอไกลแคน ลิงค์ โปรตีน ( hapln ) กลุ่มครอบครัวยีน ( hapln2 bcan vcan และ ; และ acan hapln1 ; และสามารถ hapln3 ; และอื่น ๆ ที่ไม่ใช่แบบ hapln4 ) และ proteoglycans ( fn1 lepre1 tuft1 podn , , , ) orthologues สำหรับยีนทั้งหมดเหล่านี้มีอยู่ในฟิช .