ผลการย้อมสีแบคทีเรียจะเกี่ยวข้องกับโครงสร้างและองค์ประกอบของผนังเซลล์ ในแบคทีเรียแกรมลบ จะมีสารพวกไขมันเกาะที่ผนังเซลล์มากกว่าแบคทีเรียแกรมบวก และยังมีชั้นนอกผนังเซลล์บางกว่าด้วย ในกระบวนย้อมสีเมื่อล้างด้วยแอลกอฮอล์จะไปละลายไขมันทำให้รูเปิดที่ผนังเซลล์กว้างขึ้น ยอมให้สารโมเลกุลใหญ่ของสีคริสตัลไวโอเลต – ไอโอดีนคอมเพล็กซ์หลุดออกมาจึงติดสีแดงของสี ซาฟรานิน (Safranin)
Gram- negative have lipid binding the cell wall Gram-positive cell wall layers and also thinner with.
to make holes in the cell wall that open wider
แต่ในแบคทีเรียแกรมบวก ซึ่งมีไขมันที่ผนังเซลล์น้อยกว่าและมีความวับซ้อนขององค์ประกอบที่ผนังเซลล์น้อยกว่า เมื่อล้างสีด้วยแอลกอฮอล์จะทำให้เซลล์เหี่ยวเพราะเกิดจากการสูญเสียน้ำ เยื่อหุ้มเซลล์มีขนาดเล็กมีขนาดเล็กลง สารประกอบโมเลกุลใหญ่ของสารสีละลายออกมาไม่ได้ ทำให้เซลล์ยังคงติดสีม่วง และเมื่อย้อมทับด้วยสีซาฟรานินเซลล์จึงไม่ติดสีแดง