2.8. Phylogenetic analysisGenomic D

2.8. Phylogenetic analysis
Genomic DNA was extracted using phenolechloroform
extraction method. The PCR parameters for the amplification
of 16S ribosomal DNA were optimized. 50 ml of PCR master mix
contained universal primer set 27 F- (50-AG AGT TTG ATC MTG
GCT CAG-30)/1492 R- (50-G GYT ACC TTG TTA CGA CTT-30),
10mMdNTPS, 10 PCR Buffer, 1 U Taq DNA polymerase, 2mM
Mgþ and (100e200 ng) template DNA. PCR steps included
initial denaturation at 95
C for 5 min, 35 cycles of denaturation
at 95
C for 1 min, annealing at 56
C for 2 min, elongation
at 72
C for 1 min and final extension at 72
C for 10 min.
Approximately 1.5 kb amplicons were generated. The PCR
product was purified using Gene JET PCR purification kit
(Fermentas) using manufacturer’s instructions. Purified PCR
products were sequenced and sequence search similarities
were conducted using BLAST.4,15 Phylogenetic analysis of
sequence data of bacteria under study was aligned with
reference sequence homology from the NCBI database using
the multiple sequence alignment of MEGA 5.0 Program

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

2.8. phylogenetic วิเคราะห์Genomic DNA ถูกสกัดโดยใช้ phenolechloroformสกัดด้วยวิธีการ พารามิเตอร์การ PCR สำหรับขยายการ16S ribosomal เอ็นถูกปรับให้เหมาะ 50 ml ของ PCR ส่วนผสมหลักรองพื้นสากลมีตั้ง 27 F- (50-AG AGT TTG ATC MTGGCT CAG-30) / 1492 R- (GYT 50 G บัญชี TTG TTA CGA CTT-30),10mMdNTPS, 10 PCR บัฟเฟอร์ U Taq DNA พอลิเมอเรส 1, 2 มม.Mgþ (100e200 ng) แม่แบบดีเอ็นเอและการ ขั้นตอนของ PCR รวมdenaturation เริ่มต้นที่ 95 C 5 นาที สำหรับรอบ 35 ของ denaturationที่ C 95 ใน 1 นาที การอบเหนียวที่ 56 C สำหรับ 2 นาที elongationที่ C 72 1 นาทีและสุดท้ายขยายที่ 72 C สำหรับ 10 นาทีมีสร้างประมาณ 1.5 kb amplicons การ PCRผลิตภัณฑ์ที่บริสุทธิ์ใช้ชุดฟอกยีน JET PCR(Fermentas) โดยใช้คำแนะนำของผู้ผลิต PCR บริสุทธิ์ผลิตภัณฑ์ถูกเรียงลำดับ และลำดับการค้นหาความเหมือนได้ดำเนินการโดยใช้ BLAST.4,15 Phylogenetic วิเคราะห์ลำดับข้อมูลของแบคทีเรียภายใต้ศึกษาได้สอดคล้องกับอ้างอิงลำดับ homology ใช้ฐานข้อมูล NCBIการจัดตำแหน่งลำดับหลายโปรแกรม 5.0 MEGA

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

2.8 phylogenetic
วิเคราะห์จีโนมดีเอ็นเอถูกสกัดโดยใช้phenolechloroform
วิธีการสกัด พารามิเตอร์ PCR
สำหรับการขยายดีเอ็นเอ16S โซมอลได้รับการปรับให้เหมาะสม 50 มิลลิลิตรผสมต้นแบบ PCR
ที่มีไพรเมอร์สากลตั้ง 27 F- (50-AG AGT TTG ATC MTG
GCT CAG-30) / 1492 R- (50-G GYT แม็ก TTG TTA CGA CTT-30)
10mMdNTPS 10? PCR บัฟเฟอร์ 1 U Taq ดีเอ็นเอโพลิเมอร์, 2mm
Mgþและ (100e200 งะ) ดีเอ็นเอแม่แบบ ขั้นตอนวิธี PCR รวม
denaturation เริ่มต้นที่ 95 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 5 นาที, 35
รอบของการสูญเสียสภาพธรรมชาติที่95 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 1 นาที, การอบที่ 56 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 2 นาทีการยืดตัวที่ 72 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 1 นาทีและการขยายสุดท้ายที่ 72 องศาเซลเซียสสำหรับ 10 นาที. ประมาณ 1.5 กิโล amplicons ถูกสร้างขึ้น PCR สินค้าบริสุทธิ์โดยใช้ JET ชุดฟอกยีน PCR (Fermentas) โดยใช้คำแนะนำของผู้ผลิต PCR บริสุทธิ์ผลิตภัณฑ์ที่มีลำดับขั้นตอนและความคล้ายคลึงกันค้นหาลำดับที่ได้รับการดำเนินการโดยใช้BLAST.4,15 วิเคราะห์วิวัฒนาการของข้อมูลลำดับของเชื้อแบคทีเรียที่อยู่ภายใต้การศึกษาได้สอดคล้องกับลำดับที่คล้ายคลึงกันอ้างอิงจากฐานข้อมูลNCBI ใช้จัดลำดับหลายMEGA 5.0 โปรแกรม

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

2.8 . การวิเคราะห์จีโนมวิวัฒนาการ
ดีเอ็นเอโดยใช้วิธีการสกัด phenolechloroform

การตรวจค่าพารามิเตอร์สำหรับการเพิ่มปริมาณของ 16S ไรโบโซมอลดีเอ็นเอ
เหมาะสม . 50 มิลลิลิตร ผสมรองพื้นบรรจุอาจารย์
PCR สากลชุด 27 F - ( 50-ag agt ทีทีจี ATC MTG
GCT cag-30 ) 1 R - ( 50-g gyt บัญชีทีทีจี ctt-30 ( CGA )
10mmdntps 10  PCR buffer , ดีเอ็นเอพอลิเมอเรสได้ดี 1 u ,
2 มม.มิลลิกรัมþ ( 100e200 ng ) ดีเอ็นเอแม่แบบ ขั้นตอนโดยรวม
เริ่มต้นที่ 95 (
องศาเซลเซียสนาน 5 นาที 3 รอบ (

95 องศาเซลเซียสนาน 1 นาที อบอ่อนที่อุณหภูมิ 56
C 2 นาทีที่ 72
ยืดตัว
C เป็นเวลา 1 นาทีและสุดท้ายส่วนขยายที่ 72
C 10 นาที
amplicons ประมาณ 1.5 กิโลขึ้น . ผลิตภัณฑ์ PCR
บริสุทธิ์โดยใช้ยีนบำบัดน้ำเสียเครื่อง PCR Kit
( fermentas ) โดยใช้คำแนะนำของผู้ผลิต บริสุทธิ์ PCR
ผลิตภัณฑ์นี้และลำดับการค้นหาความคล้ายคลึงกัน
การใช้ระเบิด 4,15 การวิเคราะห์ชนิดของแบคทีเรียในลําดับข้อมูล

ซึ่งศึกษาสอดคล้องกับลำดับการอ้างอิงจากฐานข้อมูล ncbi
ลำดับการใช้หลายโปรแกรม 5.0 เมกะ