Phylogenetic analysisGenomic DNA wa

Phylogenetic analysis
Genomic DNA was extracted using phenolechloroform
extraction method. The PCR parameters for the amplification
of 16S ribosomal DNA were optimized. 50 ml of PCR master mix
contained universal primer set 27 F- (50-AG AGT TTG ATC MTG
GCT CAG-30)/1492 R- (50-G GYT ACC TTG TTA CGA CTT-30),
10mMdNTPS, 10 PCR Buffer, 1 U Taq DNA polymerase, 2mM
Mgþ and (100e200 ng) template DNA. PCR steps included
initial denaturation at 95
C for 5 min, 35 cycles of denaturation
at 95
C for 1 min, annealing at 56
C for 2 min, elongation
at 72
C for 1 min and final extension at 72
C for 10 min.
Approximately 1.5 kb amplicons were generated. The PCR
product was purified using Gene JET PCR purification kit
(Fermentas) using manufacturer’s instructions. Purified PCR
products were sequenced and sequence search similarities
were conducted using BLAST.4,15 Phylogenetic analysis of
sequence data of bacteria under study was aligned with
reference sequence homology from the NCBI database using
the multiple sequence alignment of MEGA 5.0 Program.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

วิเคราะห์ phylogeneticGenomic DNA ถูกสกัดโดยใช้ phenolechloroformสกัดด้วยวิธีการ พารามิเตอร์ PCR สำหรับขยายการ16S ribosomal เอ็นถูกปรับให้เหมาะ 50 ml ของ PCR ส่วนผสมหลักรองพื้นสากลมีตั้ง 27 F- (50-AG AGT TTG ATC MTGGCT CAG-30) / 1492 R- (GYT 50 G บัญชี TTG TTA CGA CTT-30),10mMdNTPS, 10 PCR บัฟเฟอร์ U Taq DNA พอลิเมอเรส 1, 2 มม.Mgþ (100e200 ng) แม่แบบดีเอ็นเอและการ ขั้นตอนของ PCR รวมdenaturation เริ่มต้นที่ 95 C 5 นาที สำหรับรอบ 35 ของ denaturationที่ C 95 ใน 1 นาที การอบเหนียวที่ 56 C สำหรับ 2 นาที elongationที่ C 72 1 นาทีและสุดท้ายขยายที่ 72 C สำหรับ 10 นาทีมีสร้างประมาณ 1.5 kb amplicons PCRผลิตภัณฑ์ที่บริสุทธิ์ที่ใช้ชุดฟอกยีน JET PCR(Fermentas) โดยใช้คำแนะนำของผู้ผลิต PCR บริสุทธิ์ผลิตภัณฑ์ถูกเรียงลำดับ และลำดับการค้นหาความเหมือนได้ดำเนินการโดยใช้การวิเคราะห์ Phylogenetic BLAST.4,15 ของลำดับข้อมูลของแบคทีเรียภายใต้ศึกษาได้สอดคล้องกับhomology ลำดับการอ้างอิงจากการใช้ฐานข้อมูล NCBIจัดลำดับหลายโปรแกรม 5.0 MEGA

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

Phylogenetic วิเคราะห์
จีโนมดีเอ็นเอถูกสกัดโดยใช้ phenolechloroform
วิธีการสกัด พารามิเตอร์ PCR สำหรับการขยาย
ของดีเอ็นเอ 16S โซมอลที่ได้รับการปรับให้เหมาะสม 50 มิลลิลิตรผสม PCR มาสเตอร์
ที่มีไพรเมอร์สากลตั้ง 27 F- (50-AG AGT TTG ATC MTG
GCT CAG-30) / 1492 R- (50-G GYT ACC TTG TTA CGA CTT-30),
10mMdNTPS, 10? PCR Buffer, 1 U Taq polymerase ดีเอ็นเอ 2mm
MGTH และ (100e200 ศึกษา) ดีเอ็นเอแม่แบบ ขั้นตอนวิธี PCR รวม
denaturation เริ่มต้นที่ 95 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 5 นาที, 35 รอบของการสูญเสียสภาพธรรมชาติ
ที่ 95 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 1 นาที, การอบที่ 56 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 2 นาที, การยืดตัว
ที่ 72 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 1 นาทีและการขยายสุดท้ายที่ 72 องศาเซลเซียสสำหรับ 10 นาที.
ประมาณ 1.5 กิโล amplicons ถูกสร้างขึ้น PCR
ผลิตภัณฑ์บริสุทธิ์โดยใช้ JET ยีนชุดฟอก PCR
(Fermentas) ใช้คำแนะนำของผู้ผลิต PCR บริสุทธิ์
ผลิตภัณฑ์มีลำดับขั้นตอนและความคล้ายคลึงกันค้นหาลำดับ
ถูกดำเนินการโดยใช้ BLAST.4,15 วิเคราะห์วิวัฒนาการของ
ข้อมูลลำดับของเชื้อแบคทีเรียที่อยู่ภายใต้การศึกษาได้สอดคล้องกับ
ลำดับที่คล้ายคลึงกันอ้างอิงจากฐานข้อมูล NCBI ใช้
ลำดับการจัดเรียงหลาย MEGA 5.0 โปรแกรม

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การวิเคราะห์จีโนมวิวัฒนาการ
ดีเอ็นเอโดยใช้วิธีการสกัด phenolechloroform

การตรวจค่าพารามิเตอร์สำหรับการเพิ่มปริมาณของ 16S ไรโบโซมอลดีเอ็นเอ
เหมาะสม . 50 มิลลิลิตร ผสมรองพื้นบรรจุอาจารย์
PCR สากลชุด 27 F - ( 50-ag agt ทีทีจี ATC MTG
GCT cag-30 ) 1 R - ( 50-g gyt บัญชีทีทีจี ctt-30 ( CGA )
10mmdntps 10  PCR buffer , ดีเอ็นเอพอลิเมอเรส 1 วูทัค , 2 mm
มิลลิกรัมþ ( 100e200 ng ) ดีเอ็นเอแม่แบบขั้นตอนโดยรวม
เริ่มต้นที่ 95 (
องศาเซลเซียสนาน 5 นาที 3 รอบ (

95 องศาเซลเซียสนาน 1 นาที อบอ่อนที่อุณหภูมิ 56
C 2 นาทีที่ 72
ยืดตัว
C เป็นเวลา 1 นาทีและสุดท้ายส่วนขยายที่ 72
C 10 นาที
amplicons ประมาณ 1.5 กิโลขึ้น . ผลิตภัณฑ์ PCR
บริสุทธิ์โดยใช้ยีนบำบัดน้ำเสียเครื่อง PCR Kit
( fermentas ) โดยใช้คำแนะนำของผู้ผลิต โดย
บริสุทธิ์ผลิตภัณฑ์ของยีนและลำดับการค้นหาความคล้ายคลึงกัน
การใช้ระเบิด 4,15 การวิเคราะห์ชนิดของแบคทีเรียในลําดับข้อมูล

ซึ่งศึกษาสอดคล้องกับลำดับการอ้างอิงจากฐานข้อมูล ncbi
หลายลำดับการใช้ Mega 5.0 โปรแกรม