The success of genome-wide associat

The success of genome-wide association (GWA) studies for the detection of sequence variation affecting complex traits in human has spurred interest in the use of large-scale high-density single nucleotide polymorphism (SNP) genotyping for the identification of quantitative trait loci (QTL) and for marker-assisted selection in model and agricultural species. A cost-effective and efficient approach for the development of a custom genotyping assay interrogating 54,001 SNP loci to support GWA applications in cattle is described. A novel algorithm for achieving a compressed inter-marker interval distribution proved remarkably successful, with median interval of 37 kb and maximum predicted gap of

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ความสำเร็จของการศึกษาความสัมพันธ์ทั้งจีโนม (GWA) ตรวจลักษณะซับซ้อนในมนุษย์ที่มีผลต่อการเปลี่ยนแปลงลำดับได้กระตุ้นสนใจใช้ของ genotyping นิวคลีเดียวเนื้อมีความหนาขนาดใหญ่โอไทด์โพลีมอร์ฟิซึม (SNP) สำหรับการระบุเชิงปริมาณติด loci (QTL) และเครื่องหมายช่วยเลือกรุ่นและพันธุ์เกษตร อธิบายวิธีการคุ้มค่า และมีประสิทธิภาพสำหรับการพัฒนาวิเคราะห์ genotyping เองที่ interrogating loci SNP 54,001 เพื่อสนับสนุนโปรแกรมประยุกต์ GWA ในวัวควาย อัลกอริทึมนวนิยายเพื่อให้บรรลุการกระจายช่วงระหว่างเครื่องอัดได้สำเร็จอย่างยิ่ง มีช่วงมัธยฐานของ 37 kb และไม่เกินช่วงที่คาดการณ์ของ < 350 kb การวิเคราะห์ทดสอบบนแผงของสัตว์ 576 จากสายพันธุ์วัว 21 และหก outgroup พันธุ์ และเปิดเผยจาก 39,765 เพื่อ 46,492 SNP polymorphic ภายในแต่ละสายพันธุ์ (allele รองเฉลี่ยความถี่ (MAF) ตั้งแต่ 0.24 ถึง 0.27) การวิเคราะห์ยังระบุ 79 putative สำเนาหมายเลขตัวแปรในวัวควาย ยูทิลิตี้สำหรับ GWA ถูกแสดง โดยทั้งรู้จักเปลี่ยนแปลงสีเสื้อและสถานะ/ขาดงานของแตรให้ตำแหน่ง genomic ถูกต้อง เลือก SNP และอัลกอริทึมระยะนวนิยายให้วิธีมีประสิทธิภาพสำหรับการพัฒนาแพลตฟอร์ม high-density genotyping ในสายพันธุ์ที่มีคุณภาพเต็ม หรือปานกลางแม้ร่างลำดับ ลักษณะของวิธีการสามารถนำไปในชนิดที่ขาดการจีโนมมีลำดับ ทดสอบ BovineSNP50 ที่อธิบายไว้ที่นี่ได้ในเชิงพาณิชย์จาก Illumina และให้แพลตฟอร์มที่แข็งแกร่งสำหรับการแม็ป QTL และยีนโรคในวัวควาย

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ความสำเร็จของสมาคมจีโนมกว้าง (GWA) การศึกษาสำหรับการตรวจสอบของการเปลี่ยนแปลงลำดับส่งผลกระทบต่อลักษณะที่ซับซ้อนในมนุษย์ได้กระตุ้นความสนใจในการใช้งานของขนาดใหญ่ที่มีความหนาแน่นสูงแตกต่างเบื่อหน่ายเดียว (SNP) genotyping เพื่อระบุตัวตนของตำแหน่งลักษณะเชิงปริมาณ ( QTL) และสำหรับการเลือกเครื่องหมายช่วยในรูปแบบและการเกษตรชนิด วิธีการที่มีประสิทธิภาพและมีประสิทธิภาพสำหรับการพัฒนาของการทดสอบที่กำหนดเอง genotyping สอบสวน SNP 54,001 ตำแหน่งเพื่อรองรับการใช้งานในวัว GWA อธิบายไว้ อัลกอริทึมใหม่สำหรับการบรรลุการบีบอัดระหว่างเครื่องหมายกระจายช่วงเวลาที่ประสบความสำเร็จอย่างน่าทึ่งได้รับการพิสูจน์ด้วยระยะเวลาเฉลี่ยของ 37 กิโลและช่องว่างสูงสุดที่คาดการณ์ของ <350 กิโลไบต์ การทดสอบที่ได้รับการทดสอบบนแผง 576 สัตว์จาก 21 สายพันธุ์วัวและหกสายพันธุ์ outgroup และเปิดเผยว่าจาก 39,765 ไป 46,492 SNP เป็น polymorphic ภายในแต่ละสายพันธุ์ (เฉลี่ยความถี่อัลลีลที่ยังไม่บรรลุนิติภาวะ (MAF) ตั้งแต่ 0.24-0.27) ผลการวิเคราะห์ยังระบุจำนวน 79 สายพันธุ์คัดลอกสมมุติในวัว ยูทิลิตี้สำหรับ GWA ถูกแสดงให้เห็นโดย localizing รูปแบบที่รู้จักกันสำหรับสีขนและการปรากฏตัว / ไม่มีแตรไปยังสถานที่จีโนมของพวกเขาที่ถูกต้อง การรวมกันของการเลือก SNP และขั้นตอนวิธีการเว้นวรรคนวนิยายเรื่องนี้จะช่วยให้วิธีการที่มีประสิทธิภาพในการพัฒนาแพลตฟอร์ม genotyping มีความหนาแน่นสูงในสายพันธุ์ที่มีลำดับร่างคุณภาพเต็มรูปแบบหรือแม้กระทั่งในระดับปานกลาง ลักษณะของวิธีการที่สามารถใช้ประโยชน์ในชีวิตที่ขาดลำดับจีโนมที่มีอยู่ การทดสอบ BovineSNP50 อธิบายไว้ที่นี่สามารถใช้ได้ในเชิงพาณิชย์จาก Illumina และให้เป็นแพลตฟอร์มที่มีประสิทธิภาพสำหรับยีนโรคการทำแผนที่และ QTL ในวัว

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ความสำเร็จของสมาคม genome-wide ( gwa ) ศึกษาเพื่อตรวจหาการเปลี่ยนแปลงลำดับมีผลต่อลักษณะที่ซับซ้อนในมนุษย์ได้กระตุ้นความสนใจในการใช้ขนาดใหญ่สูง polymorphism ( SNP ) เขตเดียวเบสเพื่อการจำแนกลักษณะทางปริมาณ ( QTL ) และเครื่องหมายช่วยเลือกในรูปแบบและชนิด การเกษตรวิธีการที่มีประสิทธิภาพและประหยัดค่าใช้จ่ายที่มีประสิทธิภาพเพื่อการพัฒนาส่งเสริมวิธีสอบสวน 54001 SNP ตำแหน่งที่กำหนดเองเพื่อสนับสนุนการใช้งานกวาในโคจะอธิบาย ขั้นตอนวิธีใหม่สำหรับการบีบอัดระหว่างช่วงการเครื่องหมายพิสูจน์ประสบความสำเร็จอย่างน่าทึ่ง กับช่วงเวลาที่ค่ามัธยฐานของ 37 KB และสูงสุดทำนายช่องว่าง < 350 กิโลไบต์( ทดสอบบนแผงของโคพันธุ์และสัตว์จาก 576 21 กลุ่มหกชนิดและพบว่าจาก 39765 เพื่อ 46492 SNP เป็น polymorphic ในแต่ละสายพันธุ์ ( ความถี่อัลลีลเฉลี่ยเล็กน้อย ( MAF ) ตั้งแต่ 0.24 ถึง 0.27 ) ( ยังระบุ 79 ซึ่งคัดลอกหมายเลขตัวแปรในโคโปรแกรมสำหรับ gwa ) โดย localizing รู้จักรูปแบบสีเสื้อและว่ามี / ไม่มีเขาไปยังสถานที่ที่ถูกต้องของพวกเขาสร้าง . การรวมกันของการเลือก SNP และขั้นตอนวิธีระยะห่างใหม่ช่วยให้วิธีการที่มีประสิทธิภาพเพื่อส่งเสริมแพลตฟอร์มชนิดความหนาแน่นสูงที่มีคุณภาพเต็มรูปแบบ หรือแม้แต่ร่างอยู่ลำดับลักษณะของวิธีการที่สามารถใช้ประโยชน์ได้ในชนิดที่ขาดลำดับจีโนมของ วิธีที่อธิบายไว้ที่นี่ bovinesnp50 ในเชิงพาณิชย์จาก Illumina และให้แพลตฟอร์มที่แข็งแกร่งสำหรับการทำแผนที่ยีนและความโรคในโค