2.11. Mass spectrometryProtein samp

2.11. Mass spectrometry
Protein samples of interest were digested with trypsin either in
solution or in gel for tandem mass spectrometry (MS/MS) analysis
(Shevchenko et al., 1996). Digested peptide mixtures were separated
by on-line nanoLC and analyzed by electronspray MS/MS. The experiments
were performed on an Agilent 1200 nanoflow system connected
to an LTQ Orbitrap mass spectrometer (Thermo Electron, Bremen,
Germany) equipped with a nanoelectrospray ion source (Proxeon
Biosystems, Odense, Denmark). Data analysis was performed with the
MaxQuant software as described (Gruhler et al., 2005) supported by
Mascot or Andromeda as database search engines for peptide identifications.
Peaks in MS scans were determined as three-dimensional hills in
the mass-retention time plane. MS/MS peak lists were filtered to contain
at most six peaks per 100 Da interval and searched against a concatenated
forward and reversed version of the T. acidophilum and E. coli
databases (extracted from NCBInr) and Mouse database (International
Protein Index database: ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/IPI/old/MOUSE)
and frequently observed contaminants like proteases and human keratins.
The initial mass tolerance in MS mode was set to 7 ppm and MS/MS mass
tolerance was 0.5 Da. Cysteine carbamidomethylation was searched as a
fixed modification, whereas N-acetyl protein and oxidized methionine
were searched as variable modifications

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

2.11. รเมทตัวอย่างโปรตีนที่น่าสนใจถูกย่อยสลาย ด้วยทริปซินอย่างใดอย่างหนึ่งในวิธีการแก้ไขปัญหา หรือเจลสำหรับวิเคราะห์รเมท (MS/MS) ควบคู่(เชฟเชนโค et al. 1996) ผสมเปปไทด์ย่อยแยกจากกันโดย nanoLC ออนไลน์ และวิเคราะห์ โดย electronspray MS/MS การทดลองดำเนินการบนระบบ Agilent 1200 nanoflow เชื่อมต่อไป LTQ Orbitrap มวลสเปกโตรมิเตอร์ (เทอร์โมอิเล็กตรอน เบรเมนเยอรมนี) พร้อมกับเป็นแหล่งไอออน nanoelectrospray (Proxeonศาสตร์เชิงชีวภาพ โอเดนเซ เดนมาร์ก) ดำเนินการวิเคราะห์ข้อมูลด้วยการสนับสนุนซอฟต์แวร์ MaxQuant เป็นอธิบาย (Gruhler et al. 2005)มิ่งขวัญหรือ Andromeda เป็นเครื่องมือในการค้นหาฐานข้อมูลสำหรับรหัสเปปไทด์กำหนดยอดการสแกน MS เป็นภูเขาสามมิติเครื่องบินเวลาเก็บข้อมูลมวล กรองรายการสูงสุด MS/MS ประกอบด้วยมากที่สุดหกยอดเขาต่อช่วงเวลาดา 100 และค้นหาต่อที่ต่อไปข้างหน้า และย้อนกลับรุ่นของ T. acidophilum และ E. coliฐานข้อมูล (ข้อมูลจาก NCBInr) และเมาส์ (นานาชาติของฐานข้อมูลฐานข้อมูลดัชนีโปรตีน: ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/IPI/old/MOUSE)และสิ่งปนเปื้อนที่พบบ่อยเช่นโปรตีเอสและมนุษย์ keratinsตั้งค่าค่าเผื่อมวลเริ่มต้นในโหมด MS 7 ppm และมวล MS/MSความอดทนคือ 0.5 carbamidomethylation Da. Cysteine ถูกค้นหาเป็นการแก้ไขดัดแปลง ในขณะที่ N-acetyl โปรตีนและเมไทโอนีนออกซิไดซ์ค้นเป็นการปรับเปลี่ยนตัวแปร

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

2.11 มวลสาร
ตัวอย่างโปรตีนที่สนใจที่ถูกย่อยด้วย trypsin ทั้งใน
การแก้ปัญหาหรือเจลสำหรับมวลสารตีคู่ (MS / MS) การวิเคราะห์
(Shevchenko et al., 1996) ผสมเปปไทด์ย่อยถูกแยกออก
โดยในบรรทัด nanoLC และวิเคราะห์โดย electronspray MS / MS การทดลอง
ได้ดำเนินการในระบบ nanoflow Agilent 1200 เชื่อมต่อ
ไปยังมวลสเปกโตรมิเตอร์ LTQ Orbitrap (เทอร์โมอิเลเบรเมน
เยอรมนี) พร้อมกับแหล่ง nanoelectrospray ไอออน (Proxeon
Biosystems, Odense, เดนมาร์ก) วิเคราะห์ข้อมูลด้วย
ซอฟต์แวร์ MaxQuant ตามที่อธิบายไว้ (Gruhler et al., 2005) ได้รับการสนับสนุนโดย
Mascot หรือ Andromeda เป็นเครื่องมือค้นหาฐานข้อมูลสำหรับการระบุเปปไทด์.
ยอดสแกน MS ได้รับการพิจารณาเป็นภูเขาสามมิติใน
ระนาบเวลามวลการเก็บรักษา MS / MS รายการสูงสุดถูกกรองเพื่อให้มี
ที่มากที่สุดหกยอดต่อ 100 ช่วงดาและค้นหากับตัดแบ่ง
ไปข้างหน้าและย้อนกลับรุ่นของ T. acidophilum และ E. coli
ฐานข้อมูล (สกัดจาก NCBInr) และฐานข้อมูลเมาส์ (นานาชาติ
โปรตีนฐานข้อมูลดัชนี: ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/IPI/old/MOUSE)
และบ่อยครั้งสังเกตสารปนเปื้อนเช่นโปรตีเอสและเคราตินของมนุษย์.
อดทนมวลเริ่มต้นในโหมด MS ถูกกำหนดให้ 7 ppm และมวล MS / MS
ความอดทน 0.5 ดา cysteine carbamidomethylation ถูกค้นเป็น
การปรับเปลี่ยนคงที่ในขณะที่โปรตีน N-acetyl และ methionine ออกซิไดซ์
ถูกค้นการปรับเปลี่ยนตัวแปร

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

2.11 . แมสสเปกโตรเมทรีตัวอย่างของโปรตีนที่ถูกย่อยด้วยเอนไซม์ ทั้งดอกเบี้ยสารละลายหรือเจลสำหรับตีคู่มวลสาร ( MS / MS ) การวิเคราะห์( เชฟเชนโก้ et al . , 1996 ) เปปไทด์ผสมย่อยแยกกันโดย nanolc ออนไลน์ วิเคราะห์ข้อมูลโดยใช้ electronspray MS / นางสาว การทดลองมีการปฏิบัติในด้าน nanoflow 1200 ระบบเชื่อมต่อการ ltq orbitrap แมสสเปกโตรมิเตอร์ ( Thermo อิเล็กตรอน , เบรเมนเยอรมนี ) พร้อมกับ nanoelectrospray แหล่งกำเนิดไอออน ( proxeonซึ่ง Odense , เดนมาร์ก ) วิเคราะห์ข้อมูลด้วยmaxquant ซอฟต์แวร์ตามที่ระบุไว้ ( gruhler et al . , 2005 ) สนับสนุนโดยมาสคอต หรือ Andromeda เป็นฐานข้อมูลเครื่องมือค้นหาเปปไทด์การแสดงตัวของ .ยอดใน MS สแกนถูกกำหนดเป็นสามมิติในเนินเขารวมเวลาในเครื่อง รายการยอด MS / MS เป็นกรองประกอบด้วยที่สุดหกยอดต่อ 100 ดาช่วงและกับมาค้นหาไปข้างหน้าและย้อนกลับ เวอร์ชั่น ของ ต. acidophilum และ E . coliฐานข้อมูล ( สกัดจากฐานข้อมูล ncbinr ) และเมาส์ ( นานาชาติดัชนีฐานข้อมูลโปรตีน : ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/ipi/old/mouse )และบ่อยครั้งที่พบสารปนเปื้อน เช่น ทางด้านเคอราติน .ความอดทนมวลเริ่มต้นในโหมด MS ได้ถึง 7 ppm และ MS / MS มวลความอดทนคือ 0.5 ดา . ซิสเตอีน carbamidomethylation ค้นหาเป็นแก้ไข ปรับเปลี่ยน ในขณะที่โปรตีน n-acetyl ออกซิไดซ์และเมทไธโอนีนถูกตรวจค้นเป็นการปรับเปลี่ยนตัวแปร