New source of molecular markers acc

New source of molecular markers accelerate the efforts in improving cotton fiber traits and aid in developing high-density integrated genetic maps. We developed new markers based on candidate genes and G. arboreum EST sequences that were used for polymorphism detection followed by genetic and physical mapping. Nineteen gene-based markers were surveyed for polymorphism detection in 26 Gossypium species. Cluster analysis generated a phylogenetic tree with four major sub-clusters for 23 species while three species branched out individually. CAP method enhanced the rate of polymorphism of candidate gene-based markers between G. hirsutum and G. barbadense. Two hundred A-genome based SSR markers were designed after datamining of G. arboreum EST sequences (Mississippi Gossypium arboreumEST-SSR: MGAES). Over 70% of MGAES markers successfully produced amplicons while 65 of them demonstrated polymorphism between the parents of G. hirsutum and G. barbadense RIL population and formed 14 linkage groups. Chromosomal localization of both candidate gene-based and MGAES markers was assisted by euploid and hypoaneuploid CS-B analysis. Gene-based and MGAES markers were highly informative as they were designed from candidate genes and fiber transcriptome with a potential to be integrated into the existing cotton genetic and physical maps.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

แหล่งใหม่ของเครื่องหมายโมเลกุลเร่งความพยายามในการปรับปรุงลักษณะของเส้นใยฝ้าย และช่วยในการพัฒนาแผนที่พันธุรวม high-density เราพัฒนาเครื่องหมายใหม่ตามผู้สมัครยีนและลำดับ EST arboreum กรัมที่ใช้สำหรับตรวจหาโพลิมอร์ฟิซึมตามแผนที่ทางพันธุกรรม และทางกายภาพ ทส่วนใช้ยีนเครื่องหมายได้สำรวจโพลิมอร์ฟิซึมตรวจในชนิดถ่าย 26 แบ่งสร้างต้นไม้ phylogenetic กับคลัสเตอร์ย่อยหลักสี่สำหรับ 23 ชนิดในขณะที่พันธุ์สาม branched ออกทีละ วิธี CAP เพิ่มอัตราของโพลิมอร์ฟิซึมของเครื่องหมายใช้ยีนผู้สมัครระหว่าง hirsutum กรัมและ barbadense กรัม สองร้อย A จีโนมโดย SSR เครื่องหมายถูกออกแบบมาหลังจาก datamining arboreum กรัม EST ลำดับ (มิสซิสซิปปีถ่าย arboreumEST-SSR: MGAES) กว่า 70% ของ MGAES เครื่องหมายสำเร็จผลิต amplicons 65 นั้นแสดงให้เห็นว่าโพลิมอร์ฟิซึมระหว่างพ่อแม่ของ hirsutum กรัมและ barbadense กรัมเหลือประชากร และจัดกลุ่มเชื่อมโยง 14 แปลของโครโมโซมของทั้งผู้ใช้ยีนเครื่องหมาย MGAES ถูกช่วย โดยวิเคราะห์ CS-B euploid และ hypoaneuploid ใช้ยีนเครื่องหมาย MGAES ขอข้อมูล ตามออกแบบจากผู้สมัครยีนและเส้นใย transcriptome มีศักยภาพที่จะถูกรวมเข้าอยู่ฝ้ายทางพันธุกรรม และทางกายภาพแผนที่

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

แหล่งใหม่ของโมเลกุลเครื่องหมายพยายามเร่งดำเนินการในการปรับปรุงลักษณะใยฝ้ายและช่วยในการพัฒนาความหนาแน่นสูงแบบบูรณาการแผนที่ทางพันธุกรรม เราพัฒนาตัวบ่งชี้ใหม่บนพื้นฐานของยีนและจี arboreum EST ลำดับที่ถูกนำมาใช้สำหรับการตรวจสอบความแตกต่างตามด้วยการทำแผนที่พันธุกรรมและทางกายภาพ เก้าเครื่องหมายยีนตามถูกสำรวจสำหรับการตรวจสอบความแตกต่างใน 26 Gossypium ชนิด การวิเคราะห์กลุ่มที่สร้างต้นไม้สายวิวัฒนาการที่มีสี่กลุ่มย่อยที่สำคัญสำหรับ-23 ชนิดในขณะที่ทั้งสามชนิดแยกออกเป็นรายบุคคล วิธี CAP เพิ่มอัตราการหลายรูปแบบของยีนเครื่องหมายที่ใช้สมัครระหว่าง G. hirsutum กรัมและ barbadense สองร้อยจีโนมตามเครื่องหมาย SSR ได้รับการออกแบบหลังจาก datamining ลำดับ G. arboreum EST (มิสซิสซิปปี้ Gossypium arboreumEST-SSR: MGAES) กว่า 70% ของเครื่องหมาย MGAES ผลิตที่ประสบความสำเร็จในขณะที่ amplicons 65 ของพวกเขาแสดงให้เห็นถึงความแตกต่างระหว่างพ่อแม่ของจี hirsutum กรัมและ barbadense ประชากร RIL และเกิด 14 กลุ่มการเชื่อมโยง จำกัด โครโมโซมของผู้สมัครทั้งสองยีนที่ใช้และ MGAES เครื่องหมายได้รับการช่วยเหลือโดยการวิเคราะห์ CS-B euploid และ hypoaneuploid ยีนที่ใช้และเครื่องหมาย MGAES มีข้อมูลมากเท่าที่พวกเขาได้รับการออกแบบจากยีนและเส้นใยแสดงออกของยีนที่มีศักยภาพที่จะนำไปรวมในผ้าฝ้ายแผนที่พันธุกรรมและทางกายภาพที่มีอยู่

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

แหล่งใหม่ของโมเลกุลเครื่องหมายเร่งความพยายามในการปรับปรุงเส้นใยฝ้าย คุณลักษณะและช่วยเหลือในการพัฒนาแบบบูรณาการทางพันธุกรรมสูง แผนที่ เราพัฒนาแบบใหม่บนพื้นฐานของยีน G arboreum EST ลำดับผู้สมัครที่ใช้ตรวจหา polymorphism ตามพันธุกรรม และทางกายภาพแผนที่ยีนสิบเก้าตามเครื่องหมายโดยใช้การตรวจหา polymorphism ใน gossypium 26 ชนิด การวิเคราะห์กลุ่มสร้าง phylogenetic ต้นไม้ด้วยสี่กลุ่มหลักย่อย 23 ชนิด ในขณะที่สามชนิดกิ่งออกทีละ วิธีเพิ่มอัตราหมวกของความหลากหลายของยีน ผู้สมัครจาก hirsutum เครื่องหมายระหว่าง G G barbadense .สองร้อย a-genome ตามเครื่องหมาย SSR ถูกออกแบบมาหลังจากที่ดาต้าไมนิ่งของกรัม arboreum EST ลำดับ ( มิสซิสซิปปี gossypium arboreumest SSR : mgaes ) กว่า 70% ของ mgaes เครื่องหมายสามารถผลิต amplicons ตอนที่ 65 ของพวกเขาแสดงให้เห็นความหลากหลายระหว่างพ่อแม่ของจี hirsutum G barbadense ริลประชากรและก่อตั้ง 14 เชื่อมโยงกลุ่มโครโมโซมและยีนจำกัดของทั้งผู้สมัครจาก mgaes เครื่องหมายถูกช่วยโดย euploid และการวิเคราะห์ cs-b hypoaneuploid . ยีนตาม และ mgaes เครื่องหมายถูกขอข้อมูลที่พวกเขาได้รับจากยีนและเส้นใย ทราน ริปโตมผู้สมัครที่มีศักยภาพที่จะสามารถรวมกับที่มีอยู่ฝ้ายทางพันธุกรรมและทางกายภาพแผนที่