Evaluation of PCR-primers for nirK

Evaluation of PCR-primers for nirK detection
For amplification of nirK, no better alternatives to
the already published primers were found (Table 3;
Fig. 1b). Amplification with most of the combinations
resulted in fragments of the correct size in only about
half of the strains that were tested. However, no PCR
products were found when tested with P. stutzeri ATCC
14405 or the three non-denitrifying strains for any
combination. The best results were obtained with the
primers F1aCu and R3Cu [10] that amplified the correct
fragment in 10 out of 14 strains without extra bands. In
addition, fragments of the correct size were amplified
from all six environmental samples.
The nirK1F and nirK5R primers [9] are the most
widely used tools to survey diversity of the NirK denitrifying
bacteria in environmental samples. The nirK1F
primer binds to a region of the nirK gene that has an
insert of three bases in some sequences of denitrifying
bacteria (Accession. Nos. AJ002516, U62291,
AF339044–AF339048 and AB076606). This insert may
be the explanation for the poor amplification of this
particular primer. R€osch et al. [13] used a forward primer
that targets the same area as primer nirK1F, but is a
few bases longer. This primer faces the same problem as
nirK1F. Yan et al. [15] as well as Liu et al. [22] used a
modified version of the F1aCu primer together with a
modification of primer nirK3R [9]. The nirK3R primer
was unsuccessful both in the original study and in the
present re-evaluation, and the small number of conserved
bases within the sequences may be the explanation.
The Cunir3 primer designed by Casciotti andWard
[12] targets a highly conserved region encoding for a
copper-binding site, but unfortunately there are only a
few sequences available in this region. If they are not
representative, this would explain the poor results from
the amplification of denitrifying strains in the present
study. There are only 12 complete nirK gene sequences
in the databases.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

การประเมินผลของ PCR-สีรองพื้นสำหรับการตรวจสอบ nirKสำหรับการขยายของ nirK ไม่มีทางเลือกสำหรับดีพบว่าไพรเมอร์เผยแพร่แล้ว (ตารางที่ 3รูป 1b) ขยายกับที่สุดของชุดส่งผลให้ชิ้นส่วนของขนาดถูกต้องในเพียงเกี่ยวกับครึ่งหนึ่งของสายพันธุ์ที่ทดสอบ อย่างไรก็ตาม PCR ไม่ผลิตภัณฑ์พบว่าเมื่อทดสอบกับ P. stutzeri ATCC14405 หรือสาม denitrifying ไม่ใช่สายพันธุ์ใด ๆรวมกัน ผลลัพธ์ได้รับกับการไพรเมอร์ F1aCu และ R3Cu [10] ที่ขยายถูกต้องfragment ใน 10 จาก 14 สายพันธุ์โดยไม่ต้องเพิ่มวง ในนอกจากนี้ ชิ้นส่วนของขนาดถูกต้องถูกขยายจากหกสิ่งแวดล้อมตัวอย่างทั้งหมดไพรเมอร์ nirK1F และ nirK5R [9] ได้มากที่สุดใช้เครื่องมือการสำรวจความหลากหลายของ NirK denitrifyingแบคทีเรียในตัวอย่างสิ่งแวดล้อม NirK1F การรองพื้นผูกกับภูมิภาคของยีน nirK ที่มีการแทรกฐานสามในบางลำดับของ denitrifyingแบคทีเรีย (ภาคยานุวัติ ชุดหมายเลข AJ002516, U62291AF339044–AF339048 และ AB076606) แทรกนี้อาจมีคำอธิบายขยายความไม่ดีนี้รองพื้นเฉพาะ ใช้ R€ osch et al. [13] รองพื้นไปข้างหน้าที่เป้าหมายตั้งรองพื้น nirK1F แต่เป็นการไม่กี่ฐานอีกต่อไป รองพื้นนี้เผชิญปัญหาเดียวnirK1F Yan et al. [15] เป็น Liu et al. [22] ใช้เป็นแก้ไขรุ่นของไพรเมอร์ F1aCu ร่วมกับการเปลี่ยนแปลงของรองพื้น nirK3R [9] รองพื้น nirK3Rไม่ประสบความสำเร็จทั้ง ในการศึกษาเดิม และในการปัจจุบันการประเมิน และหมายเลขขนาดเล็กของอนุรักษ์ฐานภายในลำดับที่อาจอธิบายรองพื้น Cunir3 ที่ออกแบบ โดย Casciotti andWard[12] เป้าหมายภูมิภาคอนุรักษ์สูงการเข้ารหัสสำหรับการทองแดงรวมเว็บไซต์ แต่ก็เฉพาะบางลำดับอยู่ในภูมิภาคนี้ ถ้าพวกเขาไม่ตัวแทน นี้จะอธิบายผลที่ได้ดีจากขยายของ denitrifying สายพันธุ์ในปัจจุบันการศึกษา มีเพียง 12 ลำดับยีน nirK สมบูรณ์ในฐานข้อมูล

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

การประเมินผลของ PCR-ไพรเมอร์สำหรับการตรวจสอบ nirK
สำหรับการขยายของ nirK ทางเลือกที่ดีกว่าที่จะไม่มี
ไพรเมอร์ที่ตีพิมพ์แล้วถูกพบ (ตารางที่ 3
รูปที่ 1 ข.) ขยายกับที่สุดของชุด
ส่งผลให้ชิ้นส่วนของขนาดที่ถูกต้องในเพียงประมาณ
ครึ่งหนึ่งของสายพันธุ์ที่ได้รับการทดสอบ อย่างไรก็ตามยังไม่มีการ PCR
ผลิตภัณฑ์ถูกพบเมื่อทดสอบกับพี stutzeri ATCC
14405 หรือสามสายพันธุ์ที่ไม่ Denitrifying สำหรับการใด ๆ
รวมกัน ผลลัพธ์ที่ดีที่สุดที่ได้รับกับ
ไพรเมอร์และ F1aCu R3Cu [10] ที่ขยายที่ถูกต้อง
ออกเป็นชิ้น ๆ ใน 10 จาก 14 สายพันธุ์โดยไม่ต้องวงดนตรีที่พิเศษ ใน
นอกจากนี้ชิ้นส่วนของขนาดที่ถูกต้องถูกขยาย
จากทั้งหกตัวอย่างจากสิ่งแวดล้อม.
nirK1F และ nirK5R ไพรเมอร์ [9] เป็นส่วนใหญ่
ใช้กันอย่างแพร่หลายเครื่องมือในการสำรวจความหลากหลายของ Denitrifying NirK
แบคทีเรียในตัวอย่างจากสิ่งแวดล้อม nirK1F
ไพรเมอร์ผูกกับภูมิภาคของยีน nirK ที่มี
แทรกสามฐานในลำดับของ Denitrifying บาง
แบคทีเรีย (Accession. Nos. AJ002516, U62291,
AF339044-AF339048 และ AB076606) แทรกนี้อาจ
จะมีคำอธิบายสำหรับขยายยากจนของ
ไพรเมอร์โดยเฉพาะอย่างยิ่ง R € Osch et al, [13] ใช้ไพรเมอร์ไปข้างหน้า
ที่มีเป้าหมายพื้นที่เดียวกับไพรเมอร์ nirK1F แต่เป็น
ฐานไม่กี่นาน ไพรเมอร์นี้ใบหน้าปัญหาเช่นเดียวกับ
nirK1F ยัน et al, [15] เช่นเดียวกับหลิว et al, [22] ใช้
รุ่นที่ปรับเปลี่ยนไพรเมอร์ F1aCu ร่วมกับ
การปรับเปลี่ยนของไพรเมอร์ nirK3R [9] nirK3R ไพรเมอร์
ไม่ประสบความสำเร็จทั้งในการศึกษาเดิมและใน
ปัจจุบันการประเมินและจำนวนเล็ก ๆ ของการอนุรักษ์
ฐานภายในลำดับอาจจะเป็นคำอธิบาย.
ไพรเมอร์ Cunir3 ออกแบบโดย Casciotti andWard
[12] เป้าหมายการเข้ารหัสเขตป่าสงวนอย่างมากสำหรับ
เว็บไซต์ทองแดงผูกพัน แต่น่าเสียดายที่มีเพียง
ลำดับไม่กี่ที่มีอยู่ในภูมิภาคนี้ หากพวกเขาไม่ได้เป็น
ตัวแทนนี้จะอธิบายถึงผลดีจาก
การขยายของสายพันธุ์ Denitrifying ในปัจจุบัน
การศึกษา มีเพียง 12 สมบูรณ์ nirK ลำดับยีนอยู่
ในฐานข้อมูล

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การประเมินผลการตรวจ PCR ไพรเมอร์เนิร์กสำหรับเด็กในเนิร์ก ไม่มีที่ดีกว่าทางเลือกเผยแพร่แล้วไพรเมอร์พบ ( ตารางที่ 3รูป 1B ) การสื่อสารกับที่สุดของชุดส่งผลให้เกิดการกระจายตัวของขนาดถูกต้องในเพียงเกี่ยวกับครึ่งหนึ่งของสายพันธุ์ที่ทดสอบ อย่างไรก็ตาม ไม่มีดีเอ็นเอผลิตภัณฑ์ พบว่า เมื่อทดสอบกับเชื้อ P . stutzeriทั้งสามด้านหรือไม่ดีไนตริฟายอิง สายพันธุ์ใด ๆการรวมกัน ผลลัพธ์ที่ดีที่สุดได้ด้วยไพรเมอร์และ f1acu r3cu [ 10 ] ที่ได้มาถูกต้องส่วนใน 10 จาก 14 สายพันธุ์ โดยไม่มีแถบพิเศษ ในนอกจากนี้ การกระจายตัวของขนาดที่ถูกต้องคืออัตราจากทั้งหมดหกตัวอย่างสิ่งแวดล้อมและที่ nirk1f nirk5r ไพรเมอร์ [ 9 ] มากที่สุดใช้กันอย่างแพร่หลายเครื่องมือสำรวจความหลากหลายของเนิร์กดีไนตริฟายอิงแบคทีเรียในตัวอย่างสิ่งแวดล้อม การ nirk1fใช้ผูกกับภูมิภาคของเนิร์กยีนได้ใส่สามฐานในลำดับดีไนตริฟายอิงแบคทีเรีย ( หนังสือ . เลขที่ aj002516 u62291 , ,และ af339044 – af339048 ab076606 ) แทรกนี้อาจเป็นคำอธิบายสำหรับการเพิ่มปริมาณยากจนนี้โดยเฉพาะรองพื้น R ด้าน osch et al . [ 13 ] ใช้รองพื้นไปข้างหน้าเป้าหมายที่บริเวณเดียวกับรองพื้น nirk1f แต่เป็นไม่กี่ฐานยาว ไพรเมอร์ใบหน้าปัญหานี้เหมือนกันnirk1f . ยัน et al . [ 15 ] รวมทั้ง Liu et al . [ 22 ] ใช้รุ่นการแก้ไขของ f1acu primer ร่วมกับการรองพื้น nirk3r [ 9 ] การ nirk3r ไพรเมอร์ไม่ประสบความสำเร็จ ทั้งในการศึกษา และในต้นฉบับการประเมินอีกครั้งปัจจุบัน และจำนวนน้อย อนุรักษ์ฐานภายในลำดับอาจจะอธิบายการ cunir3 ไพรเมอร์ที่ออกแบบโดย casciotti andward[ 12 ] เป้าหมายที่มีการอนุรักษ์เขตการเข้ารหัสสำหรับทองแดงมัดเว็บไซต์ แต่โชคร้ายที่มีเพียงลำดับไม่กี่ที่มีอยู่ในภูมิภาคนี้ ถ้าพวกเขาไม่ได้ตัวแทนนี้จะอธิบายผลที่ไม่ดีจากการเพิ่มปริมาณของเชื้อใน ปัจจุบันดีไนตริฟายอิงการศึกษา มีเพียง 12 สมบูรณ์เนิร์กลำดับยีนในฐานข้อมูล