The 16S rRNA gene sequences of the

The 16S rRNA gene sequences of the three isolates were
determined according to a previously described method
(Endo & Okada, 2005). The closest recognized relatives of
the isolates were determined by performing database
searches and sequences of closely related species were
retrieved from the DDBJ. Multiple alignments of the
sequences were carried out with the CLUSTAL_X program
version 1.18 (Thompson et al., 1997). Distance matrices for
the aligned sequences were calculated by using the twoparameter
method of Kimura (1980). The neighbourjoining
method was used to construct a phylogenetic tree
(Saitou & Nei, 1987). The robustness of individual
branches was estimated by bootstrapping with 1000
replicates (Felsenstein, 1985). Phylogenetic trees were also
constructed by using the maximum-likelihood (Cavalli-
Sforza & Edwards, 1967) and maximum-parsimony (Kluge
& Farris, 1969) methods with PHYLIP version 3.65 as
described previously (Endo & Okada, 2006). The 16S rRNA
gene sequences determined for the three isolates were
compared with each other and the sequence of strain F9-1T
was used to search for sequence similarity using the DDBJ
database. Approximately 1450 bp of the 16S rRNA gene
sequences of the novel isolates and related species were
used to construct the phylogenetic trees. The three new
strains shared 99.9% sequence similarity based on the 16S
rRNA gene. The highest gene sequence similarities to strain
F9-1T were recorded with L. lindneri and L. sanfranciscensis
(95.4% and 93.7 %, respectively). The three strains
produced a subcluster with L. fructivorans, L. homohiochii,
L. lindneri and L. sanfranciscensis inside the L. buchneri
phylogenetic group on the basis of neighbour-joining
analysis (Fig. 1). Identical tree topologies were obtained by
using the maximum-likelihood and maximum-parsimony
analysis (see Supplementary Figs S1 and S2 in IJSEM
Online).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ลำดับ 16S rRNA การยีนของแยกสามถูก
กำหนดตามวิธีอธิบายไว้ก่อนหน้านี้
(Endo &โอคาดะ 2005) ใกล้เคียงที่สุดรู้จักญาติของ
แยกถูกกำหนด โดยทำฐาน
ค้นหาและลำดับที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดชนิด
ดึงข้อมูลมาจาก DDBJ การจัดแนวของหลาย
ลำดับได้ดำเนินการกับโปรแกรม CLUSTAL_X
รุ่น 118 (ทอมป์สันและ al., 1997) ห่างจากเมทริกซ์สำหรับ
ลำดับวางถูกคำนวณ โดยใช้การ twoparameter
วิธีการคิมุระโย (1980) Neighbourjoining
วิธีใช้ในการสร้างต้นไม้ phylogenetic
(Saitou & Nei, 1987) เสถียรภาพของแต่ละบุคคล
สาขาถูกประเมิน โดย bootstrapping 1000
เหมือนกับ (Felsenstein, 1985) ต้นไม้ phylogenetic แนะ
สร้างขึ้น โดยใช้โอกาสสูงสุด (Cavalli-
สฟอร์ซา&เอ็ดเวิร์ด 1967) และสูงสุด parsimony (Kluge
& Farris, 1969) วิธีกับ PHYLIP รุ่น 3.65 เป็น
อธิบายไว้ก่อนหน้านี้ (Endo &โอคาดะ 2006) 16S rRNA
ลำดับยีนที่กำหนดสำหรับแยกสามถูก
เมื่อเทียบกับแต่ละอื่น ๆ และลำดับของต้องใช้ F9-1T
ถูกใช้เพื่อค้นหาลำดับความคล้ายโดยใช้การ DDBJ
ฐานข้อมูล 16S rRNA ยีนประมาณ 1450 bp
ลำดับแยกนวนิยายและสปีชีส์ที่เกี่ยวข้องถูก
ใช้สร้างต้นไม้ phylogenetic สามใหม่
สายพันธุ์ร่วมกัน 99.9% ลำดับความคล้ายคลึงกันตาม 16S
rRNA ยีน ความเหมือนลำดับยีนสูงโหม
F9-1T บันทึกกับ L. lindneri L. sanfranciscensis
(95.4% และ 93.7% ตามลำดับ) สายพันธุ์สาม
ผลิต subcluster กับ L. fructivorans, L. homohiochii,
L. lindneri และ L. sanfranciscensis ภายใน L. buchneri
phylogenetic กลุ่มเพื่อนบ้านร่วม
วิเคราะห์ (Fig. 1) โทเหมือนต้นไม้ได้รับโดย
ใช้ความเป็นไปได้มากที่สุดและสูงสุด parsimony
วิเคราะห์ (ดูเสริมมะเดื่อ S1 และ S2 ใน IJSEM
ออนไลน์)

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

16S rRNA ลำดับยีนของทั้งสามสายพันธุ์ได้รับการ
พิจารณาตามวิธีการที่อธิบายไว้ก่อนหน้านี้
(Endo และโอคาดะ, 2005) ญาติที่ใกล้ชิดได้รับการยอมรับของ
สายพันธุ์ได้รับการพิจารณาโดยดำเนินการฐานข้อมูล
การค้นหาและลำดับของสายพันธุ์ที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดที่ถูก
ดึงออกมาจาก ddbj หลายแนวของ
ลำดับถูกดำเนินการกับโปรแกรม CLUSTAL_X
รุ่น 1.18 (ธ อมป์สันและอัล., 1997) การฝึกอบรมทางไกลสำหรับ
ลำดับชิดได้รับการคำนวณโดยใช้ twoparameter
วิธีการของคิมูระ (1980) neighbourjoining
วิธีการที่ใช้ในการสร้างต้นไม้สายวิวัฒนาการ
(Saitou และ Nei, 1987) ความทนทานของแต่ละ
สาขาเป็นที่คาดกันโดย bootstrapping 1000
ซ้ำ (Felsenstein, 1985) ต้นไม้ก็
สร้างขึ้นโดยใช้โอกาสสูงสุด (Cavalli-
ฟอร์ซาและเอ็ดเวิร์ด, 1967) และความประหยัดสูงสุด (Kluge
และ Farris, 1969) วิธีการที่มีรุ่น PHYLIP 3.65 ในขณะที่
อธิบายไว้ก่อนหน้า (Endo และโอคาดะ, 2006) 16S rRNA
ลำดับยีนที่กำหนดไว้สำหรับสามสายพันธุ์ที่ถูก
เมื่อเทียบกับคนอื่น ๆ และลำดับของสายพันธุ์ F9-1T
ถูกใช้ในการค้นหาความคล้ายคลึงกันโดยใช้ ddbj ลำดับ
ฐานข้อมูล ประมาณ 1,450 bp ของยีน 16S rRNA
ลำดับของนวนิยายเรื่องนี้แยกและสายพันธุ์ที่เกี่ยวข้องกับการถูก
ใช้ในการสร้างต้นไม้ ใหม่สาม
สายพันธุ์ที่ใช้ร่วมกัน 99.9% ลำดับความคล้ายคลึงกันอยู่บนพื้นฐานของ 16S
rRNA ยีน ความคล้ายคลึงกันมากที่สุดลำดับยีนสายพันธุ์
F9-1T ถูกบันทึกด้วยลิตร lindneri และ sanfranciscensis ลิตร
(95.4% และ 93.7% ตามลำดับ) สามสายพันธุ์
ที่ผลิตด้วย subcluster fructivorans ลิตร homohiochii ลิตร
ลิตร lindneri ลิตรและ sanfranciscensis ภายในลิตร buchneri
กลุ่มสายวิวัฒนาการบนพื้นฐานของเพื่อนบ้านเข้าสู่
การวิเคราะห์ (รูปที่ 1) โครงสร้างต้นไม้เหมือนกันได้รับโดย
ใช้โอกาสสูงสุดและความประหยัดสูงสุด
ในการวิเคราะห์ (ดูเสริมมะเดื่อ S1 และ S2 ใน IJSEM
ออนไลน์)

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การลำดับเบส 16S rRNA ยีนทั้ง 3 ไอโซเลท
กำหนดตามที่อธิบายไว้ก่อนหน้านี้วิธี
( เอ็นโด&โอคาดะ , 2005 ) ใกล้รู้จักญาติ
ไอโซเลทที่กำหนดโดยการค้นหาฐานข้อมูล
และลำดับของชนิดที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดเป็น
ดึงจาก ddbj . หลายการจัดแนวของ
ลำดับได้ทดลองกับโปรแกรม
clustal_x รุ่น 118 ( Thompson et al . , 1997 ) ระยะทางที่เมทริกซ์สำหรับ
ชิดลำดับคำนวณโดยใช้ twoparameter
วิธี คิมูระ ( 1980 ) การ neighbourjoining

ใช้วิธีสร้าง phylogenetic ต้นไม้ ( ไซโตะ&เนย , 1987 ) ความทนทานของแต่ละสาขาได้ประมาณ 1000 bootstrapping

ซ้ำ ( felsenstein , 1985 ) ต้นไม้ phylogenetic ยัง
สร้างโดยใช้ความน่าจะเป็นสูงสุด ( Cavalli -
สฟอร์ซา& Edwards , 1967 ) และความตระหนี่สูงสุด ( ครุก
& ฟาร์ริส , 1969 ) วิธีการกับ phylip รุ่น 3.65 เช่น
อธิบายไว้ก่อนหน้านี้ ( เอ็นโด&โอคาดะ , 2006 ) การลำดับเบส 16S rRNA ยีนได้
3
ไอโซเลทเมื่อเทียบกับแต่ละอื่น ๆและลำดับของ
f9-1t สายพันธุ์ถูกใช้เพื่อค้นหาความเหมือนของลำดับการใช้ ddbj
ฐานข้อมูลประมาณ 1 , 450 คู่เบสของยีน 16S rRNA ลำดับของสายพันธุ์ใหม่

และที่เกี่ยวข้องกับชนิดที่ใช้เพื่อสร้างต้นไม้ phylogenetic . สามใหม่
สายพันธุ์แบ่งปัน 99.9% ความเหมือนลำดับ 16S rRNA ยีนตาม
. ความคล้ายคลึงกันของลำดับสูงสุดของยีนเครียด
f9-1t ที่ถูกบันทึกไว้กับ L และ L . lindneri sanfranciscensis
( ก่อกลายพันธุ์และร้อยละ 93.7 เปอร์เซ็นต์ ตามลำดับ )
3 สายพันธุ์ผลิต subcluster กับ L . fructivorans L homohiochii
L , lindneri และ sanfranciscensis ภายใน . buchneri
ซึ่งกลุ่มบนพื้นฐานของการวิเคราะห์เพื่อนบ้านร่วม
( รูปที่ 1 ) โครงสร้างต้นไม้เหมือนกันได้โดย
โดยใช้ความเป็นไปได้สูงสุดและการวิเคราะห์ความตระหนี่
สูงสุด ( ดูเพิ่มเติมใน ijsem มะเดื่อ S1 และ S2
ออนไลน์ )