We conducted partial correlation an

We conducted partial correlation analyses among different factors which have been previously shown to correlate with variation in rates of protein evolution. First, we only analyzed dN/dS ratios for open reading frames in which both dN and dS were different from zero (4,908, 4,161 and 4,196 ORFs for H. annuus-H. debilis, H. annuus-H. petiolaris and H. debilis-H. petiolaris comparisons, respectively). Then, we noticed that for all three interspecific comparisons, correlation coefficients were similar. Therefore, in order to simplify the interpretations, we have presented the data as a mean of the three comparisons (Figure 3, but see also Figure 4, Figure 5, Figure 6 for correlations per species pair). Rates of protein divergence (dN/dS) were negatively correlated with gene expression level (partial cor. coef. = −0.03) and positively with gene expression specificity (0.06), consistent with results from a broad range of taxa [6,8,28] and positively correlated with overall sequence divergence (FST, partial cor. coef. = 0.04). Among other notable results predicted from previous studies, we found a strong and significant negative correlation between expression level and specificity (−0.15). Nucleotide diversity (pi) was strongly negatively correlated with sequence divergence (−0.27) and surprisingly, positively with expression level (partial cor. coef. = 0.48). We also found that sequence divergence (FST) did not correlate with expression divergence.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

เราดำเนินการวิเคราะห์สหสัมพันธ์บางส่วนระหว่างปัจจัยต่าง ๆ ที่ได้รับการแสดงก่อนหน้านี้จะเชื่อมโยงกับความผันแปรในอัตราของวิวัฒนาการโปรตีน ครั้งแรก เราเพียงวิเคราะห์อัตราส่วน dN/dS เปิดอ่านเฟรมที่ dN และ dS ได้แตกต่างจากศูนย์ (4,908, 4,161 และ 4,196 ORFs debilis annuus H. H., H. annuus H. petiolaris และ H. debilis H. petiolaris เปรียบ เทียบ ตามลำดับ) แล้ว เราพบว่า ในทั้งหมดสาม interspecific เปรียบเทียบ สัมประสิทธิ์สหสัมพันธ์ได้เหมือนกัน ดังนั้น เพื่อทำการตีความ เราได้นำเสนอข้อมูลเป็นค่าเฉลี่ยของเปรียบเทียบ 3 (คิด 3 แต่ดูรูปที่ 4, 5 รูป รูปที่ 6 สำหรับความสัมพันธ์ต่อชนิดคู่) ราคาของโปรตีน divergence (dN/dS) ถูกส่ง correlated กับระดับยีนนิพจน์ (ไทย ๆ บางส่วน coef. = −0.03) และบวกกับยีนนิพจน์ specificity (0.06), สอดคล้องกับผลจากช่วงกว้าง ของ taxa [6,8,28] และบวก correlated กับ divergence ลำดับโดยรวม (FST, coef ไทย ๆ บางส่วน = 0.04) ในหมู่อื่น ๆ ผลลัพธ์สำคัญและคาดว่า จากการศึกษาก่อนหน้านี้ เราพบความสัมพันธ์เชิงลบแข็งแรง และที่สำคัญระหว่างระดับนิพจน์และ specificity (−0.15) ความหลากหลายของนิวคลีโอไทด์ (ปี่) ถูกขอส่ง correlated ลำดับ divergence (−0.27) และ จู่ ๆ บวก ด้วยนิพจน์ระดับ (coef ไทย ๆ บางส่วน = 0.48) เรายังพบว่า ลำดับ divergence (FST) ไม่ได้เชื่อมโยงกับนิพจน์ divergence

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

เราดำเนินความสัมพันธ์บางส่วนวิเคราะห์ปัจจัยที่แตกต่างกันซึ่งได้รับการแสดงก่อนหน้านี้จะมีความสัมพันธ์กับการเปลี่ยนแปลงในอัตราการวิวัฒนาการของโปรตีน อันดับแรกเราเพียง แต่วิเคราะห์ DN / DS อัตราส่วนสำหรับกรอบการแสดงกำลังเปิดซึ่งทั้งสอง dN และ dS แตกต่างจากศูนย์ (4,908, 4,161 และ 4,196 ORFs สำหรับเอช annuus-H. debilis เอช annuus-H. petiolaris และเอช debilis -H. เปรียบเทียบ petiolaris ตามลำดับ) จากนั้นเราจะสังเกตเห็นว่าทั้งสามเปรียบเทียบ interspecific, ค่าสัมประสิทธิ์สหสัมพันธ์มีความคล้ายคลึงกัน ดังนั้นเพื่อที่จะลดความซับซ้อนของการตีความที่เราได้นำเสนอข้อมูลที่เป็นความหมายของทั้งสามเปรียบเทียบ (รูปที่ 3 แต่เห็นรูปที่ 4 รูปที่ 5 รูปที่ 6 สำหรับความสัมพันธ์ต่อคู่ชนิด) ราคาแตกต่างของโปรตีน (DN / DS) มีความสัมพันธ์เชิงลบกับการแสดงออกของยีนในระดับ (บางส่วนคร. COEF. = -0.03) และบวกกับการแสดงออกของยีนที่เฉพาะเจาะจง (0.06) สอดคล้องกับผลลัพธ์ที่ได้จากความหลากหลายของแท็กซ่า [6,8, 28] และความสัมพันธ์เชิงบวกกับความแตกต่างลำดับโดยรวม (FST, ตกแต่งบางส่วน. COEF. = 0.04) ในผลลัพธ์ที่โดดเด่นอื่น ๆ ที่คาดการณ์ไว้จากการศึกษาก่อนหน้านี้ที่เราพบความสัมพันธ์ทางลบที่แข็งแกร่งและมีนัยสำคัญระหว่างระดับการแสดงออกและความจำเพาะ (-0.15) ความหลากหลายเบส (PI) ได้รับการขอความสัมพันธ์เชิงลบกับความแตกต่างลำดับ (-0.27) และน่าแปลกใจบวกกับระดับการแสดงออก (บางส่วนคร. COEF. = 0.48) นอกจากนี้เรายังพบความแตกต่างลำดับที่ (FST) ไม่มีความสัมพันธ์กับความแตกต่างการแสดงออก

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

เราทำการวิเคราะห์ความสัมพันธ์ระหว่างปัจจัยต่าง ๆ ซึ่งบางส่วนได้ถูกแสดงไว้ก่อนหน้านี้ให้สัมพันธ์กับการเปลี่ยนแปลงในอัตราของวิวัฒนาการของโปรตีน ตอนแรกเราแค่วิเคราะห์ DN / DS อัตราส่วนเฟรมเปิดอ่าน ซึ่งทั้งสองและใน DN DS แตกต่างจากศูนย์ ( 6607 4161 4196 , และ orfs H . annuus-h. เดือนทั้ง H annuus-h. petiolaris และ H . debilis-h. petiolaris การเปรียบเทียบตามลำดับ ) แล้วเราสังเกตว่าทั้งสาม interspecific เปรียบเทียบค่าสัมประสิทธิ์สหสัมพันธ์ , ตามลำดับ ดังนั้น เพื่อลดความซับซ้อนในการตีความ เราได้เสนอข้อมูลเป็นค่าเฉลี่ยของทั้งสามวิธี ( รูปที่ 3 แต่ยังเห็นรูปที่ 4 รูปที่ 5 รูปที่ 6 , ความสัมพันธ์ต่อชนิดคู่อัตราความแตกต่างของโปรตีน ( DN / DS ) มีความสัมพันธ์ทางบวกในระดับปานกลางกับระดับการแสดงออกของยีน ( coef ครบางส่วน = − 0.03 ) และบวกกับต่อการแสดงออกของยีน ( 0.06 ) ซึ่งสอดคล้องกับผลจากช่วงกว้างของซ่า [ 6,8,28 ] และมีความสัมพันธ์กับความแตกต่างลำดับโดยรวม ( f ) coef คร . = 0.04 ) ในหมู่อื่น ๆผลลัพธ์ที่น่าทึ่งที่คาดการณ์จากการศึกษาเราพบแข็งแรงและความสัมพันธ์อย่างมีนัยสำคัญระหว่างระดับการแสดงออกและความจำเพาะ ( − 1 ) ความหลากหลายของนิวคลีโอไทด์ ( PI ) คือมีความสัมพันธ์กับความแตกต่างลำดับ ( − 3 ) และจู่ ๆ บวกกับระดับการแสดงออก ( coef ครบางส่วน = 0.48 ) นอกจากนี้เรายังพบว่าลำดับความแตกต่าง ( f ) ไม่มีความสัมพันธ์กับการแสดงออก divergence