We have investigated the relationsh

We have investigated the relationship between oligomerization in solution and DNA binding for the bacterial nucleoid protein H-NS. This was done by comparing oligomerization and DNA binding of H-NS with that of a H-NS D68V-D71V linker mutant. The double linker mutation D68V-D71V, that makes the linker significantly more hydrophobic, leads to a dramatically enhanced and strongly temperature-dependent H-NS oligomerization in solution, as detected by dynamic light scattering. The DNA binding affinity of H-NS D68V-D71V for the hns promoter region is lower and has stronger temperature dependence than that of H-NS. DNase I footprinting experiments show that at high concentrations, regions protected by H-NS D68V-D71V are larger and less defined than for H-NS. In vitro transcription assays show that the enhanced protection also leads to enhanced transcriptional repression. Whereas the lower affinity of the H-NS D68V-D71V for DNA could be caused by competition between oligomerization in solution and oligomerization on DNA, the larger size of protected regions clearly confirms the notion that cooperative binding of H-NS to DNA is related to protein–protein interactions. These results emphasize the relative contributions of protein–protein interactions and substrate-dependent oligomerization in the control of gene repression operated by H-NS.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

เราได้ตรวจสอบความสัมพันธ์ระหว่าง oligomerization ในโซลูชันและการรวมดีเอ็นเอสำหรับโปรตีนจากแบคทีเรีย nucleoid H-NS นี้ถูกทำ โดยการเปรียบเทียบการ oligomerization และดีเอ็นเอรวม H NS ที่ mutant D68V-D71V H-NS ตัวเชื่อมโยงข้อมูล การกลายพันธุ์ตัวเชื่อมโยงข้อมูลคู่ D68V-D71V ที่ทำให้ตัวเชื่อมโยงข้อมูลที่มากขึ้น hydrophobic นำไปสู่การ oligomerization เป็น H-NS อย่างยิ่งอุณหภูมิขึ้นอยู่กับการเพิ่มขึ้นอย่างมาก และในการแก้ปัญหา ที่ตรวจจับแสง scattering แบบไดนามิก ในดีเอ็นเอผูกความสัมพันธ์ของ H NS D68V-D71V สำหรับภูมิภาคโปรโมเตอร์ hns ต่ำ และมีอุณหภูมิพึ่งพาที่แข็งแกร่งกว่าของ H-NS DNase ฉัน footprinting ทดลองแสดงว่าที่ความเข้มข้นสูง ภูมิภาคที่ได้รับการป้องกันโดย H-NS D68V-D71V มีขนาดใหญ่ และน้อยกว่ากำหนดสำหรับ H-NS ใน transcription assays ดูที่การป้องกันขั้นสูงยังนำไปสู่การปราบปรามพิเศษ transcriptional ในขณะที่ความสัมพันธ์ต่ำของ H NS D68V-D71V สำหรับ DNA อาจเกิดจากการแข่งขันระหว่าง oligomerization ในโซลูชันและ oligomerization บนดีเอ็นเอ ขนาดใหญ่ของภูมิภาคป้องกันชัดเจนยืนยันความว่า ผูกพันสหกรณ์ของ H-NS กับ DNA เกี่ยวข้องกับโต้ตอบ protein–protein ผลลัพธ์เหล่านี้เน้นจัดสรรญาติของ protein–protein โต้ตอบและการ oligomerization ขึ้นอยู่กับพื้นผิวในการควบคุมของยีนปราบปรามดำเนินการ โดย H-NS

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

เราได้ตรวจสอบความสัมพันธ์ระหว่าง oligomerization ในการแก้ปัญหาและดีเอ็นเอผูกพันโปรตีน Nucleoid แบคทีเรีย H-NS นี้ทำโดยการเปรียบเทียบ oligomerization และดีเอ็นเอผูกพันของ H-NS กับที่ของ H-NS-D68V D71V ลิงเกอร์กลายพันธุ์ คู่กลายพันธุ์ลิงเกอร์ D68V-D71V ที่ทำให้ลิงเกอร์อย่างมีนัยสำคัญมากขึ้นไม่ชอบน้ำนำไปสู่​​การขออุณหภูมิขึ้นอยู่กับ oligomerization H-NS เพิ่มขึ้นอย่างมากและในการแก้ปัญหาในขณะที่ตรวจพบโดยการกระจายแสงแบบไดนามิก ความสัมพันธ์ที่มีผลผูกพันดีเอ็นเอของ H-NS-D68V D71V สำหรับภูมิภาคก่อการ hns ต่ำและมีการพึ่งพาอาศัยอุณหภูมิที่แข็งแกร่งกว่าที่ H-NS ทดลอง DNase footprinting ฉันแสดงให้เห็นว่าที่ระดับความเข้มข้นสูงในภูมิภาคได้รับการคุ้มครองโดย H-NS-D68V D71V มีขนาดใหญ่และชัดเจนน้อยกว่าสำหรับ H-NS ในการตรวจถอดความหลอดทดลองแสดงให้เห็นว่าการป้องกันที่เพิ่มขึ้นยังนำไปสู่​​การปรับปรุงการปราบปรามการถอดรหัส ในขณะที่ความสัมพันธ์ล่างของ H-NS-D68V D71V ดีเอ็นเออาจจะเกิดจากการแข่งขันระหว่าง oligomerization ในการแก้ปัญหาและ oligomerization บนดีเอ็นเอขนาดใหญ่ของภูมิภาคท​​ี่ได้รับการคุ้มครองอย่างชัดเจนยืนยันความคิดที่ว่าความร่วมมือที่มีผลผูกพันของ H-NS กับดีเอ็นเอที่เกี่ยวข้องกับ ปฏิกริยาระหว่างโปรตีน ผลลัพธ์เหล่านี้เน้นการมีส่วนร่วมของญาติของปฏิกริยาระหว่างโปรตีนและสารตั้งต้น oligomerization ขึ้นอยู่ในการควบคุมของยีนปราบปรามดำเนินการโดย H-NS

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

เราได้ศึกษาความสัมพันธ์ระหว่างเซชันในสารละลายดีเอ็นเอมัดสำหรับแบคทีเรีย nucleoid โปรตีน h-ns . นี้ถูกทำโดยเปรียบเทียบกับดีเอ็นเอมัดเซชันของ h-ns กับของ h-ns d68v-d71v โปรแกรมเชื่อมโยงที่กลายพันธุ์ สองลิงเกอร์ การกลายพันธุ์ d68v-d71v นั่น ทำให้ ลิงเกอร์ ) อย่างมีนัยสำคัญมากขึ้นนำไปสู่การเป็นอย่างมาก และขอเพิ่ม ขึ้นอยู่กับอุณหภูมิ h-ns โอลิโกเมอไรเซซันในสารละลายที่ตรวจพบโดยการกระจายแสงแบบไดนามิก . ดีเอ็นเอมัดความสัมพันธ์ของ h-ns d68v-d71v สำหรับ hns ภูมิภาคล่าง และมีการพึ่งพาอุณหภูมิที่แข็งแกร่งกว่าของ h-ns . ผม footprinting ตรวจหา ADNase การทดลองแสดงให้เห็นว่าที่ความเข้มข้นสูงภูมิภาคได้รับการคุ้มครองโดย h-ns d68v-d71v มีขนาดใหญ่กว่าและน้อยกว่าที่กำหนดไว้ h-ns . ในการถอดความสามารถแสดงให้เห็นว่าการป้องกันขั้นสูงยังนำไปสู่การปรับปรุง particle การปราบปราม ในขณะที่ลด affinity ของ h-ns d68v-d71v ดีเอ็นเอ อาจเกิดจากการแข่งขันระหว่างเซชันในสารละลายโอลิโกเมอไรเซซันในดีเอ็นเอขนาดของพื้นที่ป้องกัน ยืนยันชัดเจนความคิดที่ว่าสหกรณ์ผูกพันของ h-ns ดีเอ็นเอที่เกี่ยวข้องกับโปรตีน และโปรตีนที่เพิ่มขึ้น ผลลัพธ์เหล่านี้เน้นให้ญาติของโปรตีนและโปรตีนปฏิสัมพันธ์และพื้นผิวอุปการะโกเมอไรเซชันในการควบคุมของยีน การปราบปรามการ h-ns .