Fluorescent in situ hybridization (

Fluorescent in situ hybridization (FISH) using rRNA targeting probes was introduced as an expert technique in the eighties of the last century. Nowadays, rRNA FISH represents a widely applied standard technique in microbial identification ( Amann et al., 1993). After fixation and permeabilisation microbial cells can be identified in situ within the original sample material by the visualisation of intra-cellular probe rRNA target hybrids. Cell fluorescence conferred by probe attached fluorochromes can be detected by epifluorescence or laser scanning microscopy. Various fluorochromes emitting light of different wave lengths are in use allowing simultaneous application of probes of different specificities. Thus multilevel identification as well as application of the multiple probe concept ( Behr et al., 2000) is possible. Besides identification of individual cells enumeration, three dimensional localisation and visualisation of inter-taxa aggregation among microbial populations within original sample material can be achieved. As a culture independent identification technique FISH is an intrinsic component of the so called rRNA cycle ( Amann et al., 1993). Sequence information directly retrieved by PCR amplification and cloning of rDNA from even complex original sample material is fed into comparative phylogenetic analyses resulting in the assignment of the individual sequences to known taxa or new phylogenetic entities. In situ linking of this information to individual cells within the processed sample material is conferred by FISH using established or newly designed probes for known taxa or new entities, respectively.

In practice, there are system inherited problems to be tackled. The procedures of cell fixation to render the cell envelope permeable for probe access differ with respect to their structure and composition. Thus different approaches have to be applied in parallel or sequentially to achieve permeabilisation of (all) cells in diverse communities. Even if optimal permeabilisation is acquired there remain remarkable differences in probe accessibility for target regions on the rRNA molecules within the ribosomes. The results of detailed in situ rRNA accessibility studies ( Fuchs et al., 1998, Fuchs et al., 2001, Inacio et al., 2003 and Behrens et al., 2003) in combination with appropriate visualisation software ( Kumar et al., 2005 and Kumar et al., 2006) help to optimise probe design. However, the accessibility profiles may not be valid for organisms not closely related to the investigated references. The simultaneous application of unlabelled helper probes targeting rRNA regions adjacent to the particular diagnostic site might also be advantageous to improve the probe accessibility. Furthermore, auto-fluorescence caused by cellular or non-cellular components of the sample material may hinder hybridisation signal interpretation. Appropriate image analysis software often allows virtually erasing auto-fluorescence.

Not many FISH studies on acetic acid bacteria have been published so far (Franke-Whittle et al., 2005).

Against the background of the many publications on FISH probes, methods and studies the Probe Base initiative (Loy et al., 2003) has to be highly acknowledged. The respective database gives access to comprehensive information on experimentally evaluated published probes and procedures

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

เรืองแสงใน situ hybridization (ปลา) ใช้กำหนดเป้าหมายคลิปปากตะเข้ rRNA ถูกนำมาใช้เป็นเทคนิคใช้ในอันดับของศตวรรษที่ผ่านมา ปัจจุบัน rRNA ปลาแทนเทคนิคมาตรฐานที่ใช้กันอย่างแพร่หลายในรหัสจุลินทรีย์ (Amann et al., 1993) หลังจากเซลล์จุลินทรีย์เบีและ permeabilisation สามารถระบุใน situ ภายในวัสดุตัวอย่างเดิม โดยการสร้างมโนภาพของโพรบมือถือภายใน rRNA เป้าหมายลูกผสม สามารถตรวจจับเซลล์ fluorescence ปรึกษา โดยแนบโพรบ fluorochromes epifluorescence หรือเลเซอร์สแกน microscopy Fluorochromes ต่าง ๆ ที่เปล่งแสงความยาวคลื่นแตกต่างกันจะใช้ให้ใช้พร้อมคลิปปากตะเข้ของ specificities แตกต่างกัน ดังนั้นรหัสหลายระดับตลอดจนประยุกต์ใช้โพรบหลายแนวคิด (Behr et al., 2000) ได้ด้วย นอกจากการระบุของการแจงนับแต่ละเซลล์ สามมิติสังคมธุรกิจและการสร้างมโนภาพของการรวมกลุ่มระหว่าง taxa ระหว่างประชากรจุลินทรีย์ในวัสดุอย่างเดิมสามารถทำได้ เป็นรหัสอิสระวัฒนธรรม เทคนิคปลาเป็นส่วนประกอบ intrinsic วงจร rRNA สิ่งที่เรียกว่า (Amann et al., 1993) ลำดับข้อมูลดึงข้อมูลโดยตรง โดยขยาย PCR และของ rDNA จากตัวอย่างวัสดุเดิมซับซ้อนแม้จะรับวิเคราะห์ phylogenetic เปรียบเทียบผลในการกำหนดลำดับละ taxa รู้จักหรือเอนทิตีใหม่ phylogenetic การเชื่อมโยงใน situ ของเซลล์แต่ละเซลล์ภายในวัสดุตัวอย่างการประมวลผลข้อมูลนี้พระราชทาน โดยปลาที่ใช้คลิปปากตะเข้ที่สร้าง หรือออกแบบใหม่สำหรับเอนทิตีใหม่ หรือ taxa รู้จักตามลำดับในทางปฏิบัติ มีระบบการสืบทอดปัญหาแก้ได้ ขั้นตอนของปฏิกิริยาการตรึงเซลล์แสดงซองจดหมายเซลล์ permeable โพรบเข้าถึงแตกต่างกับโครงสร้างและองค์ประกอบของพวกเขา ดังนั้น วิธีอื่นมีจะใช้ควบคู่กัน หรือตามลำดับเพื่อ permeabilisation ของเซลล์ (ทั้งหมด) ในชุมชนที่หลากหลาย แม้ว่ามา permeabilisation เหมาะสม มีอยู่ความแตกต่างที่โดดเด่นในการเข้าถึงโพรบสำหรับภูมิภาคบนโมเลกุล rRNA ใน ribosomes ผลการศึกษาถึง rRNA ใน situ รายละเอียด (Fuchs et al., 1998 ฟุคส์ et al., 2001, Inacio et al., 2003 และ Behrens และ al., 2003) ร่วมกับซอฟต์แวร์สร้างมโนภาพที่เหมาะสม (Kumar et al., 2005 และ Kumar et al., 2006) ช่วยเพิ่มประสิทธิภาพของการออกแบบโพรบ อย่างไรก็ตาม โปรไฟล์การเข้าถึงอาจไม่ถูกต้องสำหรับสิ่งมีชีวิตที่ไม่สัมพันธ์กับการอ้างอิง investigated คลิปปากตะเข้ unlabelled ช่วยกำหนดเป้าหมาย rRNA ภูมิภาคติดเฉพาะวินิจฉัยไปใช้พร้อมกันอาจมีประโยชน์เพื่อปรับปรุงการเข้าถึงโพรบ นอกจากนี้ fluorescence อัตโนมัติที่เกิดจากโทรศัพท์มือถือ หรือมือ ถือที่ไม่ใช่ส่วนประกอบของวัสดุตัวอย่างอาจขัดขวางการตีความสัญญาณ hybridisation ซอฟต์แวร์วิเคราะห์ภาพที่เหมาะสมมักช่วยให้การลบอัตโนมัติ fluorescence แทบไม่ได้ศึกษาปลากรดอะซิติกแบคทีเรียได้เผยแพร่ให้ไกล (เหลา Franke et al., 2005)กับพื้นหลังของสิ่งพิมพ์หลายปลาคลิปปากตะเข้ วิธีการ และศึกษา ฐานโพรบริ (ลอยและ al., 2003) ได้ถูกยอมรับอย่างสูง ฐานข้อมูลที่เกี่ยวข้องให้เข้าถึงข้อมูลที่ครอบคลุมค่า experimentally เผยแพร่คลิปปากตะเข้และขั้นตอน

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

เรืองแสงในแหล่งกำเนิดพันธุ์ (ปลา) โดยใช้ยานสำรวจ rRNA กำหนดเป้าหมายเป็นที่รู้จักในฐานะที่เป็นเทคนิคที่มีความเชี่ยวชาญในแปดของศตวรรษที่ผ่านมา ปัจจุบันปลา rRNA แสดงให้เห็นถึงเทคนิคมาตรฐานใช้กันอย่างแพร่หลายในการระบุจุลินทรีย์ (Amann et al., 1993) หลังจากการตรึงและ permeabilisation เซลล์จุลินทรีย์สามารถระบุได้ในแหล่งกำเนิดภายในวัสดุตัวอย่างต้นฉบับโดยภาพของการสอบสวนภายในเซลล์ rRNA ลูกผสมเป้าหมาย การเรืองแสงของเซลล์การประชุมตามที่แนบมาสอบสวน fluorochromes สามารถตรวจพบโดย epifluorescence หรือเลเซอร์สแกนกล้องจุลทรรศน์ แสงเปล่ง fluorochromes ต่างๆของความยาวของคลื่นที่แตกต่างกันในการใช้งานแอพลิเคชันที่ช่วยให้พร้อมกันของยานสำรวจของความจำเพาะที่แตกต่างกัน ดังนั้นการระบุหลายระดับเช่นเดียวกับการประยุกต์ใช้แนวคิดการสอบสวนหลาย ๆ (Behr et al., 2000) เป็นไปได้ นอกจากนี้การนับบัตรประจำตัวของแต่ละเซลล์สามมิติการแปลและการมองเห็นของการรวมระหว่างแท็กซ่าในหมู่ประชากรของจุลินทรีย์ที่อยู่ในวัสดุตัวอย่างเดิมสามารถทำได้ ในฐานะที่เป็นวัฒนธรรมปลาเทคนิคการระบุเป็นอิสระเป็นองค์ประกอบที่แท้จริงของการที่เรียกว่าวงจร rRNA (Amann et al., 1993) ข้อมูลลำดับดึงโดยตรงโดยการขยาย PCR และโคลน rDNA จากตัวอย่างวัสดุเดิมที่ซับซ้อนแม้จะถูกป้อนเข้า phylogenetic วิเคราะห์เปรียบเทียบผลในการกำหนดลำดับบุคคลที่จะแท็กซ่าเป็นที่รู้จักหรือหน่วยงานสายวิวัฒนาการใหม่ ในแหล่งกำเนิดการเชื่อมโยงข้อมูลไปยังเซลล์ในแต่ละวัสดุตัวอย่างการประมวลผลนี้จะมีการประชุมโดยใช้ปลาที่จัดตั้งขึ้นหรือยานสำรวจออกแบบใหม่สำหรับแท็กซ่าเป็นที่รู้จักหรือหน่วยงานใหม่ตามลำดับ. ในทางปฏิบัติมีระบบการรับมรดกปัญหาที่จะท้าทาย ขั้นตอนของการตรึงเซลล์ที่จะทำให้ซองเซลล์ดูดซึมสำหรับการเข้าถึงที่แตกต่างกันแสดงความคิดเห็นที่เกี่ยวกับโครงสร้างและองค์ประกอบของพวกเขา ดังนั้นวิธีการที่แตกต่างกันได้จะนำมาใช้ในแบบคู่ขนานหรือตามลำดับเพื่อให้บรรลุ permeabilisation ของ (ทั้งหมด) เซลล์ในชุมชนที่มีความหลากหลาย แม้ว่า permeabilisation ที่ดีที่สุดจะได้รับยังคงมีความแตกต่างที่โดดเด่นในการเข้าถึงการสอบสวนสำหรับพื้นที่เป้าหมายในโมเลกุล rRNA ภายในไรโบโซม ผลที่ได้จากรายละเอียดในแหล่งกำเนิด rRNA การศึกษาการเข้าถึง (Fuchs et al., 1998 Fuchs et al., 2001 Inacio et al., 2003 และ Behrens et al., 2003) ร่วมกับซอฟแวร์การแสดงที่เหมาะสม (Kumar et al., ปี 2005 และมาร์ et al., 2006) ช่วยในการเพิ่มประสิทธิภาพการออกแบบการสอบสวน อย่างไรก็ตามรูปแบบการเข้าถึงอาจจะไม่ถูกต้องสำหรับการมีชีวิตที่ไม่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดกับการอ้างอิงการตรวจสอบ แอพลิเคชันพร้อมกันของยานสำรวจป้ายกำกับผู้ช่วยกำหนดเป้าหมายภูมิภาค rRNA ที่อยู่ติดกับเว็บไซต์วินิจฉัยโดยเฉพาะนอกจากนี้ยังอาจจะมีประโยชน์ในการปรับปรุงการเข้าถึงการสอบสวน นอกจากอัตโนมัติเรืองแสงที่เกิดจากชิ้นส่วนโทรศัพท์มือถือหรือไม่โทรศัพท์มือถือของวัสดุตัวอย่างอาจขัดขวางการตีความสัญญาณ hybridisation ซอฟต์แวร์ที่เหมาะสมการวิเคราะห์ภาพมักจะช่วยให้แทบลบอัตโนมัติเรืองแสง. ไม่มากการศึกษาปลาแบคทีเรียกรดอะซิติกได้รับการเผยแพร่เพื่อให้ห่างไกล (Franke-เกลา et al., 2005). กับพื้นหลังของสิ่งพิมพ์จำนวนมากบนขั้วปลาวิธีการและการศึกษา ความคิดริเริ่มฐาน Probe (วันลอยกระทง et al., 2003) จะต้องมีการได้รับการยอมรับอย่างสูง ฐานข้อมูลที่เกี่ยวข้องให้การเข้าถึงข้อมูลที่ครอบคลุมเกี่ยวกับการประเมินผลการทดลองยานสำรวจที่ตีพิมพ์และขั้นตอน

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

เรืองแสงใน situ hybridization ( FISH ) โดยใช้แบคทีเรียเป้าหมายและเป็นที่รู้จักในฐานะผู้เชี่ยวชาญเทคนิคใน eighties ของศตวรรษที่ผ่านมา ทุกวันนี้ rRNA ปลาเป็นใช้กันอย่างแพร่หลายมาตรฐานเทคนิคในการจำแนกจุลินทรีย์ ( แอเมิน et al . , 1993 )หลังจากการตรึงเซลล์และจุลินทรีย์ permeabilisation สามารถระบุแหล่งกำเนิดภายในวัสดุตัวอย่างเดิม โดยภาพจากภายในเซลล์แบคทีเรียเป้าหมายตรวจสอบลูกผสม เซลล์การแต่งตั้งโดยโพรบติด fluorochromes สามารถตรวจพบโดย epifluorescence หรือเลเซอร์สแกนกล้องจุลทรรศน์ .ต่าง ๆ fluorochromes เปล่งแสงความยาวของคลื่นที่แตกต่างกันในการใช้งานให้ใช้พร้อมกันในวัดของเพาะที่แตกต่างกัน ดังนั้นหลายตัวรวมทั้งการประยุกต์ใช้แนวคิดหลายโพรบ ( Behr et al . , 2000 ) เป็นไปได้ นอกจากนี้การใช้แต่ละเซลล์ ,ภาพสามมิติและการแปลของอินเตอร์และรวมระหว่างประชากรจุลินทรีย์ในวัสดุตัวอย่างต้นฉบับได้ เป็นวัฒนธรรมอิสระระบุเทคนิคปลาเป็นส่วนประกอบภายในของแบคทีเรียที่เรียกว่าวงจร ( แอเมิน et al . , 1993 )ข้อมูลลำดับโดยตรง ( เรียกโดยวิธี PCR และโคลนของ rDNA จากตัวอย่างเดิม แม้แต่วัสดุที่ถูกป้อนลงในการวิเคราะห์ phylogenetic เปรียบเทียบผลในการกำหนดลำดับบุคคลรู้จักและหรือหน่วยงานต่างๆใหม่ในแหล่งกำเนิดเชื่อมโยงข้อมูลนี้ไปยังเซลล์แต่ละเซลล์ในการประมวลผลตัวอย่างวัสดุอื่นโดยปลาใช้สร้างหรือออกแบบใหม่และสำหรับรู้จักและหรือหน่วยงานใหม่ตามลำดับ

ในการปฏิบัติ มีปัญหาให้ต้องแก้ระบบการสืบทอด .ขั้นตอนของการตรึงเซลล์ เพื่อให้เซลล์ซองซึมเข้าโพรบเข้าถึงแตกต่างกับการโครงสร้างและองค์ประกอบ ดังนั้นวิธีที่แตกต่างกันต้องใช้ในแบบคู่ขนานหรือเป็นเพื่อให้บรรลุ permeabilisation ( ทั้งหมด ) เซลล์ในชุมชนที่หลากหลายถ้า permeabilisation ที่ดีที่สุดคือได้รับ มีความแตกต่างในการสอบสวนยังคงโดดเด่นสำหรับเป้าหมายภูมิภาคบน rRNA โมเลกุลภายในไรโบโซม . ผลของการเข้าถึงการศึกษาใน situ rRNA ( ฟุชส์ et al . , 1998 , ฟุชส์ et al . , 2001 , In á cio et al . , 2003 และ Default et al . , 2003 ) ในการรวมกันกับซอฟต์แวร์ภาพที่เหมาะสม ( Kumar et al . ,2005 และ Kumar et al . , 2006 ) ช่วยเพิ่มประสิทธิภาพการออกแบบด้วย อย่างไรก็ตาม การเข้าถึงข้อมูลอาจไม่ถูกต้องสำหรับสิ่งมีชีวิตที่ไม่ใกล้เคียงกับการตรวจสอบการอ้างอิง การประยุกต์ใช้พร้อมกัน unlabelled ผู้ช่วยวัดเป้าหมาย rRNA ภูมิภาคติดกับเว็บไซต์วินิจฉัยเฉพาะนอกจากนี้ยังอาจเป็นประโยชน์ในการปรับปรุงด้วยการเข้าถึง นอกจากนี้โดยอัตโนมัติจากมือถือหรือโทรศัพท์มือถือไม่มีส่วนประกอบของวัสดุตัวอย่างที่อาจขัดขวางการตีความสัญญาณไฮบริไดเซชัน . การวิเคราะห์ภาพซอฟต์แวร์ที่เหมาะสมมักจะช่วยให้ความจริงการลบอัตโนมัติเรืองแสง

ไม่ค่อยมีปลาศึกษาแบคทีเรียกรดน้ำส้มได้ถูกตีพิมพ์เพื่อให้ห่างไกล ( แฟรงค์ วิทเทิล et al . , 2005 ) .

กับพื้นหลังของสิ่งพิมพ์หลายในปลาวิธีการศึกษาและสอบสวนฐานการลอยกระทง et al . , 2003 ) จะต้องมีการยอมรับอย่างสูง . ฐานข้อมูลที่เกี่ยวข้องให้เข้าถึงข้อมูลที่ครอบคลุมโดยการประเมินและกระบวนการตีพิมพ์ ชื่อว่า