Data AnalysisThe composition of mic

Data Analysis
The composition of microbiota was determined by sequencing 16S rRNA genes using the 454 GS Junior Sequencer platform (Roche) according to the manufacturer’s instructions. NGS-data were automatically processed using the ‘Full Processing Amplicon’ pipeline available through the Run Wizard on the GS Junior Attendant PC (Roche). FASTA-formatted sequences were extracted from the .sff data file and processed using modules implemented in the Mothur v. 1.33.0 software platform19. Primer sequences were trimmed and sequences with length smaller than 400 were removed from the analysis. In addition, only the first 450 bases of each sequence were used for further analysis. In order to characterize the number of chimeric sequences more precisely, no additional quality filtering was applied. Unique sequences were aligned using the ‘align.seqs’ command and an adaptation of the Bacterial SILVA SEED database release 119 as a template (available at: http://www.mothur.org/wiki/ Silva_reference_alignment). Potentially chimeric sequences were detected and removed with the Uchime source code, using firstly the sequences as their own reference and sequentially the SILVA alignment version of the gold database (available at: http://www.mothur.org/wiki/ Silva_reference_alignment) as reference. The remaining aligned sequences were classified using a naïve Bayesian classifier with the SILVA SEED database release 119 and clustered into OTUs defined by 97% similarity. To reduce the effects of uneven sampling, all nose swab samples were rarefied to 500 sequences per sample and all other samples, including the synthetic community, feces, and sludge samples, were rarefied to 1000 sequences per sample. For all samples, rarefaction curves were plotted and the inverse Simpson’s diversity index and Good’s coverage were calculated. Finally, OTUs corresponding to the Streptococcus genus within the synthetic community were determined at species-level by checking the representative sequences against the reference sequences using Bionumerics version 5.10 (Applied Math).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

การวิเคราะห์ข้อมูลองค์ประกอบของ microbiota ถูกกำหนด โดยลำดับเบส 16S rRNA ยีนใช้ 454 GS Sequencer จูเนียร์แพลตฟอร์ม (Roche) ตามคำแนะนำของผู้ผลิต NGS ข้อมูลอัตโนมัติถูกประมวลผลโดยใช้ไปป์ไลน์ 'เต็มรูปแบบการประมวลผล Amplicon' ผ่านตัวช่วยสร้างเรียกใช้บน PC เครื่องจูเนียร์ GS (Roche) ลำดับรูป FASTA ถูกสกัดจาก.sff แฟ้มข้อมูล และประมวลผลโดยใช้โมดูลที่ดำเนินการใน Mothur v. 1.33.0 platform19 ซอฟต์แวร์ ลำดับรองพื้นถูกตัด และออกจากการวิเคราะห์ลำดับความยาวน้อยกว่า 400 นอกจากนี้ เฉพาะฐานแรก 450 ของแต่ละลำดับถูกใช้สำหรับการวิเคราะห์เพิ่มเติม เพื่อกำหนดลักษณะเลขลำดับ chimeric ได้แม่นยำมาก อย่างดีกรองไม่ใช้ ลำดับเฉพาะถูกจัดตำแหน่งโดยใช้คำสั่ง 'align.seqs' และการปรับรุ่นฐานข้อมูลของแบคทีเรีย SILVA เมล็ด 119 เป็นแม่ (: Silva_reference_alignment ใน http://www.mothur.org/wiki/) ลำดับ chimeric อาจถูกตรวจพบ และเอาออก ด้วยรหัสของแหล่งที่มา Uchime ใช้ลำดับที่ประการแรกเป็นการอ้างอิงตนเองและตามลำดับรุ่น SILVA ตำแหน่งฐานทอง (ว่าง: Silva_reference_alignment ใน http://www.mothur.org/wiki/) เป็นการอ้างอิง ลำดับการจัดตำแหน่งที่เหลือถูกจัดด้วย classifier ทฤษฎีขำน่าเป็นรุ่น 119 และคลัสเตอร์เป็น OTUs กำหนด โดย 97% คล้ายฐานเมล็ด SILVA เพื่อลดผลกระทบของการสุ่มตัวอย่างไม่สม่ำเสมอ swab จมูกทั้งหมดตัวอย่างได้หลาย ๆ การลำดับ 500 ต่อตัวอย่างทุกตัวอย่างอื่น ๆ รวมทั้งชุมชนสังเคราะห์ อุจจาระ และตัว อย่างตะกอน ได้หลาย ๆ การลำดับ 1000 ต่อตัวอย่าง สำหรับทั้งหมดตัวอย่าง rarefaction ถูกพล็อตเส้นโค้งและผกผันคำนวณดัชนีความหลากหลายของซิมป์สันและความครอบคลุมของดี สุดท้าย OTUs ที่สอดคล้องกับตระกูลนี้อุณหภูมิภายในชุมชนสังเคราะห์ถูกกำหนดในระดับสปีชีส์ โดยตรวจสอบลำดับพนักงานจากลำดับการอ้างอิงที่ใช้ Bionumerics รุ่น 5.10 (ใช้คณิตศาสตร์)

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

การวิเคราะห์ข้อมูลองค์ประกอบของ microbiota ถูกกำหนดโดยลำดับยีน 16S rRNA ใช้ 454 GS จูเนียร์ซีเควนแพลตฟอร์ม (Roche) ตามคำแนะนำของผู้ผลิต
NGS ข้อมูลที่ถูกประมวลผลโดยอัตโนมัติโดยใช้ 'การประมวลผลเต็ม Amplicon' ท่อใช้ได้ผ่านการเรียกใช้ตัวช่วยสร้างบนพีซี Attendant GS จูเนียร์ (Roche) ลำดับ FASTA รูปแบบสกัดจากแฟ้มข้อมูล .sff และประมวลผลโดยใช้โมดูลดำเนินการใน Mothur v. 1.33.0 platform19 ซอฟแวร์ ลำดับไพรเมอร์ได้รับการตัดแต่งและลำดับที่มีความยาวน้อยกว่า 400 ถูกถอดออกจากการวิเคราะห์ นอกจากนี้เพียงครั้งแรก 450 ฐานของแต่ละลำดับถูกนำมาใช้สำหรับการวิเคราะห์ต่อ เพื่อที่จะอธิบายลักษณะของลำดับจำนวนลูกผสมมากขึ้นได้อย่างแม่นยำไม่มีการกรองที่มีคุณภาพที่เพิ่มขึ้นถูกนำมาใช้ ลำดับที่ไม่ซ้ำกันถูกจัดชิดโดยใช้คำสั่ง 'align.seqs และการปรับตัวของแบคทีเรีย SILVA ปล่อยฐานข้อมูล SEED 119 เป็นแม่แบบ (สามารถดูได้ที่: http://www.mothur.org/wiki/ Silva_reference_alignment) ที่อาจเกิดขึ้นลำดับลูกผสมถูกตรวจพบและลบออกด้วยซอร์สโค้ด Uchime ใช้ลำดับแรกเป็นข้อมูลอ้างอิงของตัวเองและลำดับรุ่น SILVA การจัดตำแหน่งของฐานข้อมูลทอง (สามารถดูได้ที่: http://www.mothur.org/wiki/ Silva_reference_alignment) เช่น การอ้างอิง ลำดับชิดที่เหลือถูกจัดใช้ลักษณนาม Bayesian ไร้เดียงสากับฐานข้อมูล SEED SILVA ปล่อย 119 และคลัสเตอร์เข้า Otus กำหนดโดยความคล้ายคลึงกัน 97% เพื่อลดผลกระทบของการสุ่มตัวอย่างที่ไม่สม่ำเสมอทุกตัวอย่างเช็ดล้างจมูกถูกซึ่งได้ทำให้บริสุทธิ์ 500 ลำดับต่อตัวอย่างและตัวอย่างอื่น ๆ รวมทั้งชุมชนสังเคราะห์อุจจาระและตัวอย่างตะกอนถูกซึ่งได้ทำให้บริสุทธิ์ 1000 ลำดับต่อตัวอย่าง สำหรับตัวอย่างโค้งเจือถูกพล็อตและผกผันดัชนีความหลากหลายของซิมป์สันและการรายงานข่าวของดีที่ถูกคำนวณ สุดท้าย Otus สอดคล้องกับสกุล Streptococcus ภายในชุมชนสังเคราะห์ได้รับการพิจารณาในระดับสายพันธุ์โดยการตรวจสอบลำดับตัวแทนกับลำดับการอ้างอิงโดยใช้รุ่น Bionumerics 5.10 (คณิตศาสตร์ประยุกต์)

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การวิเคราะห์ข้อมูล
ส่วนประกอบของไมโครไบโ ้าถูกกำหนดโดยลำดับเบส 16S rRNA ยีนโดยใช้ 454 GS แพลตฟอร์มซีเควนจูเนียร์ ( โรช ) ตามคำแนะนำของผู้ผลิต ข้อมูล ภาพหลุดได้โดยอัตโนมัติโดยใช้การประมวลผลและการประมวลผล ' เต็ม ' ท่อใช้ได้ผ่านการเรียกพ่อมดบน GS จูเนียร์บน PC ( ผู้ดูแล ) fasta รูปแบบลำดับถูกสกัดจาก .ข้อมูลแฟ้มและการประมวลผลโดยใช้โมดูลการใช้งานไอทีใน mothur โวลต์ 1.33.0 platform19 ซอฟต์แวร์ ลำดับ 1 และลำดับสีตัดกับความยาวเล็กกว่า 400 ถูกเอาออกจากการวิเคราะห์ นอกจากนี้ เพียงครั้งแรก 450 ฐานของแต่ละลำดับ สถิติที่ใช้ในการวิเคราะห์ต่อไป เพื่อวิเคราะห์ลำดับหมายเลขที่มากขึ้นแน่นอนไม่เพิ่มคุณภาพการกรองที่ใช้ . ลำดับเฉพาะ ชิดใช้ ' จัด . seqs ' คำสั่งและการปรับตัวของฐานข้อมูล ซิลวาเมล็ดแบคทีเรียปล่อย 119 เป็นแม่แบบ ( ใช้ใน http://www.mothur.org/wiki/ silva_reference_alignment ) ที่อาจถูกตรวจพบและลบออกด้วยลำดับ uchime โค้ดการใช้ลำดับแรกเป็นข้อมูลอ้างอิงของพวกเขาเอง และความสามารถที่ซิลวาแนวร่วมรุ่นทองฐานข้อมูล ( ใช้ใน http://www.mothur.org/wiki/ silva_reference_alignment ) เป็นตัวอ้างอิง ที่เหลืออยู่ลำดับ จำแนกการใช้ลักษณนามได้นา ไตส์กับฐานข้อมูลเมล็ดซิลวารุ่น 119 และจับกลุ่มเป็นกำหนดโดย 97% ในความเหมือนเพื่อลดผลกระทบของไม่เท่ากันตัวอย่างทุกตัวอย่าง swab จมูกเป็น rarefied 500 ลำดับต่อตัวอย่างและตัวอย่างอื่น ๆทั้งหมด รวมทั้งชุมชน สังเคราะห์ อุจจาระ และตัวอย่างตะกอนถูก rarefied 1000 ลำดับ ต่อ ตัวอย่าง สำหรับตัวอย่างทั้งหมด rarefaction เส้นโค้งถูกวางแผนและผกผันซิมป์สันและดัชนีความหลากหลายที่ดีของความคุ้มครองได้ ในที่สุดในสอดคล้องกับ Streptococcus สกุลภายในชุมชนสังเคราะห์ชนิดที่กำหนดระดับโดยการตรวจสอบตัวแทนลำดับกับการอ้างอิงลำดับการใช้ bionumerics รุ่น 5.10 ( คณิตศาสตร์ประยุกต์ )