To identify associations and putati

To identify associations and putative functional relationships between DEGs, cluster analysis was performed and
each cluster analyzed for over-represented GO terms. The
DEGs were grouped into 18 clusters by k-means clustering,
seven of which yielded statistically over-represented GO
terms (P < 0.05 Hochberg false discovery rate; Figure S1;
Table S10). Although many GO categories overlapped with
those identified in our time-point comparison (Table S9),
several interesting new groups were highlighted. These
included: lipase activity (cluster 5), nuclear protein import
(cluster 6) and, endo-1,4-b-xylanase activity (cluster 7).
Endo-1,4-b-xylanases are associated with cell expansion
and shape changes, and inclusion of three (of five on the ATH1 microarray) within cluster 7 suggests WUS, or
dependent processes, reduce these activities.
After 30 h of treatment with 2iP, we hoped to identify
early events in WUS-dependent LRP ? SM conversion. To
provide greater resolution of WUS-related DEGs at this
time point, we examined the transcriptome of another wus
mutant allele (GABI_870H12). GABI-KAT constructs were
designed for activation tagging, but in this line an intragenic insertion appears to drive elevated expression of a
truncated non-functional product (Methods S1). Heterozygotes yield loss-of-function wus phenotypes in approximately 25% of progeny, and these homozygous mutants
are unable to undergo LRP ? SM conversion. For comparison of the two alleles with the WT, processed data were
filtered to remove genes absent in one wus mutant allele,
but not the other. Using the LIMMA package of BIOCONDUCTOR,
a P-value threshold of

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

การระบุความสัมพันธ์ของและอ้างว่าฝาทำงานสัมพันธ์ระหว่าง DEGs การวิเคราะห์คลัสเตอร์ดำเนินการ และแต่ละคลัสเตอร์วิเคราะห์สำหรับเงื่อนไขการเป็นตัวแทนมากเกินไป การDEGs ถูกแบ่งเป็น 18 กลุ่ม โดย k-คลัสเตอร์7 ซึ่งผลทางสถิติเป็นตัวแทนมากเกินไปเงื่อนไข (P < 0.05 Hochberg ค้นพบเท็จราคา รูป S1S10 ตาราง) แม้ว่าหลายไป ประเภทเหลื่อมกับที่ระบุในการเปรียบเทียบจุดเวลาของเรา (ตาราง S9),กลุ่มใหม่ที่น่าสนใจหลายที่เน้น เหล่านี้รวม: กิจกรรมเอนไซม์ไลเปส (กลุ่ม 5) นำเข้าโปรตีนนิวเคลียร์(คลัสเตอร์ 6) และเอ็นโด 1, 4-b-ไซลาเนสกิจกรรม (กลุ่ม 7)เอ็นโด 1, 4-b-xylanases จะเกี่ยวข้องกับการขยายตัวของเซลล์และการเปลี่ยนแปลงรูปร่าง และรวมสาม (ของห้าบน ATH1 microarray) ภายในคลัสเตอร์ 7 แนะนำ WUS หรือขึ้นอยู่กับกระบวนการ ลดกิจกรรมเหล่านี้หลังจาก h 30 รักษาด้วย 2iP เราหวังว่าการระบุเหตุการณ์เริ่มต้นใน LRP WUS ขึ้น การแปลง SM ถึงให้ความละเอียดมากขึ้นเกี่ยวกับ WUS DEGs นี้เวลาจุด เราตรวจสอบ transcriptome ของ wus อื่นกลายพันธุ์อัลลีล (GABI_870H12) มีโครงสร้าง GABI-KATแต่บรรทัดนี้แทรก intragenic ออกแบบมาสำหรับการเปิดใช้งานแท็ก ปรากฏขึ้นไดรฟ์แสดงยกระดับของการตัดไม่ทำงานผลิตภัณฑ์ (วิธี S1) Heterozygotes ผลผลิตสูญเสียฟังก์ชัน wus ฟีประมาณ 25% ของลูกหลาน และสายพันธุ์หลักเหล่านี้ไม่สามารถรับ LRP การแปลง SM สำหรับการเปรียบเทียบของ alleles ที่สองกับ WT ข้อมูลที่ประมวลผลได้กรองเพื่อเอายีนขาดในหนึ่ง wus กลายพันธุ์อัลลีลแต่อื่น ๆ ไม่ ใช้แพ LIMMA ของ BIOCONDUCTORเกณฑ์ค่า P ของ < 0.05 และต่ำสุดพับเปลี่ยนของลักษณะทางพันธุกรรมที่ 1.5 ในหนึ่ง 144 DEGs ควบคุมในทำนองเดียวกัน ในทั้งกลายพันธุ์ wus alleles ที่ระบุ (S11 ตาราง) ของเหล่านี้เริ่มต้น DEGs, 21% เหลื่อมกับที่ระบุไว้ในwus ที่เราแล่นเรือน้ำหนักเปรียบเทียบ ใช้การเปลี่ยนพับตัดให้ alleles ทั้งเพิ่มซ้อน 37% ประกอบด้วย 25 และ 48% ค่า DEGs - หรือ downregulated ในการ wusกลายพันธุ์พื้นหลัง ตามลำดับ ความแตกต่างที่สังเกตได้ในซ้อนระหว่างยีนที่เพิ่มขึ้น หรือลดลงระดับของนิพจน์อาจสะท้อนถึงความแตกต่างในการทำงานของยีนที่กลายพันธุ์ แต่กลายพันธุ์ทั้งสองalleles ดูเหมือนหน้าที่คล้ายในแง่ของ LRP เอสเอ็มแปลง ชุดย่อยของ DEGs ซึ่งกันและกันจะ มีผู้ที่แข็งแกร่งสำหรับยีน WUS-ขึ้นอยู่กับการเป็นสื่อกลางLRP การพัฒนา SM สอดคล้องกับมุมมองนี้ การสัดส่วนของ WUS ให้จะอัดอั้น WUS ยีนท่ามกลาง DEGs กับนิพจน์ลงใน wus เพิ่มขึ้นในนี้เปรียบเทียบสองอัลลีล (6 รูป)