1. IntroductionObligate herbivores

1. Introduction
Obligate herbivores harbor a specialized consortia of gut microbes (Pope et al., 2012) which are essential for conversion of coarse feed into digestible compounds such as volatile fatty acids and bacterial proteins, which in-turn determines the animal productivity (Jami and Mizrahi, 2012). The rumen microbial community providing such beneficial functions is dominated by bacteria followed by anaerobic protozoa, fungi (Brulc et al., 2009 and Mackie et al., 1997) and bacteriophages (Brulc et al., 2009 and Klieve and Bauchop, 1988).

The ability to convert the coarse feed into metabolic energy is largely attributed to its polysaccharide degrading machineries. Hence, rumen fluid is an excellent sample for mining CAZymes due to its apparent selection for and evolution as a complex lignocellulosic degradation system (Brulc et al., 2009 and Mackie et al., 1997). However, the identification of these CAZymes is constrained due to the fact that the majority of microbes present in the rumen are unculturable. Further enormous functional screening of clones from metagenomic library is required for covering the entire metagenome (Qi et al., 2011 and Tilman et al., 2009). The sequencing of metagenome by massively parallel sequencing provides valuable alternative for identifying putative CAZymes (Carbohydrate Active Enzymes) from both culturable and unculturable microbes.

Free rumen liquid and solid mass of digesta in the rumen constitute the heterogeneous contents of rumen that harbor microbes producing CAZymes (Hobson, 1997). Feed particles anchorage a large proportion of ruminal microbial population (Forsberg and Lam, 1977 and Pan et al., 2000) while rumen liquid has a lesser proportion which represents a mixer of micro-organisms that have detached from the feed particles and the rest are those that feed on soluble components of the feed. However, even though microbes in fluid are present in minor proportion they play an important role in initiating the digestion of newly ingested feed particles (McAllister et al., 1994), so rumen content as a whole should be targeted for CAZyme exploration.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

1. บทนำObligate herbivores harbor จังหวัดเฉพาะไส้จุลินทรีย์ (สมเด็จพระสันตะปาปา et al., 2012) ซึ่งจำเป็นสำหรับการแปลงอาหารหยาบเป็น digestible สารประกอบระเหยกรดไขมันและโปรตีนจากแบคทีเรีย ซึ่งในเปิดกำหนดผลผลิตของสัตว์ (Jami และ Mizrahi, 2012) ชุมชนจุลินทรีย์ต่อให้ฟังก์ชันเป็นประโยชน์นั้นถูกครอบงำ โดยแบคทีเรียตาม bacteriophages (Brulc et al., 2009 และ Klieve และ Bauchop, 1988) และโพรโทซัวไม่ใช้ออกซิเจน เชื้อรา (Brulc et al., 2009 และรับเชิญและ al., 1997)ความสามารถในการแปลงอาหารหยาบในการเผาผลาญพลังงานเป็นส่วนใหญ่บันทึก polysaccharide ของเครื่องจักรลดการ ดังนั้น ต่อน้ำมันได้เป็นอย่างดีสำหรับการทำเหมืองแร่ CAZymes เป็นตัวเลือกที่ชัดเจนสำหรับและวิวัฒนาการเป็นระบบย่อยสลาย lignocellulosic ซับซ้อน (Brulc et al., 2009 และรับเชิญและ al., 1997) อย่างไรก็ตาม รหัสของ CAZymes เหล่านี้ถูกจำกัดเนื่องจากข้อเท็จจริงที่ว่าส่วนใหญ่จุลินทรีย์ที่อยู่ในการต่อเป็น unculturable เพิ่มเติม มหาศาลตรวจหน้าที่ของโคลนจากไลบรารี metagenomic จะต้องครอบคลุมทั้ง metagenome (คี et al., 2011 และ Tilman et al., 2009) ลำดับของ metagenome โดยลำดับอย่างหนาแน่นพร้อมให้ทางเลือกที่ดีสำหรับการระบุ CAZymes putative (คาร์โบไฮเดรตเอนไซม์ Active) จากจุลินทรีย์ทั้ง culturable และ unculturableต่อฟรีของเหลว และของแข็งมวลของ digesta ในการต่อประกอบเป็นเนื้อหาที่แตกต่างกันของต่อที่ท่าจุลินทรีย์ผลิต CAZymes (Hobson, 1997) แองเคอเรจอนุภาคอาหารสัดส่วนใหญ่ของ ruminal จุลินทรีย์ประชากร (Forsberg และ ลำ 1977 และแพนและ al., 2000) ในขณะที่ของเหลวต่อมีสัดส่วนน้อยกว่าซึ่งแสดงถึงการผสมของไมโครสิ่งมีชีวิตที่มีการแยกออกจากอนุภาคอาหารและส่วนเหลือ เป็นที่อาหารละลายส่วนประกอบอาหาร อย่างไรก็ตาม แม้ว่าจุลินทรีย์ในของเหลวอยู่ในสัดส่วนรอง เล่นมีบทบาทสำคัญในการย่อยอาหารของอนุภาคอาหารติดเครื่องใหม่แล้ว (McAllister et al., 1994), เพื่อต่อเนื้อหาทั้งหมดควรมีการกำหนดเป้าหมายการสำรวจ CAZyme

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

1.
บทนำสัตว์กินพืชเป็นหนี้บุญท่าเรือไพรีเฉพาะของจุลินทรีย์ในลำไส้(สมเด็จพระสันตะปาปา et al., 2012) ซึ่งมีความจำเป็นสำหรับการแปลงของอาหารหยาบกลายเป็นสารประกอบย่อยเช่นกรดไขมันระเหยและโปรตีนจากแบคทีเรียซึ่งในทางกลับกันกำหนดผลผลิตสัตว์ (Jami และมิซ 2012) ชุมชนจุลินทรีย์ในกระเพาะรูเมนให้ฟังก์ชั่นที่เป็นประโยชน์ดังกล่าวจะถูกครอบงำโดยแบคทีเรียโปรโตซัวตามมาด้วยการใช้ออกซิเจนเชื้อรา (Brulc et al., 2009 และแม็กกี้ et al., 1997) และแบคทีเรีย (Brulc et al., 2009 และ Klieve และ Bauchop, 1988) ความสามารถในการแปลงอาหารหยาบเผาผลาญเป็นพลังงานมีสาเหตุส่วนใหญ่จะย่อยสลายเครื่องจักร polysaccharide ของ ดังนั้นกระเพาะของเหลวเป็นตัวอย่างที่ดีสำหรับการทำเหมืองแร่ CAZymes เนื่องจากการเลือกที่ชัดเจนสำหรับการและวิวัฒนาการเป็นระบบที่ซับซ้อนการย่อยสลายลิกโนเซลลูโลส (Brulc et al., 2009 และแม็กกี้ et al., 1997) อย่างไรก็ตามบัตรประจำตัวของ CAZymes เหล่านี้เป็นข้อ จำกัด อันเนื่องมาจากความจริงที่ว่าส่วนใหญ่ของจุลินทรีย์ที่อยู่ในกระเพาะรูเมนที่มี unculturable การตรวจคัดกรองการทำงานเพิ่มเติมมหาศาลของโคลนจากห้องสมุด Metagenomic เป็นสิ่งจำเป็นสำหรับครอบคลุม metagenome ทั้งหมด (Qi et al., 2011 และ Tilman et al., 2009) ลำดับของ metagenome โดยลำดับขนานอย่างหนาแน่นให้ทางเลือกที่มีคุณค่าสำหรับการระบุ CAZymes สมมุติ (คาร์โบไฮเดรตเอนไซม์ที่ใช้งาน) จากทั้งจุลินทรีย์ culturable และ unculturable. ของเหลวในกระเพาะรูเมนฟรีและมวลที่มั่นคงของ digesta ในกระเพาะรูเมนเป็นเนื้อหาที่แตกต่างกันของกระเพาะที่ท่าเรือจุลินทรีย์ผลิต CAZymes ( ฮอบสัน, 1997) อนุภาคฟีดทอดสมอเป็นสัดส่วนใหญ่ของประชากรจุลินทรีย์ในกระเพาะรูเมน (Forsberg และลำปี 1977 และแพน et al., 2000) ในขณะที่ของเหลวในกระเพาะรูเมนมีสัดส่วนที่น้อยกว่าซึ่งหมายถึงการผสมของสิ่งมีชีวิตขนาดเล็กที่มีการถอดออกจากอนุภาคฟีดและส่วนที่เหลือเป็นที่ ผู้ที่กินอาหารที่ละลายน้ำส่วนประกอบของอาหาร อย่างไรก็ตามแม้ว่าจุลินทรีย์ในน้ำที่มีอยู่ในสัดส่วนที่เล็ก ๆ น้อย ๆ ที่พวกเขามีบทบาทสำคัญในการริเริ่มการย่อยอาหารของกินใหม่อนุภาคฟีด (McAllister et al., 1994) ดังนั้นกระเพาะเนื้อหาโดยรวมควรจะกำหนดเป้าหมายสำหรับการสำรวจ CAZyme

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

1 . บทนำ
บังคับสัตว์กินพืชท่าเรือเฉพาะ consortia ของจุลินทรีย์ดี ( สมเด็จพระสันตะปาปา et al . , 2012 ) ซึ่งเป็นสิ่งจำเป็นสำหรับการเปลี่ยนแปลงของอาหารหยาบเป็นสารประกอบที่ย่อย เช่น กรดไขมันระเหยได้ และโปรตีนจากแบคทีเรีย ซึ่งจะเป็นตัวสัตว์ การผลิต ( เจมี่ และ มิสราฮี , 2012 )อาหารของจุลินทรีย์ในชุมชนให้ฟังก์ชันประโยชน์ดังกล่าวเป็น dominated โดยแบคทีเรียตามด้วยแอโรบิค โปรโตซัว เชื้อรา ( brulc et al . , 2009 และแม็กกี้ et al . , 1997 ) และแบคทีริโอฟาดจ์ ( brulc et al . , 2009 และ klieve และ bauchop , 1988 ) .

ความสามารถในการแปลงอาหารหยาบในการเผาผลาญพลังงาน ส่วนใหญ่เป็น เกิดจากการสลายของโพลีแซคคาไรด์ ไบเทค ดังนั้นอาหารเหลวเป็นอย่างยอดเยี่ยมสำหรับเหมืองแร่ cazymes เนื่องจากความชัดเจนสำหรับการเลือก และวิวัฒนาการเป็นระบบการย่อยสลาย lignocellulosic ซับซ้อน ( brulc et al . , 2009 และแม็กกี้ et al . , 1997 ) อย่างไรก็ตาม การ cazymes เหล่านี้เป็นข้อ จำกัด เนื่องจากความจริงที่ว่าส่วนใหญ่ของจุลินทรีย์ที่มีอยู่ในอาหารมี unculturable .อีกมหาศาลการทำงานคัดกรองของโคลนจากห้องสมุดเมตาจีโนมิคเป็นสิ่งจำเป็นสำหรับครอบคลุม metagenome ทั้งหมด ( ฉี et al . , 2011 และทิลมัน et al . , 2009 ) การจัด metagenome โดยขนาน massively จัดลำดับให้คุณค่าทางเลือกสำหรับการระบุซึ่ง cazymes ( คาร์โบไฮเดรตเอนไซม์ที่มีฤทธิ์ ) ทั้งจาก culturable unculturable

และจุลินทรีย์อาหารฟรีของเหลวและมวลของของแข็ง digesta ในอาหารเป็นเนื้อหาที่แตกต่างกันทั้งหมดที่ท่าเรือจุลินทรีย์ผลิต cazymes ( ฮอบสัน , 1997 ) ป้อนอนุภาค Anchorage สัดส่วนขนาดใหญ่ของประชากรจุลินทรีย์ในกระเพาะรูเมน ( ฟอร์สเบิร์ก และ ในปี 1977 และกระทะ et al . ,2000 ) ในขณะที่อาหารเหลวได้น้อยกว่า ซึ่งแสดงถึงสัดส่วนผสมของจุลินทรีย์ที่แยกจากอาหารอนุภาคและที่เหลือเป็นผู้ที่กินส่วนประกอบปริมาณของอาหาร อย่างไรก็ตาม แม้ว่า จุลินทรีย์ในน้ำมีอยู่ในสัดส่วนเล็กน้อย พวกเขามีบทบาทสำคัญในการ ย่อยอาหารที่เพิ่งกินอนุภาค ( McAllister et al . , 1994 )ดังนั้นเนื้อหาของแต่ละอย่างควรมีเป้าหมายเพื่อสำรวจ cazyme .