วิธีการเก็บเกี่ยวผลิตผลแบ่งออกเป็น 3 วิธีคือ การเก็บเกี่ยวโดยใช้แรงคน การเก็บเกี่ยวโดยใช้เครื่องจักรกล และการเก็บเกี่ยวโดยใช้สัตว์ช่วยเก็บเกี่ยว
1) การเก็บเกี่ยวโดยใช้แรงงานคน เป็นการเก็บเกี่ยวโดยการใช้มือคนเก็บเกี่ยวผลิตผล ซึ่งมีทั้งการใช้มือเพียงอย่างเดียว และ การใช้อุปกรณ์ช่วยในการเก็บเกี่ยว การใช้มือในการเก็บเกี่ยวเพียงอย่างเดียวนั้น ได้แก่การใช้มือปลิดผลไม้ นิยมใช้กับผลิตผลที่ต้นไม่สูงนัก และมีการสร้างเนื้อเยื่อแอบซิสชัน (abscission layer) ขึ้นแล้ว ผลจะหลุดออกจากต้นโดยง่าย ส่วนการใช้อุปกรณ์ช่วยในการเก็บเกี่ยวนั้นเป็นการเพิ่มประสิทธิภาพในการเก็บเกี่ยว ทำให้สามารถเก็บเกี่ยวผลิตผลได้สะดวกและรวดเร็วยิ่งขึ้น อุปกรณ์ที่ใช้ช่วยในการเก็บเกี่ยวมีอยู่มากมายหลายชนิด เช่น การใช้เคียวหรือแกระเก็บเกี่ยวข้าว การใช้มีดหรือกรรไกรเก็บเกี่ยวผลิตผลพืชสวน เช่น กล้วย ลองกอง หรืออุปกรณ์ที่ช่วยในการตัดอื่นๆ ซึ่งต้องมีความคม เพื่อทำให้เกิดบาดแผลหรือความบอบช้ำน้อยที่สุด ถ้าหากผลิตผลอยู่สูงหรืออยู่ปลายกิ่ง หรือต้นมีหนาม เก็บเกี่ยวด้วยมือไม่สะดวก การใช้ตะกร้อจะเป็นประโยชน์อย่างมากและทำงานได้เร็วกว่าการใช้มือ มีด หรือกรรไกร ต้นไม้ที่มีพุ่มหนาทึบ กิ่งเล็กฉีกขาดง่ายคนปีนไม่ได้ การใช้บันไดหรือพะองจะช่วยให้ผู้เก็บเกี่ยวใช้มือ มีดหรือกรรไกรเก็บเกี่ยวผลผลิตได้สะดวกขึ้น
2) การเก็บเกี่ยวโดยใช้เครื่องจักรกล ปัจจุบันการใช้เครื่องจักรกลเริ่มเข้ามามีบทบาทในการเก็บเกี่ยวผลิตผล เนื่องจากปัญหาแรงงานหายากและราคาสูง โดยเฉพาะในประเทศที่พัฒนาแล้วหลายๆ ประเทศ ส่วนใหญ่แล้วเครื่องจักรกลนิยมใช้กับผลิตผลที่มีความทนทานต่อการตกกระทบและเก็บเกี่ยวได้พร้อมกันทั้งต้น และเหมาะกับผลิตผลที่เก็บเกี่ยวเพื่อแปรรูปในโรงงาน สำหรับผลิตผลรับประทานสดส่วนใหญ่ยังคง เก็บเกี่ยวด้วยแรงงานคนอยู่ เนื่องจากเครื่องจักรไม่สามารถแยกแยะความอ่อนแก่ของผลผลิตได้ และการเก็บเกี่ยวไม่ประณีตเพียงพอ ดังนั้นการเก็บเกี่ยวโดยการใช้เครื่องจักรกลอย่างเดียว จึงนิยมใช้ในผลิตผลพืชไร่ เช่น อ้อย ข้าว และผลิตผลพืชสวนที่เก็บเกี่ยวเพื่อแปรรูปในโรงงานเป็นส่วนใหญ่ เช่น สับปะรด มะเขือเทศ เป็นต้น
3) การเก็บเกี่ยวโดยใช้สัตว์ช่วยเก็บเกี่ยว จากปัญหาในเรื่องแรงงาน และความยากลำบากในการเก็บเกี่ยวผลผลิตบางชนิด เช่น มะพร้าว ทำให้เกิดธุรกิจการฝึกหัดลิงทางใต้ให้รู้จักปีนต้นมะพร้าว โดยลิงสามารถเลือกผลที่มี ความบริบูรณ์โดยใช้มือและเท้าบิดก้านผล จนก้านผลขาดและตกลงมายังพื้นดิน เมื่อทำเสร็จต้นหนึ่งก็สามารถกระโดดข้ามไปเก็บผลิตผลต้นใหม่ได้ เพราะถูกฝึกให้ทำงานและรับประทานอาหารให้เป็นเวลาเช่นเดียวกับคน