To isolate the pathogen, the remain

To isolate the pathogen, the remainder of the BPW cultures of the PCR-positive samples were streaked onto deoxycholate-hydrogen sulfide-lactose agar (Eiken Chemical Co., Tokyo, Japan) and incubated at 37°C overnight. Presumptive E. albertii colonies (50–100/sample) were isolated on nutrient agar plates (Eiken Chemical Co.) and incubated at 37°C overnight. The isolates were then re-tested using the PCR method described above. The confirmed PCR-positive isolates were then examined for fermentation of glucose, motility and hydrogen sulfide production on triple-sugar iron agar (Eiken Chemical Co.) and sulfide indole motility medium agar (Eiken Chemical Co.)



Isolates with positive glucose fermentation, negative motility and negative hydrogen sulfide production test results were then confirmed as E. albertii using multi locus sequence typing (MLST) as previously described [9]. Sequences of isolates in the present study were submitted to MLST databases run by the University of Warwick (http://mlst.warwick.ac.uk/mlst/, accessed 5th October, 2014), and isolates were assigned sequence types (ST) defined by the database (http://mlst.warwick.ac.uk/mlst/dbs/Senterica/GetTableInfo_html). Allele sequences for each isolate were then concatenated in the order adk − fumC − gyrB − icd − mdh − purA − recA, for a final composite length of 3,423 bp. The concatenated sequences were aligned using ClustalW [21], and a phylogenetic tree was constructed using the neighbor-joining method in MEGA5 software [20] to compare the results with other published STs.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

จะแยกศึกษา ส่วนเหลือของวัฒนธรรมสมาคมฯ อย่างบวก PCR ได้ลายบน deoxycholate ไฮโดรเจนซัลไฟด์แล็กโทส agar (Eiken เคมี จำกัด โตเกียว ญี่ปุ่น) และ incubated ที่ 37° C ค้างคืน Presumptive E. albertii อาณานิคม (50 – 100/ตัว อย่าง) ถูกแยกต่างหากบนแผ่นธาตุอาหาร agar (Eiken เคมี จำกัด) และ incubated ที่ 37° C ค้างคืน แยกแล้วอีกครั้งทดสอบโดยใช้วิธี PCR ที่อธิบายข้างต้น แยก PCR บวกยืนยันได้ตรวจสอบแล้วสำหรับหมักน้ำตาลกลูโคส motility และไฮโดรเจนซัลไฟด์ผลิตน้ำตาลทริปเปิ้ลเหล็ก agar (Eiken เคมี จำกัด) และซัลไฟด์อินโดล motility ปานกลาง agar (Eiken เคมี จำกัด)แยกหมักกลูโคสบวก ลบ motility และผลการทดสอบผลิตไฮโดรเจนซัลไฟด์ลบได้แล้วยืนยันเป็น E. albertii ใช้หลายโลกัสโพลลำดับพิมพ์ (MLST) อธิบายไว้ว่า ก่อนหน้านี้ [9] ลำดับของแยกในการศึกษาปัจจุบันส่งมาที่ฐานข้อมูล MLST โดยมหาวิทยาลัยของวอร์ริค (http://mlst.warwick.ac.uk/mlst/ เข้าถึง 5 ตุลาคม 2014), และแยกให้กับชนิดลำดับ (เซนต์) กำหนด โดยฐานข้อมูล (ส่วน http://mlst.warwick.ac.uk/mlst/dbs/Senterica/GetTableInfo_html) Allele ลำดับสำหรับแต่ละแยกได้เชื่อมรวมอยู่แล้วในการสั่ง adk − fumC − gyrB − icd − mdh −ปุระ− recA สำหรับความยาวรวมสุดท้ายของ 3,423 bp มีจัดลำดับต่อใช้ ClustalW [21], และต้นไม้ phylogenetic ถูกสร้างขึ้นโดยใช้วิธีการรวมเพื่อนบ้านในซอฟต์แวร์ MEGA5 [20] การเปรียบเทียบผลลัพธ์กับ STs อื่น ๆ เผยแพร่

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

เพื่อแยกเชื้อโรคส่วนที่เหลือของ BPW วัฒนธรรมของ PCR บวกตัวอย่างลายลงดี กซีโชเลต ไฮโดรเจนซัลไฟด์ แลคโตส ( eiken Chemical Co . , โตเกียว , ญี่ปุ่น ) และบ่มที่ 37 ° C ในชั่วข้ามคืน อาจจะเป็นไปได้ . albertii อาณานิคม ( 50 – 100 / ตัวอย่าง ) ถูกแยกบนแผ่น NUMB3RS ( eiken Chemical Co . ) และบ่มที่ 37 ° C ในชั่วข้ามคืนแยกได้เป็นแล้วทดสอบโดยใช้วิธีพีซีอาร์ที่อธิบายข้างต้น ได้รับการยืนยันจากทางไอโซเลทแล้วตรวจสอบสำหรับการหมักกลูโคส การเคลื่อนที่และการผลิตก๊าซไฮโดรเจนซัลไฟด์ใน Triple ตาลเหล็ก ( eiken Chemical Co . ) และซัลไฟด์อินโดลส่วนกลาง ( eiken Chemical Co . )



แยกบวกน้ำตาลหมักการเคลื่อนที่และลบลบการทดสอบการผลิตไฮโดรเจน ซัลไฟด์ ผลลัพธ์ที่ได้ก็ยืนยันว่าเป็นเช่น albertii โดยใช้ลำดับความเชื่อหลายพิมพ์ ( mlst ) ตามที่อธิบายไว้ก่อนหน้านี้ [ 9 ] ลำดับของสายพันธุ์ในการศึกษาได้ถูกส่งไปยัง mlst ฐานข้อมูลที่ดำเนินการโดยมหาวิทยาลัยวอร์วิก ( http://mlst.warwick.ac.uk/mlst/ เข้าถึง 5 ตุลาคม 2014 )และจำนวนที่ได้รับมอบหมาย และลำดับ ( ST ) นิยามโดยฐานข้อมูล ( http : / / mlst . Warwick . ac.uk / mlst / อื่นๆ / senterica / gettableinfo_html ) ในลำดับสำหรับแต่ละแยก แล้วตัดแบ่งในการสั่งซื้อ adk −−−− FUMC gyrb ICD MDH −ปุระ−รีก้า , ความยาวรวมสุดท้ายของ 3423 BP . การตัดแบ่งลำดับชิดใช้ clustalw [ 21 ]และ phylogenetic ต้นไม้ถูกสร้างโดยใช้วิธีการเพื่อนบ้านเข้าร่วมใน mega5 ซอฟต์แวร์ [ 20 ] เปรียบเทียบกับอื่น ๆเผยแพร่ STS .