MethodsDataFull details on the diff

Methods

Data

Full details on the different data sets used in the data analysis and model simulations can be found in the Text S1. For the modelling, livestock movement data for England and Wales in 2008 from both CTS and AMLS was used. Movements to slaughter were removed. CTS movements were batched, where individual movements with the same dates, departure and destination holdings were grouped together; AMLS data is already in a batch format. Holding location data (such as CPH, holding type and easting/northing co-ordinates) also came from AMLS and CTS whilst holding population data came from the 2008 census.

Model

The model [3] was individual-based at the level of the holding, and stochastic. Holdings were described by their dates of becoming exposed, infectious via movements, infectious via local spread, and removed, determined by the timings of movements and local spread events. Based on these dates, the holdings could be classed into one of the four states:

S - These are holdings without exposed or infectious animals.
H - These are farms containing animals exposed to infection, but with all these animals subject to isolation (triggered by the movement of animals onto the farm) until the movement restriction period has elapsed. The movement restriction period is 20 days for pigs, whereas for sheep and cattle, it is 6 days for England and Wales, and 13 days for Scotland [8]. These holdings do not constitute a source of further infection by either movement or local spread.
E - These holdings are similar to H, except with exposed animals not under movement restriction (e.g. it was infected by local spread), thus constituting a risk of further infection through off movements. These holdings are not yet infectious by local spread, but off-movements can carry exposed animals. A latent period of 3 days was used, within the range given by [6].
I - These are holdings containing infectious animals, after the latent period, which are a source of infection by both off-movement and local spread. FMD can spread rapidly within a population, infecting whole herds of cattle or pigs within one cycle of infection (ca 3 days). Therefore, we consider the entire holding as potentially infectious within this period after exposure [13].
Once infected, farms are assumed to remain infectious until the end of the simulation. Markets, however, are assumed to be disinfected and not continually occupied by livestock. Therefore in the model, infected markets re-enter the S state at the end of the following day, to allow for single overnight stays of livestock.

Epidemics were seeded by selecting a fixed small number of holdings (5 seeds are selected) from those with off-movements on the first day of the simulation. These are set to be infectious on this day. Consistent with the 2001 epidemic (e.g. [6]), the simulations were run for 28 days, beyond which it is assumed unlikely that an epidemic could persist without being identified. For the Pan Asia strain of FMD, clinical signs in cattle and pigs are typically detected quickly; it is more difficult to detect infection in sheep, but these are also less susceptible [14].

If a holding is exposed or infected, there are three ways in which the disease can spread to other holdings:

Movements: Only movements from exposed (E) or infected (I) holdings or markets can cause infection, and the risk of infection is assumed higher for movements of large numbers of animals. Different probabilities of infection, which are then weighted by the number of animals moved, are assumed for the movements of sheep compared to movements of cattle or pigs; movements of cattle or pigs from an infected holding are all assumed to be potentially infectious, whilst movements of sheep from an infected holding have a lower probability of infection. Furthermore, different probabilities of infection are assumed for movements from an infected market, as such movements are less certain to be infectious than those from an infected holding. Thus, for movements off a market (in the E or I state), μ was set at μm_sheep = 0.004 for sheep and μm_other = 0.02 for cattle and pigs. For other movements, we assumed a value of μother = 1.0 for cattle and pigs (all movements are potentially infectious) and μsheep = 0.02 for sheep. These movement parameters were based on the 2001 FMD epidemic and analysis of movements from infected holdings that resulted in infection spread [3].
Local Spread: Local spread unrelated to known movements from infected (I) holdings was modelled using a constant rate of generation of new infected holdings per day per infected holding β = 0.065. Local spread is assumed to be a combination of factors, including human and vehicle movements, possible airborne spread and nose-to-nose contact of livestock across boundaries. On each simulation day, a number of infectious contacts were selected for each infectious holding from a Poisson distribution with mean β, without replacement, considering only holdings reported as containing livestock in the agricultural census (or redistributed SOA population). Contacts were limited to a 10 km radius, and weighted according to distance d by p~e−ad, where a = 0.5 km−1. These local parameters were based on 2001 FMD epidemic sizes [3], [15]. Susceptible contacts become exposed on the current day of simulation. Infection by local spread negated the effect of any imposed standstill, and off movements from infected holdings were considered to potentially contain exposed animals.
Intra-SOA spread: Although movements within an SOA now need to be reported, very few within-SOA movements are recorded. This could be due to confusion on reporting requirements. Therefore, if one member of an SOA becomes infected, we assume that the rest may be infected too, due to unrecorded movements of infectious animals within the SOA. Upon infection of a holding on a given day, the model (optionally) identifies any other holdings within the same SOA, these then become infected and gain the same date of exposure as the source holding, but only become a source of further infection on the subsequent day (the day after the initial holding in SOA became infected), to allow time for distribution of animals within the SOA. In addition to the above, “one infected – all infected” option for within SOA spread, two other options for intra-SOA spread are available. In the model, all SOAs that were active on 01/01/2008 were considered in simulations throughout 2008. For CTS Links, all links that were active on 01/01/2008 were considered. These were then amalgamated into CTS Chains of linked holdings to form SOA like groups to create a worse case scenario of one infected – all infected in the CTS Chain. Three linked holding scenarios were considered in the model: (1) SOAs only; (2) CTS Links only, and (3) SOAs and CTS Links.
Epidemic simulations were run with starting times varied across the 2008 at 14-day intervals and repeated simulation at each starting point (simulations were repeated 400 times). The exact start day used in each simulation was subject to up to 14 days of jitter (i.e. a random value of up to 14 days is added to the defined start day to examine that period of the year rather than that specific day), in order to avoid unusual properties that might be associated with a single day. The distribution and prevalence of each 28-day simulated epidemic were recorded and divided by the number of seeds used.

Network Analysis

For the network analysis, a directed network of 73,926 nodes (premises) and 317,816 directed edges (movements) were created from the GB cattle movements for 2008, excluding movements to slaughter; markets were considered for this analysis and treated as farms. The shortest path between all pairs of connected nodes was then calculated, saving the source and destination nodes of the path. CTS Links active on 01/01/2008 were then added to the network as bi-directional edges, increasing the number of nodes and edges in the network by 20% and 4% respectively. The shortest path length between the saved pairs of source/destination nodes was then re-calculated in this expanded network.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

วิธีการข้อมูลรายละเอียดทั้งหมดในชุดข้อมูลต่าง ๆ ที่ใช้ในการจำลองสถานการณ์การวิเคราะห์และรูปแบบข้อมูลที่สามารถพบได้ใน S1 ข้อความ สำหรับแบบจำลอง มีใช้ข้อมูลความเคลื่อนไหวของปศุสัตว์ในอังกฤษและเวลส์ในปี 2008 จาก CTS และ AMLS ย้ายไปฆ่าถูกเอาออก CTS เคลื่อนไหวได้แบบชุด ซึ่งแต่ละการเคลื่อนไหว ด้วยวันเดียวกัน โฮลดิ้งเดินทางและปลายทางมีอยู่ด้วยกันกลุ่ม AMLS ข้อมูลอยู่ในรูปแบบชุด เก็บข้อมูลตำแหน่งที่ตั้ง (เช่น CPH ถือจรรยาบรรณร่วมชนิดและ easting/northing) นอกจากนี้ยังมาจาก AMLS และ CTS ในขณะเก็บข้อมูลประชากรมาจากสำนึก 2008แบบจำลองรูปแบบ [3] เป็นบุคคลตามระดับของการจัด และแบบเฟ้นสุ่ม โฮลดิ้งได้อธิบายของพวกเขาที่กลายเป็นสัมผัส โรคติดเชื้อผ่านการเคลื่อนไหว โรคติดเชื้อผ่านมาท้องถิ่น และลบ ตามกำหนดเวลาของการเคลื่อนไหวและเหตุการณ์แพร่กระจายภายในเครื่อง ตามวันเหล่านี้ โฮลดิ้งที่สามารถจะ classed เป็นอเมริกาสี่อย่างใดอย่างหนึ่ง:S - นี่คือโฮลดิ้งโดยไม่สัมผัส หรือติดเชื้อสัตว์H - เหล่านี้เป็นฟาร์มที่ประกอบด้วยสัตว์แสดงการติดเชื้อ แต่กับสัตว์เหล่านี้ทั้งหมดต้องแยก (ทริกเกอร์ โดยการเคลื่อนที่ของสัตว์บนฟาร์ม) จนถึงการเคลื่อนไหว จำกัดรอบระยะเวลาได้ผ่านไป รอบระยะเวลาจำกัดการเคลื่อนไหวได้ 20 วันสำหรับสุกร สำหรับวัวและแกะ มันเป็นวันที่ 6 ในอังกฤษและเวลส์ และ 13 วันสกอตแลนด์ [8] โฮลดิ้งจำกัดเหล่านี้เป็นแหล่งของการติดเชื้อ โดยการเคลื่อนไหวหรือแพร่กระจายภายในเครื่องE โฮลดิ้งจำกัดจะคล้ายกับ H ยกเว้น ด้วยสัมผัสสัตว์ไม่อยู่ภายใต้ความเคลื่อนไหวของข้อจำกัด (เช่นมันถูกเชื้อแพร่กระจายภายในเครื่อง), ดังนั้น ค่าความเสี่ยงต่อการติดเชื้อผ่านออกเคลื่อนไหว โฮลดิ้งเหล่านี้ยังไม่ติดเชื้อ โดยการแพร่กระจายภายในเครื่อง ได้ปิดการเคลื่อนไหวสามารถบรรทุกสัตว์สัมผัส ระยะ latent 3 วันใช้ ภายในช่วงที่กำหนด [6]ฉัน - ได้แก่โฮลดิ้งที่ประกอบด้วยสัตว์ติดเชื้อ หลังจากระยะ latent ซึ่งเป็นแหล่งของการติดเชื้อแพร่กระจายออกจากขบวนการ และท้องถิ่นโดย การ FMD สามารถแพร่กระจายอย่างรวดเร็วภายในประชากร ติดทั้งฝูงโคกระบือหรือสุกรภายในหนึ่งรอบของการติดเชื้อ (ca 3 วัน) ดังนั้น เราสามารถพิจารณาทั้งหมดถือว่าอาจติดเชื้อระยะหลังแสง [13]เมื่อติดเชื้อ ฟาร์มจะถือว่ายังติดเชื้อจนถึงจุดสิ้นสุดของการจำลอง ตลาด อย่างไรก็ตาม จะถือว่าเป็นการฆ่าเชื้อ และไม่ต่อเนื่องรองรับปศุสัตว์ ดังนั้น ในรุ่น ติดตลาดใหม่ป้อนสถานะ S ที่ส่วนท้ายของวันต่อไปนี้ เพื่อให้พรรณไม้หลากหลายชนิดเดียวอยู่ของปศุสัตว์โรคระบาดที่ seeded โดยเลือกขนาดเล็กจำนวนการถือครอง (เมล็ดพืช 5 เลือก) จากผู้ออกเคลื่อนไหวในวันแรกของการจำลอง เหล่านี้จะตั้งค่าไว้ให้ติดเชื้อในวันนี้ สอดคล้องกับโรคระบาด 2001 (เช่น [6]), จำลองที่ถูกเรียกใช้สำหรับ 28 วัน ซึ่งจะถือว่าไม่ว่า โรคระบาดอาจคงอยู่ โดยไม่มีการระบุไว้ สำหรับสายพันธุ์เอเชียแพนของ FMD อาการทางคลินิกในโคกระบือและสุกรโดยทั่วไปพบได้อย่างรวดเร็ว จึงยากต่อการตรวจหาเชื้อในแกะ แต่เหล่านี้จะไวต่อน้อย [14]ถ้าถือแบบสัมผัส หรือติดเชื้อ มีสามวิธีที่โรคนี้สามารถแพร่กระจายไปยังโฮลดิ้งอื่น ๆ:ย้าย: ย้ายเฉพาะจากการสัมผัส (E) หรือติดเชื้อ (I) โฮลดิ้งจำกัด หรือตลาดอาจทำให้เกิดการติดเชื้อ และความเสี่ยงติดเชื้อสันนิษฐานสูงกว่าสำหรับความเคลื่อนไหวของสัตว์จำนวนมาก กิจกรรมต่าง ๆ ของเชื้อ ซึ่งแล้วจะถ่วงน้ำหนัก ด้วยจำนวนสัตว์ย้าย จะถือว่ามีการเคลื่อนไหวเมื่อเทียบกับความเคลื่อนไหวของวัวหรือหมู แกะ ความเคลื่อนไหวของโคกระบือหรือสุกรจากการติดเชื้อถือจะทั้งหมดถือว่าอาจติดเชื้อ ในขณะที่ความเคลื่อนไหวของแกะจากการติดเชื้อถือได้น่าติดเชื้อต่ำกว่า นอก กิจกรรมต่าง ๆ ของเชื้อจะถือว่ามีการเคลื่อนไหวของตลาดการติดเชื้อ เช่นเคลื่อนไหวมีน้อยบางจะติดเชื้อกว่านั้นจากการติดเชื้อถือ ดังนั้น การเคลื่อนไหวปิดตลาด (ในตัว E หรือ I รัฐ), μถูกตั้งค่าที่ μm_sheep = 0.004 แกะและ μm_other = 0.02 สำหรับโคกระบือและสุกร สำหรับความเคลื่อนไหวอื่น ๆ เราสมมติค่า μother = 1.0 สำหรับโคกระบือ และสุกร (ความเคลื่อนไหวทั้งหมดนี้อาจติดเชื้อ) และ μsheep = 0.02 สำหรับแกะ พารามิเตอร์เหล่านี้เคลื่อนไหวได้ตามโรคระบาด FMD 2001 และการวิเคราะห์ความเคลื่อนไหวจากการถือครองที่ติดไวรัสที่ทำให้เกิดการติดเชื้อแพร่กระจาย [3]แพร่กระจายภายในเครื่อง: แพร่กระจายภายในที่เกี่ยวข้องกับการย้ายชื่อดังจากการติดเชื้อ (I) โฮลดิ้งได้คือ แบบจำลองโดยใช้อัตราคงที่ของรุ่นใหม่โฮลดิ้งติดไวรัสต่อวันต่อβถือติดไวรัส = 0.065 กระจายภายในถือเป็นการรวมกันของปัจจัยต่าง ๆ รวมถึงความเคลื่อนไหวของบุคคลและยานพาหนะ การแพร่กระจายทางอากาศได้ และจมูกจมูกติดต่อของปศุสัตว์ในขอบเขต ในแต่ละวันจำลอง จำนวนติดเชื้อติดต่อได้เลือกสำหรับแต่ละโฮลดิ้งที่ติดเชื้อจากปลากระจายกับβหมายถึง ไม่เปลี่ยน พิจารณาถือครองเฉพาะรายงานประกอบด้วยปศุสัตว์ในสำมะโนเกษตร (หรือ redistributed SOA ประชากร) ติดต่อจำกัดเพื่อรัศมี 10 กิโลเมตร และถ่วงน้ำหนักตามระยะ d โดย p ~ e−ad ซึ่งเป็น = 0.5 km−1 พารามิเตอร์เหล่านี้ท้องถิ่นถูกใช้ 2001 FMD เรื้อรังขนาด [3], [15] ติดต่อไวต่อกลายเป็นสัมผัสในวันปัจจุบันของจำลอง โดยแพร่กระจายภายในเครื่อง negated ผลของการติดตาม และปิดความเคลื่อนไหวจากการถือครองที่ติดไวรัสได้ถืออาจประกอบด้วยสัมผัสสัตว์อินทรา SOA แพร่กระจาย: แม้ว่าความเคลื่อนไหวภายใน SOA ตอนนี้ต้องรายงาน มีบันทึกความเคลื่อนไหวภายใน SOA น้อยมาก อาจเป็น เพราะความสับสนเกี่ยวกับความต้องการรายงาน ดังนั้น ถ้าสมาชิกหนึ่งของ SOA จะติดเชื้อ เราสมมติว่า ส่วนที่เหลืออาจติดมากเกินไป เนื่องจากสัตว์ที่ติดเชื้อภายใน SOA ที่ unrecorded ย้าย เมื่อติดเชื้อถือในวันที่กำหนด รูปแบบ (หรือ) ระบุโฮลดิ้งอื่น ๆ ภายใน SOA กัน เหล่านี้ แล้วติดเชื้อ และได้รับวันเดียวกันของแสงเป็นถือแหล่ง แต่เท่านั้น กลายเป็น แหล่งของการติดเชื้อเพิ่มเติมในวันต่อมา (วันหลังจากการจัดเริ่มต้นใน SOA กลายเป็นติดเชื้อ), ให้เวลาสำหรับการกระจายของสัตว์ภายใน SOA นอกจากข้างต้น "หนึ่งติดเชื้อ – ทั้งหมดติดเชื้อ" ตัวเลือกสำหรับภายใน SOA แพร่กระจาย สองสำหรับแพร่กระจาย SOA อินทรามีการ ในแบบจำลอง SOAs ทั้งหมดที่ใช้งานอยู่บน 01/01/2008 ได้ถือจำลองตลอดทั้งปี 2008 เชื่อมโยง CTS มีพิจารณาเชื่อมโยงทั้งหมดที่ใช้งานอยู่บน 01/01/2008 เหล่านี้ได้แล้วประสมเป็นโซ่ CTS ของโฮลดิ้งเชื่อมโยงฟอร์ม SOA เช่นกลุ่มสร้างสถานการณ์สมมติกรณีแย่หนึ่งติดเชื้อ – ทั้งหมดที่ติดเชื้อในสาย CTS 3 เชื่อมโยงจับสถานการณ์ถูกพิจารณาในแบบจำลอง: SOAs (1) เท่านั้น (2) CTS ลิงค์เท่านั้น และ (3) SOAs และลิงค์ CTSติดต่อจำลองถูกเรียกใช้ ด้วยเวลาที่แตกต่างกันระหว่าง 2008 ในช่วง 14 วันและจำลองซ้ำในแต่ละจุดเริ่มต้นเริ่มต้น (จำลองถูกซ้ำถึง 400 เท่า) วันเริ่มต้นที่แน่นอนที่ใช้ในการจำลองแต่ละถูกต้อง (เช่นค่าสุ่มถึง 14 วันเพิ่มวันกำหนดเริ่มต้นการตรวจสอบว่ารอบระยะเวลาของปีแทนที่เป็นวันที่ระบุ), กระวนกระวายใจถึง 14 วันเพื่อหลีกเลี่ยงคุณสมบัติผิดปกติที่อาจเกี่ยวข้องกับวันเดียวกัน กระจายการชุกของโรคระบาดจำลองแต่ละวัน 28 ถูกบันทึก และแบ่งตามจำนวนเมล็ดที่ใช้การวิเคราะห์เครือข่ายสำหรับการวิเคราะห์เครือข่าย เครือข่ายโดยตรงโหน 73,926 (สถานที่) และ 317,816 โดยตรงขอบ (เคลื่อนไหว) สร้างขึ้นจากย้ายวัว GB 2551 ไม่รวมการฆ่า การเคลื่อนไหว ตลาดได้ถือว่าการวิเคราะห์นี้ และถือว่าเป็นฟาร์ม เส้นทางสั้นที่สุดระหว่างคู่ของโหนที่เชื่อมต่อได้แล้วคำนวณ บันทึกโหนแหล่งที่มาและปลายทางของเส้นทาง CTS เชื่อมโยงใช้งาน 01/01/2008 ถูกเพิ่มไปยังเครือข่ายเป็นขอบทิศ เพิ่มหมายเลขของโหนดและขอบในเครือข่าย โดย 20% และ 4% ตามลำดับด้วย อีกครั้งแล้วมีคำนวณความยาวเส้นทางสั้นที่สุดระหว่างคู่บันทึกของต้นทางปลายทางโหนดในเครือข่ายนี้ขยาย

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

วิธีการข้อมูลรายละเอียดเกี่ยวกับชุดข้อมูลที่แตกต่างกันที่ใช้ในการวิเคราะห์ข้อมูลและการจำลองรูปแบบสามารถพบได้ในข้อความS1 สำหรับการสร้างแบบจำลองข้อมูลการเคลื่อนไหวปศุสัตว์ในอังกฤษและเวลส์ในปี 2008 ทั้งจาก CTS และ AMLS ถูกนำมาใช้ เคลื่อนไหวไปฆ่าที่ถูกถอดออก การเคลื่อนไหวของ CTS ถูก batched ที่การเคลื่อนไหวของบุคคลที่มีวันเดียวกันเดินทางและการถือครองปลายทางได้รับการรวมกลุ่มกัน; ข้อมูล AMLS ที่มีอยู่แล้วในรูปแบบชุด โฮลดิ้งข้อมูลสถานที่ (เช่น CPH ประเภทถือครองและ easting / Northing พิกัด) นอกจากนี้ยังมาจาก AMLS และ CTS ในขณะที่การถือครองข้อมูลประชากรมาจากปี 2008 การสำรวจสำมะโนประชากร. รุ่นรุ่น [3] ได้รับของแต่ละบุคคลที่ใช้ในระดับของการถือครอง และสุ่ม โฮลดิ้งได้รับการอธิบายโดยวันของพวกเขากลายเป็นที่สัมผัสติดเชื้อผ่านการเคลื่อนไหวติดเชื้อแพร่กระจายผ่านทางท้องถิ่นและลบออกที่กำหนดโดยการกำหนดเวลาของการเคลื่อนไหวและเหตุการณ์การแพร่กระจายในท้องถิ่น ขึ้นอยู่กับวันที่เหล่านี้ถือครองจะถูกจัดเป็นหนึ่งในสี่รัฐ:. S - เหล่านี้มีการถือครองโดยไม่ต้องสัตว์สัมผัสหรือการติดเชื้อเอช- เหล่านี้เป็นฟาร์มที่มีสัตว์สัมผัสกับการติดเชื้อ แต่กับสัตว์เหล่านี้อาจมีการแยก (เรียกโดย การเคลื่อนไหวของสัตว์บนฟาร์ม) จนกระทั่งระยะเวลาการ จำกัด การเคลื่อนไหวผ่านไป ระยะเวลาการ จำกัด การเคลื่อนไหวเป็นเวลา 20 วันสำหรับสุกรในขณะที่สำหรับแกะและวัวควายมันเป็น 6 วันในอังกฤษและเวลส์และ 13 วันสำหรับสกอตแลนด์ [8] การถือครองเหล่านี้ไม่ได้เป็นแหล่งที่มาของการติดเชื้อต่อไปโดยการเคลื่อนไหวหรือการแพร่กระจายในท้องถิ่น. E - ถือครองเหล่านี้มีความคล้ายคลึงกับ H ยกเว้นกับสัตว์สัมผัสไม่อยู่ภายใต้ข้อ จำกัด การเคลื่อนไหว (เช่นมันก็ติดเชื้อจากการแพร่กระจายท้องถิ่น) จึงเป็นการเสี่ยงของการต่อไป การติดเชื้อผ่านการเคลื่อนไหวออก การถือครองเหล่านี้ยังไม่ได้ติดเชื้อจากการแพร่กระจายในประเทศ แต่การเคลื่อนไหวนอกสามารถดำเนินการสัมผัสสัตว์ ระยะเวลาแฝงของ 3 วันถูกนำมาใช้ในช่วงที่กำหนดโดย [6]. I - เหล่านี้มีการถือครองที่มีสัตว์ติดเชื้อหลังจากระยะเวลาแฝงซึ่งเป็นแหล่งที่มาของการติดเชื้อโดยทั้งสองออกจากการเคลื่อนไหวในท้องถิ่นและการแพร่กระจาย FMD สามารถแพร่กระจายอย่างรวดเร็วภายในประชากรติดเชื้อทั้งฝูงวัวหรือหมูภายในหนึ่งรอบของการติดเชื้อ (CA 3 วัน) ดังนั้นเราจึงพิจารณาการถือหุ้นทั้งหมดเป็นติดเชื้อที่อาจเกิดขึ้นภายในระยะเวลาหลังจากการสัมผัสนี้ [13]. เมื่อติดเชื้อฟาร์มจะถือว่ายังคงติดเชื้อจนกว่าจะสิ้นสุดของการจำลอง ตลาด แต่จะถือว่าได้รับการฆ่าเชื้อและไม่ได้ครอบครองอย่างต่อเนื่องโดยปศุสัตว์ ดังนั้นรูปแบบการตลาดที่ติดเชื้อป้อนรัฐ S ในตอนท้ายของวันรุ่งขึ้นที่จะอนุญาตให้มีการพักค้างคืนเดียวของปศุสัตว์. โรคระบาดเมล็ดโดยการเลือกขนาดเล็กจำนวนคงที่ของการถือครอง (5 เมล็ดจะเลือก) จากผู้ที่มี ปิดการเคลื่อนไหวในวันแรกของการจำลอง เหล่านี้มีการกำหนดให้ติดเชื้อในวันนี้ สอดคล้องกับการแพร่ระบาดของ 2001 (เช่น [6]), การจำลองที่ถูกใช้สำหรับ 28 วันเกินกว่าที่จะถือว่าไม่น่าที่การแพร่ระบาดจะยังคงมีอยู่โดยไม่ต้องระบุ สำหรับสายพันธุ์ของ บริษัท แพนเอเซีย FMD อาการในวัวและสุกรมีการตรวจพบมักจะได้อย่างรวดเร็ว มันเป็นเรื่องยากมากขึ้นในการตรวจสอบการติดเชื้อในแกะ แต่เหล่านี้ยังมีความเสี่ยงที่น้อย [14]. ถ้ามีการถือครองสัมผัสหรือติดเชื้อมีสามวิธีในการที่โรคจะแพร่กระจายไปยังผู้อื่น: การเคลื่อนไหว: การเคลื่อนไหวเฉพาะจากการสัมผัส (E ) หรือติดเชื้อ (I) การถือครองหรือตลาดที่สามารถทำให้เกิดการติดเชื้อและมีความเสี่ยงของการติดเชื้อจะสันนิษฐานที่สูงขึ้นสำหรับการเคลื่อนไหวของจำนวนมากของสัตว์ ความน่าจะเป็นของการติดเชื้อที่แตกต่างกันซึ่งมีน้ำหนักแล้วโดยจำนวนของสัตว์ที่ย้ายจะถือว่าสำหรับความเคลื่อนไหวของแกะเมื่อเทียบกับการเคลื่อนไหวของวัวหรือหมู; การเคลื่อนไหวของวัวหรือหมูจากการถือครองที่ติดเชื้อทั้งหมดสันนิษฐานว่าจะเป็นการติดเชื้อที่อาจเกิดขึ้นในขณะที่ความเคลื่อนไหวของแกะจากโฮลดิ้งที่ติดเชื้อมีโอกาสลดลงของการติดเชื้อ นอกจากนี้ความน่าจะเป็นที่แตกต่างกันของการติดเชื้อจะถือว่าเคลื่อนไหวจากตลาดที่ติดเชื้อเช่นการเคลื่อนไหวดังกล่าวมีน้อยบางอย่างที่จะติดเชื้อกว่าผู้ถือหุ้นจากการติดเชื้อ ดังนั้นสำหรับการเคลื่อนไหวออกจากตลาด (ในอีฉันหรือรัฐ) μตั้งอยู่ที่μm_sheep = 0.004 แกะและμm_other = 0.02 สำหรับวัวและสุกร สำหรับการเคลื่อนไหวอื่น ๆ ที่เราสันนิษฐานว่าค่าของμother = 1.0 สำหรับวัวและหมู (การเคลื่อนไหวทั้งหมดอาจติดเชื้อ) และμsheep = 0.02 แกะ พารามิเตอร์การเคลื่อนไหวเหล่านี้อยู่บนพื้นฐานของการระบาดของโรค FMD ปี 2001 และการวิเคราะห์การเคลื่อนไหวจากการถือครองการติดเชื้อที่ทำให้เกิดการแพร่กระจายเชื้อ [3]. การแพร่กระจายท้องถิ่น: การแพร่กระจายท้องถิ่นที่ไม่เกี่ยวข้องกับการเคลื่อนไหวที่รู้จักจากการติดเชื้อ (I) การถือครองเป็นรูปแบบการใช้อัตราดอกเบี้ยคงที่ของการสร้าง การถือครองการติดเชื้อใหม่ต่อวันต่อการติดเชื้อถือβ = 0.065 การแพร่กระจายท้องถิ่นจะถือว่าการรวมกันของปัจจัยรวมทั้งการเคลื่อนไหวของมนุษย์และยานพาหนะ, การแพร่กระจายในอากาศเป็นไปได้และการติดต่อจมูกเพื่อจมูกของสัตว์ข้ามเขตแดน ในแต่ละวันการจำลองจำนวนรายชื่อที่ติดเชื้อได้รับการคัดเลือกในแต่ละการถือครองการติดเชื้อจากการแจกแจงปัวซงกับβค่าเฉลี่ยโดยไม่ต้องเปลี่ยนความคิดของการถือครองเพียงรายงานว่ามีการเลี้ยงปศุสัตว์ในการสำรวจสำมะโนประชากรการเกษตร (หรือแจกจ่ายประชากร SOA) รายชื่อถูก จำกัด ให้รัศมี 10 กม. และน้ำหนักตามระยะทาง d โดยพี ~ E-โฆษณาที่ = 0.5 กม. 1 พารามิเตอร์เหล่านี้ในท้องถิ่นอยู่บนพื้นฐานของปี 2001 การระบาดของโรค FMD ขนาด [3], [15] รายชื่ออ่อนแอกลายเป็นสัมผัสในวันปัจจุบันของการจำลอง การติดเชื้อจากการแพร่กระจายท้องถิ่นเมื่อตะกี้ผลกระทบจากการหยุดนิ่งกำหนดใด ๆ และออกจากการเคลื่อนไหวจากการถือครองที่ติดเชื้อได้รับการพิจารณาที่อาจมีการสัมผัสสัตว์. การแพร่กระจายภายใน SOA: แม้ว่าการเคลื่อนไหวภายใน SOA ในขณะนี้จะต้องมีการรายงานน้อยมากการเคลื่อนไหวภายใน SOA มีการบันทึกไว้ . ซึ่งอาจเป็นเพราะความสับสนกับความต้องการของรายงาน ดังนั้นถ้าสมาชิกคนหนึ่งของ SOA ติดเชื้อเราคิดว่าส่วนที่เหลืออาจจะติดเชื้อมากเกินไปเนื่องจากการเคลื่อนไหวหลุดรอดของสัตว์ที่ติดเชื้อภายใน SOA เมื่อเชื้อถือหุ้นในวันที่กำหนดรูปแบบ (ขยะ) ระบุการถือครองอื่น ๆ ภายในเดียวกัน SOA เหล่านี้แล้วจะติดเชื้อและได้รับวันเดียวกันของการสัมผัสเป็นแหล่งการถือครอง แต่เพียงเป็นแหล่งที่มาของการติดเชื้อเพิ่มเติมเกี่ยวกับการที่ วันต่อมา (วันรุ่งขึ้นหลังจากที่ถือครองเริ่มต้นในการติดเชื้อกลายเป็น SOA) เพื่อให้มีเวลาสำหรับการกระจายของสัตว์ภายใน SOA นอกจากข้างต้น "หนึ่งติดเชื้อ - ทั้งหมดติดเชื้อ" ตัวเลือกสำหรับการแพร่กระจายภายใน SOA สองตัวเลือกอื่น ๆ สำหรับการแพร่กระจายภายใน SOA ที่มีอยู่ ในรูปแบบที่ SOAs ทั้งหมดที่มีการใช้งานบน 01/01/2008 ได้รับการพิจารณาในการจำลองทั่ว CTS 2008 สำหรับการเชื่อมโยงการเชื่อมโยงทั้งหมดที่มีการใช้งานอยู่บน 01/01/2008 ได้รับการพิจารณา เหล่านี้เป็น บริษัท แล้วเป็นโซ่ CTS ของการถือครองที่เชื่อมโยงกับรูปแบบ SOA เช่นกลุ่มที่จะสร้างสถานการณ์กรณีที่เลวร้ายของการติดเชื้อ - ติดเชื้อทั้งหมดในห่วงโซ่ CTS สามที่เชื่อมโยงสถานการณ์โฮลดิ้งได้รับการพิจารณาในรูปแบบ: (1) SOAs เท่านั้น (2) เปลี่ยนการเชื่อมโยงเท่านั้นและ (3) SOAs และ CTS ลิงค์. จำลองระบาดวิ่งกับการเริ่มต้นครั้งที่แตกต่างกันทั่ว 2008 ในช่วงเวลา 14 วันและการจำลองการทำซ้ำในแต่ละจุดเริ่มต้น (จำลองซ้ำ 400 ครั้ง) วันเริ่มต้นที่แน่นอนที่ใช้ในการจำลองแต่ละเป็นเรื่องที่ไม่เกิน 14 วันนับจากวันกระวนกระวายใจ (เช่นค่าสุ่มได้ถึง 14 วันจะถูกเพิ่มในวันเริ่มต้นที่กำหนดไว้ในการตรวจสอบระยะเวลาเดียวกันของปีมากกว่าวันที่เฉพาะเจาะจง) ในการสั่งซื้อ เพื่อหลีกเลี่ยงคุณสมบัติที่ผิดปกติที่อาจจะเกี่ยวข้องกับวันเดียว การกระจายและความชุกของแต่ละ 28 วันการแพร่ระบาดจำลองที่ถูกบันทึกไว้และหารด้วยจำนวนเมล็ดพันธุ์ที่ใช้. การวิเคราะห์เครือข่ายสำหรับการวิเคราะห์เครือข่ายเครือข่ายกำกับของ 73926 โหนด (สถานที่) และ 317,816 ขอบกำกับ (การเคลื่อนไหว) ถูกสร้างขึ้นจาก GB การเคลื่อนไหวของวัวในปี 2008 ไม่รวมการเคลื่อนไหวของการฆ่า; ตลาดได้รับการพิจารณาสำหรับการวิเคราะห์นี้และถือว่าเป็นฟาร์ม เส้นทางที่สั้นที่สุดระหว่างคู่ของโหนดที่เชื่อมต่อที่คำนวณได้แล้วประหยัดแหล่งที่มาและโหนดปลายทางของเส้นทาง CTS ลิงค์ที่ใช้งานบน 01/01/2008 แล้วถูกเพิ่มเข้าไปในเครือข่ายขอบสองทิศทางที่เพิ่มขึ้นจำนวนโหนดและขอบในเครือข่าย 20% และ 4% ตามลำดับ ความยาวเส้นทางที่สั้นที่สุดระหว่างคู่ที่บันทึกไว้ของแหล่งที่มา / โหนดปลายทางแล้วอีกครั้งการคำนวณในเครือข่ายขยายตัวนี้

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ข้อมูลวิธี



รายละเอียดที่แตกต่างกันชุดข้อมูลที่ใช้ในการวิเคราะห์ข้อมูล และโมเดลจำลองที่สามารถพบได้ในข้อความ S1 . สำหรับการสร้างแบบจำลอง , ปศุสัตว์เคลื่อนไหวข้อมูลสำหรับอังกฤษและเวลส์ในปี 2008 จากทั้ง amls CTS และใช้ ความเคลื่อนไหวของการฆ่าถูกถอดออก ความเคลื่อนไหวของ CTS เป็น batched ที่การเคลื่อนไหวของบุคคลกับวันที่เดียวกันการเดินทางและปลายทางเป็นโฮลดิ้งเข้าด้วยกัน ; amls ข้อมูลมีอยู่แล้วในชุดรูปแบบ จับข้อมูลตำแหน่ง ( เช่น CPH ถือชนิดและตะวันออก / ทางเหนือ ordinates Co ) ยังมาจาก amls CTS และในขณะที่ถือข้อมูลประชากรมาจากการสำรวจสำมะโนประชากร 2008

นางแบบ

นางแบบ [ 3 ] คือ บุคคลตามระดับของผู้ถือครอง และสโตแคสติกและถูกอธิบายโดยวันที่เป็นเปิดเผย ติดเชื้อผ่านการเคลื่อนไหว ติดเชื้อผ่านการแพร่กระจายในท้องถิ่นและออก โดยกำหนดเวลาของการเคลื่อนไหวและท้องถิ่นเหตุการณ์การแพร่กระจาย ตามวันที่ , โฮลดิ้งสามารถ classed เป็นหนึ่งในสี่ของอเมริกา :

S - เหล่านี้เป็นผู้ถือครองโดยไม่เปิดเผย หรือสัตว์ที่ติดเชื้อ H .
- เหล่านี้เป็นฟาร์มที่มีสัตว์ที่ได้รับการติดเชื้อแต่กับสัตว์เหล่านี้ อาจมีการแยก ( เรียกโดยการเคลื่อนไหวของสัตว์บนฟาร์ม ) จนเคลื่อนไหวข้อ จำกัด ระยะเวลาผ่านไป การเคลื่อนไหวของข้อ จำกัด ระยะเวลา 20 วัน สำหรับหมูและแกะและวัว เป็น 6 วันสำหรับอังกฤษและเวลส์และสกอตแลนด์ 13 วัน [ 8 ]หุ้นเหล่านี้ไม่ได้เป็นแหล่งที่มาของการติดเชื้อเพิ่มเติม โดยให้เคลื่อนไหวหรือท้องถิ่นกระจาย .
E - โฮลดิ้ง เหล่านี้จะคล้ายกับ H ยกเว้นสัมผัสกับสัตว์ไม่ได้ภายใต้ข้อ จำกัด การเคลื่อนไหว ( เช่น ติดเชื้อ โดยกระจายท้องถิ่น ) จึงถือเป็นความเสี่ยงของการติดเชื้อเพิ่มเติมผ่านทางปิดการเคลื่อนไหว หุ้นเหล่านี้ยังไม่ติดเชื้อ โดยกระจายท้องถิ่นแต่ปิดการเคลื่อนไหวทำได้สัมผัสสัตว์ ระยะเวลาแฝงของ 3 วัน ถูกใช้ ภายในช่วงที่ระบุ โดย [ 6 ] .
- เหล่านี้เป็นผู้ถือครองที่มีสัตว์ติดเชื้อ หลังจากระยะแฝง ซึ่งเป็นแหล่งของการติดเชื้อ โดยทั้งคู่ออกเคลื่อนไหวท้องถิ่นและกระจาย เปื่อยสามารถแพร่กระจายอย่างรวดเร็วในประชากร ติดทั้งฝูงวัวหรือสุกรภายในหนึ่งรอบของการติดเชื้อ ( CA 3 วัน )ดังนั้นเราจึงพิจารณาถือทั้งหมดอาจติดเชื้อภายในระยะเวลานี้หลังจากการเปิดรับ [ 13 ] .
เมื่อติดเชื้อ , ฟาร์มจะถือว่ายังคงติดเชื้อจนกว่าจะสิ้นสุดของจำลอง ตลาด , อย่างไรก็ตาม , จะถือว่าฆ่าเชื้อและไม่ต่อเนื่องครอบครองโดยปศุสัตว์ ดังนั้นในรูปแบบตลาดที่ป้อนด้วยสภาพที่ส่วนท้ายของวันต่อมาเพื่อให้ยังคงค้างคืนเดียวของปศุสัตว์

โรคระบาดถูก seeded โดยเลือกคงที่ขนาดเล็กจำนวน HOLDINGS ( 5 เมล็ด จะเลือก ) ที่ปิดการเคลื่อนไหวในวันแรกของการจำลอง เหล่านี้เป็นชุดที่จะติดเชื้อในวันนี้ สอดคล้องกับ 2001 ระบาด ( เช่น [ 6 ] ) , จำลองถูกใช้ 28 วันนอกเหนือ ซึ่งก็ถือว่าไม่น่าที่โรคระบาดจะคงอยู่โดยไม่มีการระบุ สำหรับแพน เอเชีย ความเครียดเกิดโรคปากและเท้าเปื่อยในโคและสุกร ทางคลินิก อาการมักจะพบได้อย่างรวดเร็ว ; มันเป็นมากขึ้นยากที่จะตรวจสอบการติดเชื้อในแกะ แต่เหล่านี้ยังเสี่ยงน้อยกว่า [ 14 ] .

ถ้าจับถูกเปิดเผย หรือติดเชื้อ มีสามวิธีที่โรคสามารถแพร่กระจายไปยังผู้อื่น ๆ :

การเคลื่อนไหว : ความเคลื่อนไหวจากการสัมผัส ( E ) หรือติดเชื้อ ( ฉัน ) หุ้นหรือตลาดสามารถทำให้เกิดการติดเชื้อ และความเสี่ยงของการติดเชื้อจะถือว่าสูงสำหรับการเคลื่อนไหวของตัวเลขขนาดใหญ่ของสัตว์ ความน่าจะเป็นที่แตกต่างกันของการติดเชื้อ ซึ่งจะถ่วงน้ำหนักโดยจำนวนของสัตว์ที่ย้ายไป จะถือว่า สำหรับการเคลื่อนไหวของแกะ เมื่อเทียบกับการเคลื่อนไหวของวัวหรือสุกร ;ความเคลื่อนไหวของวัวหรือหมูที่ติดเชื้อทั้งหมดถือถือว่าเป็นอาจติดเชื้อ ขณะที่ความเคลื่อนไหวของแกะจากการถือที่ติดเชื้อมีความน่าจะเป็นต่ำของการติดเชื้อ นอกจากนี้ ความน่าจะเป็นที่แตกต่างกันของการติดเชื้อจะถือว่าการเคลื่อนไหวจากตลาดติดตามการเคลื่อนไหว เช่นบางน้อยจะติดเชื้อกว่าจากการถือที่ติดเชื้อ ดังนั้นการเคลื่อนไหวปิดตลาด ( ใน E หรือรัฐ ) , μไว้ที่μ m_sheep = 0.004 แกะและμ m_other = 0.02 โคและสุกร การเคลื่อนไหวอื่น เราคิดว่าค่าของμอื่นๆ = 1.0 สำหรับโคและสุกร ( ทุกการเคลื่อนไหวที่อาจติดเชื้อ ) และμแกะ = 0.02 สำหรับแกะพารามิเตอร์การเคลื่อนไหวเหล่านี้ขึ้นอยู่กับ 2001 เปื่อยระบาดและการวิเคราะห์การเคลื่อนไหวจากติดเชื้อ โฮลดิ้ง ที่ส่งผลให้เกิดการติดเชื้อแพร่กระจาย [ 3 ] .
แผ่กระจายท้องถิ่นกับท้องถิ่นทราบความเคลื่อนไหวจากติดเชื้อ ( ฉัน ) Holdings ซึ่งใช้อัตราคงที่ของคนยุคใหม่ที่ติดเชื้อและถือต่อติดเชื้อบีตา = 0.065 .กระจายท้องถิ่นจะถือว่ามีการรวมกันของปัจจัยรวมถึงการเคลื่อนไหวของยานพาหนะของมนุษย์และเป็นไปได้ในอากาศแพร่กระจายและจมูกเพื่อจมูกติดต่อปศุสัตว์ข้ามขอบเขต จำลองในแต่ละวัน หมายเลขติดต่อของโรคติดเชื้อที่แต่ละติดเชื้อถือจากการแจกแจงปัวส์ซอง กับหมายถึงบีตาโดยแทนพิจารณาการถือครองเพียงรายงานที่มีปศุสัตว์ในสำมะโนการเกษตร ( หรือแจกจ่ายประชากร SOA ) ติดต่อถูก จำกัด รัศมี 10 กิโลเมตร และถ่วงน้ำหนักตามระยะทาง D โดย P ~ E −ลงประกาศที่ = 0.5 km − 1 ตัวแปรท้องถิ่นเหล่านี้ขึ้นอยู่กับ 2001 เปื่อยระบาดขนาด [ 3 ] , [ 15 ] เสี่ยงติดต่อจะเปิดเผยในวันที่ปัจจุบันของระบบการติดเชื้อโดยกระจายท้องถิ่นยกเลิกผลของความหยุดนิ่ง และหยุดการเคลื่อนไหว จากผู้ติดเชื้อพบว่าอาจมีสัมผัสสัตว์
ภายใน SOA กระจาย : ถึงแม้ว่าความเคลื่อนไหวภายใน SOA ตอนนี้ต้องมีรายงานน้อยมากภายในการเคลื่อนไหว SOA มีการบันทึก ซึ่งอาจเป็นเพราะความสับสนเกี่ยวกับการรายงานความต้องการ ดังนั้นถ้าหนึ่งในสมาชิกของ SOA จะกลายเป็นติดเชื้อ เราสันนิษฐานว่า ส่วนที่เหลืออาจจะติดเชื้อด้วย เนื่องจากการเคลื่อนไหวองค์ประกอบสำคัญที่กำหนดสัตว์ติดเชื้อภายใน SOA เมื่อการติดเชื้อของถือในวันหนึ่ง ๆ รูปแบบอื่น ๆ ( เลือก ) ระบุการถือครองภายใน SOA เดียวกันเหล่านี้แล้วจะติดเชื้อและได้รับวันที่ของการเป็นแหล่งจับแต่เป็นแหล่งที่มาของการติดเชื้อเพิ่มเติม ในวันต่อมา ( หลังจากวันที่ถือเริ่มต้นใน SOA กลายเป็นติดเชื้อ ) เพื่อให้เวลาสำหรับการกระจายของสัตว์ภายใน SOA นอกเหนือจากข้างต้น " หนึ่งติดเชื้อ ( ติดเชื้อทั้งหมด " ตัวเลือกสำหรับภายใน SOA กระจาย สองตัวเลือกอื่น ๆสำหรับภายใน SOA กระจายเป็นใช้ได้ ในรูปแบบทั้งหมดเกิดขึ้นที่ปราดเปรียวใน 01 / 01 / 2551 ได้พิจารณาแบบจำลองตลอด 2008 สำหรับ CTS การเชื่อมโยงการเชื่อมโยงทั้งหมดที่ใช้งานบน 01 / 01 / 2551 ได้พิจารณา เหล่านี้แล้ว บริษัทในกลุ่มของการเชื่อมโยงและ CTS ฟอร์ม SOA เช่นกลุ่มเพื่อสร้างสถานการณ์กรณีที่เลวร้ายของหนึ่งที่ติดเชื้อ ( ติดเชื้อใน CTS โซ่ 3 การเชื่อมโยงถือสถานการณ์ ถือว่าเป็นในรูปแบบ( 1 ) เกิดขึ้นเพียง ( 2 ) ใกล้ การเชื่อมโยงเท่านั้น และ ( 3 ) เกิดขึ้น และ CTS การเชื่อมโยง .
จำลองระบาดวิ่งกับเริ่มมีเวลาแตกต่างกันข้าม 2008 ในช่วงเวลา 14 วันและซ้ำจำลองในแต่ละจุด ( จำลองเป็นเวลา 400 ครั้ง ) ที่เริ่มใช้ในแต่ละวัน จำลอง คือวิชาได้ถึง 14 วัน ของรูปภาพ ( เช่นค่าแบบสุ่มได้ถึง 14 วัน เพิ่มวันกำหนดเริ่มการตรวจสอบช่วงเวลานั้นของปีมากกว่าที่เฉพาะเจาะจงวัน ) เพื่อหลีกเลี่ยงคุณสมบัติที่ผิดปกติที่อาจจะเกี่ยวข้องกับวันเดียว การกระจายและความชุกของแต่ละ 28 วัน ) ระบาดถูกบันทึก และหารด้วยจำนวนเมล็ด ใช้



สำหรับเครือข่ายการวิเคราะห์เครือข่ายการวิเคราะห์โดยตรง 73926 เครือข่ายของโหนด ( สถานที่ ) และ 317816 ประดับประดา ( เคลื่อนไหว ) ที่ถูกสร้างขึ้นจากโค GB ความเคลื่อนไหวธันวาคม ยกเว้นการเคลื่อนไหวเพื่อฆ่า ; ตลาดถูกพิจารณาในการวิเคราะห์ครั้งนี้ และถือว่าเป็นฟาร์ม เส้นทางที่สั้นที่สุดระหว่างจุดเชื่อมต่อของทุกคู่ก็คำนวณการประหยัดโหนดต้นทางและปลายทางของเส้นทางดการเชื่อมโยงปราดเปรียวใน 01 / 01 / 2551 แล้วเพิ่มเครือข่ายเป็น สองขอบ การเพิ่มโหนดและขอบในเครือข่าย โดยร้อยละ 20 และ 4 ตามลำดับ ความยาวของเส้นทางที่สั้นที่สุดระหว่างบันทึกคู่ของโหนดเป็นแหล่งปลายทางแล้วคำนวณในการขยายเครือข่าย