Contemporary microbial community an

Contemporary microbial community analysis frequently involves PCR-amplified sequences of the 16S rRNA gene (rDNA). However, this technology carries the inherent problem of heterogeneity between copies of the 16S rDNA in many species. As an alternative to 16S rDNA sequences in community analysis, we employed the gene for the RNA polymerase beta subunit (rpoB), which appears to exist in one copy only in bacteria. In the present study, the frequency of 16S rDNA heterogeneity in bacteria isolated from the marine environment was assessed using bacterial isolates from the red alga Delisea pulchra and from the surface of a marine rock. Ten strains commonly used in our laboratory were also assessed for the degree of heterogeneity between the copies of 16S rDNA and were used to illustrate the effect of this heterogeneity on microbial community pattern analysis. The rock isolates and the laboratory strains were also used to confirm nonheterogeneity of rpoB, as well as to investigate the versatility of the primers. In addition, a comparison between 16S rDNA and rpoB PCR-DGGE (denaturing gradient gel electrophoresis)-based community analyses was performed using a DNA mixture of nine isolates from D. pulchra. Eight out of 14 isolates from D. pulchra, all rock isolates, and 6 of 10 laboratory strains displayed multiple bands for 16S rDNA when analyzed by DGGE. There was no indication of heterogeneity for either the rock isolates or the laboratory strains when rpoB was used for PCR-DGGE analysis. Microbial community pattern analysis using 16S rDNA PCR-DGGE showed an overestimation of the number of laboratory strains in the sample, while some strains were not represented. Therefore, the 16S rDNA PCR-DGGE-based community analysis was proven to be severely limited by 16S rDNA heterogeneity. The mixture of isolates from D. pulchra proved to be more accurately described using rpoB, compared to the 16S rDNA-based PCR-DGGE.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

วิเคราะห์ชุมชนสมัยจุลินทรีย์มักเกี่ยวข้องกับ PCR ขยายลำดับของยีนใน rRNA 16S (rDNA) อย่างไรก็ตาม เทคโนโลยีดำเนินการปัญหาโดยธรรมชาติของ heterogeneity ระหว่างสำเนาของ rDNA 16S ในหลายชนิด เป็นทางเลือก 16S rDNA ลำดับในการวิเคราะห์ชุมชน เราจ้างยีนสำหรับการงานย่อยเบต้าอาร์เอ็นเอพอลิเมอเรส (rpoB), ซึ่งปรากฏอยู่ในสำเนาเฉพาะในแบคทีเรีย ในการศึกษาปัจจุบัน ความถี่ของ 16S rDNA heterogeneity ในแบคทีเรียที่แยกต่างหากจากสภาพแวดล้อมทางทะเลถูกประเมินโดยใช้แยกเชื้อแบคทีเรีย จาก pulchra Delisea แดง alga และพื้นผิวของหินทะเล 10 สายพันธุ์ที่ใช้ในห้องปฏิบัติการของเรายังได้ประเมินระดับของ heterogeneity ระหว่างสำเนา 16S rDNA และใช้ในการแสดงผลของ heterogeneity นี้ชุมชนจุลินทรีย์วิเคราะห์รูปแบบ แยกร็อค และยังใช้สายพันธุ์ห้องปฏิบัติการยืนยัน nonheterogeneity rpoB เช่นเป็นการตรวจสอบความคล่องตัวของไพรเมอร์ที่ นอกจากนี้ การเปรียบเทียบระหว่าง 16S rDNA rpoB PCR-DGGE (denaturing เจลไล่ระดับ electrophoresis) -ทำวิเคราะห์ชุมชนโดยใช้การผสมผสานระหว่างดีเอ็นเอแยกจาก D. pulchra เก้า 8 จาก 14 แยกจาก D. pulchra แยกหินทั้งหมด และ 6 สายพันธุ์ห้องปฏิบัติการ 10 แสดงวงหลายสำหรับ 16S rDNA เมื่อวิเคราะห์ โดย DGGE มีไม่บ่งชี้ heterogeneity แยกหินหรือสายพันธุ์ห้องปฏิบัติการเมื่อ rpoB ใช้สำหรับวิเคราะห์ PCR DGGE วิเคราะห์รูปแบบชุมชนจุลินทรีย์ใช้ 16S rDNA PCR DGGE พบ overestimation มีจำนวนสายพันธุ์ห้องปฏิบัติการในตัวอย่าง ในขณะที่บางสายพันธุ์ก็ไม่แสดง ดังนั้น 16S rDNA ชุมชน PCR-DGGE-ตามวิเคราะห์ถูกพิสูจน์แล้วว่าสามารถถูกจำกัดอย่างรุนแรง โดย 16S rDNA heterogeneity ส่วนผสมของแยกจาก D. pulchra ได้แม่นยำตามใช้ rpoB เมื่อเทียบกับ 16S rDNA จาก PCR-DGGE

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

การวิเคราะห์กลุ่มจุลินทรีย์ร่วมสมัยมักเกี่ยวข้องกับการลำดับ PCR-ขยายของยีน 16S rRNA (rDNA) แต่เทคโนโลยีนี้ดำเนินปัญหาโดยธรรมชาติของความแตกต่างระหว่างสำเนาของ 16S rDNA ในหลายชนิด ในฐานะที่เป็นทางเลือกในการ 16S rDNA ลำดับในการวิเคราะห์ชุมชนของเราลูกจ้างยีนสำหรับ subunit เบต้าโพลิเมอร์อาร์เอ็นเอ (rpoB) ซึ่งปรากฏอยู่ในสำเนาเฉพาะในแบคทีเรีย ในการศึกษาปัจจุบันที่ความถี่ของเซลล์สืบพันธุ์ 16S rDNA แบคทีเรียที่แยกได้จากสภาพแวดล้อมทางทะเลได้รับการประเมินโดยใช้แบคทีเรียที่แยกได้จากสาหร่ายสีแดงรวี Delisea และจากพื้นผิวของหินทางทะเล สิบสายพันธุ์ที่ใช้กันทั่วไปในห้องปฏิบัติการของเราได้รับการประเมินยังระดับของความแตกต่างระหว่างสำเนาของ 16S rDNA และถูกนำมาใช้เพื่อแสดงให้เห็นถึงผลกระทบของความแตกต่างนี้ชุมชนวิเคราะห์รูปแบบของจุลินทรีย์ แยกสายพันธุ์ร็อคและห้องปฏิบัติการยังถูกนำมาใช้เพื่อยืนยัน nonheterogeneity ของ rpoB เช่นเดียวกับการตรวจสอบความเก่งกาจของไพรเมอร์ที่ นอกจากนี้ยังมีการเปรียบเทียบระหว่าง 16S rDNA และ rpoB PCR-DGGE (denaturing ข่าวคราวการไล่ระดับสี) ชุมชนชั่นการวิเคราะห์ถูกดำเนินการโดยใช้ส่วนผสมดีเอ็นเอเก้าสายพันธุ์ดีจากรวี แปดจาก 14 แยกจาก D. รวี, แยกหินทั้งหมดและ 6 จาก 10 สายพันธุ์ในห้องปฏิบัติการแสดงวงดนตรีหลาย 16S rDNA เมื่อวิเคราะห์โดย DGGE ไม่มีสัญญาณของเซลล์สืบพันธุ์ทั้งสายพันธุ์ร็อคหรือสายพันธุ์ในห้องปฏิบัติการได้เมื่อ rpoB ถูกนำมาใช้สำหรับการวิเคราะห์ PCR-DGGE ชุมชนการวิเคราะห์รูปแบบการใช้จุลินทรีย์ 16S rDNA PCR-DGGE ประเมินค่าสูงแสดงให้เห็นว่าจำนวนของสายพันธุ์ในห้องปฏิบัติการในตัวอย่างในขณะที่บางสายพันธุ์ไม่ได้เป็นตัวแทน ดังนั้นการวิเคราะห์ชุมชน 16S rDNA PCR-DGGE ตามได้รับการพิสูจน์ถูก จำกัด อย่างรุนแรงจากเซลล์สืบพันธุ์ 16S rDNA ส่วนผสมของเชื้อจากดีรวีพิสูจน์ให้เห็นว่าถูกต้องมากขึ้นอธิบายโดยใช้ rpoB เมื่อเทียบกับ 16S rDNA ตาม PCR-DGGE

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การวิเคราะห์ชุมชนจุลินทรีย์ร่วมสมัยมักเกี่ยวข้องกับลำดับเบส 16S rRNA ของ PCR ของยีน ( rDNA ) อย่างไรก็ตาม เทคโนโลยีนี้มีปัญหาแท้จริงของความหลากหลายระหว่างสำเนาของ 16S rDNA ได้หลายชนิด เป็นทางเลือกของ 16S rDNA ในการวิเคราะห์ลำดับยีนของชุมชน ที่เราจ้างให้อาร์เอ็นเอพอลิเมอเรสเบต้า subunit ( rpob )ซึ่งปรากฏอยู่ในเล่มเดียวเท่านั้นในแบคทีเรีย ในการศึกษาความถี่ของ 16S rDNA สามารถในแบคทีเรียที่แยกได้จากสิ่งแวดล้อมทางทะเลและการใช้เชื้อที่แยกได้จากสาหร่ายสีแดง delisea พัลชราและจากพื้นผิวของหินในทะเลสิบสายพันธุ์นิยมใช้ในห้องปฏิบัติการของเรายังรับการประเมินในระดับที่สามารถระหว่างชุดของ 16S rDNA และถูกใช้เพื่อแสดงให้เห็นถึงผลของความหลากหลายในรูปแบบการวิเคราะห์ชุมชนจุลินทรีย์ ร็อคสายพันธุ์และสายพันธุ์ในห้องปฏิบัติการเพื่อใช้ยืนยัน nonheterogeneity ของ rpob รวมทั้งเพื่อศึกษาความหลากหลายของรองพื้น นอกจากนี้การเปรียบเทียบระหว่าง 16S rDNA และ rpob ดีเอ็นเอ 9 แถบบ่งชี้ ( ี่ลาด gel electrophoresis ) - ชุมชนวิเคราะห์การใช้ดีเอ็นเอผสมของเก้าที่แยกได้จาก D . พัลชรา . แปดจาก 14 ไอโซเลตจาก D . พัลชราทั้งหมดร็อคสายพันธุ์และ 6 10 สายพันธุ์ในห้องปฏิบัติการแสดงวงดนตรีหลาย 16S rDNA เมื่อวิเคราะห์โดยการทดลอง .มีข้อบ่งชี้ของความหลากหลายทั้งร็อค สายพันธุ์ หรือห้องปฏิบัติการ สายพันธุ์ เมื่อ rpob วิเคราะห์ดีเอ็นเอ 9 แถบบ่งชี้ . การวิเคราะห์รูปแบบชุมชนจุลินทรีย์โดยใช้ 16S rDNA พบว่าดีเอ็นเอ 9 แถบบ่งชี้การประเมินมากเกินไปของจำนวนของสายพันธุ์ในห้องปฏิบัติการตัวอย่าง ในขณะที่บางสายพันธุ์ที่ไม่แสดง ดังนั้นการวิเคราะห์ชุมชน 16S rDNA PCR พบว่ามีการทดลองใช้อย่างรุนแรง จำกัด โดย 16S rDNA สามารถ . ส่วนผสมของเชื้อจาก D . พัลชราได้ถูกต้องมากขึ้น อธิบายการใช้ rpob เทียบกับ 16S rDNA ดีเอ็นเอ 9 แถบบ่งชี้ตาม