3.3. ANAMMOX bacteria and phylogene

3.3. ANAMMOX bacteria and phylogenetic analysis
The nested PCR process seemed to be more sensitive for amplifying
the 16S rDNA fragments of the ANAMMOX bacteria. Some
available sequences and their relatives from the GenBank are
shown in Table 4. The clones from R5PLA1 to R5PLA14 are the
sequencing results of the PCR products for Planctomycete, while
clones R5Amx2 and R5Amx3 are the specific amplification results
for the ANAMMOX bacteria. Candidatus Kuenenia and Candidatus
Brocadia are the commonly known ANAMMOX bacteria genera
(Bae et al., 2010), and some bacteria affiliated with Planctomycete
had a similarity of 95% with the uncultured Candidatus Kuenenia
sp. (R5PLA10 and R5PLA11). While the clones from R5PLA12 to
R5PLA14 also seemed to be related to the ANAMMOX bacteria,
even they shared a similarity of less than 90% with some known
ANAMMOX bacteria, as is shown in Table 4. The specific amplification
using Amx368f/Amx820r as primers was more accessible for
identifying ANAMMOX bacteria, since R5Amx2 and R5Amx3
shared a higher similarity with Candidatus Kuenenia stuttgartiensis
and anaerobic ammonium-oxidizing Planctomycete, respectively;
and they could be clustered into a group after the phylogenetic tree
analysis (see supplementary material, Fig. S3). It was demonstrated
that the ANAMMOX reaction indeed occurred in the biofilter.
The existence of the ANAMMOX bacteria that occurred in the
aerobic biofilter was interesting but also confusing. The diffusion
of DO into the inner layer of the biofilm could be hindered by
the resistance of the bacteria in the outer layer of the biofilm,
and therefore a suitable anaerobic environment in the inner layer
for the ANAMMOX bacteria had to be created.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

3.3. แอนนาม็อกซ์แบคทีเรียและวิเคราะห์ phylogeneticกระบวนการ PCR ซ้อนกันดูเหมือน จะอ่อนไหวมากสำหรับมือ16S rDNA ชิ้นส่วนของแบคทีเรียอนามอกซ์ บางมีลำดับและญาติพี่น้องจากใน GenBankแสดงในตาราง 4 มีโคลนจาก R5PLA1 เพื่อ R5PLA14 การในขณะที่ลำดับเบสผลผลิตภัณฑ์ PCR สำหรับ Planctomyceteโคลน R5Amx2 และ R5Amx3 มีการขยายผลสำหรับแบคทีเรียอนามอกซ์ Candidatus Kuenenia และ CandidatusBrocadia เป็นรู้จักกันโดยทั่วไปอนามอกซ์แบคทีเรียสกุล(แบ้ et al., 2010), และแบคทีเรียบางสังกัด Planctomyceteมีความคล้ายกันของ 95% กับ uncultured Candidatus Kueneniasp. (R5PLA10 และ R5PLA11) ขณะที่โคลนจาก R5PLA12 ไปR5PLA14 ยังดูเหมือนเกี่ยวข้องกับแบคทีเรียแอนนาม็อกซ์แม้จะร่วมความคล้ายคลึงกันน้อยกว่า 90% รู้จักกันบางอนามอกซ์แบคทีเรีย ดังที่แสดงในตาราง 4 ขยายเฉพาะใช้ Amx368f/Amx820r เป็นไพรเมอร์เข้าระบุเชื้อแบคทีเรียแอนนาม็อกซ์ R5Amx2 และ R5Amx3ร่วมคล้ายสูงกว่า Candidatus Kuenenia stuttgartiensisและไม่ใช้แอมโมเนียรับอิเล็กตรอน Planctomycete ตามลำดับและพวกเขาที่สามารถจับกลุ่มตัวหลังต้นไม้ phylogeneticการวิเคราะห์ (ดูเอกสารเสริม ฟิก S3) จะถูกแสดงว่า ปฏิกิริยาอนามอกซ์จริงเกิดใน biofilter จะการดำรงอยู่ของแบคทีเรียอนามอกซ์ที่เกิดขึ้นในการแอโรบิก biofilter ไม่น่าสนใจ แต่ยังสับสน การแพร่ของทำในชั้นในของ biofilm สามารถเป็นผู้ที่ขัดขวางโดยความต้านทานของแบคทีเรียในชั้นนอกของ biofilmและดังนั้นความเหมาะสมไม่ใช้สิ่งแวดล้อมในชั้นภายในสำหรับแบคทีเรียอนามอกซ์จะสร้างได้

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

3.3 แบคทีเรีย ANAMMOX และการวิเคราะห์สายวิวัฒนาการ
กระบวนการ PCR ซ้อนกันดูเหมือนจะมีความสำคัญมากขึ้นสำหรับการขยาย
ชิ้นส่วน 16S rDNA ของแบคทีเรีย ANAMMOX บาง
ลำดับที่มีอยู่และญาติของพวกเขาจาก GenBank จะ
แสดงในตารางที่ 4 โคลนมาจาก R5PLA1 R5PLA14 จะมี
ผลการจัดลำดับของผลิตภัณฑ์ PCR สำหรับ Planctomycete ขณะที่
โคลน R5Amx2 R5Amx3 และมีการขยายผลที่เฉพาะเจาะจง
สำหรับแบคทีเรีย ANAMMOX candidatus Kuenenia และ candidatus
Brocadia เป็นที่รู้จักกันทั่วไปแบคทีเรียจำพวก ANAMMOX
(แบ้ et al., 2010) และแบคทีเรียบางส่วนเกี่ยวข้องกับ Planctomycete
มีความคล้ายคลึงกันของ 95% กับไม่มีมารยาท candidatus Kuenenia
SP (R5PLA10 และ R5PLA11) ในขณะที่โคลนจาก R5PLA12 เพื่อ
R5PLA14 ก็ดูเหมือนจะเกี่ยวข้องกับแบคทีเรีย ANAMMOX,
แม้พวกเขาที่ใช้ร่วมกันความคล้ายคลึงกันของน้อยกว่า 90% และมีบางคนที่รู้จักกัน
แบคทีเรีย ANAMMOX เป็นที่แสดงในตารางที่ 4 ขยายเฉพาะ
ใช้ Amx368f / Amx820r เป็นไพรเมอร์เป็น เข้าถึงได้มากขึ้นสำหรับ
การระบุเชื้อแบคทีเรีย ANAMMOX ตั้งแต่ R5Amx2 และ R5Amx3
ที่ใช้ร่วมกันคล้ายคลึงกันสูงขึ้นกับ candidatus Kuenenia stuttgartiensis
และไม่ใช้ออกซิเจนแอมโมเนียมออกซิไดซ์ Planctomycete ตามลำดับ
และพวกเขาจะได้เข้าไปในกลุ่มคลัสเตอร์หลังจาก phylogenetic ต้นไม้
วิเคราะห์ (. เห็นวัสดุเสริมรูป S3) . มันก็แสดงให้เห็น
ว่าปฏิกิริยาที่เกิดขึ้นจริง ANAMMOX ในกรองชีวภาพ.
การดำรงอยู่ของแบคทีเรีย ANAMMOX ที่เกิดขึ้นใน
กรองชีวภาพแอโรบิกเป็นที่น่าสนใจ แต่ยังทำให้เกิดความสับสน การแพร่กระจาย
ของ DO เข้าสู่ชั้นในของไบโอฟิล์มจะถูกขัดขวางโดย
ต้านทานของเชื้อแบคทีเรียในชั้นนอกของไบโอฟิล์ม,
และดังนั้นจึงมีสภาพแวดล้อมที่เหมาะสมในการเพาะกายชั้นใน
สำหรับแบคทีเรีย ANAMMOX จะต้องมีการสร้าง

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

3.3 . anammox แบคทีเรียและการวิเคราะห์ phylogenetic
ซ้อนกันโดยกระบวนการดูเหมือนจะอ่อนไหวมากสำหรับ amplifying
16S rDNA ของชิ้นส่วน anammox แบคทีเรีย ลำดับญาติและของบางอย่างจาก 5% เป็น

แสดงดังตารางที่ 4 โคลนจาก r5pla1 เพื่อ r5pla14 เป็นลำดับผล PCR

สินค้า planctomycete ในขณะที่โคลนและ r5amx2 r5amx3 เป็นเฉพาะผล (
สำหรับ anammox แบคทีเรีย และ candidatus kuenenia candidatus
brocadia เป็นที่รู้จักกันทั่วไป anammox แบคทีเรียสกุล
( แบ et al . , 2010 ) และแบคทีเรียบางอย่างในเครือ planctomycete
มีความคล้ายของ 95% กับไร้การศึกษา candidatus kuenenia
sp . ( r5pla10 และ r5pla11 ) ในขณะที่โคลนจาก r5pla12

r5pla14 ยังดูเหมือนจะเกี่ยวข้องกับ anammox แบคทีเรีย
ถึงแม้พวกเขาแบ่งปันความคล้ายคลึงกันน้อยกว่า 90 % บางรู้จัก
anammox แบคทีเรีย ดังที่แสดงในตารางที่ 4 โดยเฉพาะการขยาย
amx368f / amx820r เป็นไพรเมอร์ที่ถูกเข้าถึงได้มากขึ้นสำหรับการระบุ anammox

และแบคทีเรีย เนื่องจาก r5amx2 r5amx3 แบ่งปันความคล้ายคลึงกันสูงกับ candidatus kuenenia stuttgartiensis
ถังแอมโมเนียออกซิไดซ์และ planctomycete ตามลำดับ ;
และพวกเขาอาจจะกระจุกในกลุ่มหลังจากการวิเคราะห์ phylogenetic ต้นไม้
( ดูวัสดุเสริม มะเดื่อ S3 ) มันแสดงให้เห็นว่า anammox
ปฏิกิริยาจริงๆที่เกิดขึ้นในตัวกรองชีวภาพ .
การดำรงอยู่ของ anammox แบคทีเรียที่เกิดขึ้นในบริเวณ
ชุดแอโรบิก น่าสนใจ แต่ยัง สับสน . การแพร่กระจาย
ของทำในชั้นในของฟิล์มจะถูกขัดขวางโดย
ความต้านทานของแบคทีเรียในชั้นนอกของฟิล์มจึงเหมาะใช้
, สิ่งแวดล้อม
ชั้นในสำหรับ anammox แบคทีเรียมีการสร้าง