Two samples of bacteria that were m

Two samples of bacteria that were mislabeled several years ago have led to the retraction of two papers, including a highly-cited one published in Science.

In 2009, a team of scientists from the University of California, Davis, led by plant geneticist Pamela Ronald, identified a bacterial molecule that is recognized by the immune system of rice plants. It was the culmination of the lab’s longstanding quest to understand how this vital crop thwarts infections, and the paper has since been cited 131 times.

But when new lab members could not repeat the earlier results, the team discovered that one of the previous experiments had been done with mislabeled bacterial strains, while another had used an unreliable test. Ronald announced the problems to others in the field at conferences, and has now retracted the paper.

“There was never any question, even from the people who did the original work, that we do anything different than retract the paper if it was wrong,” said Ronald. “We didn’t want to mislead anyone else.”

The most common causes of scientific retractions are  misconduct or fraud, discovered through the actions of whistleblowers or watchful peers. It is rarer to see labs discover and own up to their own honest errors. “Too often, scientists, their institutions, and journals find ways to sweep painful reality under the rug, or make half-hearted attempts to correct the literature,”  says Ivan Oransky, a journalist who monitors scientific retractions through his blog Retraction Watch. “For a researcher to go out of her way to publicize her mistakes is unfortunately very unusual. Some scientists worry that retractions lead to a mistrust of science, but when handled appropriately the way Ronald’s have been, they only boost public confidence in research.”

In 1995, Ronald’s team showed that a receptor protein called XA21 allows rice plants to resist a devastating disease-causing bacterium called Xanthomonas oryzae. Many similar proteins were later discovered in humans, mice and other animals. Known as pattern recognition receptors (PRRs), their hallmark is the ability to recognise molecules found in a wide range of bacteria and trigger an immune reaction.

Nearly 15 years later, the team revealed that XA21 recognizes a bacterial protein called Ax21—the key to its lock. In a critical experiment, they showed that a mutant strain of X.oryzae, which lacked the gene for Ax21, can successfully infect rice leaves. Without this bacterial identity badge, XA21 could not mount an immune response. “The discovery made a lot of sense to us, and it seemed to fit everything that we and others had shown before,” said Ronald, whose results were published in 2009 in Science. “It was a very exciting time.”

The first hint of trouble came in June 2012. As is traditional for Ronald’s lab, a couple of new members tried to repeat the earlier experiments. But time and again, they failed. The new experiments repeatedly showed that rice plants could still resist X. oryzae strains that lacked Ax21.

“It’s tricky to work with rice, and they thought they were getting the experiments wrong,” said Ronald. But they eventually found that the 2 of the 12 original mutant strains had been mislabeled. Rather than Ax21, they were missing a different protein called RaxSt. “As far as we can figure out, it was just a mix-up,” said Ronald. “One team member gave it to another, and the one who did the experiment didn’t double-check. We should’ve caught it sooner.”

The revelation means that the molecule that XA21 recognizes is still a mystery. Ronald thinks that the mislabeled strains slipped past rice defenses because RaxSt modifies the unknown molecule, so that XA21 can recognize it. “We still don’t know what it is, and we’re trying to find it,” said Ronald. “It’s back to the drawing board.”

To make matters worse, the team found that another key result—that a synthetic version of Ax21 could trigger an immune response in rice—depended on an unreliable test, and could also not be consistently repeated.

Although Ronald feels that other aspects of the paper are still valid, she did not want the mistakes to waylay other labs while her team repeated the other experiments. She announced the problems at a plant immunity conference last April, and contacted Science to retract the paper. “I wanted to be sure that we got the word out early,” she said. The mislabeled strain was also used in experiments in a second paper, which was published in 2011 in PLOS ONE and was also retracted last month.

“Sorting out the situation was personally and professionally painful for all involved,” Ronald wrote in a new blog post. “Former lab members who had begun new positions as professors in Korea and Thailand were devastated to learn that [we] could not repeat their work. Junior scientists in the laboratory worried their careers would be tarnished. . . . It took persistence, courage and confidence to stick together as a team throughout this challenging year.”

The mistakes might never have been found at all if her lab did not commonly repeat old experiments, but Ronald is reticent to prescribe the same approach for other groups. “It’s just not realistic for most labs,” she told The Scientist. “Scientists move on, projects move on, there are funding issues. The bigger lesson is probably what we already know: you can’t rely on a single published report, or even more than that.”

Other scientists in the field have taken the retractions in good faith. “I feel absolutely confident that there was no intentional cheating,” said Markus Albert, a plant biologist from the University of Tubingen. Purifying and identifying the molecules that are recognized by PRRs “was, and still is, a difficult topic,” he said. “Otherwise, more of them would have been identified [by now].”

To complicate matters, at least three Chinese labs have successfully replicated Ronald’s Ax21 experiments. “I’ve talked to all the other laboratories, and they’re all confident in their results,” Ronald said. Wenxian Sun from China Agricultural University, who led one of the studies published online in Phytopathology, said that he has delayed formal publication until he can repeat the key results. The other teams did not respond to requests for comments.

“The fact that several labs have reported what might now be viewed as questionable data makes one pause,” said Sophien Kamoun, a plant biologist at the Sainsbury Laboratory. Along with the Chinese studies, he points to three other papers that are either “compromised or questionable” because they also involve Ax21: one from Ronald’s group, which found that XA21 gets cut and relocated after exposure to Ax21; one that lists Ronald as a collaborator, which found that Ax21 interacts with another immune receptor called FLS2; and a third from an independent lab, which found that some bacteria use Ax21 to communicate with each other—a similar result to Ronald’s now-retracted PLOS ONE paper. 

“I truly hope to see the authors of papers that are based on Ax21 come forward to clarify their work,” Kamoun said.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

สองตัวอย่างของแบคทีเรียที่มี mislabeled หลายปีที่ผ่านมาได้นำไปสู่ retraction ของกระดาษสอง รวมทั้งความสูงอ้างหนึ่งในการเผยแพร่วิทยาศาสตร์ในปี 2552 ทีมนักวิทยาศาสตร์จากมหาวิทยาลัยแคลิฟอร์เนีย Davis นำ โดยพืช geneticist Pamela โรนัลด์ ระบุโมเลกุลแบคทีเรียที่รู้จัก โดยระบบภูมิคุ้มกันของพืชข้าว มันเป็นสุดยอดของห้องปฏิบัติการว่าเควสเข้าใจวิธีนี้พืชสำคัญ thwarts ติดเชื้อ และกระดาษมีตั้งแต่ถูกอ้าง 131 ครั้งแต่เมื่อสมาชิกใหม่ของห้องปฏิบัติสามารถทำซ้ำผลลัพธ์ก่อนหน้า ทีมพบว่า ทดลองก่อนหน้านี้อย่างใดอย่างหนึ่งมีแล้วกับสายพันธุ์แบคทีเรีย mislabeled ในขณะที่ยังได้ใช้การทดสอบไม่ โรนัลด์ประกาศปัญหาอื่นในฟิลด์ที่ประชุม และตอนนี้ได้หดกระดาษ"ไม่ต้องสงสัย แม้จากคนที่ไม่ได้ส่งงาน เราทำอะไรแตก retract กระดาษถ้ามันไม่ถูกต้อง กล่าวว่า โรนัลด์ "เราไม่ต้องการเข้าใจใคร"สาเหตุส่วนใหญ่ของ retractions วิทยาศาสตร์จะประพฤติหรือฉ้อโกง การค้นพบผ่านการกระทำของ whistleblowers หรือเพื่อนจับ ยากดูแล็บค้นพบ และเป็นเจ้าของค่าข้อผิดพลาดของตนเองความซื่อสัตย์ได้ "บ่อยเกินไป นักวิทยาศาสตร์ ของสถาบัน และสมุดรายวันหาวิธีโกยความจริงที่เจ็บปวดภายใต้พรม หรือทำ half-hearted พยายามแก้ไขวรรณคดี กล่าวว่า Ivan Oransky นักข่าวที่ retractions ทางวิทยาศาสตร์ผ่านทางบล็อกของเขาดู Retraction ตรวจสอบ "สำหรับนักวิจัยต่อเธอไปประชาสัมพันธ์ความผิดพลาดของเธอได้แต่มากผิดปกติ นักวิทยาศาสตร์บางคนกังวลว่า retractions ทำ mistrust วิทยาศาสตร์ แต่เมื่อจัดการอย่างเหมาะสมวิธีการของโรนัลด์ได้ พวกเขาเท่านั้นเพิ่มความเชื่อมั่นสาธารณะในงานวิจัย"ใน 1995 โรนัลด์ของทีมพบว่า โปรตีนตัวรับที่เรียกว่า XA21 ช่วยให้ข้าวพืชเพื่อต่อต้านแบคทีเรียองค์กรเป็นสาเหตุของโรคทำลายล้างเรียกว่าอ้อยแห้งระดับต่าง ๆ ภายหลังพบโปรตีนจำนวนมากคล้ายมนุษย์ หนู และสัตว์อื่น ๆ เรียกว่ารูปแบบการรู้ receptors (PRRs), จุดเด่นของพวกเขามีความสามารถในการรู้โมเลกุลพบความหลากหลายของแบคทีเรีย และทำให้เกิดปฏิกิริยาภูมิคุ้มกันเกือบ 15 ปี ทีมงานเปิดเผยว่า XA21 รู้จักโปรตีนจากแบคทีเรียที่เรียกว่า Ax21 คือคีย์ล็อคของ ในทดลองสำคัญ พวกเขาพบว่า ต้องใช้ของ X.oryzae ซึ่งขาดการยีนสำหรับ Ax21 กลายพันธุ์สามารถสำเร็จติดเชื้อใบข้าว ไม่ มีป้ายนี้เอกลักษณ์แบคทีเรีย XA21 ไม่สามารถกำหนดการตอบสนองภูมิคุ้มกัน "การค้นพบทำจำนวนมากรู้สึกเรา และมันดูเหมือนจะพอดีกับทุกอย่างที่เราและผู้อื่นได้แสดงก่อน กล่าวว่า โรนัลด์ ผลลัพธ์ที่เผยแพร่ในปี 2552 ในวิทยาศาสตร์ "มันเป็นเวลาน่าตื่นเต้นมาก"คำแนะนำแรกของมาในเดือน 2012 มิถุนายน เป็นแบบดั้งเดิมสำหรับห้องปฏิบัติการของโรนัลด์ คู่ของสมาชิกใหม่พยายามทำซ้ำการทดลองก่อนหน้านี้ แต่ซ้ำเติม พวกเขาล้มเหลว ทดลองใหม่ซ้ำ ๆ แสดงให้เห็นว่า พืชข้าวอาจยังคงต้านทานสายพันธุ์ x. อัพแห้งระดับต่าง ๆ ที่ขาด Ax21"มันเป็นเรื่องยุ่งยากทำกับข้าว และพวกเขาคิดว่า พวกเขาได้รับการทดลองไม่ถูกต้อง กล่าวว่า โรนัลด์ แต่ในที่สุดพบมีการ mislabeled 2 ของสายพันธุ์กลายพันธุ์ฉบับ 12 แทนที่จะ Ax21 พวกเขาได้ขาดโปรตีนแตกต่างกันที่เรียกว่า RaxSt "เท่าที่เราสามารถคิดออก มันเป็นเพียงการ mix-up กล่าวว่า โรนัลด์ "สมาชิกทีมหนึ่งให้อีก และไม่ได้ตรวจสอบอีกครั้งหนึ่งที่ได้ทดลอง เราควรได้ติดมันเร็ว"เปิดเผยหมายถึง โมเลกุลที่รู้จัก XA21 นั้นยังคงลึกลับ โรนัลด์คิดว่า สายพันธุ์ mislabeled เล็ดรอดผ่านป้องกันข้าวเนื่องจากโมเลกุลที่ไม่รู้จัก การปรับเปลี่ยน RaxSt ว่า XA21 สามารถจดจำ "เรายังไม่รู้ว่ามันคืออะไร และเรากำลังพยายามค้นหา กล่าวว่า โรนัลด์ "ได้กลับไปยังกระดานวาดรูป"เพื่อให้เรื่องแย่ ทีมพบผลที่สำคัญอีกตัวรุ่น Ax21 สังเคราะห์สามารถกระตุ้นการตอบสนองภูมิคุ้มกันในข้าว — ขึ้นอยู่กับการทดสอบน่า และทำซ้ำอาจยังไม่สม่ำเสมอได้แม้ว่าโรนัลด์รู้สึกด้านอื่น ๆ ของกระดาษถูกต้อง เธอไม่ต้องผิดพลาดไป waylay แล็บอื่น ๆ ในขณะที่ทีมงานของเธอซ้ำทดลองอื่น ๆ เธอประกาศเดือนเมษายนล่าสุดปัญหาที่ประชุมภูมิคุ้มกันพืช และติดต่อวิทยาศาสตร์ร่นกระดาษ "อยากให้แน่ใจว่าที่เราได้คำออกก่อน เธอกล่าว สายพันธุ์ mislabeled ยังใช้ในการทดลองในแบบกระดาษสอง ซึ่งถูกตีพิมพ์ในปี 2554 ใน PLOS หนึ่ง และยังไม่หดเดือน"เรียงลำดับออกสถานการณ์ได้เอง และเป็นมืออาชีพความเจ็บปวดทั้งหมดที่เกี่ยวข้องกับ โรนัลด์เขียนในโพสต์บล็อกใหม่ "ปฏิบัติการอดีตสมาชิกที่เริ่มตำแหน่งใหม่เป็นอาจารย์ในเกาหลีและประเทศไทยถูกทำลายเพื่อเรียนรู้ว่า [เรา] สามารถทำซ้ำงานของพวกเขาไม่ จูเนียร์นักวิทยาศาสตร์ในห้องปฏิบัติการกังวลจะ tarnished อาชีพของพวกเขา... ใช้มีอยู่ ความกล้าหาญ และความเชื่อมั่นสามัคคีกันเข้าไว้เป็นทีมตลอดทั้งปีนี้"ข้อผิดพลาดอาจไม่พบเลยถ้าเธอปฏิบัติได้ไม่บ่อยซ้ำทดลองเก่า แต่โรนัลด์ reticent เพื่อกำหนดวิธีการเดียวกันสำหรับกลุ่มอื่น ๆ "ก็ไม่จริงในห้องปฏิบัติการมากที่สุด เธอบอกนักวิทยาศาสตร์ที่ "นักวิทยาศาสตร์ไป ย้ายโครงการบน มีกำลังทุนปัญหา บทใหญ่คงเป็นอะไรเรารู้อยู่แล้ว: คุณไม่สามารถพึ่งพารายงานเผยแพร่เดียว หรือยิ่งกว่านั้น "นักวิทยาศาสตร์อื่น ๆ ในฟิลด์ได้รับ retractions ที่ดี "ฉันรู้สึกมั่นใจอย่างแน่นอนว่า มีคือการไม่ตกโกง กล่าวว่า อัลเบิร์ท Markus พืชนักชีววิทยาจากมหาวิทยาลัย Tubingen บริสุทธิ์ และระบุโมเลกุลซึ่งเป็นที่รู้จัก โดย PRRs "ได้ และยังคง เป็น ยาก เขากล่าวว่า "มิฉะนั้น ของพวกเขาจะระบุ [ขณะนี้]"จะ complicate เรื่อง แล็บน้อยสามจีนสำเร็จได้จำลองของโรนัลด์ Ax21 ทดลองแบบ "ผมได้พูดคุยกับทั้งหมดอื่นห้องปฏิบัติการ และพวกเขากำลังทั้งหมดความมั่นใจในผลของพวกเขา โรนัลด์กล่าว Wenxian ซันจากจีนเกษตรมหาวิทยาลัย ผู้นำ หนึ่งของการศึกษาที่เผยแพร่ออนไลน์ใน Phytopathology กล่าวว่า เขาได้ช้าประกาศอย่างเป็นทางการจนกระทั่งเขาสามารถทำซ้ำผลลัพธ์สำคัญ ทีมอื่น ๆ ที่ไม่ตอบสนองการร้องขอสำหรับข้อคิดเห็น"ความจริงที่ว่า ห้องปฏิบัติการต่าง ๆ มีรายงานว่า อาจตอนนี้ดูได้เนื่องจากข้อมูลอาจทำให้หยุดชั่วคราวหนึ่ง กล่าวว่า Sophien Kamoun พืชนักชีววิทยาในห้องปฏิบัติการ Sainsbury พร้อมกับศึกษาจีน เขาชี้ไปยังเอกสารอื่น ๆ สามที่ "ถูกโจมตี หรืออาจ" เนื่องจากพวกเขายังเกี่ยวข้องกับ Ax21: จากกลุ่มของโรนัลด์ ซึ่งพบว่า ได้รับการตัด และย้ายออกหลังจากสัมผัสกับ Ax21; XA21 หนึ่งที่โรนัลด์เป็น collaborator ซึ่งพบว่า Ax21 โต้ตอบกับตัวรับอื่นที่เรียกว่า FLS2 ภูมิคุ้มกัน และที่สามจากการแล็บอิสระ ซึ่งพบว่า แบคทีเรียบางอย่างใช้ Ax21 เพื่อสื่อสารกัน ซึ่งผลลัพธ์คล้ายกับตอนกดกระดาษ PLOS หนึ่งของโรนัลด์ "แท้จริงฉันหวังที่จะเห็นผู้เขียนของเอกสารที่ใช้ Ax21 ออกโรงชี้แจงงาน, " Kamoun กล่าวว่า

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

สองตัวอย่างของเชื้อแบคทีเรียที่ถูกเรียกไม่ถูกหลายปีที่ผ่านมาได้นำไปสู่การเพิกถอนของสองเอกสารรวมทั้งสูงอ้างหนึ่งที่ตีพิมพ์ในวิทยาศาสตร์. ในปี 2009 ทีมนักวิทยาศาสตร์จากมหาวิทยาลัยแคลิฟอร์เนียเดวิสนำโดยพันธุกรรมพืชพาเมล่าโรนัลด์ ระบุโมเลกุลของเชื้อแบคทีเรียที่เป็นที่ยอมรับจากระบบภูมิคุ้มกันของพืชข้าว มันเป็นสุดยอดของการแสวงหาแนวทางห้องปฏิบัติการที่จะเข้าใจวิธีการเพาะปลูกที่สำคัญกระทงการติดเชื้อและกระดาษได้ตั้งแต่รับการอ้างถึง 131 ครั้ง. แต่เมื่อสมาชิกในห้องปฏิบัติการใหม่ที่ยังไม่สามารถทำซ้ำผลก่อนหน้านี้ทีมงานค้นพบว่าหนึ่งในการทดลองก่อนหน้านี้มี รับการดำเนินการที่มีสายพันธุ์แบคทีเรียที่เรียกไม่ถูกขณะที่คนอื่นได้ใช้การทดสอบที่ไม่น่าเชื่อถือ โรนัลด์ประกาศปัญหาให้กับผู้อื่นในด้านที่ประชุมและได้ถอนตอนนี้กระดาษ. "ไม่เคยมีคำถามใด ๆ แม้จะมาจากคนที่ได้ทำงานที่เดิมที่เราทำอะไรที่แตกต่างกว่าที่ดึงกระดาษถ้ามันเป็นความผิด "โรนัลด์กล่าวว่า "เราไม่ได้ต้องการที่จะเข้าใจผิดคนอื่น." สาเหตุที่พบบ่อยที่สุดของการหดทางวิทยาศาสตร์มีความประพฤติมิชอบหรือทุจริตค้นพบผ่านการกระทำของโบหรือเพื่อนร่วมงานอย่างใกล้ชิด มันเป็นยากที่จะเห็นห้องปฏิบัติการค้นพบและเป็นเจ้าของได้ถึงความผิดพลาดของตัวเองซื่อสัตย์ "บ่อยครั้งที่นักวิทยาศาสตร์สถาบันของพวกเขาและวารสารหาวิธีที่จะกวาดความเป็นจริงที่เจ็บปวดใต้พรมหรือทำให้ความพยายามที่ไม่เต็มใจที่จะแก้ไขวรรณคดี" อีวาน Oransky, นักข่าวที่ตรวจสอบทางวิทยาศาสตร์หดผ่านบล็อกเพิกถอนนาฬิกาของเขากล่าวว่า "สำหรับนักวิจัยที่จะออกไปจากทางของเธอที่จะเผยแพร่ความผิดพลาดของเธอเป็นที่น่าเสียดายมากผิดปกติ นักวิทยาศาสตร์บางคนกังวลว่าหดนำไปสู่ความไม่ไว้วางใจของวิทยาศาสตร์ แต่เมื่อการจัดการอย่างเหมาะสมทางโรนัลด์ได้รับพวกเขาเท่านั้นที่สร้างความเชื่อมั่นของประชาชนในการวิจัย. " ในปี 1995 ทีมงานของโรนัลด์แสดงให้เห็นว่าโปรตีนที่เรียกว่า XA21 ช่วยให้ต้นข้าวที่จะต่อต้านการทำลายล้าง ก่อให้เกิดโรคที่เรียกว่าแบคทีเรีย Xanthomonas oryzae โปรตีนที่คล้ายกันหลายคนถูกค้นพบในภายหลังในมนุษย์หนูและสัตว์อื่น ๆ ที่รู้จักกันในรูปแบบการรับการรับรู้ (PRRs) จุดเด่นของพวกเขาคือความสามารถในการรับรู้โมเลกุลที่พบในความหลากหลายของเชื้อแบคทีเรียและก่อให้เกิดปฏิกิริยาภูมิคุ้มกัน. เกือบ 15 ปีต่อมาทีมงานเปิดเผยว่า XA21 ตระหนักถึงโปรตีนจากแบคทีเรียที่เรียกว่า Ax21-กุญแจสำคัญในการ ล็อคของ ในการทดลองที่สำคัญพวกเขาแสดงให้เห็นว่าสายพันธุ์ที่กลายพันธุ์ของ X.oryzae ซึ่งขาดยีนสำหรับ Ax21 ประสบความสำเร็จสามารถติดเชื้อใบข้าว โดยไม่ต้องมีป้ายตัวตนนี้แบคทีเรีย XA21 ไม่สามารถติดการตอบสนองของระบบภูมิคุ้มกัน "การค้นพบทำให้ความรู้สึกมากกับเราและมันก็ดูเหมือนจะพอดีกับทุกสิ่งที่เราและคนอื่น ๆ ได้แสดงให้เห็นมาก่อน" โรนัลด์ซึ่งมีผลการวิจัยที่ตีพิมพ์ในปี 2009 ในสาขาวิทยาศาสตร์กล่าวว่า "มันเป็นช่วงเวลาที่น่าตื่นเต้นมาก." คำใบ้แรกของปัญหามาในเดือนมิถุนายน 2012 ในฐานะที่เป็นแบบดั้งเดิมสำหรับห้องปฏิบัติการของโรนัลด์, คู่สมาชิกใหม่ที่พยายามที่จะทำซ้ำการทดลองก่อนหน้านี้ แต่เวลาและอีกครั้งที่พวกเขาล้มเหลว การทดลองใหม่ซ้ำ ๆ พบว่าต้นข้าวยังคงสามารถต้านทานสายพันธุ์เอ็กซ์ oryzae ที่ขาด Ax21. "มันเป็นเรื่องยุ่งยากที่จะทำงานร่วมกับข้าวและพวกเขาคิดว่าพวกเขาได้รับการทดลองผิด" โรนัลด์กล่าวว่า แต่ในที่สุดพวกเขาก็พบว่า 2 ใน 12 สายพันธุ์ที่กลายพันธุ์เดิมที่ได้รับการเรียกไม่ถูก แทนที่จะ Ax21 พวกเขาหายไปโปรตีนที่แตกต่างกันเรียกว่า RaxSt "เท่าที่เราสามารถคิดออกว่ามันเป็นเพียงผสมขึ้น" โรนัลด์กล่าวว่า "สมาชิกในทีมหนึ่งให้มันไปยังอีกและเป็นผู้หนึ่งที่ได้ทดลองไม่ได้ตรวจสอบอีกครั้ง เราควรจะได้จับมันเร็ว. " เปิดเผยหมายความว่าโมเลกุลที่ XA21 ตระหนักถึงยังคงเป็นปริศนา โรนัลด์คิดว่าสายพันธุ์ที่เรียกไม่ถูกลื่นป้องกันข้าวที่ผ่านมาเพราะ RaxSt ปรับเปลี่ยนโมเลกุลที่ไม่รู้จักเพื่อให้ XA21 สามารถรับรู้มัน "เรายังไม่ทราบว่ามันคืออะไรและเรากำลังพยายามที่จะหามัน" โรนัลด์กล่าวว่า "มันกลับไปที่กระดานวาดภาพ." เพื่อให้เรื่องเลวทีมงานพบว่าผลที่สำคัญอีกรุ่นสังเคราะห์ของ Ax21 อาจทำให้การตอบสนองของภูมิคุ้มกันในข้าวขึ้นอยู่กับการทดสอบที่ไม่น่าเชื่อถือและสามารถยังไม่ซ้ำอย่างต่อเนื่องแม้ว่าโรนัลด์รู้สึกว่าด้านอื่น ๆ ของกระดาษยังคงถูกต้อง, เธอไม่ต้องการความผิดพลาดในการซุ่มโจมตีห้องปฏิบัติการอื่น ๆ ในขณะที่ทีมงานของเธอซ้ำแล้วซ้ำอีกการทดลองอื่น ๆ เธอบอกปัญหาในที่ประชุมภูมิคุ้มกันพืชเมื่อเดือนเมษายนและติดต่อวิทยาศาสตร์จะดึงกระดาษ "ผมอยากจะให้แน่ใจว่าเราได้ออกคำต้น" เธอกล่าว สายพันธุ์ที่เรียกไม่ถูกยังถูกนำมาใช้ในการทดลองในกระดาษที่สองซึ่งถูกตีพิมพ์ในปี 2011 ใน PLoS ONE และได้รับการหดยังเดือนที่ผ่านมา. "เรียงลำดับจากสถานการณ์ที่เป็นส่วนตัวและอาชีพเจ็บปวดสำหรับทุกคนที่เกี่ยวข้อง" โรนัลด์เขียนไว้ในโพสต์บล็อกใหม่ . "อดีตสมาชิกในห้องปฏิบัติการที่ได้เริ่มตำแหน่งใหม่เป็นอาจารย์ในเกาหลีและไทยถูกทำลายจะเรียนรู้ว่า [เรา] ไม่สามารถทำซ้ำการทำงานของพวกเขา นักวิทยาศาสตร์ในห้องปฏิบัติการ Junior ห่วงอาชีพของพวกเขาจะถูกทำให้มัวหมอง . . . มันต้องใช้เวลาความคงทนความกล้าหาญและความเชื่อมั่นที่จะติดร่วมกันเป็นทีมตลอดทั้งปีนี้มีความท้าทาย. " ความผิดพลาดที่อาจไม่เคยได้รับการค้นพบที่ทุกคนถ้าห้องปฏิบัติการของเธอไม่ได้ทั่วไปทำซ้ำการทดลองเก่า แต่โรนัลด์เป็นเงื่อนงำที่จะกำหนดวิธีการเดียวกันสำหรับกลุ่มอื่น ๆ . "มันเป็นเพียงไม่จริงสำหรับห้องปฏิบัติการมากที่สุด" เธอบอกนักวิทยาศาสตร์ "นักวิทยาศาสตร์ย้ายโครงการย้ายไปมีปัญหาการระดมทุน บทเรียนที่ใหญ่กว่าน่าจะเป็นสิ่งที่เรารู้อยู่แล้วว่าคุณไม่สามารถพึ่งพารายงานที่ตีพิมพ์เดียวหรือมากขึ้นกว่าที่ ". นักวิทยาศาสตร์อื่น ๆ ในเขตที่มีการดำเนินการหดในความเชื่อที่ดี "ฉันรู้สึกมั่นใจว่าไม่มีเจตนาโกง" มาร์คัสอัลเบิร์นักชีววิทยาพืชจากมหาวิทยาลัย Tubingen กล่าวว่า บริสุทธิ์และระบุโมเลกุลที่เป็นที่ยอมรับโดย PRRs "ได้และยังคงเป็นเรื่องที่ยาก" เขากล่าว "มิฉะนั้นขึ้นของพวกเขาจะได้รับการระบุ [ตอนนี้]." จะทำให้เรื่องยุ่งยากอย่างน้อยสามห้องปฏิบัติการภาษาจีนมีการจำลองแบบที่ประสบความสำเร็จของโรนัลด์ Ax21 ทดลอง "ผมได้พูดคุยกับทุกห้องปฏิบัติการอื่น ๆ และพวกเขากำลังทั้งหมดมีความมั่นใจในผลการค้นหาของพวกเขา" โรนัลด์กล่าวว่า Wenxian อาทิตย์จากประเทศจีนมหาวิทยาลัยเกษตรที่นำหนึ่งของการศึกษาที่ตีพิมพ์ออนไลน์ใน Phytopathology บอกว่าเขามีความล่าช้าสิ่งพิมพ์อย่างเป็นทางการจนกว่าเขาจะสามารถทำซ้ำผลที่สำคัญ ทีมอื่น ๆ ที่ไม่ตอบสนองต่อการร้องขอสำหรับความคิดเห็น. "ความจริงที่ว่าห้องปฏิบัติการหลายแห่งมีการรายงานสิ่งที่ตอนนี้อาจจะถูกมองว่าเป็นข้อมูลที่น่าสงสัยทำให้คนหยุด" Sophien Kamoun นักชีววิทยาพืชที่ห้องปฏิบัติการเซนส์กล่าวว่า พร้อมกับการศึกษาภาษาจีนที่เขาชี้ไปที่สามเอกสารอื่น ๆ ที่มีทั้ง "บุกรุกหรือสงสัย" เพราะพวกเขายังมีส่วนเกี่ยวข้องกับ Ax21 หนึ่งจากกลุ่มโรนัลด์ซึ่งพบว่าได้รับการตัด XA21 และย้ายหลังจากที่สัมผัสกับ Ax21; หนึ่งที่แสดงโรนัลด์เป็นผู้สมรู้ร่วมซึ่งพบว่ามีปฏิสัมพันธ์กับ Ax21 รับภูมิคุ้มกันที่เรียกว่า FLS2; และคนที่สามจากห้องปฏิบัติการอิสระซึ่งพบว่าบางแบคทีเรียใช้ Ax21 การสื่อสารกับแต่ละอื่น ๆ ผลคล้ายกับโรนัลด์ตอนนี้-หด PLoS ONE กระดาษ.  "ผมหวังเป็นอย่างยิ่งที่จะเห็นผู้เขียนของเอกสารที่อยู่บนพื้นฐาน Ax21 มาข้างหน้า เพื่อชี้แจงการทำงานของพวกเขา "Kamoun กล่าวว่า

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

สองตัวอย่างของแบคทีเรียที่ถูกปลอมหลายปีที่ผ่านมาทำให้การหดตัวของทั้งสองเอกสาร รวมทั้งขออ้างหนึ่งที่ตีพิมพ์ในวิทยาศาสตร์ .

ใน 2009 , ทีมนักวิทยาศาสตร์จากมหาวิทยาลัยแห่งแคลิฟอร์เนีย นำโดยนักพันธุศาสตร์พืชพาเมล่าโรนัลด์ ระบุโมเลกุลแบคทีเรียที่ได้รับการยอมรับโดยระบบภูมิคุ้มกันของ ข้าว พืชมันคือสุดยอดของแล็บยาวนานเควสเข้าใจว่าพืชสำคัญนี้ thwarts เชื้อและกระดาษมีตั้งแต่ถูกอ้าง 131 ครั้ง

แต่เมื่อสมาชิกแล็บใหม่ไม่สามารถทำซ้ำผลลัพธ์ที่ก่อนหน้านี้ทีมค้นพบว่าหนึ่งในการทดลองก่อนหน้านี้ได้ทำปลอมสายพันธุ์แบคทีเรีย ในขณะที่อีกคนก็ใช้ การทดสอบที่ไม่น่าเชื่อถือโรนัลด์ประกาศปัญหาผู้อื่นในเขตข้อมูลในที่ประชุม และมีแอนกระดาษ

" ไม่เคยมีคำถามใด ๆ แม้แต่จากผู้ที่ทำงานเดิมที่เราทำสิ่งที่แตกต่างกว่าดึงกระดาษ ถ้ามันผิด " โรนัลด์ " เราไม่ได้ต้องการที่จะหลอกลวงใคร "

ส่วนใหญ่สาเหตุของการประพฤติผิดทางวิทยาศาสตร์ retractions อยู่รึเปล่า หรือฉ้อโกงค้นพบผ่านการกระทำของเหตุหรือเพื่อนตื่นตัว . มันก็ยากที่จะเห็น Labs ค้นพบและเป็นเจ้าของได้ถึงความผิดพลาดของตัวเอง ที่ซื่อสัตย์ " บ่อยเกินไป นักวิทยาศาสตร์ของสถาบัน และวารสารเพื่อหาวิธีกวาดใต้พรม ความเป็นจริงที่เจ็บปวด หรือทำให้ความพยายามครึ่งใจถูกต้องวรรณกรรม " ไหม กล่าวว่า oransky วาน ,เป็นนักข่าวที่จอภาพ retractions ทางวิทยาศาสตร์ผ่านบล็อกของเขาทำมาดู " สำหรับนักวิจัยที่จะออกไปทางของเธอที่จะเผยแพร่ความผิดพลาดของเธอแต่น่าเสียดายมากผิดปกติ นักวิทยาศาสตร์บางคนกังวลว่า retractions นำไปสู่ความหวาดระแวงของวิทยาศาสตร์ แต่เมื่อจัดการอย่างเหมาะสมอย่างโรนัลด์ ได้รับพวกเขาเพียงเพิ่มความเชื่อมั่นของประชาชนในการวิจัย . "

ใน 1995ทีมโรนัลด์ก็พบว่าตัวรับโปรตีนที่เรียกว่า xa21 ช่วยให้ต้นข้าวต้านทานโรคที่ก่อให้เกิดแบคทีเรีย Xanthomonas oryzae แรงที่เรียกว่า . โปรตีนที่คล้ายคลึงกันมาก คือ ภายหลังค้นพบในมนุษย์ หนู และสัตว์อื่น ๆ ที่รู้จักกันเป็นลวดลายตัวรับ ( prrs ) จุดเด่นของพวกเขาคือความสามารถในการจำโมเลกุลที่พบในความหลากหลายของเชื้อแบคทีเรียและกระตุ้นปฏิกิริยาภูมิคุ้มกัน

เกือบ 15 ปี ต่อมา ทีมงานเปิดเผยว่า xa21 รู้จักแบคทีเรียโปรตีนที่เรียกว่า ax21 กุญแจเพื่อล็อค ในการทดลองที่สำคัญ พวกเขาพบว่าสายพันธุ์ที่กลายพันธุ์ของ x.oryzae ซึ่งขาดยีนสำหรับ ax21 สามารถเรียบร้อยแล้วติดใบข้าว . โดยไม่ต้องนี้แบคทีเรียเอกลักษณ์ตรา xa21 อาจไม่ติด มีภูมิคุ้มกัน " การค้นพบที่ทำให้ความรู้สึกมากกับเราและมันดูเหมือนจะพอดีกับทุกสิ่งที่เราและคนอื่น ๆได้แสดงให้เห็นว่า ก่อนกล่าวว่า " โรนัลด์ ที่มีผลตีพิมพ์ในปี 2009 ในวิทยาศาสตร์ " มันเป็นช่วงเวลาที่น่าตื่นเต้นมาก "

แรกคำใบ้ของปัญหาออกมาในเดือนมิถุนายน 2012 เป็นแบบดั้งเดิมของโรนัลด์ ห้องปฏิบัติการของ สองสมาชิกใหม่พยายามที่จะทำซ้ำการทดลองก่อนหน้านี้ แต่เวลาและอีกครั้งที่พวกเขาล้มเหลวการทดลองใหม่ซ้ำ พบว่า ต้นข้าวยังสามารถต้านทาน X . oryzae สายพันธุ์ที่ขาด ax21 .

" มันเป็นเรื่องยุ่งยากที่จะทำงานกับข้าว และพวกเขาคิดว่าพวกเขาได้รับการทดลองผิด " โรนัลด์ แต่พวกเขาก็พบว่า 2 จาก 12 ฉบับกลายพันธุ์สายพันธุ์ได้รับการปลอม . มากกว่า ax21 พวกเขาขาดโปรตีนต่าง ๆเรียกว่า raxst ." เท่าที่เราคิดออก ก็ผสมขึ้น , " กล่าวว่า โรนัลด์ " หนึ่งในสมาชิกทีมให้อีก และคนที่ทำการทดลองไม่ได้เช็คอีกที เราควรจะจับมันเร็ว . . . "

การหมายความว่าโมเลกุลที่ xa21 จำยังคงลึกลับ โรนัลด์คิดว่าปลอมสายพันธุ์ข้าวป้องกันลื่นอดีตเพราะ raxst ปรับเปลี่ยนโมเลกุลที่ไม่รู้จักเพื่อให้ xa21 สามารถจำมันได้ " เรายังไม่รู้ว่ามันคืออะไร และเรากำลังพยายามตามหามัน กล่าวว่า โรนัลด์ " มันกลับไปที่กระดานวาดภาพ "

เพื่อให้เรื่องแย่กว่านั้นคือ ทีม พบว่า ผลที่สำคัญอื่นที่เป็นรุ่นสังเคราะห์ของ ax21 สามารถกระตุ้นการตอบสนองภูมิคุ้มกันในข้าวขึ้นอยู่กับการทดสอบเสถียรภาพ และอาจไม่เสมอ

ซ้ำแม้ว่าโรนัลด์รู้สึกว่าด้านอื่น ๆของกระดาษจะยังคงใช้ได้ เธอไม่ต้องการความผิดพลาดเพื่อดักโจมตีห้องปฏิบัติการอื่น ๆในขณะที่ทีมของเธอซ้ำการทดลองอื่น ๆ เธอประกาศปัญหาที่โรงงานภูมิคุ้มกันการประชุมเดือนเมษายน และ ติดต่อวิทยาศาสตร์เพื่อดึงกระดาษ " ผมต้องการให้แน่ใจว่า เราได้พูดออกไปก่อน " เธอกล่าวการปลอมเมื่อย ก็ใช้ในการทดลองในกระดาษที่สองซึ่งได้รับการตีพิมพ์ในปี 2011 ใน PLoS One และยังถูกปลดจากตำแหน่งเมื่อเดือนที่แล้ว

" แยกสถานการณ์ส่วนตัวและเจ็บปวดอย่างมืออาชีพสำหรับทุกคน " โรนัลด์ เขียนในบล็อกโพสต์ใหม่อดีตสมาชิก " แล็บที่ได้เริ่มตำแหน่งใหม่เป็นอาจารย์ในเกาหลีและไทยถูกทำลายเพื่อเรียนรู้ว่า [ เรา ] จะไม่ทำซ้ำงานของพวกเขา จูเนียร์นักวิทยาศาสตร์ในห้องปฏิบัติการกังวลอาชีพของพวกเขาจะถูกทำให้มัวหมอง . . . . . . . มันเอาความพยายาม ความกล้า และความมั่นใจที่จะติดกันเป็นทีมตลอดทั้งปี "

ที่ท้าทายนี้ความผิดพลาดที่อาจไม่เคยเจอเลยถ้าเธอไม่ทำซ้ำการทดลองที่ห้องทดลองเก่า แต่โรนัลจะพูดน้อยไปบัญญัติวิธีการเดียวกันสำหรับกลุ่มอื่น ๆ " มันไม่มีเหตุผลสำหรับห้องปฏิบัติการมากที่สุด " เขาบอกนักวิทยาศาสตร์ " นักวิทยาศาสตร์เดินหน้าโครงการย้าย มีทุน ปัญหา บทเรียนที่ยิ่งใหญ่อาจเป็นสิ่งที่เรารู้อยู่แล้วว่า :คุณไม่สามารถพึ่งพาเดียวเผยแพร่รายงานหรือมากกว่านั้น "

อื่นๆ นักวิทยาศาสตร์ในสาขาถ่าย retractions โดยสุจริต " ผมรู้สึกมั่นใจจริง ๆว่า ไม่มีเจตนาโกง " Markus Albert , นักชีววิทยาทางด้านพืช จาก มหาวิทยาลัย ทูบินเกน . บริสุทธิ์และระบุไหมโมเลกุลที่รู้จัก prrs " และยังคงเป็นหัวข้อที่ยาก" เขากล่าวว่า " ไม่อย่างนั้น เพิ่มเติมของพวกเขาจะได้รับการระบุ [ ตอนนี้ ] "

ยุ่งยาก อย่างน้อยสาม Labs จีนได้นำ ax21 โรนัลด์ ของการทดลอง " ผมได้คุยกับ อื่นๆ ทั้งหมด ห้องปฏิบัติการ และพวกเขาเชื่อมั่นในผลของพวกเขา " โรนัลด์ กล่าว wenxian Sun จากมหาวิทยาลัยการเกษตรจีนที่ทำให้หนึ่งของการศึกษาที่เผยแพร่ออนไลน์ใน phytopathology , กล่าวว่าเขาได้ล่าช้าสิ่งพิมพ์อย่างเป็นทางการจนกว่าเขาจะสามารถทำซ้ำผลลัพธ์สำคัญ ทีมอื่นไม่ตอบสนองต่อการร้องขอสำหรับความคิดเห็น

" ความจริงที่ว่าหลาย Labs ได้รายงานว่าตอนนี้อาจถูกมองว่าเป็นข้อมูลที่น่าสงสัยให้หนึ่งหยุด กล่าวว่า sophien kamoun โรงงาน นักชีววิทยาที่ปฏิบัติการใหม่ .พร้อมกับศึกษาภาษาจีน เขาชี้ไปยังสามเอกสารอื่น ๆ ที่มีทั้ง " ละเมิด หรือน่าสงสัย " เพราะพวกเขายังเกี่ยวข้องกับ ax21 : หนึ่งจากโรนัลด์ กรุ๊ป ซึ่งพบว่า xa21 ถูกตัดและย้ายหลังจากการเปิดรับ ax21 หนึ่งรายการ โรนัลด์ เป็นคนขายชาติ ซึ่งพบว่า ax21 โต้ตอบกับตัวรับที่เรียกว่า fls2 ภูมิคุ้มกันอื่น ; และสามจากห้องทดลองอิสระซึ่งพบว่า แบคทีเรียบางชนิดใช้ ax21 เพื่อสื่อสารกับแต่ละ other-a คล้ายกันส่งผลให้โรนัลด์ ตอนนี้หด PLoS กระดาษหนึ่ง รึเปล่า

" แท้จริงฉันหวังที่จะเห็นผู้เขียนเอกสารที่อยู่บนพื้นฐานของ ax21 ออกมาชี้แจงงานของพวกเขา " kamoun กล่าว