PCR amplification and sequencing of

PCR amplification and sequencing of 16S rRNA gene
Genomic DNA from freshly grown culture of strain SJ-101
was isolated and purified by a cetyltrimethylammonium
bromide (CTAB) miniprep procedure [12]. Total genomic
DNA (50 ng) was used as a template for amplification of
16SrRNA gene employing primers, fD1 (5’-
AGAGTTTGATCCTGGCTCAG-3’) and rD1 (5’-
AAGGAGGTGATCCAGCC-3’) complementary to the 5'
and 3’ regions of eubacterial 16S rRNA genes,
respectively. The amplicon was gel purified using a Gel
Extraction kit (Qiagen, USA) and sub-cloned into pGEMTEasy
vector (Promega, USA). The selected clone was
subjected to sequencing of 16SrRNA gene fragment with
SP6 and T7 sequencing primers using ABI prism 3730
sequencer.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

กระบือและลำดับของยีน 16S rRNAดีเอ็นเอออกจากสดปลูกวัฒนธรรมของสายพันธุ์เอสเจ-101แยก และบริสุทธิ์ โดย cetyltrimethylammoniumกระบวนการ miniprep โบรไมด์ (CTAB) [12] ผลรวมออกดีเอ็นเอ (50 ฉบับ) ใช้เป็นแม่แบบสำหรับการขยายของยีน 16SrRNA ใช้ไพรเมอร์ fD1 (5'-AGAGTTTGATCCTGGCTCAG-3') และ rD1 (5'-AAGGAGGTGATCCAGCC-3') ประกอบกับ 5'และภูมิภาค 3' ของยีน eubacterial 16S rRNAตามลาดับ Amplicon ถูกเจบริสุทธิ์ใช้เจลแยกชุด (Qiagen สหรัฐอเมริกา) และย่อยโคลนลงใน pGEMTEasyเวกเตอร์ (Promega สหรัฐอเมริกา) ถูกโคลนเลือกการจัดลำดับของส่วนยีน 16SrRNA กับไพรลำดับ SP6 และ T7 เมอร์ที่ใช้ปริซึม ABI 3730ซีเควนเซอร์

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ขยาย PCR และการเรียงลำดับของยีน 16S rRNA
ดีเอ็นเอจากการเพาะปลูกสดสายพันธุ์ SJ-101
ถูกแยกและทำให้บริสุทธิ์โดย cetyltrimethylammonium
โบรไมด์ (CTAB) ขั้นตอน miniprep [12] รวมจีโนม
ดีเอ็นเอ (50 NG) ถูกนำมาใช้เป็นแม่แบบสำหรับการขยายของ
ไพรเมอร์ 16SrRNA ยีนจ้าง FD1 (5'-
AGAGTTTGATCCTGGCTCAG-3) และ Rd1 (5'-
AAGGAGGTGATCCAGCC-3 ') ประกอบกับ 5'
และ 3 'ภูมิภาค ของ eubacterial ยีน 16S rRNA,
ตามลำดับ amplicon ถูกเจลบริสุทธิ์โดยใช้เจล
ชุดสกัด (Qiagen, สหรัฐอเมริกา) และย่อยโคลนเข้าสู่ pGEMTEasy
เวกเตอร์ (Promega, สหรัฐอเมริกา) โคลนที่เลือกถูก
ยัดเยียดให้ลำดับของชิ้นส่วนยีน 16SrRNA กับ
SP6 และ T7 ไพรเมอร์ใช้ลำดับ ABI Prism 3730
ซีเควน

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การขยาย PCR และการหาลำดับเบสของยีน 16S rRNAดีเอ็นเอจากวัฒนธรรมของ sj-101 สายพันธุ์ที่ปลูกใหม่ๆแยกและทำให้บริสุทธิ์ โดย cetyltrimethylammoniumโบรไมด์ ( ctab ) miniprep ขั้นตอน [ 12 ] จีโนมทั้งหมดดีเอ็นเอ ( 50 กรัม ) ถูกใช้เป็นแม่แบบสำหรับการขยายของ16srrna ยีนโดยใช้ไพรเมอร์เพื่อการวิเคราะห์ ( " - 5agagtttgatcctggctcag-3 " ) และ rd1 ( " - 5aaggaggtgatccagcc-3 ประกอบกับ 5 " " )และ 3 " ของยีน 16S rRNA eubacterial ภูมิภาค ,ตามลำดับ และที่เป็นเจลบริสุทธิ์ใช้เจลชุดสกัด ( เพิ่ม , USA ) และโคลนเข้า pgemteasy ย่อยเวกเตอร์ ( promega , USA ) ที่เลือกคือภายใต้การ 16srrna จำเพาะกับยีนsp6 6 กับ 7 ลำดับไพรเมอร์ใช้ปริซึม 940 อาบีซีเควนเซอร์ .