All protein preparation were done i

All protein preparation were done in Molrego Virtual Docker (MVD) (6.0, Molergo-a CLC Bio Company, Denmark) by assigning bonds to the covalently bound atoms for a distance of more than 0.4 Å but less than their covalent radii with addition of a threshold of 0.45 Å (which is 0.4865 Å for Phosphorus). Bond order and hybridization state were assigned by the automatic preparation mode of MVD and explicit hydrogens were added based on the implicit ones with no energy minimization. Charges were assigned according to the scoring function used (MolDock Scoring Function). Finally tripos atom types and atom hydrogen bonding were set during preparation.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

เตรียมโปรตีนทั้งหมดทำใน Molrego เสมือน Docker (MVD) (6.0, Molergo เป็น บริษัทไบ CLC เดนมาร์ก) โดยการกำหนดพันธบัตรอะตอม covalently ผูกสำหรับระยะมากกว่า 0.4 Åแต่น้อยกว่ารัศมีของ covalent กับเพิ่มขีดจำกัดของ 0.45 Å (ซึ่งเป็น 0.4865 Åสำหรับฟอสฟอรัส) สถานะใบสั่งและ hybridization พันธบัตรถูกกำหนด โดยโหมดอัตโนมัติเตรียมของ MVD และ hydrogens ชัดเจนเพิ่มตามคนนัยด้วยการลดพลังงานไม่ มีกำหนดค่าธรรมเนียมตามคะแนนฟังก์ชันใช้ (MolDock คะแนนฟังก์ชัน) สุดท้าย tripos ชนิดอะตอมและอะตอมไฮโดรเจนยึดที่ได้ระหว่างการเตรียม

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

การเตรียมโปรตีนทั้งหมดถูกทำใน Molrego เสมือนหาง (MVD) (6.0 Molergo-a CLC ไบโอ บริษัท เดนมาร์ก) โดยการกำหนดพันธบัตรอะตอมผูกพันโควาเลนต์เป็นระยะทางมากกว่า 0.4 แต่น้อยกว่ารัศมีโควาเลนต์ของพวกเขาด้วยนอกเหนือจาก เกณฑ์ของ 0.45 Å (ซึ่งเป็น 0.4865 สำหรับฟอสฟอรัส) การสั่งซื้อตราสารหนี้และรัฐพันธุ์ที่ได้รับมอบหมายจากโหมดเตรียมอัตโนมัติของ MVD และไฮโดรเจนอย่างชัดเจนถูกเพิ่มขึ้นอยู่กับคนที่มีนัยลดพลังงาน ค่าใช้จ่ายที่ได้รับมอบหมายตามฟังก์ชั่นที่ใช้ในการให้คะแนน (MolDock ฟังก์ชั่นการให้คะแนน) สุดท้ายประเภท Tripos อะตอมและอะตอมไฮโดรเจนที่ตั้งอยู่ในระหว่างการเตรียม

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การเตรียมโปรตีนทั้งหมดทำใน molrego เสมือนนักเทียบท่า ( การแบ่งตัวของเซลล์มะเร็ง ) ( 6.0 molergo-a CLC ชีวภาพ บริษัท เดนมาร์ก ) โดยให้เสนอต่อ covalently ผูกอะตอม มีระยะทางมากกว่า 0.4 •แต่น้อยกว่ารัศมีโควาของพวกเขาด้วยการเพิ่มเกณฑ์ของ 0.45 กริพเพน ( ซึ่งเป็น 0.4865 •ธาตุฟอสฟอรัส )พันธบัตรสั่ง ( รัฐและได้รับมอบหมายจากการแบ่งตัวของเซลล์มะเร็ง และโหมดอัตโนมัติที่มีไฮโดรเจนเพิ่มตามนัยที่ไม่มีพลังงานลด . ค่าธรรมเนียมที่ได้รับมอบหมายตามฟังก์ชันที่ใช้เกณฑ์การให้คะแนน ( คะแนน moldock ฟังก์ชัน ) ในที่สุด tripos อะตอมและอะตอมไฮโดรเจนและพันธะที่ตั้งอยู่ในระหว่างการเตรียมการ