The original GSEA statistic was dev

The original GSEA statistic was developed for a one- sided test to identify downregulated genes in type 2 diabetes mellitus subjects [4]. Other one-sided tests included T-like statistic [8]; MaxMean statistic [9]; standardized weighted sum statistic [10]; and OLS statistics [6]. Chen et al. [6] showed that OLS statistic performed well for GSA statistics in one-sided test. Two-sided tests were considered in most GSA statistics (e.g., [7, 11–17]). Tsai and Chen [16] proposed a multivariate analysis of variance (MANOVA) GSA test for two or more conditions. The MANOVA approach was compared with principal component analysis [13], SAM-GS [15], GSEA [5], MaxMean [9], analysis of covariance [7], and Goeman’s global test [11]. They found that MANOVA test performed the best in terms of control of type I error and power.
The GSEA software only performs one-sided test in two conditions at a time [4]. Another software provides either one-sided or two-sided test; for example, BRB-Array tools [18] provided LS (KS) statistics, Goeman’s global test, and MaxMean test. When the null hypothesis is that no genes in the gene set are differentially expressed, the two-sided is more appropriate than other methods.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

GSEA สถิติเดิมถูกพัฒนาขึ้นเพื่อเป็นหนึ่งหน้าทดสอบระบุยีน downregulated ในเรื่องเบาหวาน 2 [4] ทดสอบที่อื่น ๆ ด้านเดียวรวมสถิติ T เหมือน [8]; MaxMean สถิติ [9]; ผลรวมถ่วงน้ำหนักมาตรฐานสถิติ [10]; และ OLS สถิติ [6] Chen et al. [6] พบว่า สถิติ OLS ทำดีสำหรับ GSA สถิติในการทดสอบด้านเดียว การทดสอบแบบสองหน้าได้ถือสถิติ GSA ส่วนใหญ่ (เช่น, [7, 11-17]) Tsai และเฉิน [16] เสนอความต่างของการวิเคราะห์ตัวแปรพหุ (MANOVA) GSA ทดสอบสองเงื่อนไข หรือมากกว่า วิธี MANOVA ถูกเปรียบเทียบกับคอมโพเนนต์หลักวิเคราะห์ [13], SAM GS [15], GSEA [5] MaxMean [9], วิเคราะห์ความแปรปรวนร่วม [7], และ Goeman ของโลก [11] ทดสอบ พวกเขาพบว่า ส่วนในด้านการควบคุมดำเนินทดสอบ MANOVA พิมพ์ฉันข้อผิดพลาดและพลังงานGSEA ซอฟต์แวร์ทำทดสอบด้านเดียวเท่านั้นในสองครั้ง [4] ซอฟแวร์อื่นให้ทดสอบด้านเดียว หรือสองหน้า ตัวอย่าง เครื่องมือ BRB-เรย์ [18] ให้ LS (KS) สถิติ ของ Goeman ทดสอบสากล และการทดสอบ MaxMean เมื่อสมมติฐานว่าง ว่า ยีนในชุดยีนไม่มี differentially แสดง ที่สองหน้าเหมาะสมมากขึ้นกว่าวิธีอื่น ๆ

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

สถิติ GSEA เดิมได้รับการพัฒนาสำหรับการทดสอบด้านหนึ่งในการระบุยีน downregulated ชนิดที่ 2 วิชาโรคเบาหวาน [4] การทดสอบด้านเดียวอื่น ๆ รวมถึงสถิติ T-เช่น [8]; สถิติ MaxMean [9]; มาตรฐานสถิติน้ำหนักรวม [10]; และสถิติ OLS [6] เฉินและอัล [6] แสดงให้เห็นว่าสถิติ OLS ดีสำหรับสถิติในการทดสอบ GSA ด้านเดียว การทดสอบสองด้านได้รับการพิจารณาในส่วนสถิติ GSA (เช่น [7, 11-17]) ไจ่และเฉิน [16] เสนอการวิเคราะห์ความแปรปรวนหลายตัวแปร (MANOVA) การทดสอบ GSA สำหรับสองคนหรือมากกว่าเงื่อนไข วิธี MANOVA ถูกเมื่อเทียบกับการวิเคราะห์องค์ประกอบหลัก [13], SAM-GS [15], GSEA [5], MaxMean [9] การวิเคราะห์ความแปรปรวนร่วม [7] และการทดสอบระดับโลก Goeman ของ [11] พวกเขาพบว่าการทดสอบ MANOVA ดำเนินการที่ดีที่สุดในแง่ของการควบคุมของความผิดพลาดประเภทและพลังงาน.
ซอฟต์แวร์ GSEA ดำเนินการทดสอบเพียงด้านเดียวในเงื่อนไขที่สองในเวลา [4] ซอฟแวร์อีกทั้งมีการทดสอบด้านเดียวหรือสองด้าน; ตัวอย่างเช่นเครื่องมือ BRB-อาร์เรย์ [18] ให้ LS (KS) สถิติทดสอบทั่วโลก Goeman และทดสอบ MaxMean เมื่อสมมติฐานคือการที่ไม่มียีนที่อยู่ในชุดของยีนที่มีการแสดงออกแตกต่างกันทั้งสองด้านมีความเหมาะสมกว่าวิธีการอื่น ๆ

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

สถิติ gsea เดิมถูกพัฒนาขึ้นสำหรับ 1 - แบบทดสอบเพื่อระบุ downregulated ยีนในเบาหวานชนิดที่ 2 คน [ 4 ] การทดสอบด้านเดียวอื่น ๆรวมสถิติ t-like [ 8 ] ; maxmean สถิติ [ 9 ] ; สถิติผลรวมถ่วงน้ำหนักมาตรฐาน [ 10 ] ; และโดยสถิติ [ 6 ] Chen et al . [ 6 ] โดยสถิติพบว่ามีประสิทธิภาพดี สำหรับสถิติการดำเนินการในการทดสอบด้านเดียวสองข้างแบบพิจารณาสถิติ GSA ส่วนใหญ่ ( เช่น [ 7 , 11 – 17 ] ) ไซ และ เฉิน [ 16 ] เสนอการวิเคราะห์ตัวแปรพหุ ( MANOVA ) ทดสอบความแปรปรวนของ GSA สำหรับสองคนหรือมากกว่านั้น มีความแปรปรวนแบบองค์ประกอบหลักเมื่อเทียบกับการวิเคราะห์ [ 13 ] sam-gs [ 15 ] gsea [ 5 ] , maxmean [ 9 ] , การวิเคราะห์ความแปรปรวนร่วม ( ANCOVA ) [ 7 ] และ goeman ทั่วโลกทดสอบ [ 11 ]พวกเขาพบว่า การทดสอบความแปรปรวนแสดงดีที่สุดในแง่ของการควบคุมความคลาดเคลื่อนประเภทที่ 1 และอำนาจ
gsea ซอฟต์แวร์เท่านั้นดำเนินการทดสอบข้างเดียวสองเงื่อนไขที่เวลา [ 4 ] อีกทั้งด้านเดียวหรือสองด้านให้บริการซอฟต์แวร์ทดสอบ ; ตัวอย่างเช่น Brave เรย์เครื่องมือ [ 18 ] ให้ LS ( KS ) สถิติ goeman ทั่วโลกทดสอบและทดสอบ maxmean .เมื่อสมมติฐานว่างคือไม่มียีนในชุดยีนจะแสดงออกแตกต่างกัน , สองด้านจะเหมาะสมกว่าวิธีอื่น ๆ .