I'm interested in taxonomic classif

I'm interested in taxonomic classification of sequences. RDP is fine if you want the genus-level but sub-genus classification is harder (and a whole subject of its own). That said, RDP has a tool called seqmatch that gives you a list of candidate templates that match your query. I don't really like the output of Seqmatch though and I'm trying to figure out how to get MOTHUR to do something similar. The align.seqs command is probably almost doing what I need, selecting the best template and scoring the alignment, but I have no idea if the best template was really the best or just one of several equally good templates. Furthermore, I sometimes have low quality positions in my sequences that I'd like to mask (with Ns for instance) so they do not contribute to the scoring. Has anyone used MOTHUR in such a way?

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ฉันสนใจในการจัดประเภทลำดับอนุกรมวิธาน RDP ดีถ้าคุณต้องการในระดับสกุล แต่เป็นการจำแนกประเภทย่อย (และเรื่องทั้งหมดของตัวเอง) ที่กล่าวว่า RDP มีเครื่องมือที่เรียกว่า seqmatch ที่ให้รายการแม่แบบของผู้สมัครที่ตรงกับแบบสอบถามของคุณ ผมไม่ชอบผลลัพธ์ของ Seqmatch แม้ว่า และฉันพยายามที่จะคิดออกวิธีการรับ MOTHUR จะคล้าย คำสั่ง align.seqs คงเกือบทำอะไรต้อง การเลือกแม่แบบที่ดีที่สุด และให้คะแนนการจัดตำแหน่ง แต่ฉันมีความคิดถ้าแม่จริง ๆ หลายจืด ๆ แบบหนึ่งดี หรือเพียงแค่ นอกจากนี้ ฉันบางครั้งมีคุณภาพต่ำตำแหน่งในลำดับของฉันที่ต้องการมาร์ค (กับ Ns เช่น) เพื่อพวกเขาไม่สนับสนุนการทำงาน ทุกคนได้ใช้ MOTHUR ในลักษณะ

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ฉันสนใจในการจำแนกหมวดหมู่ของลำดับ RDP ดีถ้าคุณต้องการประเภทระดับ แต่ย่อยประเภทการจัดหมวดหมู่เป็นงานหนัก (และเรื่องทั้งหมดของตัวเอง) ที่กล่าวว่า RDP มีเครื่องมือที่เรียกว่า seqmatch ที่ช่วยให้คุณแม่รายชื่อของผู้สมัครที่ตรงกับการค้นหาของคุณ ฉันไม่ชอบการส่งออกของ Seqmatch และแม้ว่าฉันพยายามที่จะคิดออกว่าจะได้รับ MOTHUR ที่จะทำบางสิ่งบางอย่างที่คล้ายกัน คำสั่ง align.seqs น่าจะเกือบจะทำในสิ่งที่ฉันต้องเลือกแม่แบบที่ดีที่สุดและการให้คะแนนการจัดตำแหน่ง แต่ผมมีความคิดว่าถ้าแม่แบบที่ดีที่สุดคือจริงที่ดีที่สุดหรือเพียงแค่หนึ่งในแม่ที่ดีอย่างเท่าเทียมกันหลาย นอกจากนี้บางครั้งผมมีตำแหน่งที่มีคุณภาพต่ำในลำดับของฉันที่ฉันต้องการที่จะสวมหน้ากาก (กับณ์เป็นต้น) ดังนั้นพวกเขาจึงไม่นำไปสู่​​การให้คะแนน มีใครใช้ MOTHUR ในลักษณะดังกล่าวหรือไม่

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ฉันสนใจในการลำดับทางอนุกรมวิธาน . เพลงดีถ้าคุณต้องการระดับการจำแนกสกุลสกุลแต่ย่อยยาก ( และวิชาทั้งหมดของตัวเอง ) ที่กล่าวว่า , RDP มีเครื่องมือที่เรียกว่า seqmatch ที่ช่วยให้คุณมีรายชื่อของผู้สมัครแม่แบบที่ตรงกับการค้นหาของคุณ ผมไม่ค่อยชอบการแสดงผลของ seqmatch แม้ว่าและฉันพยายามที่จะคิดออกวิธีการได้รับ mothur ที่จะทำสิ่งที่คล้ายกัน การ align.seqs คำสั่งอาจจะเกือบจะทำสิ่งที่ฉันต้องการ การเลือกแบบที่ดีที่สุด และเกณฑ์การให้คะแนนใหม่ แต่ไม่รู้ว่าถ้าแม่แบบที่ดีที่สุดคือสิ่งที่ดีที่สุด หรือเพียงหนึ่งในแม่แบบพอๆ กันหลาย นอกจากนี้ บางครั้งผมมีคุณภาพต่ำแหน่งในลำดับของฉันที่ฉันต้องการหน้ากาก ( NS สำหรับอินสแตนซ์ ) ดังนั้นพวกเขาไม่ได้มีส่วนร่วมเพื่อให้คะแนน มีใครใช้ mothur เช่นนี้ ?