Malaria sampling effort across prim

Malaria sampling effort across primate taxa
The final dataset included 48,225 individual records derived from 117 primate species. Of these data, 43,437 records fit the criteria for inclusion in the species accumulation analysis. These data represent almost a third of the known primate species (117/376). Only seven publications examined species in Strepsirrhini, the suborder of primates including lemurs, galagos, and lorises, and we could not locate any surveys that examined tarsiers (suborder Haplorrhini, infraorder Tarsiiformes). Research has focused mostly on simian species (suborder
Haplorrhini, infraorder Simiiformes), with a higher coverage of 37% (105/281). Of the primate species sampled, approximately half (n = 63) have been found naturally infected with one or more Plasmodium species in at least part of their range.
Sampling effort is heterogeneous across taxa. Each primate species was placed into one of four categories based on the difference between observed and expected Plasmodium species (Table A.3): infected with malaria and under-sampled, infected with malaria and well-sampled, uninfected with malaria but undersampled, and free from malaria (well-sampled and uninfected). Well-studied species that had malaria had less than 0.5 undiscovered Plasmodium parasites (N = 18, i.e. Fig. 2b,c) and are indicated with dark red edges on the primate phylogeny (without prosimians Fig. 3; full phylogeny Fig. A.1). In Latin America, we adapted these criteria to include monkeys positive for Plasmodium brasilianum with a sample size of 344 individuals, the minimum number of individuals needed to detect 2 species 95% of the time in Plasmodium simium/P. brasilianum hosts (Alouatta caraya, Alouatta belzebul, and Brachyteles arachnoides)
Under-studied species are primate species that have greater than 0.5 undiscovered malaria parasite species (N = 45 i.e. Fig. 2d) or have not been sampled sufficiently to be malaria free (N = 45). To be considered malaria free in the wild (N = 9), a host species had to have a minimum number of individuals surveyed without a Plasmodium infection. The sample effort varied by region: 28 individuals in Africa, 108 individuals in Asia, and 421 individuals in America (Fig. A.2). Adequate sampling was determined as the minimum number of individuals necessary to detect one parasite species with 95% confidence in naturally infected primate species from a given region (Asia, Americas, Africa; Fig. A.2). The identity of Plasmodium species in a given host is given in supplementary tables (Tables A.4-A.6), but is simplified as circles next to the primate host on the phylogeny (Fig. 3).
There is a large variation in sampling effort among the Old World Monkeys, family Cercopithecidae. At least 30,603 Macaca individuals (subfamily Cercopithecinae) have been sampled for malaria, whereas only 479 leaf monkeys and langurs (subfamily Colobinae) have been sampled across South and Southeast Asia. Among Asian monkey species, there are at least seven malarias, ranging from host specific species (Plasmodium simiovale, infecting one macaque species, Macaca sinica) to generalist species (P. inui has at least 10 monkey hosts). Oftentimes, sympatric monkeys in Asia will share parasites, although molecular work suggests that lineages may actually be host-specific [56].
In Africa, there is a significantly greater sampling effort among
Cercopithinae (n = 2371) as opposed to Colobinae members (n = 159). The reported parasite diversity in Africa is much lower than their counterparts in Asia monkeys.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

พยายามสุ่มตัวอย่างมาลาเรียทั่ว taxa อันดับวานรชุดข้อมูลขั้นสุดท้ายรวมแต่ละระเบียนมา 117 อันดับวานรชนิด 48,225 ข้อมูลเหล่านี้ 43,437 ระเบียนตรงกับเกณฑ์สำหรับการรวมในการวิเคราะห์รวบรวมสายพันธุ์ ข้อมูลเหล่านี้แสดงถึงเกือบหนึ่งในสามของพันธุ์ถือรู้จัก (117/376) สปีชีส์ใน Strepsirrhini, suborder ของ primates lemurs, galagos และ lorises การตรวจสอบสิ่งที่เจ็ดเท่านั้น และเราไม่สามารถค้นหาสำรวจใด ๆ ตรวจสอบ tarsiers (suborder Haplorrhini, infraorder Tarsiiformes) งานวิจัยได้เน้นส่วนใหญ่สิมิลันสปีชีส์ (suborderHaplorrhini, infraorder Simiiformes), มีความครอบคลุมสูง 37% (105/281) ของในอันดับวานร ชนิดความ ประมาณครึ่งหนึ่ง (n = 63) พบติดเชื้อตามธรรมชาติ ด้วยอย่าง น้อยหนึ่งชนิดพลาสโมเดียมในส่วนน้อยของช่วงนั้นความพยายามในการสุ่มตัวอย่างการบริการข้าม taxa แต่ละชนิดถือได้อยู่ในหนึ่งในสี่ประเภทตามความแตกต่างระหว่างการสังเกต และคาดพลาสโมเดียมชนิด (ตาราง A.3): ติดไวรัสกับเชื้อมาลาเรีย และ ความภายใต้ ติดเชื้อกับโรคมาลาเรีย และห้องตัวอย่าง เชื้อมาลาเรียมี แต่ undersampled และปลอดจากโรคมาลาเรีย (ห้องตัวอย่าง และเชื้อ) พันธุ์ดี studied ที่มีมาลาเรียมีปรสิตพลาสโมเดียมไม่เคยค้นพบน้อยกว่า 0.5 (N = 18 เช่น Fig. 2b, c) และมีขอบสีแดงเข้ม phylogeny ถือ (ไม่ มี prosimians Fig. 3 เต็ม phylogeny ฟิก A.1) . ในละติน เราปรับเงื่อนไขเหล่านี้รวมบวกลิงสำหรับ brasilianum เดียมขนาด 344 คน จำนวนต่ำสุดของบุคคลที่จำเป็นในการตรวจหา 2 ชนิด 95% ของเวลาในโฮสต์ simium/P. brasilianum พลาสโมเดียม (Alouatta caraya, Alouatta belzebul และ Brachyteles arachnoides) ตัวอย่างสายพันธุ์ที่ศึกษาภายใต้อยู่อันดับวานรชนิดที่มีค่ามากกว่า 0.5 ไม่เคยค้นพบมาลาเรียปรสิตชนิด (N = 45 เช่น Fig. 2d) หรือมีไม่ได้ตัวอย่างพอเป็น มาลาเรียฟรี (N = 45) จะถือว่าโรคมาลาเรียฟรีพิศวง (N = 9), ชนิดโฮสต์ได้มีจำนวนต่ำสุดของบุคคลที่สำรวจ โดยไม่มีการติดเชื้อพลาสโมเดียม นี่ตัวอย่างแตกต่างกันตามภูมิภาค: 28 บุคคลในแอฟริกา 108 บุคคลในเอเชีย และบุคคลในอเมริกา (ฟิก 421 A.2) การสุ่มตัวอย่างเพียงพอถูกกำหนดเป็นหมายเลขต่ำสุดของบุคคลที่จำเป็นต้องตรวจหาชนิดของปรสิตหนึ่ง มีความเชื่อมั่น 95% ในชนิดถือติดเชื้อธรรมชาติจากภูมิภาคกำหนด (เอเชีย อเมริกา แอฟริกา ฟิก A.2) . ลักษณะเฉพาะของชนิดพลาสโมเดียมในโฮสต์ที่กำหนดในตารางเสริม (ตาราง A.4 A.6), แต่ประยุกต์เป็นวงกลมอยู่โฮสต์อันดับวานร phylogeny (Fig. 3)มีการเปลี่ยนแปลงขนาดใหญ่ในระหว่างลิงโลกเก่า ครอบครัว Cercopithecidae การสุ่มตัวอย่าง ได้รับความบุคคล Macaca 30,603 น้อย (subfamily Cercopithecinae) สำหรับมาลาเรีย ในขณะที่ลิงใบไม้เพียง 479 และ langurs (subfamily Colobinae) ได้รับความทั่วเอเชียใต้และเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ ระหว่างพันธุ์ลิงเอเชีย มี malarias น้อย 7 ตั้งแต่โฮสต์ชนิดเฉพาะเจาะจง (simiovale เดียม ติด macaque ตัวหนึ่งพันธุ์ Macaca sinica) พันธุ์คน (P. inui มีโฮสต์ลิงน้อย 10) อาจเกิด ลิง sympatric ในเอเชียจะใช้ร่วมกับ แม้ว่าโมเลกุลทำงานแนะนำว่า เชื้อชาติจริงอาจโฮสต์เฉพาะ [56]ในแอฟริกา มีความพยายามสุ่มตัวอย่างอย่างมีนัยสำคัญมากขึ้นในหมู่Cercopithinae (n = 2371) จำกัดสมาชิก Colobinae (n = 159) ความหลากหลายของปรสิตรายงานในแอฟริกามากกว่าคู่ของพวกเขาในเอเชียลิงได้

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

มาลาเรียพยายามสุ่มตัวอย่างทั่วแท็กซ่าเจ้าคณะชุดข้อมูลขั้นสุดท้ายรวม 48,225 แต่ละระเบียนได้มาจาก 117 สายพันธุ์เจ้าคณะ
ข้อมูลเหล่านี้ 43,437 บันทึกเหมาะสมกับเกณฑ์สำหรับการรวมในการวิเคราะห์การสะสมสายพันธุ์ ข้อมูลเหล่านี้เป็นตัวแทนเกือบหนึ่งในสามของสายพันธุ์ลิงที่รู้จักกัน (117/376) เพียงเจ็ดสิ่งพิมพ์ตรวจสอบสายพันธุ์ใน Strepsirrhini, หน่วยย่อยของบิชอพรวมทั้งค่าง galagos และ lorises และเราไม่สามารถหาการสำรวจใด ๆ ที่ตรวจสอบ Tarsiers (หน่วย Haplorrhini, infraorder Tarsiiformes) มีงานวิจัยที่ส่วนใหญ่เน้นสายพันธุ์ลิง (หน่วย
Haplorrhini, infraorder Simiiformes) กับความคุ้มครองที่สูงขึ้น 37% (105/281) สายพันธุ์เจ้าคณะตัวอย่างประมาณครึ่งหนึ่ง (n = 63) ได้รับการติดเชื้อตามธรรมชาติพบกับหนึ่งหรือมากกว่าชนิด Plasmodium อย่างน้อยส่วนหนึ่งของช่วงของพวกเขา.
พยายามเก็บตัวอย่างเป็นที่แตกต่างกันทั่วแท็กซ่า แต่ละสายพันธุ์เจ้าคณะถูกวางไว้เป็นหนึ่งในสี่ประเภทที่อยู่บนพื้นฐานของความแตกต่างระหว่างการสังเกตและคาดว่าสายพันธุ์ Plasmodium นี้ (A.3 ตาราง): ติดเชื้อมาลาเรียและอยู่ภายใต้ตัวอย่างที่ติดเชื้อมาลาเรียและดีตัวอย่างที่ไม่ติดเชื้อมาลาเรีย แต่ undersampled และ ฟรีจากโรคมาลาเรีย (ตัวอย่างที่ดีและไม่ติดเชื้อ) ดีการศึกษาสายพันธุ์ที่มีโรคมาลาเรียมีน้อยกว่า 0.5 ปรสิต Plasmodium ยังไม่ได้เปิด (ยังไม่มี = 18 คือรูปที่ 2b ค.) และจะมีการแสดงที่มีขอบสีแดงเข้มในเชื้อชาติเจ้าคณะ (ไม่ prosimians รูปที่ 3.. เชื้อชาติเต็มรูปเอ 1) ในละตินอเมริกาที่เราปรับตัวกับเกณฑ์เหล่านี้จะรวมถึงลิงในเชิงบวกสำหรับ brasilianum Plasmodium กับขนาดของกลุ่มตัวอย่าง 344 บุคคลจำนวนขั้นต่ำของบุคคลที่จำเป็นต้องใช้ในการตรวจสอบ 2 สายพันธุ์ 95% ของเวลาใน Plasmodium simium / P เจ้าภาพ brasilianum (Alouatta caraya, Alouatta belzebul และ arachnoides Brachyteles)
ภายใต้การศึกษาสายพันธุ์สายพันธุ์ลิงที่มีมากขึ้นกว่า 0.5 ชนิดปรสิตมาลาเรียยังไม่ได้เปิด (ยังไม่มี = 45 คือรูป. 2d) หรือยังไม่ได้รับการทดลองพอที่จะเป็นโรคมาลาเรียฟรี (ยังไม่มี = 45) ได้รับการพิจารณามาลาเรียฟรีในป่า (ยังไม่มี = 9) ซึ่งเป็นสายพันธุ์ที่เป็นเจ้าภาพจะต้องมีจำนวนขั้นต่ำของบุคคลที่สำรวจโดยไม่มีการติดเชื้อ Plasmodium ความพยายามของกลุ่มตัวอย่างที่แตกต่างกันไปตามภูมิภาค: 28 บุคคลในแอฟริกา 108 คนในเอเชียและ 421 คนในอเมริกา (. รูป A.2) การสุ่มตัวอย่างที่เพียงพอถูกกำหนดเป็นจำนวนขั้นต่ำของบุคคลที่จำเป็นในการตรวจสอบชนิดหนึ่งปรสิตด้วยความเชื่อมั่น 95% ในสายพันธุ์เจ้าคณะติดเชื้อตามธรรมชาติจากพื้นที่ที่กำหนด (เอเชีย, อเมริกา, แอฟริกา. รูป A.2) ตัวตนของสายพันธุ์ Plasmodium ในโฮสต์ที่กำหนดจะได้รับในตารางเสริม (ตาราง A.4-A.6) แต่มีความเรียบง่ายเป็นวงกลมต่อไปยังโฮสต์เจ้าคณะในเชื้อชาติ (รูปที่. 3).
มีการเปลี่ยนแปลงขนาดใหญ่ในการเป็น ความพยายามที่สุ่มตัวอย่างในหมู่ลิงโลกเก่าครอบครัว Cercopithecidae อย่างน้อย 30,603 บุคคล Macaca (อนุวงศ์ Cercopithecinae) ได้รับการเก็บตัวอย่างโรคมาลาเรียขณะที่มีเพียง 479 ใบและลิงค่าง (อนุวงศ์ค่าง) ได้รับการเก็บตัวอย่างทั่วภาคใต้และเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ ในบรรดาสายพันธุ์ลิงเอเชียมีอย่างน้อยเจ็ด malarias ตั้งแต่สายพันธุ์เฉพาะโฮสต์ (Plasmodium simiovale ติดไวรัสสายพันธุ์ลิงหนึ่ง Macaca Sinica) ชนิด generalist (พี Inui มีอย่างน้อย 10 เจ้าภาพลิง) บ่อยครั้งที่ลิง sympatric ในเอเชียจะร่วมปรสิตแม้ว่างานโมเลกุลแสดงให้เห็นว่า lineages จริงอาจจะเป็นเจ้าภาพเฉพาะ [56].
ในแอฟริกามีความพยายามสุ่มตัวอย่างมากขึ้นอย่างมีนัยสำคัญในหมู่
Cercopithinae (n = 2371) เมื่อเทียบกับสมาชิกค่าง (n = 159) ความหลากหลายปรสิตรายงานในแอฟริกามากต่ำกว่าคู่ของพวกเขาในลิงเอเชีย

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

มาลาเรียลิงและคนพยายามข้าม
ข้อมูลสุดท้ายรวม 1 แต่ละบันทึกที่ได้มาจากเจ้าคณะ 117 ชนิด ข้อมูลเหล่านี้ 43437 ประวัติพอดีเกณฑ์สำหรับการรวมอยู่ในชนิดของการสะสมการวิเคราะห์ ข้อมูลเหล่านี้แสดงถึงเกือบหนึ่งในสามของไพรเมตชนิดที่รู้จักกัน ( 117 / 376 ) 7 ตรวจสอบชนิด strepsirrhini สิ่งพิมพ์ ,ในหน่วยย่อยของสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนม ได้แก่ ลิงลม galagos , และลอรีส และเราไม่สามารถระบุการตรวจสอบใด ๆที่ทาเซียร์ ( หน่วยย่อย haplorrhini infraorder , tarsiiformes ) การวิจัยได้มุ่งเน้นส่วนใหญ่บนลิงสปีชีส์ ( ประณม
haplorrhini infraorder , simiiformes ) ที่มีความคุ้มครองสูงกว่า 37% ( 105 / 0 ) ของสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมชนิดตัวอย่าง ,ประมาณครึ่งหนึ่ง ( n = 63 ) ได้พบธรรมชาติที่ติดเชื้อกับหนึ่งหรือมากกว่าหนึ่งชนิด พลาสโมเดียมในอย่างน้อยส่วนหนึ่งของช่วงของพวกเขา .
ตัวอย่างความพยายามข้อมูลข้ามและ . ลิงแต่ละชนิดถูกวางเป็น 4 ประเภท ตามความแตกต่างระหว่างการตรวจสอบ และคาดว่า พลาสโมเดียม ชนิด ( ตาราง A.3 ) : ติดเชื้อมาลาเรียและภายใต้ตัวอย่าง ,ติดเชื้อมาลาเรียและตัวอย่างมาก่อน แต่ undersampled , มาลาเรีย , ไข้มาลาเรีย ( ดีและฟรีจากตัวอย่างมาก่อนและ ) ศึกษาดีชนิดที่ว่ามีมาลาเรียได้น้อยกว่า 0.5 Undiscovered พลาสโมเดียมปรสิต ( n = 18 ( รูปที่ 2B , C ) และจะแสดงขอบแดงเข้มบนลิงระบบเชื้อชาติ ( ไม่มีรูปที่ 3 รูปที่โพรซิเมียน เต็มระบบเชื้อชาติ a.1 ) ในละตินอเมริกาเราปรับเกณฑ์เหล่านี้รวมถึงการ brasilianum ลิงบวกกับขนาดของกลุ่มตัวอย่าง 344 คน จำนวนขั้นต่ำของแต่ละบุคคลต้องการที่จะตรวจสอบ 2 ชนิด 95% ของเวลาในการ simium / หน้า brasilianum โยธา ( alouatta caraya alouatta , belzebul และ brachyteles arachnoides )
ภายใต้การศึกษาชนิดสายพันธุ์ลิงที่มากกว่า 0 .ค้นพบ 5 ปรสิตมาลาเรียชนิด ( n = 45 ( รูปที่ 2 ) หรือมีตัวอย่างพอเป็นมาลาเรียฟรี ( n = 45 ) เป็นมาลาเรียฟรีในป่า ( n = 9 ) , โฮสต์ชนิดที่ต้องมีจำนวนขั้นต่ำของบุคคลหนึ่งที่ไม่มีการติดเชื้อ ตัวอย่างความพยายามที่แตกต่างกันตามภูมิภาค : 28 บุคคลในแอฟริกา , 108 คน ในเอเชีย421 บุคคลทั่วไปและอเมริกา ( รูปที่ a.2 ) พอคนถูกกำหนดเป็นจำนวนขั้นต่ำของบุคคลที่จำเป็นเพื่อตรวจหาพยาธิชนิดหนึ่งที่มีความเชื่อมั่นร้อยละ 95 ในธรรมชาติชนิดติดเชื้อจากลิงให้ภูมิภาค ( เอเชีย , อเมริกา , แอฟริกา รูปที่ a.2 ) เอกลักษณ์ของพลาสโมเดียม ชนิดที่ระบุในโฮสต์ที่ระบุในแบบตาราง ( ตาราง a.4-a.6 )แต่เป็นเรื่องง่ายเป็นวงกลมที่อยู่ถัดจากเจ้าคณะโฮสต์บนระบบเชื้อชาติ ( รูปที่ 3 ) .
มีการเปลี่ยนแปลงขนาดใหญ่ในตัวอย่างความพยายามของลิงโลกเก่า ลิงโลกเก่าของครอบครัว อย่างน้อย 30603 macaca บุคคล ( subfamily cercopithecinae ) ได้ โดยเฉพาะโรคมาลาเรีย ส่วนใบที่ลิงค่าง ( subfamily จ๊าด ) มีตัวอย่างในเอเชียใต้และเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ระหว่างสายพันธุ์ลิงเอเชีย , มีอย่างน้อยเจ็ดมาลาเรียตั้งแต่สายพันธุ์เฉพาะโฮสต์ ( พลาสโมเดียม simiovale ติดหนึ่ง ลิง , ชนิด , macaca ซินิกา ) ผู้มีความรู้ความสามารถหลากหลายชนิด ( พีนูมีอย่างน้อย 10 ลิงโยธา ) บ่อยครั้งที่ sympatric ลิงในเอเชียจะใช้ปรสิต ถึงแม้ว่าโมเลกุลทำงานแสดงให้เห็นว่าพันธุ์อาจเป็นเฉพาะโฮสต์ [ 56 ] .
ในแอฟริกา