The functional annotations based on

The functional annotations based on primary sequence level was done using Interproscan (https://www.ebi.ac.uk/ interpro/), and further classified into different Gene Ontologies (GO). We further added various sub-categories within each GO-ontology and weighted them with FPKM (Fragments Per Kilobase of transcript per Million mapped reads, a measure of the relative expression of an individual transcript) values for each gene. Those transcripts highly expressed in the worm’s intestine were determined through comparison with data from the whole adult male transcripts available from the SRA for A. ceylanicum (accession numbers: SRX1116908 and SRX1116915) downloaded and employed in this study. The Merops database (https://merops.sanger.ac.uk/), a manually curated peptidase and inhibitor database, was used to annotate and classify peptidases in order to identify which proteases or peptidases are highly expressed in the hookworm intestine. Pepunit.lib sequences from release 9.12 were downloaded from the website (http://merops.sanger.ac.uk/download/) and used to create a custom Blastp database using BLAST command line tools and an e-value of less than 10-6. The hits were weighted by using their FPKM values and then summed to plot using proportional values. Molecules involved in transmembrane transport were identified using the TrSSP dataset (http://bioinfo.noble.org/ TrSSP/?dowhat=Datasets). The transporter sequences were downloaded from the Transporter Substrate Specificity Prediction Server (TrSSP) and used for BlastP searches against the hookworm intestinal RNA-Seq genes obtained in this study by setting an e-value of less than 10-6. Phylogenetic trees were generated for those functional protein homologues identified in this study using Phylogeny.fr [29] (http://www.phylogeny.fr/index.cgi). Signal peptides were predicted using Phobius Server (http://phobius.sbc.su.se/) [30]. The transmembrane domains were predicted using
Wei et al. Parasites & Vectors (2016) 9:518 Page 3 of 14
TMHMM (http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/) [31].

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

คำอธิบายงานที่อิงหลักลำดับระดับเสร็จใช้ Interproscan (https://www.ebi.ac.uk/ interpro /), และเพิ่มเติม จัดเป็น Ontologies ยีนแตกต่างกัน (GO) เราเพิ่มเพิ่มหมวดหมู่ย่อยต่าง ๆ ภายในแต่ละไปภววิทยา และถ่วงน้ำหนักให้ มีค่า FPKM (เศษต่อ Kilobase ของเสียงบรรยายต่ออ่านแมปล้าน การวัดความสัมพัทธ์นิพจน์ของการบันทึกแต่ละ) สำหรับแต่ละยีน ใบเหล่านั้นแสดงในลำไส้ของหนอนสูงกำหนดผ่านเปรียบเทียบกับข้อมูลจากใบชายผู้ใหญ่ทั้งจากสระสำหรับ A. ceylanicum (เลขทะเบียน: SRX1116908 และ SRX1116915) ดาวน์โหลด และใช้ในการศึกษานี้ Merops ฐานข้อมูล (https://merops.sanger.ac.uk/), peptidase คัดสรรด้วยตนเองและฐานข้อมูลสารยับยั้ง ใช้ในการอธิบาย และจัดประเภท peptidases เพื่อระบุ peptidases หรือโปรตีเอสซึ่งสูงแสดงในลำไส้ hookworm Pepunit.lib ลำดับจากรุ่น 9.12 ดาวน์โหลดจากเว็บไซต์ (http://merops.sanger.ac.uk/download/) และใช้สร้างฐานข้อมูล Blastp แบบกำหนดเองโดยใช้เครื่องมือบรรทัดคำสั่งระเบิดและมีค่า e น้อยกว่า 10-6 เพลงฮิตถูกถ่วงน้ำหนัก โดยใช้ค่า FPKM และบวกรวมแล้ว การวางแผนโดยใช้ค่าสัดส่วน โมเลกุลที่เกี่ยวข้องในการขัดขนส่งถูกระบุโดยใช้ชุดข้อมูล TrSSP (http://bioinfo.noble.org/ TrSSP / ? dowhat = Datasets) ลำดับขนส่งดาวน์โหลดจากขนย้ายพื้นผิวความจำเพาะทำนายเซิร์ฟเวอร์ (TrSSP) และใช้สำหรับการค้นหา BlastP กับ hookworm ลำไส้ Seq อาร์เอ็นเอยีนที่ได้รับในการศึกษานี้ โดยการตั้งค่า e น้อยกว่า 10-6 สร้างต้นทางสำหรับ homologues ทำงานโปรตีนที่พบในการศึกษานี้ใช้ Phylogeny.fr [29] (http://www.phylogeny.fr/index.cgi) เปปไทด์สัญญาณถูกคาดการณ์โดยใช้เซิร์ฟเวอร์ Phobius (http://phobius.sbc.su.se/) [30] โดรนถูกทำนายโดยใช้Wei et al.ปรสิตและเวกเตอร์ (2016) 9:518 หน้า 3 ของ 14TMHMM (http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/) [31]

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

The functional annotations based on primary sequence level was done using Interproscan (https://www.ebi.ac.uk/ interpro/), and further classified into different Gene Ontologies (GO). We further added various sub-categories within each GO-ontology and weighted them with FPKM (Fragments Per Kilobase of transcript per Million mapped reads, a measure of the relative expression of an individual transcript) values for each gene. Those transcripts highly expressed in the worm’s intestine were determined through comparison with data from the whole adult male transcripts available from the SRA for A. ceylanicum (accession numbers: SRX1116908 and SRX1116915) downloaded and employed in this study. The Merops database (https://merops.sanger.ac.uk/), a manually curated peptidase and inhibitor database, was used to annotate and classify peptidases in order to identify which proteases or peptidases are highly expressed in the hookworm intestine. Pepunit.lib sequences from release 9.12 were downloaded from the website (http://merops.sanger.ac.uk/download/) and used to create a custom Blastp database using BLAST command line by S3NovSmTD"> tools and an e-value of less than 10-6. The hits were weighted by using their FPKM values and then summed to plot using proportional values. Molecules involved in transmembrane transport were identified using the TrSSP dataset (http://bioinfo.noble.org/ TrSSP/?dowhat=Datasets). The transporter sequences were downloaded from the Transporter Substrate Specificity Prediction Server (TrSSP) and used for BlastP searches against the hookworm intestinal RNA-Seq genes obtained in this study by setting an e-value of less than 10-6. Phylogenetic trees were by S3NovSmTD"> generated for those functional protein homologues identified in this study using Phylogeny.fr [29] (http://www.phylogeny.fr/index.cgi). Signal peptides were predicted using Phobius Server (http://phobius.sbc.su.se/) [30]. The transmembrane domains were predicted using
Wei et al. Parasites & Vectors (2016) 9:518 Page 3 of 14
TMHMM (http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/) [31].

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

หน้าที่อื่นตามระดับลำดับเบื้องต้น โดยใช้ interproscan ( https://www.ebi.ac.uk/ InterPro / ) และยังแบ่งออกเป็นนโทโลจียีนที่แตกต่างกัน ( ไป ) เรายังได้เพิ่มประเภทต่าง ๆ ย่อยภายในแต่ละไปและพวกเขา fpkm อภิปรัชญาถ่วง ( ชิ้นต่อกิโลเบสของหลักฐานต่อล้านแมปอ่านว่า วัดจากสีหน้าญาติของหลักฐานบุคคล ) ค่าสำหรับแต่ละยีน ผู้ที่บันทึกสูงแสดงออกในลำไส้ของหนอนอยู่แล้ว โดยการเปรียบเทียบกับข้อมูลจากทั้งผู้ใหญ่ใบบริการจากสนาม . ceylanicum ( หนังสือและตัวเลข srx1116908 srx1116915 ) ดาวน์โหลด และใช้ในการศึกษานี้ การ merops ฐานข้อมูล ( https : / / merops . แซงเกอร์ . ac.uk / ) , ตนเอง curated ลูกเต้าและฐานข้อมูลซึ่งถูกใช้เพื่ออธิบายและจำแนกเปปติเดส ต้องระบุ ซึ่งทาง หรือเปปติเดส ขอแสดงในพยาธิปากขอ ไส้ pepunit.lib ลำดับจากรุ่น 9.12 ถูกดาวน์โหลดจากเว็บไซต์ ( http://merops.sanger.ac.uk/download/ ) และใช้ในการสร้างที่กำหนดเอง blastp ฐานข้อมูลโดยใช้ระเบิดบรรทัดคำสั่งเครื่องมือและประโยชน์น้อยกว่าสามารถ . การตีโดยใช้ค่าถ่วงน้ำหนักของ fpkm แล้วสรุปแผนโดยใช้ค่าสัดส่วน โมเลกุลที่เกี่ยวข้องในการขนส่งที่ถูกระบุว่าใช้หัว trssp ชุดข้อมูล ( http://bioinfo.noble.org/ trssp / ? dowhat = ข้อมูล ) ขนส่งขนย้ายลำดับถูกดาวน์โหลดจากเซิร์ฟเวอร์ ( เฉพาะพื้นผิวทำนาย trssp ) และใช้ blastp ค้นหากับพยาธิปากขอในลำไส้ seq ยีนโปรตีน RNA นี้โดยการตั้งค่าที่มีประโยชน์น้อยกว่าสามารถ . ต้นไม้ซึ่งถูกสร้างขึ้นสำหรับผู้ที่ทำหน้าที่ในการระบุโปรตีนในการศึกษานี้ใช้ phylogeny.fr [ 29 ] ( http : / / www.phylogeny . fr / index . CGI ) เปปไทด์สัญญาณถูกคาดการณ์การใช้ phobius เซิร์ฟเวอร์ ( http://phobius.sbc.su.se/ ) [ 30 ] ที่หัวมีคาดการณ์การใช้โดเมนWei et al . ปรสิต & เวกเตอร์ ( 2016 ) 9:518 14 หน้า 3tmhmm ( http://www.cbs.dtu.dk/services/tmhmm/ ) [ 31 ]