Molecular identification of microor

Molecular identification of microorganisms associated with submerged cassava fermentation was carried out and isolates of lactic acid bacteria (LAB) were examined for antimicrobial activity, including ability to produce antimicrobial peptides as a first step to define starter cultures for controlled cassava fermentations. A total of 75 isolates, including 41 LAB, 31 aerobic bacteria (AB) and three anaerobic bacteria were isolated from unfermented and fermenting cassava roots, cassava leaves and fermented cassava dough and identified by a combination of phenotypic tests and sequencing of 16S rRNA, rpoA, rpoB and pheS genes. Microbial diversity at interspecies and intraspecies level was screened by, respectively, PCR amplification of the 16S-23S rDNA intergenic transcribed spacer (ITS-PCR) and repetitive sequence based PCR (rep-PCR). Antimicrobial activity of LAB cultures and supernatants against indicator bacteria; Escherichia coli, Salmonella enterica serotype Typhimurium ( S. Typhimurium), Bacillus cereus and Staphylococcus aureus was studied using agar diffusion tests. Furthermore, inactivation of indicator bacteria was investigated in both liquid medium and during controlled cassava fermentation. Results revealed a diversity of bacterial genera, species and subspecies associated with submerged cassava fermentation. DNA sequencing enabled identification of LAB isolates as Lactobacillus plantarum, Weissella confusa, Weissella paramesenteroides, Lactobacillus rhamnosus, Lactobacillus hilgardii, Lactobacillus paracasei, Leuconostoc mesenteroides, Enterococcus faecium, Enterococcus casseliflavus, and Pediococcus acidilactici. Lactobacillus spp. were the predominant LAB and were present in all cassava samples studied. Aerobic bacteria were predominantly Bacillus spp., including Bacillus subtilis, Bacillus amyloliquefaciens and B.cereus. Other species identified included Staphylococcus pasteuri and Clostridium beijerinkii. Cells, supernatants and cell free supernatants (CFS) of selected LAB isolates were able to inhibit both Gram positive and Gram negative pathogenic bacteria. LAB isolates inactivated all indicator organisms during controlled cassava fermentations, with a 4-6 log reduction after 48h fermentation. The antimicrobial effect of the LAB was attributed to acid production. © 2013.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

รหัสโมเลกุลของจุลินทรีย์ที่เกี่ยวข้องกับน้ำท่วมมันสำปะหลังหมักทำออก และแยกของแบคทีเรียกรดแลกติก (LAB) ได้ตรวจสอบสำหรับกิจกรรมจุลินทรีย์ รวมถึงความสามารถในการผลิตจุลินทรีย์เปปไทด์เป็นขั้นตอนแรกการกำหนดวัฒนธรรมเริ่มต้นสำหรับการหมักแหนมมันสำปะหลังควบคุม จำนวน 75 แยก รวมทั้งห้องปฏิบัติการ 41 31 แบคทีเรียแอโรบิก (AB) และแบคทีเรียไม่ใช้ออกซิเจนที่สามได้แยกต่างหากจาก unfermented และ fermenting รากมันสำปะหลัง มันสำปะหลังใบหมักแป้งมันสำปะหลัง และระบุไทป์ทดสอบและจัดลำดับของยีน 16S rRNA, rpoA, rpoB และ pheS ความหลากหลายทางชีวภาพจุลินทรีย์ที่ระดับ interspecies และ intraspecies ถูกฉาย ด้วย ตามลำดับ ขยาย PCR 16S 23S rDNA intergenic ทับเป็นตัวเว้นวรรค (ของ PCR) และลำดับซ้ำโดยใช้ PCR (ตัวแทน-PCR) กิจกรรมจุลินทรีย์ปฏิบัติวัฒนธรรมและ supernatants กับแบคทีเรียตัวบ่งชี้ Escherichia coli ซัล enterica serotype Typhimurium (s ได้ Typhimurium), คัด cereus และหมอเทศข้างลาย Staphylococcus ได้ศึกษาใช้ agar แพร่ทดสอบ นอกจากนี้ ยกเลิกการเรียกของแบคทีเรียชี้ถูกตรวจสอบในทั้งของเหลว และใน ระหว่างการหมักมันสำปะหลังควบคุม ผลการเปิดเผยความหลากหลายของแบคทีเรียสกุล ชนิดและชนิดย่อยที่เกี่ยวข้องกับน้ำท่วมมันสำปะหลังหมัก รหัสเปิดใช้งานของห้องปฏิบัติการที่ลำดับเบสดีเอ็นเอที่แยกได้เป็นแลคโตบาซิลลัส plantarum, Weissella confusa, Weissella paramesenteroides แลคโตบาซิลลัส rhamnosus Hilgardii แลคโตบาซิลลัส แลคโตบาซิลลัส paracasei, Leuconostoc mesenteroides, Enterococcus faecium, Enterococcus casseliflavus และ Pediococcus acidilactici แลคโตบาซิลลัสมีปฏิบัติกัน และแสดงในตัวอย่างมันสำปะหลังทั้งหมดที่ศึกษา ส่วนใหญ่แบคทีเรียแอโรบิกได้คัดโอ subtilis คัด คัด amyloliquefaciens และ B.cereus สปีชีส์อื่น ๆ ระบุรวม Staphylococcus pasteuri และเชื้อ Clostridium beijerinkii เซลล์ supernatants และเซลล์ฟรี supernatants (CFS) ของแยกห้องปฏิบัติการที่เลือกไม่สามารถยับยั้งทั้งกรัมบวกและกรัมลบอุบัติแบคทีเรีย ห้องปฏิบัติแยกยกเลิกทั้งหมดบ่งชี้ชีวิตในระหว่างการหมักแหนมที่ควบคุมมันสำปะหลัง ลดการล็อก 4-6 หลังจากหมัก 48h ผลยับยั้งจุลินทรีย์ของห้องปฏิบัติการเกิดจากการผลิตกรด © 2013

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

การระบุตัวตนระดับโมเลกุลของจุลชีพที่เชื่อมโยงกับหมักมันสำปะหลังจมน้ำเป็นการกระทำและแยกของกรดเกี่ยวกับนมเชื้อแบคทีเรีย( LAB )ได้ตรวจสอบสำหรับกิจกรรมกลุ่มยาปฎิชีวนะชนิดรวมถึงความสามารถในการผลิต peptides กลุ่มยาปฎิชีวนะชนิดเป็นขั้นตอนแรกในการกำหนดวัฒนธรรมเริ่มต้นสำหรับ fermentations มันสำปะหลังควบคุม รวมทั้งหมด 75 แยกรวมถึง 41 ห้องแล็บ31 แอโรบิกแบคทีเรีย( AB )และสามเต็นแอโรบิคแบคทีเรียได้ถูกแยกออกจาก unfermented มันสำปะหลังและหมักราก,มันสำปะหลังและใบมันสำปะหลังหมักแป้งและระบุโดยการรวมตัวกันของ phenotypic การทดสอบและการจัดลำดับของ 16 S rrna , rpoa , rpob และ phes ยีน. ความหลากหลายทาง ชีวภาพ จุลินทรีย์ในระดับ interspecies และ intraspecies เป็นฉากโดยตามลำดับpcr pcr ใช้การขยายเสียงของ 16 S - 23 S rdna intergenic ถอดสคริปต์แผ่นคั่น(ของ - pcr )และตามลำดับซ้ำๆ(ซ้ำ - pcr ) ชนิดของกิจกรรมวัฒนธรรม LAB และ supernatants ต่อเชื้อแบคทีเรียสัญลักษณ์แสดงริคีอาพอใจ enterica serotype typhimurium ( S . typhimurium ) staphylococcus สุนัขจิ้งจอกและไม้จำพวกโบตั๋นเชื้อได้ศึกษาการใช้การทดสอบแพร่สาหร่ายทะเล ยิ่งไปกว่านั้นinactivation ของเชื้อแบคทีเรียเป็นสัญลักษณ์แสดงการสอบสวนในขนาดกลางและผสมน้ำยาทำความสะอาดทั้งในระหว่างหมักมันสำปะหลังควบคุม ผลการศึกษาพบว่าความหลากหลายของชนิดพันธุ์และ subspecies เอื้องเกิดจากเชื้อแบคทีเรียที่เชื่อมโยงกับหมักมันสำปะหลังจมน้ำ เปิดใช้งานการจัดลำดับดีเอ็นเอระบุในห้องปฏิบัติการแยกเป็น plantarum แลคโตบาซิลลัส( Lactobacillus ) confusa weissella weissella paramesenteroides rhamnosus แลคโตบาซิลลัส( Lactobacillus )hilgardii แลคโตบาซิลลัส( Lactobacillus )แลคโตบาซิลลัส( Lactobacillus ) paracasei leuconostoc mesenteroides faecium enterococcus enterococcus acidilactici pediococcus และ casseliflavus . แลคโตบาซิลลัส( Lactobacillus )พืชอิงอาศัยมีห้องปฏิบัติการที่โดดเด่นและอยู่ในตัวอย่างมันสำปะหลังทั้งหมดศึกษา แบคทีเรียแอโรบิกเป็นเชื้อโดดเด่นไปด้วยพืชอิงอาศัยรวมถึง subtilis เชื้อไม้จำพวกโบตั๋น B .และ amyloliquefaciens เชื้อระบุสายพันธุ์อื่นๆรวมถึง staphylococcus clostridium beijerinkii และ pasteuri เซลล์ supernatants supernatants แบบไม่เสียค่าบริการและบริการข้อมูลของสถานีฐาน( CFS )ของที่เลือกห้องแล็บแยกก็สามารถยับยั้งการทำงานเชื้อแบคทีเรียกรัมบวกและลบกรัม pathogenic ทั้งสอง ห้องปฏิบัติการแยกป้อมปราการสิ่งมีชีวิตสัญลักษณ์แสดงทั้งหมดในระหว่าง fermentations มันสำปะหลังลดลงการควบคุมด้วย 4-6 4-6 หลังจากล็อกอินเข้าสู่ที่หมัก 48 ชั่วโมงมีผลบังคับใช้กลุ่มยาปฎิชีวนะชนิดนี้ในห้องปฏิบัติการที่มีผลสืบเนื่องจากในการผลิตแบตเตอรี่ชนิดตะกั่วกรดแบบซีล ©ปี 2013 .