each amplification cycle. The origi

each amplification cycle. The original template DNA quantity
added to the reaction mix can then be calculated. At the same
time, it is possible to identify a single-nucleotide polymorphism
(SNP) or a short insertion/deletion (indel) by adding
two probes, labeled with different fluorescent dyes, which are
complementary to either of the two sequence variants (allelic
discrimination). Depending on which probe hybridizes to the
target sequence, the respective dye, or both in case of heterozygosity
when analysing a nuclear marker, emits a fluorescent
signal. Thus, both organelle or nuclear markers can be screened
(Alonso
et al
., 2003). The SNPs or presence/absence of short
indels can be identified, targeting short DNA fragments of about
60–300 nucleotides, a size compatible with degraded DNA.
However, such an allelic discrimination approach has some
limitations when working with aDNA. Base modifications,
which may by detected by a thorough, but laborious, PCR
amplification and cloning/sequencing approach, could lead to
wrong allele assignment. Using uracil
N
-glycosylase (UNG;
Longo
et al.
, 1990) could serve as a loophole (Hofreiter
et al
.,
2001a). This enzyme removes uracil from DNA molecules,
which produces an abasic site and thus leads to a break in the
DNA strand. It may be routinely applied in real-time PCR,
where thymine (dTTP) is replaced with uracil (dUTP) in the
PCR mix for incorporation in the elongating DNA strand. At
the start of the PCR cycling, UNG activity destroys any formerly
amplified DNA molecules before being heat-inactivated – a
positive side-effect in aDNA work because it helps to prevent
cross-contamination with PCR products from earlier amplifications.
However, UNG equally affects aDNA templates that
contain uracil instead of cytosine because of deamination
(Lindahl, 1993). While UNG treatment might thus prevent
the potential genotyping of a wrong probe-compatible sequence,
it may also destroy too many of the few authentic DNA
molecules left in the extract of a fossil sample. As a consequence,
preliminary real-time PCR without UNG could be run in
order to evaluate the likelihood of finding sufficient templates
to risk partial decomposition.
This technique not only corroborates credibility of the
results obtained, but also allows for high-throughput genotyping
since no post-PCR treatment, such as gel electrophoresis,
is necessary. The PCR tubes remain closed throughout the
analysis, thereby minimizing the risk of contamination
predominantly by PCR products. Because PCRs beginning
with < 1000 template molecules are likely to provide inaccurate
results (Cooper & Poinar, 2000; Hofreiter
et al
., 2001b),
the quantification of the initial amount of DNA in the
sample could help evaluate the authenticity of the sequences
obtained. Ultimately, however, additional evidence is necessary
for distinguishing aDNA from recent, contaminating
DNA, and at least part of the samples have to be cloned and
sequenced (Cooper & Poinar, 2000).
Potential applications of real-time PCR analyses in aDNA
studies are abundant. In general, the combination of universal
primers (e.g. rbcL, trnL-F) and species-specific probes represents
a promising strategy. For example, postglacial migration of
plant species, or even colonization routes of particular
genotypes or lineages, could be integrated over space and time,
particularly where present-day patterns of genetic variation
based on easily accessible polymorphisms are clear-cut. Suitable
model systems are manifold. White oaks in Europe exhibit
ancient divides between several maternal lineages that survived
in different glacial refugia, characterized by SNPs or small
indels in cpDNA (Ferris et al., 1993; Dumolin-Lapègue
et al., 1999; Deguilloux et al., 2002; Petit et al., 2002). These
cpDNA variants could be traced across chronosequences
(i.e. the changes over time at a given location). Similarly,
Norway spruce (Picea abies) shows a clear differentiation between
two mitochondrial lineages, distinguished by several SNPs
(Sperisen et al., 2001). These lineages point to separate
glacial histories. There is further evidence for two SNP-based
mitotypes occurring in populations of the Carpathian mountains
(F. Gugerli et al. unpublished), a region considered to be
a glacial refugium for P. abies. A third example is provided by
a SNP found in a cpDNA gene of extant silver fir (Abies alba)
that shows a cline across central Europe (Liepelt et al., 2002).
The choice among genomes and genes
As in any population genetic survey, selecting the appropriate
molecular markers to address a particular question is essential.
The choice depends on the type of question as well as the
spatial and temporal resolution envisaged. While no general
recommendation can be given, cpDNA and mtDNA represent
promising targets because they are present in multiple copies
within each plant cell. Consequently, they are most likely to
be retrieved from fossil tissues. In the case of aDNA, the
choice of markers is limited by constraints inherent in the use
of highly degraded DNA. It has been demonstrated that
hydrolytic and oxidative damage will degrade aDNA to short
fragments no longer than 200 nucleotides (Yang, 1997; Pääbo
et al., 2004). Targeting such short fragments will decrease
the information content of each analysis, compared with
those typically employed with contemporary material. The
inverse relationship between amplification success rate and
the size of the amplicon has been confirmed with DNA
isolated from dry wood, with effects still detectable for
fragments shorter than 100 nucleotides (Deguilloux et al.,
2002). The same study confirmed that sequences present in
multiple copies per cell (i.e. cpDNA, mtDNA and ribosomal
DNA sequences) yield more reliable amplification compared
with single-copy nuclear sequences. This is relevant since
uniparentally inherited markers, such as cpDNA or mtDNA,
are generally more strongly structured in space than are
nuclear markers and have consequently been extensively used
in phylogeographic studies (Petit et al., 2003, 2005). Instead,
microsatellite markers are prone to slippage during amplification,
a problem that could be exacerbated when working
with highly degraded templates, making the cloning of each

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

แต่ละวงจรขยาย ปริมาณดีเอ็นเอแม่แบบเดิมเพิ่มให้สามารถผสมปฏิกิริยา แล้วคำนวณ ที่เดียวกันเวลา จำเป็นต้องระบุเดียวนิวคลีโอไทด์โพลีมอร์ฟิซึม(SNP) หรือสั้น ๆ แทรก/ลบ (indel) โดยการเพิ่มคลิปปากตะเข้สอง การติดป้ายต่าง ๆ เรืองแสงสี ซึ่งเป็นประกอบกับตัวแปรลำดับสอง (allelicแบ่งแยก) ตามที่โพรบ hybridizes เพื่อการลำดับเป้าหมาย ย้อมนั้น ๆ หรือทั้งสองกรณี heterozygosityเมื่อวิเคราะห์เครื่องหมายนิวเคลียร์ emits ฟลูออเรสเซนต์ที่สัญญาณ ดังนั้น ออร์แกเนลล์หรือเครื่องหมายนิวเคลียร์สามารถมีฉาย(Alonsoet al., 2003) SNPs หรือสถานะ/ขาดของสั้นindels สามารถระบุ ชิ้นส่วนดีเอ็นเอสั้น ๆ ของการกำหนดเป้าหมายเกี่ยวกับ60-300 นิวคลีโอไทด์ ขนาดที่เข้ากับดีเอ็นเอเสื่อมโทรมอย่างไรก็ตาม allelic แบ่งแยกวิธีการดังกล่าวได้บางส่วนข้อจำกัดเมื่อทำงานกับแอดนา ปรับพื้นฐานซึ่งอาจโดยการตรวจพบ โดยตัวอย่าง แต่ลำบาก PCRขยายและโคลน/จัดลำดับวิธี อาจทำให้allele ที่ถูกกำหนด ใช้ uracilN-glycosylase (งLongoet al, 1990) ได้ทำหน้าที่เป็นประตูเลี่ยง (Hofreiteret al.,2001a) ด้วยเอนไซม์นี้เอา uracil จากโมเลกุลดีเอ็นเอซึ่งสร้างเป็นเว็บไซต์ abasic และจึง นำไปพักในสแตรนด์ดีเอ็นเอ มันอาจจะเป็นประจำใช้ใน PCR แบบเรียลไทม์ที่ไทมีน (dTTP) ถูกแทนที่ ด้วย uracil (dUTP) ในการผสม PCR สำหรับประสานในเดอะสแตรนด์ DNA elongating ที่เริ่มต้นของ PCR ที่ขี่จักรยาน อังกิจกรรมทำลายใด ๆ เดิมขยายโมเลกุลดีเอ็นเอก่อนรับร้อนยกเลิกการผลกระทบด้านบวกในแอดนาทำงานเนื่องจากจะช่วยป้องกันขนปนกับผลิตภัณฑ์ PCR จาก amplifications ก่อนหน้านี้อย่างไรก็ตาม อังเท่า ๆ กันมีผลต่อแม่แบบแอดนาที่ประกอบด้วย uracil แทน cytosine เพราะ deamination(Lindahl, 1993) ในขณะที่รักษางจึงอาจทำให้genotyping อาจเข้ากันได้กับโพรบที่ถูกลำดับมันยังอาจทำลายมากเกินไปเอ็นแท้น้อยโมเลกุลที่เหลือในการดึงข้อมูลตัวอย่างฟอสซิล ผลPCR จริงเบื้องต้น โดยอังสามารถเรียกใช้ในสั่งประเมินโอกาสของการค้นหาแม่แบบเพียงพอกับความเสี่ยงแยกส่วนประกอบบางส่วนเทคนิคนี้ไม่เพียงแต่ corroborates น่าเชื่อถือผลลัพธ์ที่ได้รับ แต่ยัง สำหรับ genotyping อัตราความเร็วสูงตั้งแต่รักษาไม่ลง-PCR เช่นเจล electrophoresisจำเป็นต้อง หลอด PCR ปิดตลอดการการวิเคราะห์ ซึ่งช่วยลดความเสี่ยงการปนเปื้อนโดยส่วนใหญ่ผลิตภัณฑ์ PCR เนื่องจาก PCRs เริ่มต้น< 1000 โมเลกุลแม่มักจะให้ไม่ถูกต้องผลลัพธ์ (คูเปอร์ & Poinar, 2000 Hofreiteret al, 2001b),นับจำนวนของดีเอ็นเอในเริ่มต้นตัวอย่างสามารถช่วยประเมินความถูกต้องของลำดับที่ได้รับการ ในที่สุด อย่างไร ตามหลักฐานเพิ่มเติมจำเป็นสำหรับการแยกแยะแอดนาจากล่าสุด ขยะดีเอ็นเอ และส่วนน้อยของตัวอย่างต้องถูกโคลน และตามลำดับ (คูเปอร์ & Poinar, 2000)วิเคราะห์ PCR แบบเรียลไทม์ในแอดนาไปใช้การศึกษามีมากมาย โดยทั่วไป การรวมกันของมาตรฐานสากลไพรเมอร์ (เช่น rbcL, trnL F) และคลิปปากตะเข้ species-specific แสดงกลยุทธ์ที่สัญญา ตัวอย่าง ย้าย postglacialพันธุ์พืช หรือแม้แต่เส้นทางอาณานิคมของเฉพาะสามารถบูรณาการศึกษาจีโนไทป์หรือเชื้อชาติ ช่วงเวลาโดยเฉพาะอย่างยิ่งเหตุการณ์รูปแบบของการเปลี่ยนแปลงทางพันธุกรรมตาม polymorphisms อย่างเป็นที่แน่ชัด เหมาะสมแบบจำลองระบบมนุษยชาติ แสดงสีขาวโอ๊คในยุโรปโบราณแบ่งระหว่างเชื้อชาติแม่หลายที่รอดชีวิตใน refugia น้ำแข็งต่าง ๆ ลักษณะ SNPs หรือขนาดเล็กindels ใน cpDNA (Ferris et al., 1993 Dumolin-Lapègueร้อยเอ็ด al., 1999 Deguilloux และ al., 2002 เพทิท et al., 2002) เหล่านี้สามารถติดตามตัวแปร cpDNA ใน chronosequences(เช่นเปลี่ยนแปลงช่วงเวลาที่กำหนด) ในทำนองเดียวกันนอร์เวย์ spruce (Picea abies) แสดงการสร้างความแตกต่างชัดเจนระหว่างสอง mitochondrial เชื้อชาติ แตกต่าง โดย SNPs หลาย(Sperisen et al., 2001) เชื้อชาติเหล่านี้ชี้ไปที่แยกประวัติน้ำแข็ง มีหลักฐานเพิ่มเติมสำหรับ 2 โดย SNPmitotypes ที่เกิดขึ้นในประชากรของเทือกเขา(F. Gugerli et al. ยกเลิกประกาศ), ภูมิภาคถือเป็นrefugium น้ำแข็งสำหรับ P. abies ตัวอย่างที่สามโดยSNP ที่พบในยีน cpDNA ของยังเงินเฟอร์ (Abies alba)ที่แสดงเป็น cline ทั่วยุโรปกลาง (Liepelt et al., 2002)เลือก genomes และยีนในการสำรวจใด ๆ ทางพันธุกรรมประชากร เลือกที่เหมาะสมเครื่องหมายโมเลกุลเพื่อเป็นคำถามเป็นสิ่งสำคัญตัวเลือกขึ้นอยู่กับชนิดของคำถามรวมทั้งenvisaged ละเอียดปริภูมิ และขมับ ในขณะที่ไม่ทั่วไปคำแนะนำจะได้รับ cpDNA และ mtDNA แสดงถึงสัญญาเป้าหมายเนื่องจากพวกเขามีอยู่ในหลายภายในเซลล์พืชแต่ละ ดังนั้น พวกเขามักจะสามารถดึงจากเนื้อเยื่อฟอส ในกรณีที่แอดนา การเลือกเครื่องหมายถูกจำกัด โดยข้อจำกัดในการใช้เอ็นเสื่อมโทรมมาก การแสดงที่ความเสียหายไฮโดรไลติก และ oxidative จะลดแอดนาจะสั้นชิ้นส่วนไม่มากกว่า 200 นิวคลีโอไทด์ (ยาง 1997 Pääboร้อยเอ็ด al., 2004) ชิ้นส่วนดังกล่าวโดยการกำหนดเป้าหมายจะลดลงเนื้อหาข้อมูลของแต่ละการวิเคราะห์ เปรียบเทียบกับผู้ว่าจ้างโดยทั่วไป ด้วยวัสดุร่วมสมัย ที่ความสัมพันธ์ที่ผกผันระหว่างอัตราขยายความสำเร็จ และขนาดของ amplicon ได้รับการยืนยันกับดีเอ็นเอแยกต่างหากจากไม้แห้ง กับผลตรวจยังสำหรับชิ้นส่วนที่สั้นกว่านิวคลีโอไทด์ 100 (Deguilloux et al.,2002) . การศึกษาเดียวกันยืนยันว่า ลำดับการนำเสนอในหลายสำเนาสำหรับแต่ละเซลล์ (เช่น cpDNA, mtDNA และ ribosomalลำดับดีเอ็นเอ) ผลตอบแทนเพิ่มเติมขยายความน่าเชื่อถือเปรียบเทียบมีสำเนาเดียวนิวเคลียร์ลำดับ นี้จะเกี่ยวข้องตั้งแต่เครื่องหมาย เช่น cpDNA หรือ mtDNA สืบทอด uniparentallyจัดโดยทั่วไปให้แข็งแรงขึ้นโครงสร้างในพื้นที่กว่าเครื่องหมายนิวเคลียร์ และได้ผลอย่างกว้างขวางใช้ในการศึกษา phylogeographic (เชิญ et al., 2003, 2005) แทนมีแนวโน้มที่ภาวะเมตตาในระหว่างขยายปัญหาที่อาจเลวร้ายเมื่อทำงานกับแม่สูงเสื่อมโทรม ทำของแต่ละ

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

วงจรขยายแต่ละ แม่แบบปริมาณดีเอ็นเอเดิม
เพิ่มส่วนผสมปฏิกิริยาจากนั้นจะสามารถคำนวณ ในขณะเดียวกัน
เวลาก็เป็นไปได้ที่จะระบุความแตกต่างเดียวเบื่อหน่าย
(SNP) หรือแทรกสั้น / ลบ (Indel) โดยการเพิ่ม
โพรบทั้งสองป้ายด้วยสีเรืองแสงที่แตกต่างกันซึ่งเป็น
ประกอบกับทั้งสองสายพันธุ์ลำดับ (allelic
การเลือกปฏิบัติ) ทั้งนี้ขึ้นอยู่กับการสอบสวน hybridizes เพื่อ
เป้าหมายลำดับ, สีย้อมที่เกี่ยวข้องหรือทั้งสองอย่างในกรณีของ heterozygosity
เมื่อวิเคราะห์เครื่องหมายนิวเคลียร์ส่งเสียงเรืองแสง
สัญญาณ ดังนั้นทั้งสอง organelle หรือเครื่องหมายนิวเคลียร์สามารถฉาย
(อลอนโซ่
, et al
., 2003) SNPs หรือมี / ไม่มีสั้น
indels สามารถระบุเป้าหมายดีเอ็นเอสั้นประมาณ
60-300 นิวคลีโอ, ขนาดเข้ากันได้กับดีเอ็นเอที่เสื่อมโทรม.
อย่างไรก็ตามเช่นวิธีการเลือกปฏิบัติ allelic มีบาง
ข้อ จำกัด เมื่อทำงานกับadnà การปรับเปลี่ยนฐาน
ซึ่งอาจโดยการตรวจพบโดยทั่วถึง แต่ลำบาก PCR
ขยายและโคลน / วิธีการจัดลำดับอาจนำไปสู่
​​การกำหนดอัลลีลที่ไม่ถูกต้อง ใช้ uracil
ไม่มี
-glycosylase (UNG;
ลองโก
et al.
, 1990) สามารถใช้เป็นช่องโหว่ (Hofreiter
, et al
.,
2001) เอนไซม์นี้จะเอา uracil จากโมเลกุลของดีเอ็นเอ
ซึ่งเป็นผู้ผลิตเว็บไซต์ abasic และจึงนำไปสู่การหยุดพักใน
ดีเอ็นเอ มันอาจจะถูกนำมาใช้เป็นประจำใน real-time PCR,
ที่มีน (Dttp) จะถูกแทนที่ด้วย uracil (dUTP) ใน
การผสม PCR สำหรับการรวมตัวกันในดีเอ็นเอยืด ที่
จุดเริ่มต้นของการขี่จักรยาน PCR กิจกรรม UNG ทำลายใด ๆ ก่อน
โมเลกุลดีเอ็นเอขยายก่อนที่จะถูกความร้อนใช้งาน -
บวกผลข้างเคียงในการทำงานadnÃเพราะมันช่วยในการป้องกัน
การปนเปื้อนกับผลิตภัณฑ์ PCR จากเครื่องขยายเสียงก่อนหน้านี้.
แต่อึ้งอย่างเท่าเทียมกันมีผลกระทบต่อ adnÃแม่แบบที่
มี uracil แทน cytosine เพราะ deamination
(Lindahl, 1993) ในขณะที่การรักษา UNG จึงอาจป้องกันไม่ให้
genotyping ศักยภาพของลำดับเข้ากันได้กับการสอบสวนที่ไม่ถูกต้อง
ก็ยังอาจทำลายมากเกินไปของดีเอ็นเอที่แท้จริงไม่กี่
โมเลกุลที่เหลืออยู่ในสารสกัดจากตัวอย่างฟอสซิล เป็นผลให้
PCR เบื้องต้นเรียลไทม์โดยไม่ต้องอึ้งสามารถนำไปใช้ใน
การประเมินความเป็นไปได้ในการหาแม่เพียงพอ
ที่จะเสี่ยงต่อการสลายตัวบางส่วน.
เทคนิคนี้ไม่เพียง แต่ยืนยันความน่าเชื่อถือของ
ผลที่ได้รับ แต่ยังช่วยให้การ genotyping สูง throughput
เนื่องจากไม่มี การรักษาโพสต์-PCR เช่น electrophoresis เจล
เป็นสิ่งที่จำเป็น หลอด PCR ยังคงปิดตลอดทั้ง
การวิเคราะห์ซึ่งจะช่วยลดความเสี่ยงของการปนเปื้อน
ส่วนใหญ่โดยผลิตภัณฑ์พีซีอาร์ เพราะ PCRs เริ่มต้น
ด้วย <1000 แม่แบบโมเลกุลมีแนวโน้มที่จะไม่ถูกต้องให้
ผล (คูเปอร์และ Poinar 2000; Hofreiter
, et al
., 2001b)
ปริมาณของจำนวนเงินที่เริ่มต้นของดีเอ็นเอใน
ตัวอย่างสามารถช่วยประเมินความถูกต้องของลำดับ
ได้ ในท้ายที่สุดอย่างไรหลักฐานเพิ่มเติมเป็นสิ่งจำเป็น
สำหรับความแตกต่างadnÃจากที่ผ่านมาปนเปื้อน
ดีเอ็นเอและอย่างน้อยส่วนหนึ่งของกลุ่มตัวอย่างจะต้องมีการโคลนและ
ติดใจ (คูเปอร์และ Poinar, 2000).
การใช้งานที่มีศักยภาพของแบบ real-time PCR ในการวิเคราะห์adnÃ
การศึกษาเป็น อุดมสมบูรณ์ โดยทั่วไปการรวมกันของสากล
ไพร (เช่น rbcL, trnL-F) และฟิวส์สายพันธุ์เฉพาะแสดงให้เห็นถึง
กลยุทธ์ที่มีแนวโน้ม ยกตัวอย่างเช่นการโยกย้าย postglacial ของ
พันธุ์พืชหรือแม้แต่เส้นทางโดยเฉพาะอย่างยิ่งการตั้งรกรากของ
ยีนหรือ lineages อาจจะบูรณาการมากกว่าพื้นที่และเวลา
โดยเฉพาะอย่างยิ่งที่รูปแบบปัจจุบันของการเปลี่ยนแปลงทางพันธุกรรม
อยู่บนพื้นฐานของความหลากหลายสามารถเข้าถึงได้ง่ายมีความชัดเจน เหมาะ
ระบบรูปแบบนั้นมีความหลากหลาย ต้นโอ๊กสีขาวในยุโรปแสดง
แบ่งโบราณระหว่าง lineages มารดาหลายที่รอดชีวิต
ใน refugia น้ำแข็งที่แตกต่างโดดเด่นด้วย SNPs หรือเล็ก
indels ใน cpDNA (ชิงช้าสวรรค์, et al, 1993;. Dumolin-Lapègue
et al, 1999;. Deguilloux et al, 2002. Petit et al., 2002) เหล่านี้
สายพันธุ์ cpDNA จะโยงทั่ว chronosequences
(เช่นการเปลี่ยนแปลงเมื่อเวลาผ่านไปที่สถานที่ที่กำหนด) ในทำนองเดียวกัน
นอร์เวย์โก้ (Picea abies) แสดงให้เห็นความแตกต่างที่ชัดเจนระหว่าง
สอง lineages ยลโดดเด่นด้วย SNPs หลาย
(Sperisen et al., 2001) lineages เหล่านี้ชี้การแยก
ประวัติศาสตร์น้ำแข็ง มีหลักฐานเพิ่มเติมสำหรับสอง SNP-based เป็น
mitotypes ที่เกิดขึ้นในประชากรของเทือกเขา Carpathian
(เอฟ Gugerli et al. ที่ไม่ได้เผยแพร่) ภูมิภาคถือว่าเป็น
Refugium น้ำแข็งสำหรับ abies P. ตัวอย่างที่สามที่ให้บริการโดย
SNP พบในยีน cpDNA ของเฟอร์เงินที่ยังหลงเหลืออยู่ (Abies อัลบ้า)
ที่แสดงให้เห็นไคลน์ทั่วยุโรปกลาง (Liepelt et al., 2002).
เลือกในกลุ่มจีโนมและยีน
ในขณะที่การสำรวจทางพันธุกรรมประชากรใด ๆ เลือกที่เหมาะสม
เครื่องหมายโมเลกุลที่จะตั้งคำถามโดยเฉพาะอย่างยิ่งเป็นสิ่งสำคัญ.
เลือกขึ้นอยู่กับชนิดของคำถามเช่นเดียวกับ
ความละเอียดของพื้นที่และเวลาวาดภาพ ในขณะที่ไม่มีทั่วไป
คำแนะนำจะได้รับ, cpDNA และ mtDNA เป็นตัวแทนของ
กลุ่มเป้าหมายที่มีแนวโน้มเพราะพวกเขามีอยู่ในหลายชุด
ในแต่ละเซลล์พืช ดังนั้นพวกเขามีแนวโน้มที่จะ
ถูกดึงจากเนื้อเยื่อฟอสซิล ในกรณีที่adnÃ,
ทางเลือกของเครื่องหมายถูก จำกัด ด้วยข้อ จำกัด โดยธรรมชาติในการใช้งาน
ของดีเอ็นเอที่เสื่อมโทรมอย่างมาก มันได้รับการแสดงให้เห็นว่า
เกิดความเสียหายย่อยสลายและออกซิเดชันจะลดadnÃสั้น
เศษไม่เกิน 200 นิวคลีโอ (Yang, 1997; Pääbo
et al., 2004) การกำหนดเป้าหมายเศษสั้นดังกล่าวจะลดลง
เนื้อหาข้อมูลของแต่ละการวิเคราะห์เปรียบเทียบกับ
คนงานโดยทั่วไปกับวัสดุร่วมสมัย
ความสัมพันธ์แบบผกผันระหว่างอัตราความสำเร็จของการขยายและ
ขนาดของ amplicon ได้รับการยืนยันกับดีเอ็นเอ
ที่แยกได้จากไม้แห้งที่มีผลกระทบยังคงตรวจพบสำหรับ
ชิ้นส่วนที่สั้นกว่า 100 นิวคลีโอ (Deguilloux et al.,
2002) การศึกษาเดียวกันยืนยันว่าวนเวียนอยู่ใน
สำเนาหลายต่อเซลล์ (เช่น cpDNA, mtDNA และโซมอล
ดีเอ็นเอ) ผลผลิตขยายเชื่อถือได้มากขึ้นเมื่อเทียบ
กับสำเนาเดียวลำดับนิวเคลียร์ นี้มีความเกี่ยวข้องตั้งแต่
เครื่องหมายสืบทอด uniparentally เช่น cpDNA หรือ mtDNA,
มักจะมีโครงสร้างมากขึ้นอย่างมากในพื้นที่กว่ามี
เครื่องหมายนิวเคลียร์และได้รับจึงใช้อย่างกว้างขวาง
ในการศึกษา phylogeographic (Petit et al., 2003, 2005) แต่
เครื่องหมายไมโครมีแนวโน้มที่จะเลื่อนหลุดในระหว่างการขยาย
ปัญหาที่อาจจะเลวร้ายลงเมื่อทำงาน
กับแม่เสื่อมโทรมเป็นอย่างมากทำให้โคลนของแต่ละ

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

แต่ละแบบวัฏจักร ต้นฉบับแม่แบบดีเอ็นเอปริมาณ
เพิ่มปฏิกิริยาผสมแล้วสามารถคํานวณ ในเวลาเดียวกัน
, มันเป็นไปได้ที่จะระบุยีนเดี่ยว )
( SNP ) หรือสั้นแทรก / ลบ ( INDEL ) โดยการเพิ่ม
2 ) การติดฉลากด้วยสีเรืองแสงที่แตกต่างกันซึ่งมี
ประกอบของ 2 ลำดับตัวแปร ( allelic
เลือกปฏิบัติ )ซึ่งขึ้นอยู่กับการสอบสวน hybridizes
ลำดับเป้าหมาย สีนั้นๆ หรือทั้งในกรณีเฉพาะที่
เมื่อวิเคราะห์เครื่องหมายนิวเคลียร์ ส่งเสียงสัญญาณฟลูออเรสเซนต์

ดังนั้น ทั้งอวัยวะภายในหรือนิวเคลียร์เครื่องหมายสามารถฉาย
( อลอนโซ่

et al . , 2003 ) การ snps หรือการมี / ไม่มีสั้น
indels สามารถระบุเป้าหมายสั้นดีเอ็นเอของเรื่อง
60 – 300 นิวคลีโอไทด์ขนาดเข้ากันได้กับสลายดีเอ็นเอ .
แต่เช่นยาฆ่าแมลงจำแนกวิธีการมี
ข้อจำกัดเมื่อทำงานกับแอ็ดน่า . การปรับเปลี่ยนฐาน
ซึ่งอาจตรวจพบโดยละเอียด แต่ลำบาก วิธีการขยาย PCR
และโคลน / จัดลำดับ อาจนำไปสู่
งานออกแบบผิด ใช้ยูราซิล
n
- ไกลโคไซเลส ( อัง ;
Longo
et al .
, 1990 ) ก็เป็นรูโหว่ ( et al , hofreiter


2001a ) เอนไซม์นี้เอายูราซิลจากดีเอ็นเอของโมเลกุล
ซึ่งสร้างเป็นเว็บไซต์ที่เบสิก จึงนำไปสู่การแบ่งใน Strand ดีเอ็นเอ

มันอาจจะใช้ในการตรวจ PCR แบบเรียลไทม์
ที่ไทยคม ( dttp ) จะถูกแทนที่ด้วยยูราซิล ( ได้ )
) ผสมสำหรับนิติบุคคลใน elongating strand DNA ที่
เริ่มต้นของ PCR จักรยาน , กิจกรรมเดิม
อังขัดใด ๆแถบดีเอ็นเอโมเลกุลก่อนที่จะถูกความร้อนและผลด้านบวกในการศึกษา
แอดนา ทำงาน เพราะจะช่วยป้องกันการปนเปื้อนข้ามกับผลิตภัณฑ์ PCR
จากก่อนหน้านี้ amplifications .
แต่อังเท่ากันมีผลต่อแอดนา แม่แบบที่
มียูราซิลแทนย้ายถิ่นเพราะดี
( ลินดัล , 1993 ) ในขณะที่การรักษาอาจทำให้ป้องกัน
อึงการส่งเสริมศักยภาพของโพรบเข้ากันได้ผิดลำดับ
นอกจากนี้ยังอาจทำลายมากเกินไปในไม่กี่จริงดีเอ็นเอ
โมเลกุลทิ้งไว้ในการสกัดซากดึกดำบรรพ์ตัวอย่าง ผลที่ตามมา ,
เบื้องต้นแบบเรียลไทม์โดยไม่อัง PCR ไม่สามารถถูกเรียกใช้ใน
เพื่อประเมินโอกาสของการค้นหาเพียงพอแม่แบบ
เสี่ยงเน่าบางส่วน เทคนิคนี้ไม่เพียง แต่

HUB ความน่าเชื่อถือของผลที่ได้รับ แต่ยังช่วยให้ เพื่อช่วยส่งเสริม
เนื่องจากไม่มีโพสต์เพื่อการรักษา เช่น เจลอิเล็ก
ที่จําเป็น การตรวจหลอดยังคงปิดตลอด
การวิเคราะห์ จึงช่วยลดความเสี่ยงของการปนเปื้อน
เด่น โดยผลิตภัณฑ์ PCR เพราะ pcrs
< 1000 โมเลกุลเริ่มต้นด้วยแม่แบบมีแนวโน้มที่จะให้ผลลัพธ์ที่ไม่ถูกต้อง
( คูเปอร์& พอยนาร์ , 2000 ; hofreiter
et al
. ,
2001b ) , ปริมาณของปริมาณเริ่มต้นของดีเอ็นเอใน
ตัวอย่างช่วยประเมินความถูกต้องของลำดับ
) ในที่สุด อย่างไรก็ตาม หลักฐานเพิ่มเติมเป็นสิ่งจำเป็นสำหรับการแยก
แอดนา จากล่าสุด ปนเปื้อน
ดีเอ็นเอ และอย่างน้อยส่วนหนึ่งของตัวอย่างจะต้องสามารถลำดับ ( คูเปอร์& พอยนาร์

, 2000 )ศักยภาพการใช้งานของ PCR แบบเรียลไทม์การวิเคราะห์ในแอดนา
การศึกษามากมาย โดยทั่วไป การรวมกันของไพรเมอร์สากล
( เช่น rbcl trnl-f , ) และเผ่าพันธุ์ - เฉพาะวัดแทน
กลยุทธ์ที่มีแนวโน้ม ตัวอย่างเช่น การโยกย้าย postglacial ของ
ชนิดพืช หรือแม้แต่การเส้นทางของพันธุ์โดยเฉพาะ
หรือเผ่าพันธุ์ สามารถบูรณาการผ่านพื้นที่และเวลา ,
โดยเฉพาะอย่างยิ่งที่ปัจจุบันรูปแบบของความแปรผันทางพันธุกรรม
ตามพันธุ์เป็นสามารถเข้าถึงได้ง่าย ชัดเจน ระบบ
รูปแบบที่เหมาะสมเป็นอเนก โอ๊คขาวโบราณในยุโรป จัดแสดง
แบ่งระหว่างหลายแม่พันธุ์ที่แตกต่างกัน refugia รอด
ในน้ำแข็ง , ลักษณะโดย snps หรือ indels เล็ก
ใน cpdna ( Ferris et al . , 1993 ; dumolin ตักè gue
et al . , 1999 ; deguilloux et al . ,2002 ; Petit et al . , 2002 ) ตัวแปร cpdna เหล่านี้สามารถ traced ผ่าน chronosequences

( เช่นการเปลี่ยนแปลงในช่วงเวลาที่ระบุสถานที่ ) โดย
โก้เก๋นอร์เวย์ ( picea abies ) แสดงให้เห็นความแตกต่างที่ชัดเจนระหว่างสองเผ่าพันธุ์
ยล โดดเด่น ด้วยหลาย snps
( sperisen et al . , 2001 ) พันธุ์เหล่านี้จุดแยก
ประวัติธารน้ำแข็ง . มีหลักฐานเพิ่มเติมสำหรับสอง SNP ฐาน
mitotypes ที่เกิดขึ้นในประชากรของเทือกเขาคาร์เพเธียน
( F . gugerli et al . พิมพ์ ) , ภูมิภาคถือเป็นการเรฟูเจียม glacial สำหรับหน้า abies . ตัวอย่างที่ 3 โดย : SNP พบใน cpdna ยีนของเฟอร์เงินเท่าที่มีอยู่ ( abies Alba )
แสดงให้เห็นว่าไคลน์ข้ามกลางยุโรป ( liepelt et al . , 2002 ) .

เลือกระหว่างจีโนมและยีนในพันธุศาสตร์ประชากรการสำรวจการเลือกที่เหมาะสม
เครื่องหมายโมเลกุลที่อยู่คำถามเฉพาะเป็นสิ่งจำเป็น .
เลือกขึ้นอยู่กับประเภทของคำถามเช่นเดียวกับ
พื้นที่และความละเอียดและภาพ . ในขณะที่ไม่ทั่วไป
คำแนะนำสามารถให้ cpdna แสดงเป้าหมายและเป็นตัวแทน
สัญญาเพราะพวกเขามีอยู่ในหลายชุด
ภายในแต่ละเซลล์พืช . ดังนั้น พวกเขามีมากที่สุด

เรียกดูได้จากเนื้อเยื่อของฟอสซิล ในกรณีของแอ็ดน่า ,
เลือกเครื่องหมายถูก จำกัด โดยปัญหาที่แท้จริงในการใช้
สูงสลายดีเอ็นเอ นี้ได้แสดงให้เห็นว่าเกิดความเสียหายจะลดลงและคุณภาพ

ไม่มีแอดนา กับเศษๆ กว่า 200 นิวคลีโอไทด์ ( Yang , 1997 ; P ääโบ
et al . , 2004 ) เป้าหมายดังกล่าวสั้นเศษจะลดลง
ข้อมูลเนื้อหาของแต่ละการวิเคราะห์เมื่อเทียบกับผู้ที่มักจะใช้
ด้วยวัสดุร่วมสมัย
ตรงกันข้ามความสัมพันธ์ระหว่างอัตราความสำเร็จ ( และ
ขนาดของและได้รับการยืนยันกับดีเอ็นเอ
แยกจากไม้แห้ง กับผลยังพบเศษสำหรับน้อยกว่า 100 นิวคลีโอไทด์ (

deguilloux et al . , 2002 ) การศึกษายืนยันว่าปัจจุบันในลำดับเดียวกัน
หลายชุด cpdna ต่อเซลล์ ( i.e . ,แสดงลำดับ DNA ) และผลผลิต ( Protein

เชื่อถือได้มากขึ้นเมื่อเทียบกับเดียวคัดลอกนิวเคลียร์ ลำดับ นี่คือที่เกี่ยวข้องตั้งแต่
uniparentally สืบทอดเครื่องหมาย เช่น cpdna หรือแสดงโดยทั่วไปมีมากขึ้นอย่างมาก
, โครงสร้างในพื้นที่กว่า
นิวเคลียร์เครื่องหมายและมีจากนั้นได้รับอย่างกว้างขวางใช้ในการศึกษา
phylogeographic ( Petit et al . , 2003 , 2005 )
แทนใช้เครื่องหมายมักจะเลื่อนหลุดในช่วงขยาย
ปัญหาที่อาจทวีความรุนแรงขึ้นเมื่อทำงาน
ด้วยขอสลายแม่แบบการโคลนนิ่งของแต่ละ