Gene-feature annotation and GO enri

Gene-feature annotation and GO enrichment analysis/All SNPs were annotated with gene features using the software SNPeff (RRID:SCR_005191, v4.2, Cingolani et al., 2012). Annotations for the reference genome L. infantum, JPCM5, were downloaded from TriTrypDB (v38, RRID:SCR_007043; Aslett et al., 2010). Several gene sets of interest were subsequently tested for Gene ontology (GO, RRID:SCR_002811) term enrichments for the ontology ‘biological process’. GO mappings for L. infantum genes were downloaded from TriTrypDB (v38, RRID:SCR_007043), where 4704 of the 8299 annotated coding genes were also associated with a GO term. Enrichment of functional categories was tested using the weightFisher algorithm in topGO (RRID:SCR_014798, v2.34.0, Alexa et al., 2006) sing all genes annotated in the ‘gene to GO’ mapping file (v38). GO categories enriched with a p-value < 0.05 (test: weightFish) were subsequently visualised with Revigo (RRID:SCR_005825, http://revigo.irb.hr/, assessed: February 2019, Supek et al., 2011) using default settings and rectangle sizes normalized by absolute p-value.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

คำอธิบายประกอบคุณลักษณะของยีนและการวิเคราะห์การเพิ่มคุณค่า GO / SNP ทั้งหมดได้รับการเพิ่มคำอธิบายประกอบด้วยคุณสมบัติของยีนโดยใช้ซอฟต์แวร์ SNPeff (RRID:SCR_005191, v4.2, Cingolani et al., 2012) คำอธิบายประกอบสำหรับจีโนมอ้างอิง L. infantum, JPCM5 ถูกดาวน์โหลดจาก TriTrypDB (v38, RRID:SCR_007043; Aslett et al., 2010) ต่อมามีการทดสอบชุดความสนใจของยีนหลายชุดสำหรับอภิปรัชญาของยีน (GO, RRID:SCR_002811) การเพิ่มคำศัพท์สำหรับ 'กระบวนการทางชีวภาพ' ของภววิทยา การแมป GO สำหรับยีน L. infantum ถูกดาวน์โหลดจาก TriTrypDB (v38, RRID:SCR_007043) โดยที่ 4704 จาก 8299 ยีนเข้ารหัสที่มีคำอธิบายประกอบนั้นเกี่ยวข้องกับคำศัพท์ GO เช่นกัน การเพิ่มหมวดหมู่การทำงานได้รับการทดสอบโดยใช้อัลกอริธึม WeightFisher ใน topGO (RRID:SCR_014798, v2.34.0, Alexa et al., 2006) ร้องเพลงยีนทั้งหมดที่มีคำอธิบายประกอบในไฟล์การแมป 'gene to GO' (v38) หมวดหมู่ GO ที่เสริมคุณค่าด้วย p-value <0.05 (ทดสอบ: WeightFish) ต่อมาถูกมองเห็นด้วย Revigo (RRID:SCR_005825, http://revigo.irb.hr/, ประเมิน: กุมภาพันธ์ 2019, Supek et al., 2011) โดยใช้ค่าเริ่มต้น การตั้งค่าและขนาดสี่เหลี่ยมผืนผ้าที่ทำให้เป็นมาตรฐานด้วยค่า p สัมบูรณ์

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ลักษณะทางพันธุกรรมหมายเหตุและการวิเคราะห์ความมั่งคั่ง GO /
หมายเหตุลักษณะทางพันธุกรรมของ SNP ทั้งหมดโดยใช้ซอฟต์แวร์ SNPef (RRID: SCR_005191, v4.2, Cingolani et al. 2012) หมายเหตุอ้างอิง Lactobacterium ทารกจีโนม JPCM5 ดาวน์โหลดจาก TriTrypDB (v38, RRID: SCR_007043; Aslett et al. 2010) ต่อจากนั้น มีการทดสอบภววิทยาทางพันธุกรรม (GO, RRID: SCR_002811) สำหรับชุดยีนที่สนใจหลายชุด เพื่อใช้ในภววิทยา "กระบวนการทางชีวภาพ" แผนที่ GO ของยีน Lactobacterium ทารกถูกดาวน์โหลดจาก TriTrypDB (v38, RRID: SCR_007043) และ 4,704 ของยีนที่เข้ารหัสความคิดเห็น 8,299 ก็เกี่ยวข้องกับคำศัพท์ GO เช่นกัน ทดสอบความมั่งคั่งของประเภทการทำงานโดยใช้อัลกอริทึมน้ำหนักฟิชเชอร์ใน topGO (RRID: SCR_014798, v2.34.0, Alexa et al. 2006) โดยใช้ยีนทั้งหมดในความคิดเห็นใน "ยีนไป" ไฟล์แผนที่ (v38) ตามด้วย Revigo (RRID: SCR_005825, http://revigo.irb.hr/ ,เวลาประเมิน: กุมภาพันธ์ 2562,ซู

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

CDCต้องลงทะเบียนและรายงานต่อCDCหลังจากนั้นCDCจะให้ความสําคัญกับผู้โดยสารทางโทรศัพท์
เนื่องจากผู้โดยสารมีไข้ 39 องศา สภาพของพวกเขาได้รับการยืนยันแล้ว และได้ขอความช่วยเหลือจากเจ้าหน้าที่ทางการแพทย์