Primer and probe sequence designs a

Primer and probe sequence designs are among the most critical input factors in real-time polymerase
chain reaction (PCR) assay optimization. In this study, we present the use of statistical design of experiments
(DOE) approach as a general guideline for probe optimization and more specifically focus on design
optimization oflabel-free hydrolysis probes that are designated as mediator probes (MPs), which are used
in reverse transcription MP PCR (RT-MP PCR). The effect of three input factors on assay performance was
investigated: distance between primer and mediator probe cleavage site; dimer stability of MP and target
sequence (influenza B virus); and dimer stability of the mediator and universal reporter (UR). The results
indicated that the latter dimer stability had the greatest influence on assay performance, with RT-MP
PCR efficiency increased by up to 10% with changes to this input factor. With an optimal design configuration,
a detection limit of 3–14 target copies/10 l reaction could be achieved. This improved detection
limit was confirmed for another UR design and for a second target sequence, human metapneumovirus,
with 7–11 copies/10 l reaction detected in an optimum case. The DOE approach for improving oligonucleotide
designs for real-time PCR not only produces excellent results but may also reduce the number
of experiments that need to be performed, thus reducing costs and experimental times.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

รองพื้นและการออกแบบลำดับของโพรบมีปัจจัยนำเข้าสำคัญที่สุดในพอลิเมอเรสแบบเรียลไทม์ทดสอบปฏิกิริยาลูกโซ่ (PCR) ปรับให้เหมาะสม ในการศึกษานี้ เรานำเสนอการใช้สถิติออกแบบการทดลองวิธี (ป้องกัน) เป็นหลักเกณฑ์ทั่วไปสำหรับปรับโพรบและเน้นมากขึ้นโดยเฉพาะในการออกแบบคลิปปากตะเข้ oflabel ฟรีไฮโตรไลซ์ปรับที่กำหนดเป็นกลางคลิปปากตะเข้ (MPs), ซึ่งใช้ในย้อน transcription MP PCR (RT MP PCR) ผลของปัจจัยป้อนเข้าที่ 3 ทดสอบประสิทธิภาพได้ตรวจสอบ: ระยะห่างระหว่างพื้นและกลางโพรบปริไซต์ ความมั่นคงในการผลิตของ dimer MP และเป้าหมายลำดับ (ไวรัสไข้หวัดใหญ่ B); และความมั่นคงในการผลิตของ dimer ของผู้ไกล่เกลี่ยและโปรแกรมรายงานสากล (ยู) ผลลัพธ์ระบุว่า ความมั่นคงผลิตของ dimer หลังมีอิทธิพลมากที่สุดในการทดสอบประสิทธิภาพ RT-MPPCR ประสิทธิภาพที่เพิ่มขึ้นถึง 10% กับการเปลี่ยนแปลงปัจจัยนำเข้านี้ กำหนดค่าการออกแบบที่ดีที่สุดตรวจสอบจำนวน 3 – 14 เป้าหมาย สำเนา/10 l ปฏิกิริยาไม่ได้ พัฒนาวิธีการตรวจนี้จำกัดได้รับการยืนยันแบบยูอื่น และ ลำดับเป้าหมายสอง มนุษย์ metapneumovirusมี 7-11 สำเนา/10 l ปฏิกิริยาตรวจพบในกรณีเหมาะสม วิธีป้องกันสำหรับ oligonucleotideออกแบบสำหรับ PCR แบบเรียลไทม์ไม่เพียงแต่ให้ผลลัพธ์ที่ยอดเยี่ยม แต่อาจจะลดจำนวนการทดลองที่ต้องทำ ลดต้นทุนและเวลาทดลอง

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ไพรเมอร์และการออกแบบลำดับการสอบสวนเป็นหนึ่งในปัจจัยการผลิตที่สำคัญที่สุดในเวลาจริงโพลิเมอร์ปฏิกิริยาลูกโซ่ (PCR) การเพิ่มประสิทธิภาพการทดสอบ
ในการศึกษานี้เรานำเสนอการใช้งานของการออกแบบทางสถิติของการทดลอง
(DOE)
วิธีเป็นแนวทางทั่วไปสำหรับการเพิ่มประสิทธิภาพการสอบสวนและมากขึ้นโดยเฉพาะมุ่งเน้นการออกแบบการเพิ่มประสิทธิภาพoflabel ฟรียานสำรวจการย่อยสลายที่ได้รับการกำหนดให้เป็นยานสำรวจคนกลาง (ส.ส. )
ซึ่งถูกนำมาใช้ในการถอดความกลับ MP PCR (RT-PCR MP) ผลกระทบของปัจจัยที่สามข้อมูลเกี่ยวกับผลการดำเนินงานการทดสอบที่ได้รับการตรวจสอบ: ระยะห่างระหว่างไพรเมอร์และเว็บไซต์สื่อกลางความแตกแยกสอบสวน;
ความมั่นคง dimer ของ MP
และเป้าหมายลำดับ(ไวรัสไข้หวัดใหญ่ B); และความมั่นคงของ dimer คนกลางและผู้สื่อข่าวสากล (UR) ผลการชี้ให้เห็นว่าเสถียรภาพ dimer หลังมีอิทธิพลมากที่สุดต่อประสิทธิภาพการทำงานการทดสอบกับ RT-MP ประสิทธิภาพ PCR เพิ่มขึ้นถึง 10% กับการเปลี่ยนแปลงปัจจัยการผลิตนี้ ด้วยการกำหนดค่าการออกแบบที่ดีที่สุดขีด จำกัด ของการตรวจสอบสำเนาเป้าหมาย 3-14 / 10 ลิตรปฏิกิริยาจะประสบความสำเร็จ การตรวจสอบการปรับปรุงนี้วงเงินที่ได้รับการยืนยันในการออกแบบ UR อื่นและเป็นเป้าหมายลำดับที่สอง metapneumovirus มนุษย์กับสำเนา7-11 / 10 ลิตรปฏิกิริยาการตรวจพบในกรณีที่ดีที่สุด วิธี DOE สำหรับการปรับปรุง oligonucleotide ออกแบบ PCR เวลาจริงไม่เพียง แต่ก่อให้เกิดผลลัพธ์ที่ดีเยี่ยม แต่ยังอาจลดจำนวนของการทดลองที่จะต้องดำเนินการซึ่งช่วยลดค่าใช้จ่ายและเวลาในการทดลอง

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ไพรเมอร์และตรวจสอบลำดับการออกแบบในหมู่ที่สำคัญที่สุดปัจจัยในเวลาจริงโดย
ปฏิกิริยาลูกโซ่ ( PCR ) โดยการเพิ่มประสิทธิภาพ ในการศึกษานี้จึงได้เสนอการใช้การออกแบบการทดลอง ( DOE ) สถิติ
วิธีการโดยทั่วไปแนวทางสอบสวนเพิ่มประสิทธิภาพและมากขึ้นโดยเฉพาะเน้นการออกแบบ
การเพิ่มประสิทธิภาพ oflabel ฟรีในที่เขตเป็นคนกลาง probes ( MPS ) ซึ่งใช้ในการถอดรหัสดีเอ็นเอกลับ
MP ( rt-mp PCR ) ผลของปัจจัยในการปฏิบัติงาน การทดสอบเป็น 3
1 ) ระยะห่างระหว่างหัวและตัวเว็บไซต์เป็นสื่อกลาง เช่น เสถียรภาพความเปียกชื้นของ MP และลำดับเป้าหมาย
( Influenza B virus )และเสถียรภาพไดเมอร์ของสื่อกลาง และนักข่าวสากล ( UR ) ผลการวิจัยพบว่าหลัง
เมอร์มีเสถียรภาพมากที่สุดในการแสดงอิทธิพลวิธีที่มีประสิทธิภาพวิธี rt-mp
เพิ่มขึ้นถึง 10% กับการเปลี่ยนแปลงปัจจัยนำเข้านี้ กับการตั้งค่าการออกแบบที่ดีที่สุด : ขีดจำกัดของ 3 – 14 เป้าหมายสำเนา / 10 ลิตร ปฏิกิริยาจะต้องสำเร็จ นี้การตรวจหาการปรับปรุง
จำกัดได้รับการยืนยันอีก ur ออกแบบและเป้าหมายลำดับที่สองของมนุษย์ metapneumovirus
, 7 – 11 ชุด / 10 ลิตร พบปฏิกิริยาในกรณีที่ DOE แนวทางการปรับปรุงวิธี PCR แบบเรียลไทม์ ซึ่ง
ออกแบบไม่เพียง แต่ก่อให้เกิดผลลัพธ์ที่ยอดเยี่ยม แต่ยังอาจลดจำนวน
การทดลองที่ต้องดำเนินการ ดังนั้น การลดต้นทุน และเวลาทดลอง