Gene ontology (GO) enrichment analy

Gene ontology (GO) enrichment analysis revealed
transcription factors were over-represented amongst DEGs
in most pairwise comparisons (Table S1). This category
contained 61 differentially expressed homeobox genes,
some of which have known roles in meristem and organ
initiation. For example, WOX13 is dynamically expressed
during RAM/LRP initiation, and showed decreased expression on 2iP. Conversely, ARABIDOPSIS THALIANA
HOMEOBOX 1 (ATH1) and PENNYWISE (PNY) interact with
SHOOT MERISTEMLESS 1 (STM1) in the SAM, and their
expression was increased.
Comparison with callus-based regeneration reveals an
overlap with DEGs identified in LRP? SM conversion
To identify potential key regulators of shoot regeneration
common to different in vitro systems, we compared
targets identified in studies of shoot organogenesis from
callus with LRP ? SM conversion. Che et al. (2006)
analysed transcriptome changes during root or shoot
organogenesis from callus, and described the ‘top-20’
DEGs with increased/decreased expression during callus
induction, or subsequent shoot or root induction. Of the top-20 DEGs identified during presumed commitment to
shoot organogenesis, 11 and 12 of the genes with
increased and decreased expression, respectively, also
appeared amongst the DEGs identified in our study, with
similar patterns of expression (Table S6).
We then surveyed genes previously identified as affecting shoot organogenesis for differential expression during
LRP ? SM conversion (Table S7). One of these, HLS1/
COP3, is a negative regulator of callus-based shoot regeneration (Chatfield and Raizada, 2008), and exhibits >14-fold
decrease in expression levels on 2iP in our study (Table
S7). Interestingly, RSM1 overexpression phenocopies loss
of HLS1 function (Hamaguchi et al., 2008), and RSM1
expression was increased more than eightfold on 2iP.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ยีนภววิทยา (GO) เพิ่มคุณค่าวิเคราะห์เปิดเผยปัจจัยการถอดรหัสเป็นตัวแทนในหมู่ DEGs มากกว่าในแพร์ไวส์สุดเปรียบเทียบ (ตาราง S1) หมวดหมู่นี้มีอยู่ 61 homeobox differentially แสดงยีนบางส่วนที่ทราบบทบาทในอวัยวะและเนื้อเยื่อปลายเริ่มต้น เช่น WOX13 เป็นแบบไดนามิกในช่วงเริ่มต้น RAM/LRP นิพจน์ 2iP ลดลงแสดงให้เห็น ในทางกลับกัน ARABIDOPSIS THALIANAHOMEOBOX 1 (ATH1) และ PENNYWISE (PNY) ที่โต้ตอบกับยิง MERISTEMLESS 1 (STM1) ใน SAM และนิพจน์ถูกเพิ่มขึ้นฟื้นฟูจากแคลลัสแสดงให้เห็นการเปรียบเทียบการทับซ้อนกับใน LRP DEGs แปลง SMระบุศักยภาพ สำคัญหน่วยงานกำกับดูแลของยิงฟื้นฟูทั่วไปแตกต่างกันในหลอดทดลองระบบ ที่เราเปรียบเทียบยิงเป้าหมายที่ระบุไว้ในการศึกษาพัฒนาอวัยวะจากcallus กับ LRP การแปลง SM Che et al. (2006)transcriptome วิเคราะห์การเปลี่ยนแปลงระหว่างรากหรือยิงพัฒนาอวัยวะจากแคลลัส และอธิบายไว้ใน 'ด้านบน-20'DEGs ด้วยเพิ่มขึ้น/ลดลงระหว่างแคลลัสเหนี่ยว นำ หรือยิงมา หรือเหนี่ยวนำราก ของ DEGs ด้านบน 20 ที่ระบุในระหว่างจำนวนแปลกพัฒนาอวัยวะ 11 และ 12 ของยีนกับการถ่ายภาพเพิ่มขึ้น และลดลงนิพจน์ ตามลำดับ ยังปรากฏท่ามกลาง DEGs ระบุในเรื่องการเรียน มีรูปแบบที่คล้ายกันของนิพจน์ (ตาราง S6)เราได้ระบุไว้ก่อนหน้านี้ เป็นผลกระทบต่อการพัฒนาอวัยวะยิงสำหรับนิพจน์ที่แตกต่างระหว่างยีนแล้วLRP แปลง SM (ตาราง S7) หนึ่งของเหล่านี้ HLS1 /COP3 การควบคุมค่าลบของการฟื้นฟูจากแคลลัสยิง (Chatfield และ Raizada, 2008), และแสดง > 14-foldลดระดับ 2iP ในการศึกษาของเรา (ตารางนิพจน์S7) น่าสนใจ RSM1 overexpression phenocopies ขาดทุนฟังก์ชัน HLS1 (Hamaguchi et al. 2008), และ RSM1นิพจน์ที่มีการเพิ่มขึ้นกว่า eightfold บน 2iP

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ยีนอภิปรัชญา (ไป) การวิเคราะห์การเพิ่มปริมาณเปิดเผย
ถอดความปัจจัยถูกกว่าตัวแทนหมู่ degs
ในการเปรียบเทียบจากจำนวนมากที่สุด (ตาราง S1) หมวดหมู่นี้
มี 61 แสดงความแตกต่างของยีน homeobox,
บางส่วนที่ได้รู้จักกันมามีบทบาทสำคัญในเนื้อเยื่อและอวัยวะ
เริ่มต้น ยกตัวอย่างเช่น WOX13 จะแสดงแบบไดนามิก
ระหว่าง RAM / LRP การเริ่มต้นและแสดงให้เห็นลดลงในการแสดงออก 2iP ตรงกันข้าม Arabidopsis thaliana
homeobox 1 (: ath1) และ Pennywise (PNY) โต้ตอบกับ
SHOOT MERISTEMLESS 1 (STM1) ใน SAM ของพวกเขาและ
การแสดงออกเพิ่มขึ้น.
เปรียบเทียบกับการงอกใหม่ของแคลลัสที่ใช้พบว่า
ทับซ้อนกับที่ระบุไว้ใน degs LRP? เอสเอ็มแปลง
การระบุหน่วยงานกำกับดูแลที่สำคัญที่มีศักยภาพของการฟื้นฟูการถ่าย
เรื่องธรรมดาที่จะแตกต่างกันในระบบการเพาะเลี้ยงเนื้อเยื่อเราเมื่อเทียบกับ
เป้าหมายที่ระบุไว้ในการศึกษาของการถ่ายอวัยวะจาก
แคลลัสกับ LRP? แปลงเอสเอ็ม Che, et al (2006)
การวิเคราะห์การเปลี่ยนแปลงของยีนในช่วงรากหรือยิง
อวัยวะจากแคลลัสและอธิบาย 'top-20'
degs มีเพิ่มขึ้น / ลดลงในช่วงการแสดงออกแคลลัส
เหนี่ยวนำหรือยิงตามมาหรือการเหนี่ยวนำราก ด้านบน-20 degs ระบุในระหว่างการมุ่งมั่นเชื่อว่าจะ
ถ่ายอวัยวะ, 11 และ 12 ของยีนที่มีการ
เพิ่มขึ้นและลดลงแสดงออกตามลำดับนอกจากนี้ยัง
ปรากฏในหมู่ degs ที่ระบุไว้ในการศึกษาของเรามี
รูปแบบที่คล้ายกันในการแสดงออก (ตาราง S6).
จากนั้นเรา ยีนสำรวจระบุก่อนหน้านี้เป็นผลกระทบต่ออวัยวะยิงสำหรับการแสดงออกที่แตกต่างกันระหว่าง
LRP? เอสเอ็มแปลง (ตาราง S7) หนึ่งในเหล่านี้ HLS1 /
COP3 เป็นเชิงลบของการควบคุมแคลลัสที่ใช้ฟื้นฟูยิง (แช็ทและ Raizada, 2008) และการจัดแสดงนิทรรศการ> 14 เท่า
ลดลงของระดับการแสดงออกใน 2iP ในการศึกษาของเรา (ตาราง
S7) ที่น่าสนใจ RSM1 แสดงออก phenocopies การสูญเสีย
การทำงานของ HLS1 (Hamaguchi et al., 2008) และ RSM1
แสดงออกเพิ่มขึ้นมากกว่า Eightfold บน 2iP