Results The transcriptome of the ag

Results The transcriptome of the aging human epidermis Primary human epidermis samples were obtained as suction blisters from the inner forearm of five female donors from two distinct age groups (18–24 years and 70–75 years, see Additional file 1: Table S1 for details), respectively. These two age groups provide a good representation of the skin aging phenotype in healthy adults [17]. After RNA purification, samples were pooled in equimolar ratios to allow library preparation for transcriptome sequencing. Pooling of samples was required to obtain sufficient amounts of mRNA for library prep- aration. Paired-end sequencing on an Illumina HiSeq 2000 platform with read-lengths of 105 bases generated 90 Gb of DNA sequence. After trimming to a maximal read length of 80 bases and a minimum base quality of a 30 Phred score, sequence reads were mapped to the GRCh37/hg19 reference sequence using TopHat [19]. The resulting average strand-specific genome coverages were 500x for each sample

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ผล transcriptome ของอายุมนุษย์หนังกำพร้าหนังกำพร้ามนุษย์หลักตัวอย่างที่ได้รับเป็นแผลดูดจากปลายแขนด้านในของผู้บริจาคหญิงห้าจากสองกลุ่มอายุแตกต่างกัน (18-24 ปีและ 70-75 ปี ดูแฟ้มเพิ่มเติม 1: S1 ตารางสำหรับรายละเอียด), ตามลำดับ กลุ่มอายุ 2 ให้ตัวแทนที่ดีของ phenotype อายุผิวในผู้ใหญ่สุขภาพ [17] หลังจากอาร์เอ็นเอฟอก ตัวอย่างถูกทางถูกพูลในอัตราส่วน equimolar ให้เตรียมการไลบรารีสำหรับลำดับ transcriptome ร่วมกันอย่างถูกต้องเพื่อให้ได้จำนวนเพียงพอของ mRNA สำหรับไลบรารีเตรียม aration ลำดับสุดท้ายจับคู่บนแพลตฟอร์มกับอ่านความยาวของฐาน 105 Illumina HiSeq 2000 90 Gb ของลำดับดีเอ็นเอที่สร้างขึ้น หลังจากตัดแต่งสูงสุดอ่านความยาวฐาน 80 และมีคุณภาพพื้นฐานขั้นต่ำของคะแนน Phred 30 อ่านลำดับถูกแมปกับลำดับอ้างอิง GRCh37/hg19 ใช้ TopHat [19] คลุมกลุ่มสาระเฉพาะค่าเฉลี่ยผลลัพธ์ได้ 500 x สำหรับแต่ละตัวอย่าง

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ค้นหายีนของริ้วรอยผิวหนังชั้นนอกของมนุษย์ประถมศึกษาตัวอย่างผิวหนังชั้นนอกของมนุษย์ที่ได้รับเป็นแผลดูดจากปลายแขนด้านในของห้าผู้บริจาคหญิงจากสองกลุ่มอายุที่แตกต่าง (18-24 ปีและ 70-75 ปีให้ดูที่แฟ้มเพิ่มเติม 1: ตาราง S1 สำหรับรายละเอียด ) ตามลำดับ ทั้งสองกลุ่มอายุให้ตัวแทนที่ดีของผิวแก่ก่อนวัยต้นในผู้ใหญ่ที่มีสุขภาพดี [17] หลังจากที่อาร์เอ็นเอให้บริสุทธิ์ตัวอย่างถูกรวบรวมในอัตราส่วน equimolar เพื่อให้การจัดทำห้องสมุดยีนลำดับ รวมกำไรของกลุ่มตัวอย่างถูกต้องได้รับปริมาณที่เพียงพอของ mRNA สำหรับ aration ห้องสมุด prep- ลำดับคู่สิ้นใน Illumina HiSeq 2000 แพลตฟอร์มที่มีความยาวอ่านจาก 105 ฐานสร้าง 90 Gb ของลำดับดีเอ็นเอ หลังจากที่ตัดความยาวอ่านสูงสุดของ 80 ฐานและมีคุณภาพฐานขั้นต่ำของคะแนน Phred 30 ลำดับอ่านถูกแมปไปยังลำดับอ้างอิง GRCh37 / hg19 ใช้ Tophat [19] ส่งผลให้ค่าเฉลี่ยกลุ่มสาระเฉพาะความคุ้มครองจีโนมได้ 500 เท่าแต่ละตัวอย่าง

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ผลของอายุมนุษย์ ใบทราน ริปโตมหลักมนุษย์หนังกำพร้าตัวอย่างได้เป็นดูดส่าปลายแขนด้านในของผู้หญิงห้าผู้บริจาคจากสองกลุ่มที่แตกต่างกัน ( 18 ) อายุ 24 ปี และ 70 - 75 ปี ดูแฟ้มเพิ่มเติม 1 : ตาราง S1 สำหรับรายละเอียด ) ตามลำดับ ทั้งสองกลุ่มอายุให้เป็นตัวแทนที่ดีของผิวที่มีสุขภาพดีในผู้ใหญ่ [ 17 ]หลังจากที่ RNA บริสุทธิ์ ในอัตราส่วน จำนวนรวมๆ ให้เตรียมห้องสมุดสำหรับการติดตามทราน ริปโตม . ตัวอย่างของการใช้ปริมาณของ mRNA ที่ได้รับเพียงพอสำหรับเตรียม - ห้องสมุด aration . คู่ท้ายบน Illumina ลำดับ hiseq 2000 แพลตฟอร์มกับอ่านความยาวของฐาน 105 สร้าง 90 GB ของลำดับ DNAหลังการตัดแต่งให้สูงสุดอ่านความยาวของฐานและคุณภาพฐานขั้นต่ำ 30 phred คะแนน ลำดับอ่านถูกแมปไปยัง grch37 / hg19 อ้างอิงลำดับการใช้ tophat [ 19 ] ผลเฉลี่ยสาระเฉพาะจีโนมคลุมเป็น 500x สำหรับแต่ละตัวอย่าง