cleaning. Genomic DNA was extracted

cleaning. Genomic DNA was extracted using phenol
extraction and ethanol precipitation (Bucklin 2000).
To amplify the mitochondrial COI gene, the universal
primers, LCO 1490 and HCO2198 (Folmer et al. 1994)
were used. PCR reactions had a total volume of 25 μl
and were performed according to Ivanova et al. (2009)
using Platinum Taq (Invitrogen, Carlsbad, CA, USA) as
the enzyme. The PCR conditions were 94°C for 2 min
as initial denaturation and 40 cycles of 94°C for 40s,
55°C for 40s, and 72°C for 1 min. DNA sequencing
was done by direct sequencing of PCR amplification
products, carried out in a 3130xl Genetic Analyzer
automated DNA sequencer, following the manufacturer's
instructions (Applied Biosystems, Foster City, CA,
USA). The sequences were obtained bi-directionally two
times for accurate reading.
The O. longicaudis COI was aligned in MEGA 6 (Tamura
et al. 2013) with other COI sequences that show high
sequence similarity using the BLAST tool at Genbank
(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/). The Kimura 2-
parameter (K2P) distance model (Kimura 1980) was used
to calculate sequence divergences. Neighbor-joining (NJ)
trees using the K2P method were generated by MEGA 6
(Tamura et al. 2013) facilities. Nonparametric bootstrapping
was performed using 1,000 replicates.
Results
Life cycle
The mean duration of embryonic development was
2.3 days, and the time of post-embryonic development
was 5.2 days for O. longicaudis. Throughout the life
cycle of the species, a mean of 12 broods per female
and 22 eggs female−1 were produced and the fecundity
rate was 2 eggs female−1 brood−1. The mean longevity
was 47 days, and maximum longevity was 58 days
(Table 1).
Figure 2 shows mean individual growth curve of the
species as a function of time (days). The neonate of
O. longicaudis had an average size of 504 μm and
reached maturity with approximately 655 μm. On
average, two juvenile instars and nine instars were recorded
throughout the life cycle of the species.
DNA barcode
The sequence region of the COI gene (barcode region)
was 658 bp in length and was deposited as accession
number JX501501 in the Genbank. The base composition
for O. longicaudis COI sequence was as follows:
T = 41.33%, C = 13.82%, A = 23.1%, and G = 21.73%.
The calculated A-T content was 64.4 %.
A genetic divergence from other O. longicaudis from
the GenBank was found ranging from 7.0% to 7.2%
(Table 2). With other Chydoridae species including
Oxyurella sp., Kauralona penuelasi, Alona sp., and
Alona setulosa, the genetic divergence ranged from
16.8% to 20.1%.
The NJ tree with 14 COI analyzed sequences shows
O. longicaudis from Brazil as closely related to seven
other O. longicaudis from Mexico (100% bootstrap
support) (Figure 3). For Oxyurella sp., a bootstrap
support of 86% was found with all O. longicaudis and,
Alona sp., and A. setulosa were separated as another clade
(Figure 3).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ทำความสะอาด ออกดีเอ็นเอถูกสกัดโดยใช้ฟีนอลเอทานอลและสกัดฝน (Bucklin 2000)การขยายยีน COI ยล สากลไพรเมอร์ LCO 1490 และ HCO2198 (Folmer et al. 1994)ใช้ ปฏิกิริยา PCR มีไดรฟ์ข้อมูลทั้งหมดของ 25 μlและดำเนินการตาม Ivanova et al. (2009)โดยใช้ Platinum Taq (Invitrogen คาร์ลบาด CA, USA)เอนไซม์ เงื่อนไข PCR ถูก 94° C เป็นเวลา 2 นาทีเริ่มแปรสภาพและ 40 รอบที่ 94° C สำหรับวัย 4055° C สำหรับ 40s และ 72° C เป็นเวลา 1 นาทีลำดับดีเอ็นเอโดยลำดับโดยตรงของกระบือผลิตภัณฑ์ ดำเนินการในการวิเคราะห์ทางพันธุกรรม 3130xlอัตโนมัติดีเอ็นเอซีเควนเซอร์ ของผู้ผลิตดังต่อไปนี้คำแนะนำ (ใช้ศาสตร์เชิงชีวภาพ ฟอสเตอร์ซิตี้ CAสหรัฐอเมริกา) ลำดับที่ได้รับสองทิศทางสองเวลาสำหรับการอ่านถูกต้องLongicaudis o. ก COI ถูกจัดตำแหน่งใน 6 ล้าน (ทาet al. 2013) มีลำดับอื่น ๆ COI ที่แสดงสูงความเหมือนของลำดับโดยใช้เครื่องมือระเบิดที่ Genbank(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/) คิมุระ 2-ใช้พารามิเตอร์ (K2P) ระยะรุ่น (1980 คิมุระ)การคำนวณลำดับ divergences เพื่อนบ้านร่วม (NJ)สร้างขึ้นโดยใช้วิธี K2P โดย 6 ล้านสิ่งอำนวยความสะดวก (ทา et al. 2013) Nonparametric bootstrappingดำเนินการใช้เหมือนกับ 1,000ผลลัพธ์วงจรชีวิตคือระยะเวลาเฉลี่ยของการเจริญ2.3 วัน และเวลาของการพัฒนาของตัวอ่อนหลังแก้ไขวัน 5.2 o. ก longicaudis ตลอดชีวิตการวงจรของพันธุ์ เฉลี่ยของบรูดส์ 12 ต่อหญิงและไข่ 22 ผลิต female−1 และ fecundity ที่ราคาถูก 2 ไข่ female−1 brood−1 อายุหมายถึง47 วัน และสูงอายุ 58 วัน(ตารางที่ 1)รูปที่ 2 แสดงเส้นโค้งการเติบโตเฉลี่ยของการสายพันธุ์เป็นฟังก์ชันของเวลา (วัน) สามารถของLongicaudis o. กมีการเฉลี่ย 504 μ m และถึงครบกำหนด มีประมาณ 655 μ m บนเฉลี่ย instars เยาวชนสองเก้า instars ถูกบันทึกและตลอดวงจรชีวิตของสายพันธุ์บาร์โค้ดดีเอ็นเอพื้นที่ลำดับของยีน COI (บาร์โค้ดภูมิภาค)แก้ไข 658 bp ยาว และฝากเป็นภาคยานุวัติหมายเลข JX501501 ใน Genbank องค์ประกอบพื้นฐานสำหรับ longicaudis o. ก COI ลำดับได้ดังนี้:T = 41.33%, C = 13.82%, A = 23.1% และ G = 21.73%เนื้อหา A-T ที่คำนวณได้เป็น% ประมาณ 64.4 มม.การ divergence ทางพันธุกรรมจาก longicaudis อื่น ๆ o. กจากGenBank ที่พบตั้งแต่ 7.0% 7.2%(ตารางที่ 2) กับอื่น ๆ รวมถึงสายพันธุ์ ChydoridaeOxyurella sp. Kauralona penuelasi อโล sp. และอโม setulosa แตกต่างทางพันธุกรรมไปจนถึงการ16.8% ถึง 20.1%ต้น NJ กับ 14 COI วิเคราะห์แสดงลำดับLongicaudis o. กจากบราซิลที่เกี่ยวข้องกับเจ็ดเป็นอย่างใกล้ชิดอื่น ๆ longicaudis o. กจากเม็กซิโก (100% เริ่มต้นระบบสนับสนุน) (รูปที่ 3) สำหรับ Oxyurella sp. bootstrapพบกับ longicaudis o. กทั้งหมดสนับสนุน 86% และอโลนา sp. และก. setulosa แยกตัวเป็น clade อื่น(3 รูป)

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

การทำความสะอาด DNA ของยีนถูกสกัดโดยใช้ฟีนอล
สกัดเอทานอลและฝน (Bucklin 2000).
เพื่อขยายยีน COI ยลสากล
ไพรเมอร์, LCO 1490 และ HCO2198 (Folmer et al. 1994)
ถูกนำมาใช้ ปฏิกิริยา PCR มีปริมาณรวมทั้งสิ้น 25 ไมโครลิตร
และได้ดำเนินการตามที่อีวาโน, et al (2009)
โดยใช้แพลทินัม Taq (Invitrogen, Carlsbad, CA, USA) เป็น
เอนไซม์ เงื่อนไข PCR เป็น 94 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 2 นาที
เป็น denaturation เริ่มต้นและ 40 รอบจาก 94 องศาเซลเซียสเป็นเวลายุค 40,
55 ° C เป็นยุค 40 และ 72 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 1 นาที ลำดับดีเอ็นเอ
ทำโดยลำดับโดยตรงจากการขยาย PCR
ผลิตภัณฑ์ดำเนินการใน 3130xl พันธุกรรมวิเคราะห์
อัตโนมัติดีเอ็นเอซีเควนต่อไปนี้ของผู้ผลิต
คำแนะนำ (Applied Biosystems, ฟอสเตอร์ซิตี, แคลิฟอร์เนีย,
สหรัฐอเมริกา) ลำดับที่ได้รับสองทิศทางสอง
ครั้งสำหรับการอ่านที่ถูกต้อง.
โอ longicaudis COI สอดคล้องใน MEGA 6 (ทามูระ
กับลำดับ COI อื่น ๆ ที่แสดงสูง et al, 2013).
ความคล้ายคลึงกันตามลำดับโดยใช้เครื่องมือที่มีการระเบิดที่ Genbank
(http: // www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/) คิมูระ 2-
พารามิเตอร์ (K2P) รุ่นระยะทาง (Kimura 1980) ถูกนำมาใช้
ในการคำนวณความแตกต่างกันตามลำดับ เพื่อนบ้านเข้า (NJ)
ต้นไม้โดยใช้วิธี K2P ถูกสร้างขึ้นโดย MEGA 6
(ทามูระ et al. 2013) สิ่งอำนวยความสะดวก ร่วมมือ nonparametric
ถูกดำเนินการโดยใช้ 1,000 ซ้ำ.
ผล
วงจรชีวิต
ระยะเวลาเฉลี่ยของการพัฒนาของตัวอ่อนเป็น
2.3 วันและเวลาของการพัฒนาโพสต์ตัวอ่อน
เป็น 5.2 วันทุม longicaudis ตลอดชีวิต
วงจรของสายพันธุ์ที่มีค่าเฉลี่ย 12 กกต่อเพศเมีย
และเพศหญิง 22 ไข่-1 มีการผลิตและดกไข่
อัตรา 2 ไข่หญิง 1 กก-1 อายุขัยเฉลี่ย
47 วันและอายุสูงสุด 58 วัน
(ตารางที่ 1).
รูปที่ 2 แสดงให้เห็นว่าหมายถึงอัตราการเจริญเติบโตของแต่ละ
สายพันธุ์เป็นหน้าที่ของเวลา (วัน) ทารกของ
ทุม longicaudis มีขนาดเฉลี่ยของ 504 ไมโครเมตรและ
ครบกำหนดที่มีประมาณ 655 ไมโครเมตร บน
เฉลี่ยสองวัยเด็กและเยาวชนและวัยเก้าถูกบันทึกไว้
ตลอดวงจรชีวิตของสายพันธุ์.
บาร์โค้ดดีเอ็นเอ
ภูมิภาคลำดับของยีน COI (ภูมิภาคบาร์โค้ด)
เป็น 658 bp ในความยาวและถูกวางเป็นคู่สัญญา
จำนวน JX501501 ใน Genbank องค์ประกอบฐาน
สำหรับทุม longicaudis ลำดับ COI ได้ดังนี้
t = 41.33%, C = 13.82% A = 23.1% และ g = 21.73%.
โดยคิดเนื้อหาเป็น 64.4%.
Divergence จะพันธุกรรมจากคนอื่น ๆ ทุม longicaudis จากการ
ถูกพบ GenBank ตั้งแต่ 7.0% ถึง 7.2%
(ตารางที่ 2) กับสายพันธุ์อื่น ๆ รวมทั้ง Chydoridae
Oxyurella sp. Kauralona penuelasi, Alona sp. และ
อ setulosa, ความแตกต่างทางพันธุกรรมตั้งแต่
16.8% เป็น 20.1%.
ต้นไม้นิวเจอร์ซีย์กับ 14 COI วิเคราะห์ลำดับแสดงให้เห็น
ทุม longicaudis จากบราซิลที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดกับเจ็ด
อื่น ๆ ทุม longicaudis จากเม็กซิโก (100% ของเงินทุน
สนับสนุน) (รูปที่ 3) สำหรับ Oxyurella Sp. เป็นบูต
การสนับสนุนของ 86% ก็พบกับทุก longicaudis ทุมและ
Alona sp. และเอ setulosa ถูกแยกออกเป็น clade อีก
(รูปที่ 3)

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ทําความสะอาด จีโนมดีเอ็นเอโดยใช้ฟีนอลการสกัดและการตกตะกอนของเอทานอล ( บักลิน 2000 )การขยายยีนไมโตคอนเดรีย ลำปาง , สากลไพรเมอร์ , และว่า hco2198 1490 ( โฟลเมอร์ et al . 1994 )สถิติที่ใช้ ปฏิกิริยา PCR มีปริมาณรวม 25 μ lและมีการปฏิบัติตาม วาโนว่า et al . ( 2009 )การใช้แพลทินัม ทัค ( Invitrogen Carlsbad , CA , USA ) เป็นเอนไซม์ เงื่อนไขทั้งหมดจะถูก 94 ° C เป็นเวลา 2 นาทีเป็นครั้งแรก ( และ 40 รอบ 94 ° C 40s ,55 องศา C 40 , และ 72 ° C เป็นเวลา 1 นาที ดีเอ็นเอทำได้โดยการเพิ่มจำนวนของเชื้อโดยตรงผลิตภัณฑ์ที่ทำใน 3130xl วิเคราะห์พันธุกรรมลำดับของดีเอ็นเอโดยอัตโนมัติต่อไปนี้ของผู้ผลิตคําแนะนํา ( Applied Biosystems ฟอสเตอร์ ซิตี้ , แคลิฟอร์เนียสหรัฐอเมริกา ) ผู้ที่ได้รับ directionally สองบีเวลาสำหรับการอ่านที่ถูกต้องo . longicaudis ผมก็ชิดในเมกะ 6 ( ทามูระet al . 2013 ) กับอื่น ๆให้คงลำดับสูงความเหมือนของลำดับการใช้ระเบิดที่พบเครื่องมือ( http : / / www.ncbi . nlm . NIH . gov / บริการ / ) พวกคิมูระ 2พารามิเตอร์ ( k2p ) แบบระยะไกล ( คิมูระ 1980 ) ถูกใช้คำนวณลำดับ divergences . เพื่อนบ้านที่เข้าร่วม ( NJ )ต้นไม้ที่ใช้ k2p วิธีสร้าง 6 เมก( ทามูระ et al . 2013 ) สิ่งอำนวยความสะดวก นอนพาราเมตริก bootstrappingการใช้ 1 , 000 ได้แก่ผลลัพธ์วัฏจักรชีวิตหมายถึงระยะเวลาของการพัฒนาตัวอ่อนคือ2.3 วันและเวลาของการพัฒนาตัวอ่อน โพสต์คือ 5.2 วัน โอ longicaudis . ตลอด ชีวิตวัฏจักรของพืช หมายถึง 12 กก ต่อหญิง22 − 1 ) และไข่ของผู้หญิงและการผลิตคะแนนเป็นไข่ 2 ฟองหญิง− 1 กก− 1 หมายถึงอายุยืนเป็น 47 วันและอายุการใช้งานสูงสุด 58 วัน( ตารางที่ 1 )รูปที่ 2 แสดงหมายถึงเส้นโค้งการเจริญเติบโตส่วนบุคคลของชนิดที่เป็นฟังก์ชันของเวลา ( วัน ) ข้าราชการของโอ longicaudis มีขนาดเฉลี่ยของ 504 μ Mถึงวุฒิภาวะที่มีประมาณ 655 μเมตรบนเฉลี่ย สองเด็กและวัยที่ถูกบันทึกไว้โดยเก้าตลอดวัฏจักรชีวิตของชนิดบาร์โค้ดดีเอ็นเอรหัสภูมิภาคของลำปาง ( เขตบาร์โค้ด ) ยีนคือเจ้า BP ในความยาวและฝากเป็นสูหมายเลข jx501501 ในขนาด . พื้นฐานองค์ประกอบสำหรับผม . longicaudis ลำดับได้ดังนี้T = 41.33 เปอร์เซ็นต์ C = 4.41 % = 23.1 % และ G = 22.01 %ค่า a-t เนื้อหา 64.4 %ทางพันธุกรรมอื่น ๆจากความแตกต่างจาก longicaudis Oขนาดมีตั้งแต่ 7.0 , 7.2 %( ตารางที่ 2 ) กับชนิด chydoridae อื่นๆ รวมทั้งoxyurella sp . , kauralona penuelasi ลนา sp . , และลนา setulosa , ความแตกต่างทางพันธุกรรมระหว่างร้อยละ 16.8 ถึง 20.1 %NJ ต้นไม้ 14 ผมวิเคราะห์ลำดับแสดงโอ longicaudis จากบราซิล ใกล้ชิดกับเจ็ดอื่น ๆ . longicaudis จากเม็กซิโก ( 100% บูสนับสนุน ) ( รูปที่ 3 ) สำหรับ oxyurella sp . , บูสนับสนุน 86 % พบทั้งหมด . longicaudis และลนา sp . , และ A . setulosa แยกเป็นอีก clade( รูปที่ 3 )