สถาบันสารสนเทศชีวภาพและ Bioinformatics ถ่ายโอน, มหาวิทยาลัย, ไถหนาน, ไต้หวัน. <br>สถาบันชีวภาพ, วิทยาลัย biosciene และเทคโนโลยีชีวภาพ, มหาวิทยาลัยแห่งชาติเชงคุง, ไทนัน, ไต้หวัน<br>กรมวิทยาศาสตร์สุขภาพ, มหาวิทยาลัยแห่งชาติไต้หวัน, ไทเป, ไต้หวัน<br><br>โรคเนื้อร้ายเฉียบพลัน hepatopancreatic เป็นโรคกุ้งฉุกเฉินอย่างรุนแรงที่เกิดจาก Vibrio parahaemolyticus ผ่านบางกลไก unknow บางสายพันธุ์ของแบคทีเรียทางทะเลที่พบบ่อยนี้กลายเป็น virulent และสามารถที่จะก่อให้เกิดเนื้อร้าย hepatopancreatic เฉียบพลันในกุ้งที่ติดเชื้อ. เราจัดลำดับ genomes ของสามสายพันธุ์ที่ก่อให้เกิด AHOND และหนึ่งที่ไม่ใช่ AHPND ก่อให้เกิดสายพันธุ์, และการดำเนินการเรียงลำดับหลายที่มีสายพันธุ์อ้างอิงสอง, RIMD2210633 และ BB22OP. หลังจากเรียกใช้ Mugsy สำหรับการจัดตำแหน่งทั้งหมดในสี่ของ genomes แบบร่างและ genomes อ้างอิงสอง, เราเรียก๓๑๕ contigs ที่พบในทุกสาม AHPND-cusing สายพันธุ์แต่ไม่ได้อยู่ในใดๆของสายพันธุ์ที่ไม่ใช่ APHND. บางส่วนของเหล่านี้ที่เฉพาะเจาะจง AHPND ลักษณะการทำงานที่แสดงให้เห็นถึงพลาสมากลาง. แม้ว่าเนื้อเรื่องนี้เป็นที่ต่ำมาก, มันก็ยังคงแนะนำว่า contigs เหล่านี้อาจเกิดจากพลาสม่ากลางมากกว่าจากดีเอ็นเอ parahaemolyticus โครโมโซม. เราต่อไปตามลำดับพลาสม่าบริสุทธิ์จากหนึ่งในสายพันธุ์ที่ก่อให้เกิด AHPND เดอ novo แอสเซมบลีจะทำให้ลำดับที่สมบูรณ์ของสอง plasmids เราระบุว่าขนาดเล็ก (๖๔,๗๔๓ bp) พลาสม่าไม่เกี่ยวข้องกับ AHPND. อย่างไรก็ตาม, ส่วนใหญ่ของ AHPND เฉพาะของ contigs, ๑๒๐ของต้นฉบับ๓๑๕ contics (๑๒๐ครอบคลุม๙๐% ของการเรียงลำดับของพลาสม่าที่สมบูรณ์). สามารถตีไปที่ขนาดใหญ่๖๙,๔๓๖ bp พลาสม่ากลาง (ที่กำหนด pVAI) นอกจากนี้ pVAI ยังมีการทำงานที่เข้ารหัสที่มีความเป็นไปได้ที่จะทำให้ Photorhabdus Pir สารพิษ, PirA และ PirB. เราแสดงให้เราว่าความสามารถของ parahaemolyticus ที่จะทำให้เกิดโรคจะยกเลิกโดยธรรมชาติการขาดงาน orexperimental การลบของพลาสม่าที่เข้ารหัสกลาง pirAvp และ pirBvp.
การแปล กรุณารอสักครู่..
