Identification and classification o

Identification and classification of known and putative antimicrobial compounds produced by a wide variety of Bacillales species

Background
Gram-positive bacteria of the Bacillales are important producers of antimicrobial compounds that might be utilized for medical, food or agricultural applications. Thanks to the wide availability of whole genome sequence data and the development of specific genome mining tools, novel antimicrobial compounds, either ribosomally- or non-ribosomally produced, of various Bacillales species can be predicted and classified. Here, we provide a classification scheme of known and putative antimicrobial compounds in the specific context of Bacillales species.

Results
We identify and describe known and putative bacteriocins, non-ribosomally synthesized peptides (NRPs), polyketides (PKs) and other antimicrobials from 328 whole-genome sequenced strains of 57 species of Bacillales by using web based genome-mining prediction tools. We provide a classification scheme for these bacteriocins, update the findings of NRPs and PKs and investigate their characteristics and suitability for biocontrol by describing per class their genetic organization and structure. Moreover, we highlight the potential of several known and novel antimicrobials from various species of Bacillales.

Conclusions
Our extended classification of antimicrobial compounds demonstrates that Bacillales provide a rich source of novel antimicrobials that can now readily be tapped experimentally, since many new gene clusters are identified.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ระบุและจำแนกประเภทของสารต้านจุลชีพที่เป็นที่รู้จัก และ putative ผลิต โดยความหลากหลายของสายพันธุ์ Bacillalesพื้นหลังแบคทีเรียแกรมบวกของ Bacillales มีผู้ผลิตที่สำคัญของสารต้านจุลชีพที่อาจนำมาใช้สำหรับทางการแพทย์ อาหาร หรือเกษตรกรรม จากความพร้อมของข้อมูลลำดับจีโนมที่ทั้งกว้างและการพัฒนาของเครื่องมือทำเหมืองกลุ่มเฉพาะ นวนิยายสารต้านจุลชีพ สาร ใด ribosomally - หรือไม่-ribosomally ผลิต Bacillales ต่าง ๆ ของ สายพันธุ์สามารถคาดการณ์ และจัด ที่นี่ เรามีแผนการจัดประเภทของ putative และรู้จักสารต้านจุลชีพในบริบทเฉพาะของสายพันธุ์ Bacillalesผลลัพธ์เราระบุ และอธิบายรู้จัก และ putative bacteriocins เปปไทด์สังเคราะห์ไม่ใช่ ribosomally (NRPs), polyketides (PKs) และยาต้านจุลชีพอื่น ๆ จาก 328 จีโนมทั้งตามลำดับสายพันธุ์ของ Bacillales 57 ชนิด โดยใช้เครื่องมือทำนายกลุ่มเหมืองแร่ตามเว็บ เราให้บริการแบบจัดประเภทสำหรับ bacteriocins เหล่านี้ ปรับปรุงผลการวิจัยของ NRPs และ PKs และตรวจสอบลักษณะและความเหมาะสมสำหรับ biocontrol โดยอธิบายต่อคลาสองค์กรทางพันธุกรรมและโครงสร้าง นอกจากนี้ เราเน้นศักยภาพของหลายรู้จัก และนวนิยายยาต้านจุลชีพจากหลากหลายพันธุ์ Bacillalesบทสรุปของเราจัดประเภทเพิ่มเติมของสารต้านจุลชีพอธิบายว่า Bacillales ให้ยาต้านจุลชีพนวนิยายที่สามารถตอนนี้พร้อมเคาะทดลอง เนื่องจากระบุกลุ่มยีนใหม่หลาย อย่างอุดม

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

บัตรประจำตัวและการจำแนกประเภทของที่รู้จักและสมมุติสารต้านจุลชีพที่ผลิตโดยความหลากหลายของสายพันธุ์ Bacillales

พื้นหลัง
แบคทีเรียแกรมบวกของ Bacillales เป็นผู้ผลิตที่สำคัญของสารต้านจุลชีพที่อาจจะใช้สำหรับการแพทย์, อาหารหรือใช้งานด้านการเกษตร ขอบคุณที่ว่างกว้างของข้อมูลลำดับจีโนมทั้งหมดและการพัฒนาเครื่องมือการทำเหมืองแร่จีโนมเฉพาะสารต้านจุลชีพนวนิยายทั้ง ribosomally- หรือผลิตไม่ใช่ ribosomally ของ Bacillales ชนิดต่างๆสามารถคาดการณ์และการจัด ที่นี่เราจะให้รูปแบบการจำแนกประเภทของสารต้านจุลชีพที่รู้จักและสมมุติในบริบทเฉพาะของ Bacillales ชนิด.

ผลการค้นหา
เราระบุและอธิบายเป็นที่รู้จักและสมมุติ bacteriocins ไม่ใช่ ribosomally เปปไทด์สังเคราะห์ (NRPS) โพลีคีไทด์ (ปลากัดสวยงาม) และยาต้านจุลชีพอื่น ๆ จาก 328 ทั้งหมด -genome สายพันธุ์ที่ติดใจของ 57 ชนิดของ Bacillales โดยใช้เครื่องมือเว็บตามการคาดการณ์จีโนมการทำเหมืองแร่ เรามีรูปแบบการจัดหมวดหมู่สำหรับ bacteriocins เหล่านี้การปรับปรุงผลการวิจัยของ NRPS และปลากัดสวยงามและตรวจสอบลักษณะและความเหมาะสมของพวกเขาสำหรับการควบคุมทางชีวภาพโดยการอธิบายต่อระดับองค์กรพันธุกรรมของพวกเขาและโครงสร้าง นอกจากนี้เรายังเน้นศักยภาพของหลายยาต้านจุลชีพที่รู้จักและนวนิยายจากสายพันธุ์ต่างๆของ Bacillales ได้.

สรุปผล
การจัดหมวดหมู่การขยายของเราของสารต้านจุลชีพแสดงให้เห็นว่า Bacillales ให้เป็นแหล่งที่อุดมไปด้วยยาต้านจุลชีพใหม่ที่สามารถตอนนี้พร้อมจะเคาะทดลองตั้งแต่หลายกลุ่มยีนใหม่จะมีการระบุ .

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การจำแนกสารต้านจุลชีพที่ผลิตโดยรู้จักและการแสดงออกที่หลากหลายของ bacillales ชนิดพื้นหลังกรัมบวกแบคทีเรียของ bacillales เป็นผู้ผลิตที่สำคัญของสารต้านจุลชีพ ที่อาจถูกใช้สำหรับทางการแพทย์ อาหาร หรืองานด้านการเกษตร ขอบคุณที่กว้างพร้อมข้อมูลลำดับจีโนมทั้งหมดและการพัฒนาเครื่องมือเหมืองแร่โดยเฉพาะนวนิยายจุลชีพสารทั้ง ribosomally หรือไม่ ribosomally ผลิตของชนิดต่าง ๆ bacillales สามารถคาดการณ์ และจัด ที่นี่ เรามีหมวดหมู่โครงการที่รู้จักกันและนอกจากนี้สารต้านจุลชีพในบริบทเฉพาะของ bacillales ชนิดผลลัพธ์เราสามารถระบุและอธิบาย ซึ่งวัตถุดิบที่รู้จักและไม่ ribosomally สังเคราะห์เปปไทด์ ( nrps ) polyketides ( pks ) และสารต้านจุลชีพจากจีโนมลำดับ 328 ทั้งหมด 57 ชนิดของสายพันธุ์ของ bacillales โดยใช้เว็บตามเครื่องมือการทำนายเหมืองแร่จีโนม . เราให้บริการการจัดหมวดหมู่ของวัตถุดิบเหล่านี้ ปรับปรุงข้อมูลและ nrps pks และตรวจสอบลักษณะและความเหมาะสมของพวกเขาสำหรับไบโอคอนโทรลโดยอธิบายต่อระดับองค์กรทางพันธุกรรมและโครงสร้าง นอกจากนี้เรายังเน้นศักยภาพของหลายรู้จักและนวนิยายยาต้านจุลชีพจากสายพันธุ์ต่างๆของ bacillales .สรุปของเราขยายหมวดหมู่ของยาต้านจุลชีพสารแสดงให้เห็นว่า bacillales ให้เป็นแหล่งอุดมสมบูรณ์ของยาใหม่ที่สามารถพร้อมที่จะเคาะนี้ เนื่องจากกลุ่มยีนใหม่ส่วนมากจะระบุ