All sequenced sample libraries were

All sequenced sample libraries were subsampled to 50.000 raw reads, trimmed, and bad reads were removed using trimmomatic (v0.32) (Bolger et al., 2014). Reads were merged using FLASH (v1.2.7) (Magoč and Salzberg, 2011). Reads were then formatted for use with the UPARSE workflow and screened for chimeric sequences (Edgar, 2010). Usearch7 was used to de-replicate reads, screen for Phi-X contamination and clustering into Operational Taxonomic Units (OTUs) at 97% sequence similarity. Taxonomy was assigned using RDP classifier (Wang et al., 2007) as implemented in QIIME (Caporaso et al., 2010) using MiDAS taxonomy version 1.20 (McIlroy et al., 2015), which is based on SILVA taxonomy (Quast et al., 2013). The obtained raw sequence data is available at the European Nucleotide Archive (ENA) under project accession number PRJEB14551.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ไลบรารีตัวอย่างตามลำดับทั้งหมดถูก subsampled ไป 50.000 อ่านดิบ ตัด และอ่านไม่ถูกเอาออกโดยใช้ trimmomatic (v0.32) (Bolger et al. 2014) อ่านถูกผสานโดยใช้แฟลช (v1.2.7) (Magoč และ salzberg เดิน 2011) อ่านถูกแล้วจัดรูปแบบสำหรับใช้กับเวิร์กโฟลว์ UPARSE และผ่านตรวจลำดับ chimeric (เอ็ดการ์ 2010) Usearch7 ถูกใช้ในการยกเลิกจำลองอ่าน จอปนพีพี-X และคลัสเตอร์เป็นการดำเนินงานหน่วยอนุกรมวิธาน (OTUs) ที่ 97% ลำดับความคล้ายคลึงกัน ระบบภาษีที่ถูกกำหนดให้ใช้ลักษณนาม RDP (Wang et al. 2007) นำมาใช้ใน QIIME (Caporaso et al. 2010) ใช้ไมดาสระบบภาษีเวอร์ชั่น 1.20 (ไล่ออก et al. 2015), ซึ่งอ้างอิงระบบภาษี SILVA (Quast et al. 2013) ข้อมูลลำดับดิบที่ได้รับได้ที่ยุโรปนิวคลีโอไทด์ถาวร (เอนะ) ภายใต้โครงการเลขทะเบียน PRJEB14551

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ห้องสมุดตัวอย่างลำดับขั้นตอนทั้งหมดถูก subsampled 50.000 ดิบอ่านตัดและไม่ดีอ่านถูกลบออกโดยใช้ trimmomatic (v0.32) (โบลเจอร์ et al., 2014) อ่านรวมการใช้แฟลช (v1.2.7) (Magočและ Salzberg 2011) อ่านถูกจัดรูปแบบแล้วสำหรับใช้กับเวิร์กโฟลว์ UPARSE และคัดกรองลำดับลูกผสม (เอ็ดการ์, 2010) Usearch7 ถูกใช้ในการยกเลิกการทำซ้ำอ่านหน้าจอสำหรับพี-X ปนเปื้อนและการจัดกลุ่มเป็นหน่วยอนุกรมวิธานการดำเนินงาน (Otus) ในลำดับที่คล้ายคลึงกัน 97% อนุกรมวิธานได้รับมอบหมายให้ใช้ RDP ลักษณนาม (Wang et al., 2007) ในขณะที่การดำเนินการใน QIIME (Caporaso et al., 2010) โดยใช้ Midas อนุกรมวิธานรุ่น 1.20 (McIlroy et al., 2015) ซึ่งจะขึ้นอยู่กับ SILVA อนุกรมวิธาน (Quast et al, ., 2013) ที่ได้รับข้อมูลลำดับดิบที่มีอยู่ในยุโรปเบส Archive (ENA) ภายใต้โครงการจำนวนภาคยานุวัติ PRJEB14551

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ทั้งหมดนี้คือตัวอย่างห้องสมุด subsampled 50.000 ดิบอ่าน , ตัด , และไม่ดีอ่านออกโดยใช้ trimmomatic ( v0.32 ) ( โบลเจอร์ et al . , 2010 ) อ่านถูกผสานการใช้ Flash ( v1.2.7 ( มาโก้ ) และčซาลซ์ , 2011 ) อ่านแล้วแบบ สําหรับใช้กับ uparse เวิร์กโฟลว์และคัดกรองที่ลำดับ ( Edgar , 2010 ) usearch7 ใช้ de จําลองอ่านหน้าจอ , การปนเปื้อน phi-x การจัดกลุ่มเป็นหน่วยปฏิบัติการอนุกรมวิธานและ ( ใน ) ที่ 97 % ดับที่คล้ายคลึงกัน อนุกรมวิธาน ทดลองใช้ RDP ลักษณนาม ( Wang et al . , 2007 ) ที่ใช้ใน qiime ( caporaso et al . , 2010 ) โดยใช้ MIDAS อนุกรมวิธานรุ่น 1.20 ( แม็กเคิลรอย et al . , 2015 ) ซึ่งยึดซิลวาอนุกรมวิธาน ( ซี น ควาส et al . , 2013 ) การวิเคราะห์ลำดับข้อมูลวัตถุดิบสามารถใช้ได้ในยุโรป ( ENA ) เบสถาวรภายใต้โครงการเปลี่ยนเบอร์ prjeb14551 .