ในการดำเนินการไปสู่ยุทธศาสตร์ด้านการเป็นตลาดและฐานการผลิตเดียวกันนั้น พันธกิจหนึ่งที่สำคัญและเกี่ยวข้องโดยตรงกับบทบาทศุลกากรคือ พันธกิจด้านการเคลื่อนย้ายสินค้าอย่างเสรี ภายใต้ยุทธศาสตร์การเป็นตลาดและฐานการผลิตเดียวกัน ได้คำนึงถึงการเปิดเสรีและการอำนวยความสะดวกเป็นหลัก โดยในการเปิดเสรีเน้นการลดอุปสรรคด้านภาษีและมาตรการที่มิใช่ภาษี การยกเลิกภาษีศุลกากรสำหรับสินค้าภายในอาเซียนจะถูกยกเลิกให้สอดคล้องกับกรอบเวลาและพันธกรณีที่ระบุไว้ภายใต้ความตกลง CEPT และความตกลงหรือพิธีสารอื่นที่เกี่ยวข้อง การยกเลิกมาตรการกีดกันทางการค้าที่มิใช่ภาษี (NTBS) อาเซียนได้จัดทำหลักเกณฑ์ (criteria) การจำแนกมาตรการที่มิใช่ภาษีของประเทศสมาชิกแล้ว ซึ่งใช้พื้นฐานหลักเกณฑ์การจำแนกตาม WTO และได้เห็นชอบแผนงานการขจัดมาตรการที่มิใช่ภาษี (Work Programme on elimination of NTBS) ซึ่งประเทศสมาชิกอาเซียนเดิม 5 ประเทศ มีกำหนดที่จะขจัดมาตรการที่มิใช่ภาษีทั้งหมดภายในปี 2010 สำหรับประเทศฟิลิปปินส์ภายในปี 2012 และประเทศ CLMV ภายในปี 2015 ส่วนในด้านการอำนวยความสะดวกทางการค้า มีการพัฒนามาตรการอำนวยความสะดวกทางการค้า เช่น การบูรณาการด้านพิธีการศุลกากร การจัดตั้งระบบบริการแบบเบ็ดเสร็จ ณ จุดเดียวของอาเซียน และการส่งเสริมกฎว่าด้วยแหล่งกำเนิดสินค้าภายใต้ CEPT อย่างต่อเนื่อง ซึ่งรวมถึงระเบียบพิธีการในทางปฏิบัติภายใต้กฎว่าด้วยแหล่งกำเนิดสินค้า และการปรับประสานมาตรฐานและความสอดคล้องในด้านพิธีการ