2. IDENTIFICATION OF HOMOLOGIES TO

2. IDENTIFICATION OF HOMOLOGIES TO INTERNALIZATION
SIGNALS
An analysis of the PrP primary structure previously
identified a well conserved ‘aromatic palindrome’ region
(PrP:1477163 RYYRENMYRYPNQVYYR) containing
six of the 14 tyrosine residues in murine PrP [ 121.
Based on the topography of PrP [5], this region is located
mainly in the cytoplasmic (PrP: 1377155) domain.
Although the function of this region is not known, it
was suggested that it may act as a binding site for other
proteins [12]. The presence of conserved tyrosine residues
in this region, as well as in the adjacent region of
the cytoplasmic domain, prompted an analysis of structural
homologies to internalization signals.
Secondary structure analysis using the methods of
Chou and Fasman [13] and of Garnier et al. [ 141 predicted
a probability for turn structures at PrP:142 and
146, and in the region PrP:151-160. Based on thep-turn
structure exhibited by the model pentapeptide, YPNDV
[I 51, it had been speculated that the segment PrP:156-
160 (YPNQV) would also have a p-turn structure [12].
In fact, recent data [ 161 acquired using 2D nuclear magnetic
resonance to study the conformation of a synthetic
cognate peptide, PrP: 1455165, revealed the presence of
a p-turn involving the region PrP:1577160 (YPNQ).
This region is conserved in all mammalian PrP’s, and
is located at the proposed boundary between the cytoplasmic
and putative second transmembrane (TM II)
domains (PrP: 156-l 59).
An analysis of the sequences of the regions predicted
or found to have p-turn structure showed that the regions
PrP:141l152 (WEDRYY) and PrP:155-160
(YPNQVY) are similar to the six residue internalization
signal (FDNPVY) in the low-density lipoprotein receptor
(LDL-R). The consensus sequence reported for this
internalization signal, as mentioned earlier, is
FXNPXY [17]; and the tetrapeptide, NPVY, contained
within the LDL-R sequence was shown by 2D NMR to
adopt a /?-turn structure in solution [18]. An aminoterminal
aromatic residue and a carboxy-terminal aromatic
or large hydrophobic residue, and a turn in the
intervening region, have been suggested [17] to provide
sufficient structural information for this signal. A somewhat
different motif for internalization signals has also
been suggested [9] based on an analysis of the cytoplasmic
domains of several integral membrane proteins
known to be internalized, including the LDL-R. This
motif requires the presence of basic or polar amino acid
residues (+) at certain preferred positions relative to a
tyrosine residue: XX+X+XX+Y++X. The PrP hexapeptide
segments and adjacent residues also share similarities
with this motif. These homologies are shown in

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

2. รหัสของ HOMOLOGIES การ INTERNALIZATIONสัญญาณการวิเคราะห์ของ PrP หลักโครงสร้างก่อนหน้านี้พบพื้นที่ป่าสงวน 'หอม palindrome'(PrP:1477163 RYYRENMYRYPNQVYYR) ที่ประกอบด้วยหกตกค้างไทโรซีน 14 ใน PrP murine [121ตามภูมิประเทศของ PrP [5], ภูมิภาคนี้อยู่ส่วนใหญ่ในการนำ (PrP: 1377155) โดเมนแม้ว่าการทำงานของภูมิภาคนี้เป็นที่รู้จัก ไม่มันแนะนำว่า มันอาจทำหน้าที่เป็นเว็บไซต์รวมสำหรับอื่น ๆโปรตีน [12] การปรากฏตัวของไทโรซีนภัตตกค้างในภูมิภาคนี้ รวม ทั้ง ในพื้นที่ติดกันของนำโดเมน การวิเคราะห์โครงสร้างที่ได้รับการพร้อมท์homologies สัญญาณ internalizationใช้วิธีการวิเคราะห์โครงสร้างรองโชวและ Fasman [13] และของ Garnier et al. [141 ทำนายความน่าเป็นการเปิดโครงสร้าง PrP:142 และPrP:151 146 และ ในภูมิภาค-160 อิงจากเทพเปิดโครงสร้างที่จัดแสดง โดยจำลอง pentapeptide, YPNDV[ฉัน 51 ที่ได้รับคาดที่เซ็กเมนต์ PrP:156-160 (YPNQV) จะมีโครงสร้างเปิด p [12]ในความเป็นจริง ข้อมูลล่าสุด [161 มาใช้ 2D นิวเคลียร์แม่เหล็กเรโซแนนซ์ในการศึกษาโครงสร้างของการสังเคราะห์เปปไทด์ก็ PrP: 1455165 สถานะของการเปิดเผยp-เลี้ยวเกี่ยวข้องกับภูมิภาค PrP:1577160 (YPNQ)ภูมิภาคนี้มีอยู่ในการเลี้ยงลูกด้วยนมทั้งหมด PrP ของ และตั้งอยู่ที่ระหว่างการนำเสนอและ putative สองรน (TM II)โดเมน (PrP: 156-l 59)การวิเคราะห์ลำดับของพื้นที่คาดการณ์หรือการมีโครงสร้างเปิด p แสดงให้เห็นว่าในภูมิภาคL PrP:141 152 (WEDRYY) และ PrP:155-160(YPNQVY) คล้ายกับ internalization สารหกสัญญาณ (FDNPVY) ในรับไลโปโปรตีนชนิดความหนาแน่นต่ำ(LDL-R) ลำดับฉันทามติที่รายงานนี้internalization สัญญาณ กล่าวถึงก่อนหน้านี้ เป็นFXNPXY [17]; และอยู่ tetrapeptide, NPVYภายใน LDL-R แสดงลำดับ โดย NMR 2D ไปนำมาใช้การ / ? -เปิดโครงสร้างในการแก้ปัญหา [18] Aminoterminal การสารหอมและกลิ่นหอมเทอร์มินัลคาร์บ๊อกซี่หรือคราบเหนียวเหนอะหนะขนาดใหญ่ และเปิดในการแทรกแซงภาค ได้รับแนะนำ [17] เพื่อให้โครงสร้างข้อมูลเพียงพอสำหรับสัญญาณนี้ ค่อนข้างยังมีลายแตกต่างกันสำหรับสัญญาณ internalizationการแนะนำ [9] ตามการวิเคราะห์ของการนำโดเมนของโปรตีนเมมเบรนที่สำคัญหลายที่รู้จักกันจะ internalized รวม LDL-r นี้ลายที่ต้องการปรากฏตัวของกรดอะมิโนพื้นฐาน หรือขั้วโลกตกค้าง (+) ที่บางที่ต้องสัมพันธ์กับตำแหน่งสารไทโรซีน: XX + X + XX + Y ++ X กัน PrP hexapeptideส่วนและสารตกค้างติดยังแบ่งปันคล้ายคลึงกันมีลายนี้ Homologies เหล่านี้จะแสดงใน

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

2. การระบุ homologies TO internalization
สัญญาณ
การวิเคราะห์โครงสร้างหลัก PrP ก่อนหน้านี้
ระบุอนุรักษ์ดี 'หอม palindrome' ภูมิภาค
(PrP: 1477163 RYYRENMYRYPNQVYYR) ที่มี
หก 14 ตกค้างซายน์ในหมา PrP [121
ขึ้นอยู่กับลักษณะทางกายภาพของ PrP [5] ภูมิภาคนี้ตั้งอยู่ที่
ส่วนใหญ่อยู่ในนิวเคลียส (ที่ PrP: 1377155). โดเมน
แม้ว่าการทำงานของภูมิภาคนี้ไม่เป็นที่รู้จักมัน
ก็บอกว่ามันอาจจะทำหน้าที่เป็นเว็บไซต์ที่มีผลผูกพันอื่น ๆ
โปรตีน [12] การปรากฏตัวของสารตกค้างซายน์อนุรักษ์
ในภูมิภาคนี้เช่นเดียวกับในภูมิภาคใกล้เคียง
โดเมนนิวเคลียสแจ้งการวิเคราะห์โครงสร้าง
homologies สัญญาณ internalization.
การวิเคราะห์โครงสร้างรองโดยใช้วิธีการของ
โจวและ Fasman [13] และ Garnier, et al . [141 คาดการณ์
ความน่าจะเป็นสำหรับโครงสร้างที่เปิด PrP: 142 และ
146 และใน PrP ภูมิภาค: 151-160 ขึ้นอยู่กับเทพหัน
โครงสร้างแสดงโดยรุ่น Pentapeptide ที่ YPNDV
[I 51, มันได้รับการสันนิษฐานว่า PrP ส่วน: 156-
160 (YPNQV) นอกจากนี้ยังจะมีโครงสร้างที่ P-เปิด [12].
ในความเป็นจริงข้อมูลล่าสุด [ 161 ที่ได้มาใช้ 2D แม่เหล็กนิวเคลียร์
เสียงสะท้อนในการศึกษาโครงสร้างของสังเคราะห์
เปปไทด์สายเลือด PrP: 1455165 เปิดเผยการปรากฏตัวของ
P-เปิดที่เกี่ยวข้องกับการ PrP ภูมิภาค:. 1577160 (YPNQ)
ภาคนี้เป็นป่าสงวนในทุกเลี้ยงลูกด้วยนม PrP และ
เป็น ตั้งอยู่ที่เขตแดนเสนอระหว่างนิวเคลียส
และสมมุติรนสอง (TM II)
โดเมน. (PrP: 156-L 59)
การวิเคราะห์ลำดับของภูมิภาคที่คาดการณ์ไว้
หรือพบว่ามีโครงสร้าง P-เปิดแสดงให้เห็นว่าภูมิภาค
PrP: 141l152 (WEDRYY) และ PrP: 155-160
(YPNQVY) มีความคล้ายคลึงกับหกตกค้าง internalization
สัญญาณ (FDNPVY) ในความหนาแน่นต่ำไลโปโปรตีนตัวรับ
(LDL-R) ความเห็นลำดับที่รายงานสำหรับการนี้
สัญญาณ internalization เป็นที่กล่าวถึงก่อนหน้านี้เป็น
FXNPXY [17]; และ Tetrapeptide, NPVY ที่มีอยู่
ภายใน LDL-R ลำดับที่ถูกนำมาแสดงโดย 2D NMR ที่จะ
นำมาใช้เป็น /? - เปิดโครงสร้างในการแก้ปัญหา [18] aminoterminal
ตกค้างหอมและ Carboxy ขั้วหอม
หรือใหญ่ตกค้างไม่ชอบน้ำและเปิดในส่วน
ภูมิภาคแทรกแซงได้รับการแนะนำ [17] เพื่อให้
โครงสร้างข้อมูลเพียงพอสำหรับสัญญาณการซื้อขาย ค่อนข้าง
เด่นที่แตกต่างกันสำหรับสัญญาณ internalization ยังได้
รับการแนะนำ [9] ตามการวิเคราะห์ของนิวเคลียส
โดเมนหลายโปรตีนหนึ่ง
ที่รู้จักกันจะ internalized รวมทั้ง LDL-R นี้
แม่ลายต้องมีพื้นฐานหรือขั้วโลกกรดอะมิโน
ตกค้าง (+) ที่ตำแหน่งที่ต้องการบางอย่างเทียบกับ
สารตกค้างซายน์: XX + X + Y + XX X ++ Hexapeptide PrP
กลุ่มและสารตกค้างที่อยู่ติดกันยังมีการแบ่งความคล้ายคลึงกัน
กับบรรทัดฐานนี้ homologies เหล่านี้จะปรากฏใน

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

2 . การ homologies ที่จะ internalizationสัญญาณการวิเคราะห์โครงสร้างหลักช่วยก่อนหน้านี้ระบุ " คล้าย " เขตอนุรักษ์ หอมดี( ช่วย : 1477163 ryyrenmyrypnqvyyr ) ที่มีหกของ 14 ซีนที่ตกค้างใน ~ ช่วย [ 121 .ขึ้นอยู่กับภูมิประเทศของช่วย [ 5 ] , ภูมิภาคนี้ตั้งอยู่ส่วนใหญ่ในนี้ ( ช่วย : 1377155 ) โดเมนแม้ว่าการทำงานของภูมิภาคนี้ไม่เป็นที่รู้จัก ,ก็พบว่ามันอาจเป็นเว็บไซต์ผูกพันอื่น ๆโปรตีน [ 12 ] สถานะของการอนุรักษ์ตกค้างแต่อย่างใดในภูมิภาคนี้ รวมทั้งในเขตที่อยู่ติดกันโดเมนนี้รับแจ้งการวิเคราะห์โครงสร้างhomologies สัญญาณ internalization .การวิเคราะห์โครงสร้างโดยใช้วิธีโจว และ fasman [ 13 ] และของการ์นิเย่ et al . [ 141 พยากรณ์ความน่าจะเป็นสำหรับโครงสร้างที่ช่วยเปิด : 142 และ146 , และในภูมิภาคช่วย : 151-160 . บนพื้นฐานของเทพเปิดโครงสร้างแสดงโดยรูปแบบที่เพนตาเปปไทด์ ypndv ,[ ผม 51 ได้สันนิษฐานว่าส่วนช่วย : 156 -160 ( ypnqv ) ก็มีโครงสร้าง p-turn [ 12 ]ในความเป็นจริงล่าสุดข้อมูล [ 161 โดยใช้ 2D นิวเคลียร์แมกเนติกเพื่อศึกษาโครงสร้างของสังเคราะห์เชื้อสายเปปไทด์ช่วย : 1455165 เปิดเผยต่อหน้าเป็น p-turn เกี่ยวข้องกับภูมิภาคช่วย : 1577160 ( ypnq )ภูมิภาคนี้ คือ เพื่อช่วยในการควบคุม และตั้งอยู่ที่เขตแดนระหว่างนี้เสนอและ เส้นใยยาว ( TM II ) ครั้งที่สองโดเมน ( ช่วย : 156-l 59 )การวิเคราะห์ลำดับของภาคพยากรณ์หรือพบว่ามีโครงสร้าง p-turn พบว่าภูมิภาคช่วย : 141l152 ( wedryy ) และช่วย 155-160 :( ypnqvy ) คล้ายกับหก internalization กากสัญญาณ ( fdnpvy density lipoprotein ) ในตัวรับ( ldl-r ) จากรายงานนี้ลำดับinternalization สัญญาณดังที่กล่าวมาแล้ว คือfxnpxy [ 17 ] ; และเตตระเพปไทด์ npvy ที่มีอยู่ ,ภายใน ldl-r 2D NMR จะถูกแสดง โดยลำดับใช้ / ? - โครงสร้างเป็นโซลูชั่น [ 18 ] การ aminoterminalกากและ Carboxy Terminal หอมหอมหรือใหญ่ ) กาก และเปิดในแทรกแซงภูมิภาคได้รับการแนะนำ [ 17 ] เพื่อให้ข้อมูลโครงสร้างเพียงพอสำหรับสัญญาณนี้ เป็นค่อนข้างแรงจูงใจที่แตกต่างกันสำหรับสัญญาณ internalization ได้ยังมาแนะนำ [ 9 ] ขึ้นอยู่กับการวิเคราะห์ของพบโดเมนหลายส่วนประกอบเมมเบรนโปรตีนเรียกว่าเป็น internalized รวมทั้ง ldl-r. นี้่ต้องมีพื้นฐาน หรือขั้วโลก กรดอะมิโนตกค้าง ( + ) ในตำแหน่งที่ต้องการบางอย่างเทียบกับไทโรซีนกาก : xx + X + X + Y + + ช่วย hexapeptide .ส่วนตกค้างที่อยู่ติดกันและยังแบ่งปันความคล้ายคลึงกันกับแรงจูงใจนี้ homologies เหล่านี้จะถูกแสดงใน