3.2. Haplotype networksThe parsimon

3.2. Haplotype networks
The parsimonious haplotype networks of the A. akallopisos/perideraion/sandaracinos complex revealed three clearly separated clades for both markers (Fig. 3).


These clades were concordant to the morphologically defined species and no geographical pattern could be observed.

For the CR network the numbers of mutational steps in the A. akallopisos clade were 6–13, and in the A. perideraion clade 1–21.

Two sub-clades, separated by 19 mutations, were present in A. sandaracinos.

Within these sub-clades the variation was between one and four steps. The mutational steps between species pairs were 59 (A. akallopisos–A. perideraion) and 53 (A. perideraion–
A. sandaracinos).


In the cyt b network the number of mutational steps between A. akallopisos and A. perideraion was 10 and between A. perideraion and A. sandaracinos 5.

Within the species clades, there was one dominant haplotype in each, and one or two other
haplotypes separated by only one or two mutational steps.

The haplotype network of the A. ocellaris/percula species complex based on the CR dataset showed that A. ocellaris is separated from A. percula collected in Tomini Bay by 80 substitutions (Fig. 4a).

The genetic break between A. ocellaris individuals from Padang and its conspecifics from other sample sites was determined by 31 substitutions. Two to 25 mutational steps separated the haplotypes within each clade of this species.
The populations of A. percula in Tomini Bay and Biak were divided by 41 steps.

The sequences of A. percula from New Britain were strongly separated to those from
Biak by 82 substitutions

*Fig. 3. Haplotype networks of (a) CR and (b) cyt b sequences of Amphiprion akallopisos, A. perideraion and A. sandaracinos from different locations in the Indo-Malay Archipelago. Pattern fillings of circles correspond to the different sample locations and numbers indicate mutational steps. The size of the circles indicate the haplotype frequencies.

within each clade of this species. The populations of A. percula in Tomini Bay and Biak were divided by 41 steps.

The sequences of A. percula from New Britain were strongly separated to those from Biak by 82 substitutions.

Within each population of A. percula we found 2–26 mutational steps. Especially among haplotypes from
Tomini Bay a high variability could be observed.

The cyt b network showed the same division into five clades corresponding to geographical regions.

The population of Padang was separated from the other A. ocellaris populations by three
steps. The same separation was revealed between A. percula from Tomini Bay and Biak.

The mutational steps between A. ocellaris and A. percula from Tomini Bay was with 15 noticeable higher.

In this dataset, the clade of New Britain and Solomon Islands was connected
to Tomini Bay, separated by 13 mutations, instead of Biak, as it was shown in the CR dataset. In both networks, one sequence, sampled in Biak, was included into the New Britain clade, as shown in the trees.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

3.2 เครือข่าย Haplotypeเครือข่าย parsimonious haplotype อ. akallopisos/perideraion/sandaracinos คอมเพล็กซ์เปิดเผย clades สามแยกอย่างชัดเจนสำหรับทั้งเครื่องหมาย (Fig. 3) Clades เหล่านี้ถูก concordant กับพันธุ์ morphologically กำหนด และอาจสังเกตไม่มีรูปแบบทางภูมิศาสตร์ สำหรับเครือข่าย CR จำนวน clade A. akallopisos mutational ขั้นตอน 6 – 13 และ ใน A. perideraion clade 1-21 Clades ย่อยสอง ยอกลายพันธุ์ 19 ใน A. sandaracinos ได้ ภายในเหล่านี้ clades ย่อย ที่เปลี่ยนแปลงได้ระหว่างขั้นตอนที่หนึ่ง และสี่ ขั้นตอน mutational ระหว่างคู่สายพันธุ์ได้ 59 (A. akallopisos – A. perideraion) และ 53 (A. perideraion – A. sandaracinos) ใน cyt b เครือข่ายจำนวนขั้นตอน mutational A. akallopisos และ A. perideraion เป็น 10 และระหว่าง A. perideraion 5 A. sandaracinos ภายใน clades พันธุ์ มี haplotype หลักหนึ่งในแต่ ละ และหนึ่ง หรือสองอื่น ๆhaplotypes ที่คั่น ด้วยเพียงหนึ่ง หรือสองขั้นตอน mutationalHaplotype เครือข่าย ocellaris/percula ชนิด A. ซับซ้อนตามชุดข้อมูล CR พบ ocellaris A. ที่ถูกแยกออกจากอ. percula ที่รวบรวมไว้ใน Tomini อ่าวตามข้อ 80 (Fig. 4a) แบ่งทางพันธุกรรมระหว่างบุคคล A. ocellaris จากปาดังของ conspecifics จากเว็บไซต์ตัวอย่างอื่น ๆ ที่ถูกกำหนดตามข้อ 31 ขั้นตอน mutational 2-25 แยก haplotypes ภายในแต่ละ clade พันธุ์นี้ ประชากรของ percula A. Tomini เบย์และเบียคได้แบ่งตามขั้นตอนที่ 41 ลำดับของ percula A. จากราชอาณาจักรใหม่ได้ขอแยกจากเบียค โดยแทน 82* Fig. 3 เครือข่าย Haplotype CR (ก) และ (ข) cyt b ลำดับ Amphiprion akallopisos, A. perideraion และ sandaracinos A. จากสถานต่าง ๆ ในหมู่เกาะอินโด-มาเลย์ ไส้ในรูปแบบของวงกลมที่สอดคล้องกับสถานที่เก็บตัวอย่างแตกต่างกัน และตัวเลขบ่งชี้ขั้นตอน mutational ขนาดของวงการบ่งชี้ความถี่ haplotypeภายในแต่ละ clade พันธุ์นี้ ประชากรของ percula A. Tomini เบย์และเบียคได้แบ่งตามขั้นตอนที่ 41 ขอลำดับของ percula A. จากราชอาณาจักรใหม่ได้แยกการจากเบียค โดยแทน 82 ภายในแต่ละประชากร percula อ. เราพบขั้นตอน mutational 2-26 โดยเฉพาะอย่างยิ่งระหว่าง haplotypes จากอ่าว Tomini ที่สามารถสังเกตสำหรับความผันผวนสูงเครือข่าย cyt b แสดงให้เห็นฝ่ายเดียวเป็น clades ห้าที่สอดคล้องกับภูมิภาคทางภูมิศาสตร์ ประชากรของปาถูกแยกจากประชากร ocellaris อ.อื่น ๆ โดยสามขั้นตอนการ แยกเดียวกันถูกเปิดเผยระหว่าง percula A. Tomini อ่าวเบียค ขั้นตอน mutational ระหว่าง A. ocellaris percula อ.อ่าว Tomini ถูกกับ 15 อย่างเห็นได้ชัดสูง ในชุดข้อมูลนี้ clade ของราชอาณาจักรใหม่และหมู่เกาะโซโลมอนถูกเชื่อมต่ออ่าว Tomini ยอกลายพันธุ์ 13 แทนเบียค จะถูกแสดงในชุดข้อมูล CR ในเครือข่ายทั้งสอง ลำดับที่หนึ่ง ความในเบียค ถูกรวมไว้ใน clade ราชอาณาจักรใหม่ แสดงในต้นไม้

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

3.2 เครือข่าย haplotype
เครือข่าย haplotype เค็มของ A. akallopisos / perideraion / sandaracinos ซับซ้อนเปิดเผยสามแยกอย่างชัดเจน clades สำหรับเครื่องหมายทั้งสอง (รูปที่. 3). clades เหล่านี้ถูกสอดคล้องกับสายพันธุ์ที่กำหนดสัณฐานวิทยาและไม่มีรูปแบบทางภูมิศาสตร์จะเห็น. สำหรับ CR เครือข่ายหมายเลขของขั้นตอนใน mutational A. akallopisos clade เป็น 6-13 และใน A. perideraion clade 1-21. สองย่อย clades แยกจากกันโดย 19 กลายพันธุ์ที่มีอยู่ใน sandaracinos A. . ภายในเหล่านี้ย่อย clades การเปลี่ยนแปลงเป็นระหว่างหนึ่งและสี่ขั้นตอน ขั้นตอน mutational ระหว่างคู่สายพันธุ์เป็น 59 (A. akallopisos-. perideraion) และ 53 (A. perideraion- sandaracinos A. ). ใน CYT เครือข่ายขจำนวนขั้นตอน mutational ระหว่าง akallopisos A. และ A. perideraion คือ 10 และ ระหว่าง perideraion A. และ A. sandaracinos 5. ภายใน clades ชนิดมีหนึ่ง haplotype ที่โดดเด่นในแต่ละครั้งและหนึ่งหรือสองอื่น ๆhaplotypes แยกจากกันโดยมีเพียงหนึ่งหรือสองขั้นตอน mutational. เครือข่าย haplotype ของ A. ocellaris / percula สายพันธุ์ที่มีความซับซ้อน ขึ้นอยู่กับชุดข้อมูลที่แสดงให้เห็นว่า CR A. ocellaris ถูกแยกออกจาก A. percula เก็บใน Tomini เบย์ 80 แทน (รูป. 4a). แบ่งพันธุกรรมระหว่าง A. ocellaris บุคคลจากปาดังและ conspecifics จากเว็บไซต์อื่น ๆ ตัวอย่างถูกกำหนดโดย 31 แทน สองถึง 25 ขั้นตอน mutational แยก haplotypes ภายใน clade แต่ละสายพันธุ์นี้. ประชากร percula A. ใน Tomini เบย์และ Biak ถูกหารด้วย 41 ขั้นตอน. ลำดับของ A. percula จากสหราชอาณาจักรที่ถูกแยกออกอย่างยิ่งกับผู้ที่มาจากBiak 82 แทน* รูป 3. เครือข่ายของ haplotype (ก) CR และ (ข) CYT ลำดับขของปลาการ์ตูนอินเดียนแดง, perideraion A. และ sandaracinos A. จากสถานที่แตกต่างกันในอินโดมาเลย์เกาะ การอุดฟันแบบของวงการตรงไปยังสถานที่ที่แตกต่างกันตัวอย่างและตัวเลขบ่งบอกถึงขั้นตอน mutational ขนาดของวงกลมระบุความถี่ haplotype. ภายใน clade ของสายพันธุ์นี้ในแต่ละ ประชากร percula A. ใน Tomini เบย์และ Biak ถูกหารด้วย 41 ขั้นตอน. ลำดับของ A. percula จากสหราชอาณาจักรใหม่ที่ถูกแยกออกอย่างยิ่งกับผู้ที่มาจาก Biak 82 แทน. ภายในประชากร percula A. แต่ละที่เราพบ 2-26 mutational ขั้นตอน โดยเฉพาะอย่างยิ่งในหมู่ haplotypes จากTomini เบย์แปรปรวนสูงจะเห็น. CYT เครือข่ายขแสดงให้เห็นว่าการแบ่งออกเป็นห้าเดียวกัน clades สอดคล้องกับพื้นที่ทางภูมิศาสตร์. ประชากรปาดังถูกแยกออกจากประชากร A. ocellaris อื่น ๆ โดยสามขั้นตอน แยกเดียวกันก็ถูกเปิดเผยระหว่าง A. percula จาก Tomini เบย์และ Biak. ขั้นตอน mutational ระหว่าง ocellaris A. และ A. percula จาก Tomini เบย์อยู่กับ 15 เห็นได้ชัดที่สูงขึ้น. ในชุดนี้ clade ของสหราชอาณาจักรและหมู่เกาะโซโลมอนมีการเชื่อมต่อไปยัง Tomini เบย์แยกจากกันโดย 13 กลายพันธุ์แทนที่จะ Biak ขณะที่มันถูกนำมาแสดงในชุดข้อมูลที่ CR ในเครือข่ายทั้งสองหนึ่งลำดับตัวอย่างใน Biak ถูกรวมอยู่ในสหราชอาณาจักรใหม่ clade ดังแสดงในต้นไม้

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

3.2 . เครือข่ายพบ
พบตระหนี่เครือข่ายซับซ้อนของอ. akallopisos / perideraion / sandaracinos พบสามแยกให้ชัดเจน clades ทั้งเครื่องหมาย ( รูปที่ 3 )


clades เหล่านี้และการกำหนดชนิด และไม่มีทางภูมิศาสตร์จากแบบแผน สามารถสังเกตได้

สำหรับเครือข่าย CR ตัวเลขเกี่ยวกับการเปลี่ยนแปลงขั้นตอนใน . akallopisos Clade 6 – 13และใน A perideraion clade 1 21 – .

สองซับ clades โดยแยก 19 การกลายพันธุ์ อยู่ใน อ. sandaracinos .

ภายใน clades ย่อยเหล่านี้ความแตกต่างระหว่างหนึ่งและสี่ขั้นตอน ขั้นตอนเกี่ยวกับการเปลี่ยนแปลงระหว่างชนิดคู่เป็น 59 ( A . akallopisos – A perideraion ) และ 53 ( A . perideraion –
. sandaracinos )


ใน cyt b เครือข่ายจำนวนซึ่งเปลี่ยนแปลงขั้นตอนระหว่าง พ.akallopisos และ A . perideraion 10 และระหว่าง ก. และ perideraion sandaracinos 5 .

ภายในชนิด clades มีหนึ่งเด่นและพบในแต่ละและหนึ่งหรือสองอื่น ๆ
แฮปคั่นด้วยเพียงหนึ่งหรือสองขั้นตอนที่เกี่ยวกับการเปลี่ยนแปลง

พบเครือข่ายของ A เซลลาริส / เพอคูล่า ชนิดที่ซับซ้อนขึ้นอยู่กับข้อมูลโครเมียม พบว่า 1 . เซลลาริสแยกจากเพอคูล่าเก็บในอ่าวโทมินิ 80 แทน ( รูปที่ 4 )

แบ่งทางพันธุกรรมระหว่าง A เซลลาริสบุคคลจากปาดัง และ conspecifics จากเว็บไซต์อื่น ๆตัวอย่างที่กำหนดโดย 31 แทนได้ สอง 25 ขั้นตอนเกี่ยวกับการเปลี่ยนแปลงแยกผลภายในแต่ละ clade ของสายพันธุ์นี้
ประชากรของ เพอคูล่า ในโทมินิอ่าวและเบียกสำหรับ 41 ขั้นตอน

5 aเพอคูล่าใหม่จากอังกฤษถูกขอแบ่งจาก
Biak โดย 82 แทน

* รูปที่ 3 พบเครือข่าย ( A ) และ ( B ) B ( cyt ลำดับของปลาการ์ตูนอินเดียนแดง อ. perideraion และ A . sandaracinos จากสถานที่ที่แตกต่างกันในหมู่เกาะอินโดมาเลย์ แบบแผนการอุดฟัน ของวงการสอดคล้องกับสถานที่ที่แตกต่างกัน ตัวอย่าง และ ตัวเลขที่ระบุขั้นตอนเกี่ยวกับการเปลี่ยนแปลงขนาดวงกลมระบุพบความถี่

ภายในแต่ละ clade ของสายพันธุ์นี้ ประชากรในเอเพอคูล่า ใน โทมินิอ่าวและเบียกสำหรับ 41 ขั้นตอน

ลำดับของ เพอคูล่า ใหม่จากอังกฤษถูกขอแบ่งจากเบียกโดย 82 แทนได้

ภายในแต่ละประชากรของ เพอคูล่า เราพบ 2 – 26 ขั้นตอนเกี่ยวกับการเปลี่ยนแปลง โดยเฉพาะอย่างยิ่งในหมู่แฮปจาก
โทมินิเป็นอ่าวสูงซึ่งสามารถสังเกต .

b เครือข่าย cyt พบกองเดียวกันออกเป็น 5 clades สอดคล้องกับภูมิภาคทางภูมิศาสตร์

ประชากรของปาดัง ถูกแยกออกจากประชากรอื่น ๆ A เซลลาริส 3
ขั้นตอน แยกเดียวกันถูกเปิดเผยระหว่างเอเพอคูล่า จาก โทมินิอ่าวและ Biak .

ขั้นตอนการเปลี่ยนแปลงตามธรรมชาติระหว่าง A เซลลาริสและเพอคูล่า จาก โทมินิอ่าวกับ 15 เห็นได้ชัดที่สูงขึ้น

ในชุดข้อมูลนี้ , clade ใหม่ของสหราชอาณาจักรและหมู่เกาะโซโลมอนคือ
อ่าวโทมินิเชื่อมต่อโดยแยก 13 การกลายพันธุ์ แทนที่จะเบียก เป็นการแสดงใน DataSet CR . ทั้งในเครือข่ายหนึ่งลำดับ ตัวอย่างใน Biak , ถูกรวมอยู่ในอังกฤษ clade , ดังที่แสดงในต้นไม้