In lichen-forming fungi, traditiona

In lichen-forming fungi, traditional taxonomical concepts are frequently in conflict with molecular data,
and identifying appropriate taxonomic characters to describe phylogenetic clades remains challenging in
many groups. The selection of suitable markers for the reconstruction of solid phylogenetic hypotheses is
therefore fundamental. The lichen genus Usnea is highly diverse, with more than 350 estimated species,
distributed in polar, temperate and tropical regions. The phylogeny and classification of Usnea have been
a matter of debate, given the lack of phenotypic characters to describe phylogenetic clades and the low
degree of resolution of phylogenetic trees. In this study, we investigated the phylogenetic relationships of
52 Usnea species from across the genus, based on ITS rDNA, nuLSU, and two protein-coding genes RPB1
and MCM7. ITS comprised several highly variable regions, containing substantial genetic signal, but also
susceptible to causing bias in the generation of the alignment. We compared several methods of alignment
of ITS and found that a simultaneous optimization of alignment and phylogeny (using BAli-phy)
improved significantly both the topology and the resolution of the phylogenetic tree. However the resolution
was even better when using protein-coding genes, especially RPB1 although it is less variable. The
phylogeny based on the concatenated dataset revealed that the genus Usnea is subdivided into four
highly-supported clades, corresponding to the traditionally circumscribed subgenera Eumitria, Dolichousnea,
Neuropogon and Usnea. However, characters that have been used to describe these clades are often
homoplasious within the phylogeny and their parallel evolution is suggested. On the other hand, most of
the species were reconstructed as monophyletic, indicating that combinations of phenotypic characters
are suitable discriminators for delimitating species, but are inadequate to describe generic subdivisions.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ในไลเคนขึ้นรูปเชื้อรา แนวคิด taxonomical แบบดั้งเดิมมักจะขัดแย้งกับข้อมูลโมเลกุลและการระบุอักขระอนุกรมวิธานที่เหมาะสมเพื่ออธิบายผล clades ยังคงท้าทายในกลุ่มมาก การเลือกเครื่องหมายที่เหมาะสมสำหรับการบูรณะของสมมติฐานทางแข็งดังนั้นพื้นฐาน ไลเคนสกุล Usnea มีความหลากหลายสูง ที่ มีมากกว่า 350 สายพันธุ์โดยประมาณกระจายในขั้วโลก เขตอบอุ่น และ เขตร้อน Phylogeny และจำแนกประเภทของ Usnea มีเรื่องของการอภิปราย พอตัวอักษรฟีโนไทป์เพื่ออธิบายผล clades และต่ำสุดระดับของความละเอียดของต้นไม้ผล ในการศึกษานี้ เราตรวจสอบความสัมพันธ์ทางการ52 usnea พันธ์ข้ามสกุล อิงของ rDNA, nuLSU และสองรหัสโปรตีนยีน RPB1และ MCM7 ของประกอบด้วยหลายตัวแปรสูงภูมิภาค ที่ประกอบด้วยสัญญาณทางพันธุกรรมที่พบ แต่ยังไวต่อการก่อให้เกิดอคติในการสร้างการจัดตำแหน่ง เราเปรียบเทียบหลายวิธีของการจัดตำแหน่งของของ และพบว่าการเพิ่มประสิทธิภาพพร้อมกันของตำแหน่งและส่วน (ใช้ phy บาหลี)ดีขึ้นอย่างมีนัยสำคัญทั้งโทโพโลยีและความละเอียดของต้นไม้ผล อย่างไรก็ตามการแก้ปัญหามากยิ่งขึ้นเมื่อใช้เข้ารหัสโปรตีนยีน RPB1 โดยเฉพาะอย่างยิ่งแม้ว่ามันจะน้อยกว่าตัวแปร การอิงจากชุดข้อมูลต่อ phylogeny เปิดเผยว่า สกุล Usnea เป็น subdivided เป็นสี่-สนับสนุน clades ที่สอดคล้องกับ subgenera อ้างประเพณี Eumitria, DolichousneaNeuropogon และ Usnea อย่างไรก็ตาม อักขระที่ใช้เพื่ออธิบาย clades เหล่านี้มักhomoplasious phylogeny ที่และขนานของวิวัฒนาการจะแนะนำ บนมืออื่น ๆ ส่วนใหญ่สายพันธุ์ถูกสร้างขึ้นเป็น monophyletic แสดงว่า ชุดของตัวอักษรฟีโนไทป์มี discriminators เหมาะสำหรับสายพันธุ์ delimitating แต่มีไม่เพียงพอเพื่ออธิบายเขตการปกครองทั่วไป

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ในเชื้อราตะไคร่น้ำขึ้นรูปแนวคิดอนุกรมวิธานแบบดั้งเดิมมักจะขัดแย้งกับข้อมูลโมเลกุล
และระบุตัวอักษรการจัดหมวดหมู่ที่เหมาะสมที่จะอธิบาย clades phylogenetic ยังคงมีความท้าทายใน
หลายกลุ่ม ตัวเลือกของตัวบ่งชี้ที่เหมาะสมสำหรับการฟื้นฟูของสมมติฐาน phylogenetic ของแข็งเป็น
ดังนั้นพื้นฐาน Usnea ตะไคร่น้ำจำพวกมีความหลากหลายสูงที่มีมากกว่า 350 สายพันธุ์ประมาณ
กระจายอยู่ในขั้วโลกอบอุ่นและเขตร้อนภูมิภาค เชื้อชาติและการจำแนก Usnea ได้รับ
เรื่องของการอภิปรายได้รับการขาดของตัวละครฟีโนไทป์เพื่ออธิบาย clades phylogenetic และต่ำ
ระดับของความละเอียดของต้นไม้ ในการศึกษานี้เราตรวจสอบความสัมพันธ์ของสายวิวัฒนาการของ
52 Usnea สายพันธุ์จากทั่วสกุลต่างๆบนพื้นฐานของ rDNA, nuLSU และสองโปรตีนเข้ารหัสยีน RPB1
และ MCM7 ประกอบด้วยภูมิภาคหลายตัวแปรที่มีสัญญาณทางพันธุกรรมมาก แต่ยัง
ความเสี่ยงที่จะก่อให้เกิดอคติในการผลิตของการจัดตำแหน่ง เราเมื่อเทียบกับวิธีการต่างๆของการจัดตำแหน่ง
ของตัวและพบว่าการเพิ่มประสิทธิภาพพร้อมกันของการจัดตำแหน่งและเชื้อชาติ (ใช้บาหลี PHY)
ปรับตัวดีขึ้นอย่างมีนัยสำคัญทั้งโครงสร้างและความละเอียดของ phylogenetic ต้นไม้ แต่ความละเอียด
ได้ดีเมื่อใช้ยีนโปรตีนเข้ารหัสโดยเฉพาะอย่างยิ่ง RPB1 แม้ว่ามันจะเป็นตัวแปรน้อย
เชื้อชาติอยู่บนพื้นฐานของการตัดแบ่งชุดข้อมูลที่เปิดเผยว่า Usnea ประเภทแบ่งเป็นสี่
clades สูงได้รับการสนับสนุนที่สอดคล้องกับ subgenera circumscribed ประเพณี Eumitria, Dolichousnea,
Neuropogon และ Usnea แต่ตัวละครที่ได้รับการใช้เพื่ออธิบาย clades เหล่านี้มักจะ
homoplasious ภายในเชื้อชาติและวิวัฒนาการขนานของพวกเขาเป็นข้อเสนอแนะ บนมืออื่น ๆ ส่วนใหญ่ของ
สปีชีส์ที่ถูกสร้างขึ้นใหม่เป็นไฟย์เลติแสดงให้เห็นว่าการรวมกันของตัวละครฟีโนไทป์
เป็น discriminators เหมาะสำหรับ delimitating สายพันธุ์ แต่มีไม่เพียงพอที่จะอธิบายการปกครองทั่วไป

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

bestimmungsland empfangen อิม