AbstractBACKGROUND:Transcription fa

Abstract

BACKGROUND:

Transcription factors are essential proteins for regulating gene expression. This regulation depends upon specific features of the transcription factors, including how they interact with DNA, how they interact with each other, and how they are post-translationally modified. Reliable information about key properties associated with transcription factors will therefore be useful for data analysis, in particular of data from high-throughput experiments.

RESULTS:

We have used an existing list of 1978 human proteins described as transcription factors to make a well-annotated data set, which includes information on Pfam domains, DNA-binding domains, post-translational modifications and protein-protein interactions. We have then used this data set for enrichment analysis. We have investigated correlations within this set of features, and between the features and more general protein properties. We have also used the data set to analyze previously published gene lists associated with cell differentiation, cancer, and tissue distribution.

CONCLUSIONS:

The study shows that well-annotated feature list for transcription factors is a useful resource for extensive data analysis; both of transcription factor properties in general and of properties associated with specific processes. However, the study also shows that such analyses are easily biased by incomplete coverage in experimental data, and by how gene sets are defined.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

บทคัดย่อพื้นหลัง:ปัจจัย transcription โปรตีนจำเป็นสำหรับการควบคุมการแสดงออกของยีนได้ ระเบียบนี้ขึ้นอยู่กับคุณลักษณะเฉพาะของการ transcription วิธีพวกเขาโต้ตอบกับดีเอ็นเอ วิธีพวกเขาโต้ตอบกัน และการมี post-translationally การปรับเปลี่ยน ข้อมูลเชื่อถือได้เกี่ยวกับคุณสมบัติที่สำคัญที่เกี่ยวข้องกับปัจจัย transcription จึงจะเป็นประโยชน์สำหรับการวิเคราะห์ข้อมูล โดยเฉพาะอย่างยิ่งข้อมูลจากการทดลองสามารถประมวลผลได้สูงผลลัพธ์:เราได้ใช้รายการอยู่ของโปรตีนมนุษย์ 1978 แชมป์ร่วมเป็นปัจจัย transcription เพื่อให้ชุดข้อมูลห้องประกอบ ซึ่งรวมถึงข้อมูลเกี่ยวกับโดเมน Pfam ดีเอ็นเอรวมโดเมน แก้ไข post-translational และโต้ตอบโปรตีนโปรตีน เราแล้วใช้ชุดข้อมูลสำหรับการวิเคราะห์ในบ่อ เราได้ตรวจสอบความสัมพันธ์ภายในชุด ของคุณลักษณะ และ ระหว่างคุณลักษณะและคุณสมบัติของโปรตีนทั่วไป นอกจากนี้เรายังมีใช้ชุดข้อมูลเพื่อวิเคราะห์รายการเผยแพร่ก่อนหน้านี้ยีนเกี่ยวข้องกับการกระจายสร้างความแตกต่าง มะเร็ง และเนื้อเยื่อเซลล์บทสรุป:การศึกษาแสดงรายการคุณลักษณะแห่งประกอบปัจจัย transcription เป็น ทรัพยากรที่มีประโยชน์สำหรับการวิเคราะห์ข้อมูลอย่างละเอียด ทั้งของราชบัณฑิตยสถานปัจจัยคุณสมบัติทั่วไป และคุณสมบัติที่เกี่ยวข้องกับกระบวนการเฉพาะ อย่างไรก็ตาม การศึกษาแสดงว่า วิเคราะห์ดังกล่าวจะได้ลำเอียง โดยความครอบคลุมสมบูรณ์ในข้อมูลทดลอง และวิธีกำหนดชุดของยีนด้วย

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

พื้นหลังนามธรรม

:

ปัจจัยการถอดความเป็นโปรตีนที่จำเป็นสำหรับการควบคุมการแสดงออกของยีน ระเบียบนี้ขึ้นอยู่กับคุณลักษณะเฉพาะของปัจจัยการถอดความรวมทั้งวิธีการที่พวกเขามีปฏิสัมพันธ์กับดีเอ็นเอ วิธีการโต้ตอบกับแต่ละอื่น ๆและวิธีการที่พวกเขาจะโพสต์ translationally แก้ไข