AbstractDetection of low-level muta

Abstract
Detection of low-level mutations is important for cancer biomarker and therapy targets discovery, but reliable detection remains a technical challenge. The newly developed method of CO-amplification at Lower Denaturation temperature PCR (COLD-PCR) helps to circumvent this issue. This PCR-based technology preferentially enriches minor known or unknown variants present in samples with a high background of wild type DNA which often hampers the accurate identification of these minority alleles. This is a simple process that consists of lowering the temperature at the denaturation step during the PCR-cycling protocol (critical denaturation temperature, T c) and inducing DNA heteroduplexing during an intermediate step. COLD-PCR in its simplest forms does not need additional reagents or specific instrumentation and thus, can easily replace conventional PCR and at the same time improve the mutation detection sensitivity limit of downstream technologies. COLD-PCR can be applied in two basic formats: fast-COLD-PCR that can enrich T m-reducing mutations and full-COLD-PCR that can enrich all mutations, though it requires an intermediate cross-hybridization step that lengthens the thermocycling program. An improved version of full-COLD-PCR (improved and complete enrichment, ice-COLD-PCR) has also been described. Finally, most recently, we developed yet another form of COLD-PCR, temperature-tolerant-COLD-PCR, which gradually increases the denaturation temperature during the COLD-PCR reaction, enriching diverse targets using a single cycling program. This report describes practical considerations for application of fast-, full-, ice-, and temperature-tolerant-COLD-PCR for enrichment of mutations prior to downstream screening.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

บทคัดย่อการตรวจหาการกลายพันธุ์ระดับต่ำเป็นสิ่งสำคัญสำหรับมะเร็งไบโอมาร์คเกอร์และรักษาเป้าหมายการค้นหา แต่ยังคงตรวจจับเชื่อถือ เป็นความท้าทายทางเทคนิค วิธีการร่วมขยายที่อุณหภูมิต่ำแปรสภาพ PCR (เย็น-PCR) พัฒนาขึ้นใหม่ช่วยหลีกเลี่ยงปัญหานี้ เทคโนโลยี PCR ตามนี้ก่อนเพิ่มคุณค่ารอง หรือไม่รู้จักตัวแปรในตัวอย่างที่มีพื้นหลังสูงป่าชนิดดีเอ็นเอซึ่งมัก hampers รหัสแม่นยำของ alleles ชนกลุ่มน้อยเหล่านี้ นี้เป็นกระบวนการง่ายที่ประกอบด้วยการลดอุณหภูมิที่แปรสภาพขั้นระหว่างการขี่จักรยาน PCR โพรโทคอล (แปรสภาพสำคัญอุณหภูมิ T c) และกระตุ้นให้เกิด heteroduplexing ดีเอ็นเอในระหว่างมีขั้นตอน เย็น-PCR ในรูปแบบที่ง่ายที่สุดไม่จำเป็นต้องเติมสารรีเอเจนต์หรือใช้เครื่องมือเฉพาะ และดังนั้น สามารถแทน PCR แบบเดิม และในเวลาเดียวกันปรับปรุงการกลายพันธุ์การตรวจสอบขีดจำกัดความไวเทคโนโลยีปลายน้ำ เย็น-PCR สามารถใช้ได้ในสองรูปแบบพื้นฐาน: รวดเร็วเย็น-PCR ที่สามารถรับประกันพันธุ์ลด m T และเต็มเย็น-PCR ที่สามารถรับประกันกลายพันธุ์ทั้งหมด แม้ว่ามันต้องมีขั้นตอนข้าม hybridization ที่ยาวเทอร์โม゚โปรแกรม ปรับปรุงเป็นรุ่นเต็มเย็น-PCR (ตกแต่งปรับปรุงใหม่ และเสร็จสมบูรณ์ ice COLD PCR) ยังได้รับการอธิบาย ในที่สุด สุด เราพัฒนาอีกรูปแบบของเย็น-PCR อุณหภูมิอดทนเย็น-PCR ซึ่งค่อย ๆ เพิ่มอุณหภูมิแปรสภาพในระหว่างปฏิกิริยา PCR เย็น เพิ่มคุณค่าเป้าหมายที่หลากหลายโดยใช้โปรแกรมปั่นเดี่ยว รายงานนี้อธิบายถึงปฏิบัติข้อควรพิจารณาสำหรับการใช้งานอย่างรวดเร็ว เต็ม- น้ำแข็ง- และอุณหภูมิทนต่อเย็นเทคนิคการเพิ่มคุณค่าในการกลายพันธุ์ก่อนที่จะตรวจคัดกรองดาวน์สตรีม

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

บทคัดย่อ
การตรวจหาการกลายพันธุ์ในระดับต่ำเป็นสิ่งสำคัญสำหรับ biomarker โรคมะเร็งและการรักษาด้วยการค้นพบเป้าหมาย แต่การตรวจสอบความน่าเชื่อถือยังคงเป็นความท้าทายทางเทคนิค วิธีการที่พัฒนาขึ้นใหม่ CO-ขยายจ้อง denaturation อุณหภูมิ PCR (เย็น-PCR) ช่วยในการหลีกเลี่ยงปัญหานี้ เทคโนโลยี PCR-based นี้พิเศษเสริมสร้างเล็ก ๆ น้อย ๆ ที่รู้จักกันหรือไม่ทราบสายพันธุ์ที่มีอยู่ในตัวอย่างที่มีพื้นหลังสูงของดีเอ็นเอชนิดป่าซึ่งมักจะ hampers บัตรประจำตัวที่ถูกต้องของอัลลีลของชนกลุ่มน้อยเหล่านี้ นี่คือขั้นตอนง่ายๆที่ประกอบด้วยลดอุณหภูมิที่ขั้นตอน denaturation ระหว่างโปรโตคอล PCR-ขี่จักรยาน (อุณหภูมิ denaturation สำคัญ T c) และกระตุ้นให้เกิดการ heteroduplexing ดีเอ็นเอในระหว่างขั้นตอนกลาง COLD-PCR ในรูปแบบที่ง่ายที่สุดไม่จำเป็นต้องรีเอเจนต์เพิ่มเติมหรือวัดที่เฉพาะเจาะจงและจึงสามารถแทนที่เดิม PCR และในเวลาเดียวกันการปรับปรุงขีด จำกัด ของการกลายพันธุ์ไวตรวจสอบของเทคโนโลยีปลายน้ำ COLD-PCR สามารถนำมาใช้ในสองรูปแบบพื้นฐานได้อย่างรวดเร็วเย็น-PCR ที่สามารถเสริมสร้าง T กลายพันธุ์ M-ลดและเต็มรูปแบบเย็น-PCR ที่สามารถเสริมสร้างการกลายพันธุ์ทั้งหมดแม้ว่ามันจะต้องมีขั้นตอนข้ามผสมพันธุ์กลางที่ยาวโปรแกรม thermocycling . รุ่นปรับปรุงของเต็มเย็น-PCR (ที่ดีขึ้นและการเพิ่มปริมาณสมบูรณ์เย็น-PCR) นอกจากนี้ยังได้รับการอธิบาย ในที่สุดเมื่อเร็ว ๆ นี้เราได้พัฒนารูปแบบของความหนาวเย็น-PCR อุณหภูมิที่ทนต่อความเย็น-PCR ซึ่งค่อย ๆ เพิ่มอุณหภูมิ denaturation ในช่วงเย็นปฏิกิริยา PCR อื่นเพิ่มคุณค่าเป้าหมายที่มีความหลากหลายการใช้โปรแกรมการขี่จักรยานเดียว รายงานนี้จะอธิบายถึงการพิจารณาการปฏิบัติสำหรับการประยุกต์ใช้อย่างรวดเร็ว, เต็มรูปแบบ, น้ำแข็งและอุณหภูมิที่ทนต่อความเย็น-PCR สำหรับการเพิ่มปริมาณของการกลายพันธุ์ก่อนที่จะมีการตรวจคัดกรองปลายน้ำ

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

บทคัดย่อการตรวจหาการกลายพันธุ์ระดับต่ำเป็นสิ่งสำคัญสำหรับไบโอมาร์คเกอร์มะเร็งและรักษาเป้าหมายการตรวจสอบที่เชื่อถือได้ แต่ยังคงความท้าทายทางเทคนิค เพื่อพัฒนาวิธีการ CO ( ที่อุณหภูมิ ( ล่าง ) ( pcr - เย็น ) ช่วยให้เพื่อหลีกเลี่ยงปัญหานี้ เทคนิคนี้ใช้เทคโนโลยี preferentially คุณค่าเล็กน้อยที่รู้จัก และไม่รู้จักสายพันธุ์ที่มีอยู่ในตัวอย่างกับพื้นสูงของป่าชนิดดีเอ็นเอซึ่งมักจะ hampers การถูกต้องของอัลลีลชนกลุ่มน้อยเหล่านี้ นี้เป็นขั้นตอนง่ายที่ประกอบด้วยการลดอุณหภูมิ ( ขั้นตอนในระหว่าง PCR จักรยานโพรโทคอล ( อุณหภูมิวิกฤต T ( C ) และกระตุ้น DNA heteroduplexing ในระหว่างขั้นกลาง pcr - เย็นในรูปแบบง่ายที่สุดไม่ต้องใช้สารเคมีเพิ่มเติมหรือเครื่องมือเฉพาะและดังนั้นจึงสามารถแทนโดยใช้เทคนิค PCR และในเวลาเดียวกันได้ปรับปรุงการตรวจจับความไวของขีด จำกัด ของเทคโนโลยีด้านท้ายน้ำ pcr - เย็นสามารถใช้ได้ในสองรูปแบบพื้นฐาน : ได้อย่างรวดเร็วเย็น PCR ที่สามารถเพิ่ม T m-reducing การกลายพันธุ์และเต็มเย็นวิธีที่สามารถเพิ่มทั้งหมดการกลายพันธุ์ แต่ต้องข้ามขั้นกลาง ( ที่ยาวและผื่นแดง โปรแกรม รุ่นปรับปรุงของ PCR ( ปรับปรุงและสมบูรณ์เต็ม เย็นบำรุง เย็น PCR ) ยังได้รับการอธิบาย ในที่สุด ล่าสุด เราได้พัฒนาอีกรูปแบบ pcr - เย็น อุณหภูมิใจกว้างเย็น PCR ซึ่งค่อยๆเพิ่มอุณหภูมิระหว่าง pcr - เย็น ( ปฏิกิริยาสมบูรณ์เป้าหมายหลากหลาย ใช้โปรแกรมจักรยานเดี่ยว รายงานนี้อธิบายถึงข้อควรพิจารณาสำหรับการใช้ประโยชน์อย่างรวดเร็ว - เต็ม - น้ำแข็ง - และอุณหภูมิใจกว้างเย็นวัดการกลายพันธุ์ดีเอ็นเอ ก่อนที่จะล่องคัดกรอง