A Whole Genome Association Study to

A Whole Genome Association Study to Detect Additive and Dominant SNPs for growth and Carcass Traits in Korean Native Cattle, Hanwoo
ABSTRACT
A whole genome association study was conducted to identify SNPs with additive and dominant effects for growth and carcass traits in Korean native cattle, Hanwoo. The data set comprised 61 sires and their 486 Hanwoo steers that were born between spring of 2005 and fall of 2007. The steers were genotyped with the 35,968 SNPs that were embedded in the Illumina bovine SNP 50K beadchip and six growth and carcass quality traits were measured for the steers. A total of 18 (0), 15 (3), 12 (8), 15 (18) , 11 (7) and 21 (1) SNPs were detected at the 5% chromosome (genome) - wise level for weaning weight, yearling weight, carcass weight, backfat thickness, longissimus dorsi muscle area and marbling score, respectively. Among the significant 129 SNPs, 56 SNPs had additive effects, 20 SNPs dominance effects, and 53 SNPs both additive and dominance effects,suggesting that dominance inheritance mode be considered in genetic improvement for growth and caracass quality in Hanwoo. 33 QTL regions on 18 Bos Taurus chromosomes (i.e. BTA 3, 4, 5, 6, 7, 9, 11, 12, 13, 14, 16, 17, 18, 20, 23, 26, 28 and 29) were detected. Strong evidence for BTA14 that affect CWT is the key chromosome. Also, BTA20 is the key chromosome for almost all traits measured (WWT, YWT, LMA).The identification of growth and carcass trait associated SNPs and mapping of the corresponding QTL in small chromosomal regions reported will facilitate searches for candidate genes in Hanwoo.
Keywords : Hanwoo; SNP; Whole Genome Association; Carcass Traits; Growth Traits

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

การศึกษาความสัมพันธ์ของกลุ่มทั้งการตรวจหาสารและ SNPs โดดเด่นเจริญเติบโตและลักษณะซากในวัวพื้นเมืองเกาหลี Hanwooบทคัดย่อการศึกษาความสัมพันธ์ของทั้งกลุ่มดำเนินการเพื่อระบุ SNPs กับสารเติมแต่ง และหลักผลการเจริญเติบโตและลักษณะซากในวัวพื้นเมืองเกาหลี Hanwoo ชุดข้อมูลประกอบด้วย 61 พ่อพันธุ์โคและโค Hanwoo ของ 486 ที่เกิดระหว่างฤดูใบไม้ผลิ 2005 และฤดูใบไม้ร่วง 2007 โคถูก genotyped กับ SNPs 35,968 ที่ถูกฝังใน SNP Illumina วัว 50K beadchip และลักษณะคุณภาพซากและการเจริญเติบโตที่หกถูกวัดสำหรับโค SNPs 18 (0), 15 (3), 12 (8), 15 (18), 11 (7) และ 21 (1) ถูกตรวจพบที่โครโมโซม 5% (กลุ่ม) - ฉลาดระดับหย่านมน้ำหนัก ขวบน้ำหนัก น้ำหนักซาก หนา backfat ริบบิ้น dorsi บริเวณกล้ามเนื้อ และเด marbling คะแนน ตามลำดับ ระหว่างที่ SNPs สำคัญ 129, 56 SNPs มีผลสารเติมแต่ง 20 SNPs พฤติการณ์ และ 53 SNPs ผลบวกและการปกครอง แนะนำโหมดที่สืบทอดการปกครองได้รับการพิจารณาในการปรับปรุงพันธุกรรมสำหรับการเจริญเติบโตและแบบคุณภาพใน Hanwoo พบ 33 QTL ภูมิภาคบน 18 พฤษภ Bos โครโมโซม (เช่น BTA 3, 4, 5, 6, 7, 9, 11, 12, 13, 14, 16, 17, 18, 20, 23, 26, 28 และ 29) หลักฐาน BTA14 ที่มีผลต่อ CWT เป็นโครโมโซมคีย์ นอกจากนี้ BTA20 เป็นโครโมโซมคีย์สำหรับเกือบทุกลักษณะวัด (WWT, YWT, LMA) รหัสของลักษณะซากและการเจริญเติบโตเกี่ยวข้อง SNPs และแม็ป QTL สอดคล้องกันในภูมิภาคของโครโมโซมขนาดเล็กรายงานจะอำนวยความสะดวกการค้นหายีน candidate ใน Hanwooคำสำคัญ: Hanwoo SNP ทั้งจีโนมที่สัมพันธ์ ลักษณะซาก ลักษณะการเจริญเติบโต

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ทั่วจีโนมสมาคมการศึกษาการตรวจหาสารเติมแต่งและ SNPs ที่โดดเด่นสำหรับการเจริญเติบโตและลักษณะซากในโคพื้นเมืองเกาหลี, Hanwoo
บทคัดย่อ
ทั้งจีโนมของสมาคมศึกษาได้ดำเนินการในการระบุ SNPs กับสารเติมแต่งและผลกระทบที่โดดเด่นสำหรับการเจริญเติบโตและลักษณะซากในโคพื้นเมืองเกาหลี, Hanwoo ข้อมูลชุดประกอบด้วย 61 ตระกูลและ 486 นำพา Hanwoo ของพวกเขาที่เกิดระหว่างฤดูใบไม้ผลิของปี 2005 และการล่มสลายของปี 2007 ได้รับการนำพา genotyped กับ 35,968 SNPs ที่ถูกฝังอยู่ใน Illumina วัว SNP 50K beadchip และการเจริญเติบโตและคุณภาพซากหกลักษณะถูกวัด สำหรับนำพา รวม 18 (0), 15 (3), 12 (8), 15 (18), (7) 11 และ 21 (1) SNPs ถูกตรวจพบโครโมโซม 5% (จีโนม) - ระดับที่ชาญฉลาดสำหรับหย่านมน้ำหนัก น้ำหนักอายุหนึ่งขวบน้ำหนักซากความหนาของไขมัน, longissimus dorsi บริเวณกล้ามเนื้อและหินอ่อนคะแนนตามลำดับ ในระหว่างที่มีนัยสำคัญ 129 SNPs 56 SNPs มีผลสารเติมแต่ง 20 SNPs ผลกระทบปกครองและ 53 SNPs ทั้งสารเติมแต่งและการปกครองผลกระทบที่บอกว่าโหมดมรดกปกครองได้รับการพิจารณาในการปรับปรุงพันธุกรรมสำหรับการเจริญเติบโตและคุณภาพ caracass ใน Hanwoo 33 ภูมิภาค QTL เมื่อวันที่ 18 ราศีพฤษภโครโมโซม (เช่น BTA 3, 4, 5, 6, 7, 9, 11, 12, 13, 14, 16, 17, 18, ​​20, 23, 26, 28 และ 29) ได้รับการตรวจพบ หลักฐานที่แข็งแกร่งสำหรับ BTA14 ที่มีผลต่อ CWT เป็นโครโมโซมที่สำคัญ นอกจากนี้ BTA20 เป็นโครโมโซมที่สำคัญสำหรับเกือบทุกลักษณะวัด (WWT, YWT, LMA) บัตรประจำตัวของการเจริญเติบโตและลักษณะซากเกี่ยวข้อง SNPs และการทำแผนที่ของ QTL ที่สอดคล้องกันในภูมิภาคโครโมโซมขนาดเล็กรายงานจะอำนวยความสะดวกในการค้นหายีนใน Hanwoo ได้โดยง่าย.
คำสำคัญ : Hanwoo; SNP; ทั้งสมาคมจีโนม; ซากลักษณะ; ลักษณะการเจริญเติบโต

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

สมาคมการศึกษาจีโนมทั้งหมดเพื่อตรวจหาสารเติมแต่งและโดดเด่น snps สำหรับการเจริญเติบโตและคุณภาพซากในโคพื้นเมืองเกาหลี อย่างดีบทคัดย่อสมาคมจีโนมทั้งหมดเพื่อศึกษา snps เติมแต่งและผลเด่นสำหรับการเจริญเติบโตและคุณภาพซากในโคพื้นเมืองเกาหลีอย่างดี , . ชุดข้อมูลประกอบด้วยพ่อพันธุ์โคขุนอย่างดีและ 61 ของพวกเขาที่เกิดขึ้นระหว่างฤดูใบไม้ผลิและฤดูใบไม้ร่วงของปี 2007 ซากถูก genotyped กับ 35968 snps ที่ฝังลงไปใน Illumina วัว SNP 50K beadchip หกและการเจริญเติบโตและลักษณะคุณภาพซากวัดเพื่อดำเนินการ . ทั้งหมด 18 ( 0 ) , 15 ( 3 ) , 12 ( 8 ) , 15 ( 18 ) , 11 ( 7 ) และ 21 ( 1 ) snps พบที่ 5% โครโมโซม ( จีโนม ) - ระดับปัญญาน้ำหนักหย่านม , น้ำหนัก , น้ำหนัก , ความหนาไขมันสันหลังและกล้ามเนื้อบริเวณเมารถอายุโค , คะแนน , marbling ตามลำดับ ระหว่างที่สําคัญ 129 snps 56 snps มีการบวกผล 20 snps การปกครองผลและ 53 snps ทั้งการบวกและการปกครองผลบอกว่าโหมดมรดกการปกครองจะพิจารณาในการปรับปรุงพันธุ์สำหรับการเจริญเติบโตและคุณภาพ caracass ในเนื้อวัวเกาหลี . 33 ความภูมิภาคบนโครโมโซม 18 บอสราศีพฤษภ ( เช่น BTA 3 , 4 , 5 , 6 , 7 , 9 , 11 , 12 , 13 , 14 , 16 , 17 , 18 , 20 , 23 , 26 , 28 และ 29 ) ถูกตรวจพบ หลักฐานที่แข็งแกร่งสำหรับ bta14 มีผลต่อ CWT เป็นโครโมโซม คีย์ นอกจากนี้ bta20 เป็นกุญแจโครโมโซมลักษณะเกือบทั้งหมด ( นั่น ywt LMA , วัด , ) การของการเจริญเติบโตและลักษณะซาก ที่เกี่ยวข้อง snps และการทำแผนที่ของ QTL ที่สอดคล้องกันในระดับภูมิภาคขนาดเล็กรายงานจะช่วยค้นหาผู้สมัครยีนในเนื้อวัวเกาหลี .คำสำคัญ : สมาคมจีโนมทั้งหมด SNP อย่างดี ; ; ; ลักษณะซาก ; ลักษณะการเจริญเติบโต