We have shown previously that sever

We have shown previously that several sS-dependent
promoters are upregulated in the presence of 6S RNA,
although other sS-dependent promoters are insensitive to
6S RNA (Trotochaud & Wassarman, 2004), and microarray
studies have suggested that expression of additional
sS-dependent genes is altered in cells lacking 6S RNA
(Cavanagh et al., 2008; Neusser et al., 2010). We do not
detect stable interactions between 6S RNA and sS-RNAP in
vivo or in vitro above background binding of non-specific
RNAs, and steady-state levels of sS protein are unchanged
in cells with and without 6S RNA (Wassarman & Storz,
2000; Trotochaud & Wassarman, 2005). Therefore, we
proposed that 6S RNA-dependent regulation of sS activity
is indirect. Given that ppGpp can increase alternative s
factor activity by a number of proposed mechanisms
(Jishage et al., 2002; Bernardo et al., 2006; Costanzo et al.,
2008), we wondered whether the 6S RNA upregulation of
sS-dependent promoters is mediated through changes in
ppGpp. However, we found that a sS-dependent promoter
previously shown to be sensitive to 6S RNA (bolA)
(Trotochaud & Wassarman, 2004) remained similarly
sensitive to 6S RNA in both early and late stationary phase
in DrelA and DrelADspoT strain backgrounds compared
with the wild-type (Fig. 3, Table 2; data not shown). In
addition, previous studies on sS-dependent promoters
were carried out in late stationary phase, when ppGpp levels are undetectable (Trotochaud & Wassarman, 2004).
Although it is possible that some sS-promoters will
respond to the 6S RNA-dependent changes in ppGpp
levels, these data demonstrate that 6S RNA upregulation
of sS-dependent transcription cannot simply be explained
by the changes in ppGpp levels. Further studies will be
needed to explain how 6S RNA function leads to altered
sS-dependent transcription.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

เราได้แสดงไว้ก่อนหน้านี้ที่หลาย sS ขึ้นอยู่กับก่อมี upregulated ใน 6S RNAแม้ว่าก่อการอื่น ๆ ขึ้นอยู่กับ sS จะตายไป6S RNA (Trotochaud & Wassarman, 2004), และ microarrayการศึกษาชี้ว่า นิพจน์ของเพิ่มเติมมีการเปลี่ยนแปลงขึ้นอยู่กับ sS ยีนในเซลล์ขาด 6S RNA(Cavanagh et al. 2008 Neusser et al. 2010) เราไม่ได้ตรวจจับมีเสถียรภาพปฏิกิริยาระหว่าง 6S RNA และ sS RNAP ในวีโว่ หรือในหลอดทดลองข้างต้นรวมพื้นหลังของไม่เฉพาะเจาะจง, RNAs และเสถียรในระดับโปรตีน sS จะไม่เปลี่ยนแปลงในเซลล์ที่มี และไม่ มี RNA 6S (Wassarman & Storz2000 Trotochaud & Wassarman, 2005) ดังนั้น เราเสนอระเบียบ RNA ขึ้นอยู่กับว่า 6S กิจกรรม sSทางอ้อมได้ ระบุว่า ppGpp สามารถเพิ่มทางเลือก sกิจกรรมคูณ ด้วยจำนวนของกลไกที่นำเสนอ(Jishage et al. 2002 เบอร์นาร์โด et al. 2006 Costanzo et al.,2008), เราสงสัยว่า upregulation RNA 6S ของขึ้นอยู่กับ sS ก่อเป็นสื่อผ่านการเปลี่ยนแปลงในppGpp อย่างไรก็ตาม เราพบว่าเป็นโปรโมเตอร์ขึ้น sSก่อนหน้านี้ แสดงการรับ 6S RNA (โบ)(Trotochaud & Wassarman, 2004) ยังคงอยู่ในทำนองเดียวกันการ RNA 6S ในระยะนิ่งทั้งต้น และปลายDrelA และ DrelADspoT ในสายพันธุ์เปรียบเทียบภูมิหลังป่าชนิด (รูป 3 ตารางที่ 2 ไม่แสดงข้อมูล) ในนอกจากนี้ การศึกษาก่อนหน้านี้ก่อการขึ้นอยู่กับ sSได้ดำเนินการในระยะปลายนิ่ง ระดับ ppGpp เมื่อมีจิตวิทยา (Trotochaud & Wassarman, 2004)ถึงแม้จะมีบางก่อการ sS จะตอบสนองต่อการเปลี่ยนแปลงขึ้นอยู่กับ RNA 6S ใน ppGppระดับ ข้อมูลเหล่านี้แสดงให้เห็นว่า upregulation RNA 6Sการถอดรหัสขึ้นอยู่กับ sS ไม่เพียงสามารถอธิบายได้จากการเปลี่ยนแปลงในระดับ ppGpp การศึกษาต่อเนื่องจะจำเป็นต้องอธิบายว่า 6S RNA ฟังก์ชันนำไปสู่การเปลี่ยนแปลงการถอดรหัสขึ้นอยู่กับ sS

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

เราได้แสดงให้เห็นก่อนหน้านี้ว่าเอสเอสขึ้นอยู่กับหลาย
โปรโมเตอร์จะ upregulated ในการปรากฏตัวของ 6S RNA ที่
แม้ว่าก่อการ SS-ขึ้นอื่น ๆ ที่มีความรู้สึกที่
6S อาร์เอ็นเอ (Trotochaud & Wassarman, 2004) และ microarray
ศึกษาได้ชี้ให้เห็นการแสดงออกที่เพิ่มเติม
SS-ขึ้น ยีนที่มีการเปลี่ยนแปลงในเซลล์ขาด 6S อาร์เอ็นเอ
(Cavanagh et al, 2008;.. Neusser et al, 2010) เราไม่ได้
ตรวจสอบการมีปฏิสัมพันธ์ที่มั่นคงระหว่าง 6S RNA และ SS-RNAP ใน
ร่างกายหรือในหลอดทดลองข้างต้นพื้นหลังผูกพันที่ไม่เฉพาะเจาะจง
RNAs และระดับมั่นคงของรัฐของเอสเอสโปรตีนมีการเปลี่ยนแปลง
ในเซลล์ที่มีและไม่มี 6S อาร์เอ็นเอ (Wassarman & Storz,
2000 ; & Trotochaud Wassarman 2005) ดังนั้นเราจึง
เสนอว่ากฎระเบียบ 6S RNA ขึ้นอยู่กับกิจกรรมของเอสเอส
เป็นทางอ้อม ระบุว่า ppGpp สามารถเพิ่มทางเลือก s
ปัจจัยกิจกรรมเป็นจำนวนมากโดยกลไกการเสนอ
(Jishage, et al., 2002; เบอร์นาร์โด, et al, 2006;.. Costanzo, et al,
2008) เราสงสัยว่า upregulation 6S อาร์เอ็นเอของ
โปรโมเตอร์ SS-ขึ้น เป็นสื่อกลางผ่านการเปลี่ยนแปลงใน
ppGpp อย่างไรก็ตามเราพบว่าผู้ก่อการ SS-ขึ้น
แสดงก่อนหน้านี้ที่จะมีความไวต่อ 6S อาร์เอ็นเอ (Bola)
(Trotochaud & Wassarman, 2004) ยังคงอยู่ในทำนองเดียวกัน
มีความไวต่อ 6S RNA ทั้งต้นและปลายเฟส
ใน DrelA และ DrelADspoT ภูมิหลังความเครียดเมื่อเทียบ
กับ ชนิดป่า (รูปที่ 3 ตารางที่ 2. ไม่ได้แสดงข้อมูล) ใน
นอกจากนี้การศึกษาก่อนหน้านี้โปรโมเตอร์ SS-ขึ้น
ได้ดำเนินการในช่วงปลายเฟสเมื่อระดับ ppGpp เป็น undetectable (Trotochaud & Wassarman, 2004).
แม้ว่ามันจะเป็นไปได้ว่าบาง SS-โปรโมเตอร์จะ
ตอบสนองต่อการเปลี่ยนแปลง 6S RNA ขึ้นอยู่กับใน ppGpp
ระดับข้อมูลเหล่านี้แสดงให้เห็นว่า 6S RNA upregulation
ถอดความ SS-ขึ้นไม่สามารถเพียงแค่อธิบายได้
โดยการเปลี่ยนแปลงในระดับ ppGpp การศึกษาเพิ่มเติมจะ
จำเป็นที่จะอธิบายวิธีการทำงาน 6S อาร์เอ็นเอนำไปสู่การเปลี่ยนแปลง
การถอดความ SS-ขึ้น