EST sequences were obtained from th

EST sequences were obtained from the EST database at the NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbest/). A total of 76,566 ESTs were obtained for this study
(10 May 2008). All EST sequences were processed by trimming off the polyA/T and vector sequences, clustered and assembled using the TGICL software (http:// www.tigr.org/tdb/tgi/software/) to remove redundant sequences. The unique sequences were used for searches to find SSR sequences using the Troll software (http://wsmartins.net/webtroll/troll.html, now http:// wsmartins.net/websat/; Martins et al. 2009). The software was set to detect repeat motifs with more than four repeats (a mixture of type 1 and type 2 microsatellites; (Shultz et al. 2007). Both simple and complex microsatellite
motifs under 8 bp were detected. Insertion or deletions of greater than 8 bp were also detected. EST primers were designed from conserved sequences flanking repeats where the main parameters were: GC content of 40–60; annealing temperature (Tm) of 53–57C; and expected amplified products size of 100–300 bp. In some cases, candidate EST markers were prioritized based on presence of motif sizes or known polymorphisms in the EST database.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

EST ลำดับได้รับจากฐานข้อมูล EST ที่ NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbest/) รวม 76,566 ESTs ได้รับสำหรับการศึกษานี้(10 พฤษภาคม 2008) EST ลำดับทั้งหมดถูกประมวลผล ด้วยการตัดปิดโพ ลยา/T และเวกเตอร์ลำดับที่ คลัสเตอร์ และประกอบโดยใช้ซอฟต์แวร์ TGICL (http:// www.tigr.org/tdb/tgi/software/) เพื่อลบลำดับซ้ำซ้อน ลำดับที่ไม่ซ้ำกันใช้สำหรับค้นหาเพื่อหาลำดับ SSR ที่ใช้ซอฟต์แวร์ Troll (http://wsmartins.net/webtroll/troll.html ตอนนี้ http:// wsmartins.net/websat/ มาร์ตินส์ et al. 2009) ซอฟต์แวร์การตั้งค่าการตรวจหาการซ้ำลวดลาย มีมากกว่าสี่ทำซ้ำ (ส่วนผสมของประเภท 1 และประเภท 2 microsatellites (Shultz et al. 2007) ชนิด microsatellite ทั้งง่าย และซับซ้อนลวดลายภายใต้ 8 พบ bp แทรกหรือลบมากกว่า 8 นอกจากนี้ยังตรวจพบ bp ออกแบบไพรเมอร์เอสจากทำซ้ำ flanking ภัตลำดับพารามิเตอร์หลักมาที่: GC เนื้อหา 40 – 60 อุณหภูมิหลอม (Tm) ที่ 53 – 57 C และขนาดผลิตภัณฑ์คาด amplified ของ bp 100 – 300 ในบางกรณี ผู้สมัครหมาย EST ถูกจัดลำดับความสำคัญตามของ motif ขนาด หรือรู้จักกันครั้งที่สองในฐานข้อมูล EST

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ลำดับ EST ที่ได้รับจากฐานข้อมูล EST ที่ NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbest/) รวม 76,566 ESTs ได้รับการศึกษาครั้งนี้
(10 พฤษภาคม 2008) ทั้งหมด EST ลำดับที่ถูกประมวลผลโดยตัดออก Polya / T และลำดับเวกเตอร์คลัสเตอร์และประกอบโดยใช้ซอฟต์แวร์ TGICL (http: // www.tigr.org/tdb/tgi/software/) เพื่อลบลำดับที่ซ้ำซ้อน ลำดับที่ไม่ซ้ำกันถูกนำมาใช้สำหรับการค้นหาไปยัง FI ลำดับ SSR ND ใช้ซอฟต์แวร์ Troll (http://wsmartins.net/webtroll/troll.html ตอนนี้ http: //. wsmartins.net/websat/; มาร์ติน et al, 2009) ซอฟแวร์ที่ได้รับการตั้งค่าในการตรวจสอบลวดลายซ้ำที่มีมากกว่าสี่ซ้ำ (ส่วนผสมของประเภท 1 และประเภท 2 ไมโคร (Shultz et al, 2007) ทั้งที่ง่ายและซับซ้อนไมโคร..
ลวดลายอายุต่ำกว่า 8 bp ตรวจพบการแทรกหรือลบมากกว่า. 8 BP ยังตรวจพบ EST ไพรเมอร์ได้รับการออกแบบจากลำดับชั้นอนุรักษ์ซ้ำ anking ที่ตัวแปรหลักคือ:. เนื้อหา GC 40-60 อุณหภูมิการหลอม (TM) ของ 53-57 องศาเซลเซียสและคาดว่า ampli Fi ผลิตภัณฑ์เอ็ดขนาด 100-300 bp? . ในบางกรณีผู้สมัครเครื่องหมาย EST ถูกจัดลำดับความสำคัญขึ้นอยู่กับการปรากฏตัวของขนาดบรรทัดฐานหรือที่รู้จักกันในความหลากหลายในฐานข้อมูล EST

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

EST ลำดับได้จากฐานข้อมูล EST ที่ ncbi ( http : / / www.ncbi . nlm . NIH . gov / dbest / ) รวม 76566 ฐานข้อมูลที่ได้รับการศึกษา( 10 พฤษภาคม 2550 ) ทั้งหมด EST ลำดับถูกประมวลผล โดยตัดออกขั้นตอนของโพลยา / T และลำดับเวกเตอร์แบบประกอบใช้ tgicl ซอฟต์แวร์ ( http : / / www.tigr . org / tdb / TGI / ซอฟต์แวร์ / ) เพื่อลบคำ ลำดับ ดับเฉพาะใช้สำหรับค้นจึงใช้ ND ติดลำดับโทรลซอฟต์แวร์ ( http://wsmartins.net/webtroll/troll.html ตอนนี้ http : / / wsmartins.net/websat/ ; มาร์ติน et al . 2009 ) ซอฟต์แวร์เป็นชุดตรวจสอบลวดลายซ้ำที่มีมากกว่าสี่ซ้ำ ( ส่วนผสมของประเภท 1 และประเภทที่ 2 ไมโครแซเทลไลต์ ( Shultz et al . 2007 ) ทั้งง่ายและซับซ้อนชนิดลวดลายใต้ 8 BP ถูกตรวจพบ การแทรกหรือลบมากกว่า 8 สัปดาห์ยังตรวจพบ ไพรเมอร์ที่ออกแบบมาจากลำดับอนุรักษ์ EST fl anking ซ้ำรอยที่พารามิเตอร์หลัก : GC เนื้อหา 40 – 60 ; อุณหภูมิการอบอ่อน ( TM ) ของ 53 – 57c และคาดว่า ampli จึงเอ็ดผลิตภัณฑ์ขนาด 100 – 300 BP . ในบางกรณีผู้สมัครเครื่องหมายถูกตัดสินบนพื้นฐานของตนและของมาตรฐานขนาด หรือพันธุ์ที่รู้จักในฐานข้อมูล EST