alkane degrading enrichment culture

alkane degrading enrichment culture. The enrichments were used
for comparison supposing that a high fraction of all species are
alkane degraders. Thus, we assumed that 16S gene rRNA profiles
of the enrichments better reflected the phylogenetic richness of
alkane degraders actually present in the microcosms (being aware
of diversity biases due to the selection pressure of enrichment
conditions and the possibility of co-enrichment of an accompanying
community of non-alkane degraders [3]). The enrichment
certainly favored also species which might occur in low abundances
in the original soil samples. Thus, they potentially escaped
in fingerprinting analyses of soil DNA extracts. This also indicated
that alkane degradation might be an even more common trait in
soil than formerly expected all the more complicating the measurements
of diversity changes by diversity indices due the
enhanced community complexity [37]. Most congruent results
between the enrichment and direct soil DNA extracts were
observed for two diversity metrics (i.e. Simpson, Equitability)
which were formerly described to be relatively robust to method
variations and biases [37]. These might be best suited when
changes in complex communities were determined with molecular
fingerprinting tools.
As also advised earlier [37,43], we refrained from deriving
absolute quantification of e.g. species by richness indices from the
fingerprints. However, as suggested by Danovaro et al. [44]
applying diversity metrics to fingerprinting data gives the opportunity
for monitoring relative changes in microbial communities
to a certain extent when keeping in mind their indicated
lack in sensitivity [45]. Accordingly, we observed that diversity
changes in the alkane degrader community were reflected to a
certain extent by richness indices potentially permitting a relative
comparison among samples. Moreover, the functional and the
phylogenetic T-RFLP measured different levels of diversity
providing robustness to an ecosystem. Whereas the richness of
alkane degrading species influences the ecological range at which
the microbial ecosystem service operates, the richness of the
functional genes is likely to determine the ranges of alkanes
subject to degradation [16,18,46]. The diagnostic power of 16S
rRNA gene fingerprints might thus be regarded as complementary
to that of alkB gene fingerprints.
In conclusion, the thoroughly evaluated alkB gene T-RFLP presented
here permits to sensitively follow changes in the community
patterns of the functional guild of alkB harboring alkane degraders.
This is especially valuable for community analyses in habitats with
low substrate concentrations where alkane degraders might
contribute only a minor fraction of the total bacterial community as
could be expected in many soil environments.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

อัลเคนลดวัฒนธรรมโดดเด่น Enrichments การใช้สำหรับการเปรียบเทียบถ้าที่ มีเศษสูงทุกชนิดอัลเคน degraders ดังนั้น เราสันนิษฐานว่ายีน 16S rRNA โพรไฟล์ของ enrichments ที่ดีสะท้อนความร่ำรวย phylogeneticอัลเคน degraders จริงอยู่ใน microcosms (การตระหนักถึงความหลากหลายของยอมดันเลือกของเติมเต็มให้ครบเงื่อนไขและสามารถขอร่วมของความพร้อมสุดของ degraders ไม่ใช่อัลเคน [3]) ที่โดดเด่นแน่นอนสายพันธุ์ซึ่งอาจเกิดขึ้นใน abundances ต่ำปลอดยังในตัวอย่างดินเดิม ดังนั้น พวกเขาอาจหนีในการวิเคราะห์ดินลายพิมพ์ ดีเอ็นเอแยก นี้ยัง ชี้ให้เห็นสร้างอัลเคนที่อาจติดตัวทั่วไปยิ่งในดินกว่าเดิม ที่คาดไว้ทั้งหมด complicating วัดเปลี่ยนแปลงความหลากหลายทางชีวภาพด้วยดัชนีความหลากหลายครบกำหนดเพิ่มความซับซ้อนของชุมชน [37] ผลที่สุดแผงระหว่างบ่อดินตรงดีเอ็นเอ บางส่วนได้สังเกตสำหรับการวัดความหลากหลายสอง (เช่นซิมป์สัน Equitability)ซึ่งได้อธิบายจะค่อนข้างแข็งแกร่งกับวิธีเดิมรูปแบบและยอม [37] เหล่านี้อาจจะเหมาะสมที่สุดเมื่อการเปลี่ยนแปลงในชุมชนซับซ้อนถูกกำหนด ด้วยโมเลกุลลายพิมพ์มือเรา refrained จากบริษัทฯ เป็นยังนานก่อนหน้า [37,43],นับแน่นอนเช่นพันธุ์โดยดัชนีร่ำรวยจากการลายนิ้วมือ อย่างไรก็ตาม เป็นแนะนำโดย Danovaro et al. [44]ใช้วัดความหลากหลายลายพิมพ์ข้อมูลให้โอกาสสำหรับการตรวจสอบการเปลี่ยนแปลงในชุมชนจุลินทรีย์ญาติขอบแบบบางเขตเมื่อรักษาในจิตใจของพวกเขาระบุขาดในไว [45] ดังนั้น เราสังเกตความหลากหลายนั้นการเปลี่ยนแปลงในชุมชน degrader อัลเคนได้สะท้อนไปยังขอบเขตบางอย่าง โดยดัชนีร่ำรวยอาจอนุญาตให้ญาติเปรียบเทียบระหว่างตัวอย่าง นอกจากนี้ การทำงานและphylogenetic T-RFLP วัดระดับของความหลากหลายให้เสถียรภาพให้ระบบนิเวศมี ในขณะที่ความร่ำรวยช่วงระบบนิเวศที่มีผลต่ออัลเคนลดสปีชีส์บริการระบบนิเวศที่จุลินทรีย์ทำงาน ความร่ำรวยยีนที่ทำงานมีแนวโน้มที่จะกำหนดช่วงของ alkanesเรื่องการสลายตัว [16,18,46] อำนาจวินิจฉัยของ 16SrRNA ยีนลายนิ้วมืออาจจึงถือเป็นยาเสริมการที่ลายนิ้วมือของยีน alkBเบียดเบียน ยีน alkB ค่าทำ T RFLP แสดงที่นี่อนุญาตให้ sensitively ติดตามการเปลี่ยนแปลงในชุมชนรูปแบบของสมาคมการทำงานของ alkB harboring อัลเคน degradersเป็นประโยชน์โดยเฉพาะอย่างยิ่งการวิเคราะห์ชุมชนในการอยู่อาศัยด้วยความเข้มข้นขั้นต่ำที่อาจ degraders อัลเคนมีส่วนร่วมเพียงเศษเสี้ยวเล็กน้อยของแบคทีเรียรวมเป็นสามารถคาดหวังได้ในสภาพแวดล้อมดินมาก

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

เคนวัฒนธรรมการตกแต่งย่อยสลาย enrichments ถูกนำมาใช้
สำหรับการเปรียบเทียบสมมติว่าส่วนสูงของทุกชนิดมี
degraders เคน ดังนั้นเราจึงสันนิษฐานว่ายีน 16S rRNA โปรไฟล์
ของการเสริมที่ดีขึ้นสะท้อนให้เห็นถึงความมีชีวิตชีวาสายวิวัฒนาการของ
degraders เคนจริงในปัจจุบันในระบบนิเวศน์จำลอง (การตระหนักถึง
ความหลากหลายของอคติเนื่องจากความดันตัวเลือกของการตกแต่ง
เงื่อนไขและความเป็นไปได้ของความร่วมมือเพิ่มคุณค่าของประกอบ
กับชุมชน ของ degraders ที่ไม่เคน [3]) การตกแต่ง
ที่ชื่นชอบอย่างแน่นอนนอกจากนี้ยังมีสายพันธุ์ที่อาจเกิดขึ้นในปริมาณต่ำ
ในตัวอย่างดินเดิม ดังนั้นพวกเขาอาจหนีออกมา
พิมพ์ลายนิ้วมือในการวิเคราะห์สารสกัดดีเอ็นเอดิน นอกจากนี้ยังชี้ให้เห็น
ว่าการย่อยสลายเคนอาจจะมีลักษณะร่วมกันมากยิ่งขึ้นใน
ดินกว่าที่คาดไว้เดิมทั้งหมดเพิ่มเติมแทรกซ้อนวัด
การเปลี่ยนแปลงความหลากหลายโดยดัชนีความหลากหลายเนื่องจาก
ความซับซ้อนของชุมชนที่เพิ่มขึ้น [37] ผลการสอดคล้องกันมากที่สุด
ระหว่างการตกแต่งและดีเอ็นเอดินโดยตรงสารสกัดถูก
ตั้งข้อสังเกตสองตัวชี้วัดที่หลากหลาย (เช่นซิมป์สันเท่าเทียมกัน)
ซึ่งได้อธิบายไว้ก่อนจะค่อนข้างแข็งแกร่งกับวิธีการ
รูปแบบและอคติ [37] เหล่านี้อาจจะเหมาะสมที่ดีที่สุดเมื่อ
มีการเปลี่ยนแปลงในชุมชนที่มีความซับซ้อนได้รับการพิจารณาด้วยโมเลกุล
เครื่องมือพิมพ์ลายนิ้วมือ.
ขณะที่ยังให้คำแนะนำก่อนหน้านี้ [37,43] เรางดเว้นจากการที่ได้รับ
ปริมาณที่แน่นอนของสายพันธุ์เช่นโดยดัชนีความร่ำรวยจาก
ลายนิ้วมือ แต่เป็นข้อเสนอแนะโดย Danovaro และคณะ [44]
การใช้ตัวชี้วัดความหลากหลายข้อมูลลายนิ้วมือให้โอกาส
สำหรับการตรวจสอบการเปลี่ยนแปลงญาติในชุมชนของจุลินทรีย์
ในระดับหนึ่งเมื่อเก็บไว้ในใจของพวกเขาที่ระบุ
ขาดในความไว [45] ดังนั้นเราจึงตั้งข้อสังเกตว่ามีความหลากหลาย
การเปลี่ยนแปลงในชุมชน degrader เคนสะท้อนไป
ในระดับหนึ่งโดยดัชนีความร่ำรวยอาจอนุญาตให้ญาติ
เปรียบเทียบระหว่างกลุ่มตัวอย่าง นอกจากนี้การทำงานและ
สายวิวัฒนาการของ T-RFLP วัดระดับที่แตกต่างของความหลากหลาย
ให้ทนทานต่อระบบนิเวศ ในขณะที่ความมั่งคั่งของ
สปีชีส์ย่อยสลายเคนที่มีอิทธิพลต่อระบบนิเวศในช่วงที่
มีการให้บริการระบบนิเวศของจุลินทรีย์ดำเนินความร่ำรวยของ
ยีนที่ทำงานมีแนวโน้มที่จะกำหนดช่วงของอัลเคน
อาจมีการย่อยสลาย [16,18,46] อำนาจการวินิจฉัยของ 16S
rRNA ยีนลายนิ้วมือจึงอาจจะถือได้ว่าเป็นประกอบ
กับที่ alkB ลายนิ้วมือยีน.
โดยสรุปประเมินอย่างละเอียดยีน alkB T-RFLP นำเสนอ
ที่นี่เพื่ออนุญาตให้ละม่อมปฏิบัติตามการเปลี่ยนแปลงในชุมชน
รูปแบบของการทำงานของสมาคม harboring alkB degraders เคน.
นี้เป็นที่มีคุณค่าโดยเฉพาะอย่างยิ่งสำหรับชุมชนการวิเคราะห์ในที่อยู่อาศัยที่มี
ความเข้มข้นของสารตั้งต้นที่ต่ำ degraders เคนอาจจะ
มีส่วนร่วมเพียงส่วนเล็กน้อยของชุมชนแบคทีเรียรวม ณ
อาจจะคาดว่าในสภาพแวดล้อมดินจำนวนมาก

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

โครงสร้างการส่งเสริมวัฒนธรรม การใช้ enrichments
เปรียบเทียบต่างว่าส่วนสูงของสายพันธุ์มีความสามารถในการย่อยสลาย
แอลเคน . ดังนั้นเราจึงคิดว่ายีน 16S rRNA
โปรไฟล์ของ enrichments ดีกว่า ซึ่งสะท้อนความมั่งคั่งของความสามารถในการย่อยสลายจริงๆ
ของเหลวที่มีอยู่ใน microcosms ( การระมัดระวัง
biases ความหลากหลายเนื่องจากการความดันเสริม
เงื่อนไขและความเป็นไปได้ของการเป็นชุมชนร่วมประกอบ
ไม่ใช่โครงสร้างความสามารถในการย่อยสลาย [ 3 ] ) เสริม
แน่นอนโปรดยังชนิดซึ่งอาจเกิดขึ้นใน
abundances น้อยในตัวอย่างดินเดิม ดังนั้นพวกเขาอาจหนี
ในการวิเคราะห์ดีเอ็นเอ ลาย สารสกัดจากดิน นอกจากนี้ยังพบว่าโครงสร้างอาจจะมีการย่อยสลาย

แม้คุณลักษณะในทั่วไปดินมากกว่าเดิม คาดว่ายิ่งซับซ้อนวัดโดยดัชนีความหลากหลายความหลากหลายของการเปลี่ยนแปลง

เพิ่มเนื่องจากความซับซ้อนของชุมชน [ 37 ] ผลลัพธ์ที่สอดคล้องที่สุด
ระหว่างเสริมและสารสกัดจากดินโดยตรง ดีเอ็นเอถูก
สังเกตสองตัวชี้วัดความหลากหลาย ( เช่น ซิมป์สัน , equitability )
ซึ่งเคยอธิบายให้แข็งแกร่งค่อนข้างวิธี
รูปแบบและอคติ [ 37 ]เหล่านี้อาจจะเหมาะที่สุดเมื่อการเปลี่ยนแปลงในชุมชนที่ซับซ้อนตัดสินใจ


ลายด้วยโมเลกุลเป็นเครื่องมือ ยังได้แนะนำก่อนหน้านี้ [ 37,43 ] เราเลยเลิกใช้ เช่น ชนิด ปริมาณแน่นอน

ดัชนีความร่ำรวยจากลายนิ้วมือ อย่างไรก็ตาม ในฐานะที่แนะนำโดย danovaro et al . [ 44 ]
ใช้ตัวชี้วัดความหลากหลายเพื่อให้โอกาส
ข้อมูลลายพิมพ์ดีเอ็นเอสำหรับการตรวจสอบการเปลี่ยนแปลงที่เกี่ยวข้องในชุมชนจุลินทรีย์
เพื่อขอบเขตบางอย่างเมื่อการรักษาในใจของพวกเขาพบ
ขาดไว [ 45 ] ตาม ที่เราพบว่า ความหลากหลายของการเปลี่ยนแปลงในโครงสร้างชุมชน
degrader สะท้อนถึงระดับหนึ่ง โดยดัชนีความ

อาจอนุญาตให้ญาติเปรียบเทียบระหว่างกลุ่มตัวอย่าง นอกจากนี้ การทำงานและ
t-rflp ซึ่งวัดระดับความมีความหลากหลาย
ให้ระบบนิเวศ ในขณะที่ส่วนของแอลเคน ได้รับอิทธิพลหลากหลายชนิด

บริการเชิงนิเวศ ซึ่งจุลินทรีย์ที่ทํางาน ส่วน
ยีนที่ทํางานมีแนวโน้มที่จะกำหนดช่วงของอัลเคน
เรื่องการย่อยสลาย [ 16,18,46 ] อำนาจการวินิจฉัยของ 16S
rRNA ยีนลายนิ้วมืออาจจึงถือเป็นทางเลือก
ที่ alkb ยีนลายนิ้วมือ
สรุป ถี่ถ้วนประเมิน alkb ยีน t-rflp นำเสนอ
ที่นี่อนุญาตให้คงที่ตามการเปลี่ยนแปลงในชุมชน
รูปแบบของสมาคมการทำงานของ alkb แอลเคนที่ความสามารถในการย่อยสลาย .
นี้จะมีคุณค่าโดยเฉพาะอย่างยิ่งสำหรับการวิเคราะห์ชุมชนในถิ่นกับ
สเตรทความเข้มข้นต่ำที่แอลเคนความสามารถในการย่อยสลายอาจ
มีส่วนร่วมเพียงเศษส่วนเล็กน้อยของชุมชนแบคทีเรียรวม
อาจจะคาดหวังในสภาพแวดล้อมของดินมาก