Breeding work for drought-prone env

Breeding work for drought-prone environments has been largely empirical to date, with grain yield being the primary trait for selection in wheat breeding programmes. However, most breeders select strongly for traits other than yield in the early segregating generations and do yield testing only at later stages, when a certain level of homozygosity has been achieved and large enough seed quantities are available. The decision to advance or reject a genotype is often complex and, in practical terms, breeders most often use a system of multiple cut-offs. In early generations, they select genotypes that, presumably, achieve the levels required for the primary traits evaluated in segregating populations (plant type, plant height, growth cycle, spike fertility, etc.).

When a breeding programme for drought adaptation is assisted by analytical selection, the conceptual model used considers yield under drought to be a function of: (1) yield potential; (2) flowering date (which indicates whether the crop will avoid drought stress); and (3) secondary traits that provide drought resistance. Physiological secondary traits can be used for the selection of parents to be included in the crossing block, as direct selection criteria for screening among a large number of genotypes (i.e., segregating populations) and/or when the amount of seed available is too small to carry out field trials with replications. Whereas intensive work is continuously being carried out by physiologists in the area of drought adaptation, few breeders routinely use physiological criteria in their mainstream breeding programmes. In the first place, the evaluation of some of the traits proposed by plant physiologists is time-consuming or expensive. This is not practical for application to the thousands of entries that comprise the segregating generations of breeding programmes. Then, the real value of a given trait may only be assessed by determining the genetic gain in segregating populations following selection, while many traits are not available in well adapted genotypes and their validation frequently requires the development of appropriate breeding material, which is again costly and time-consuming (Royo et al., 2005). Finally, selection in segregating populations requires screening at the plant level or between very small plots, thus hindering the use of traits that require large field plots for their assessment.

Gene-based markers generated from gene sequence data, i.e., “perfect markers” can be used to screen large numbers of entries for a particular trait improving the efficiency and effectiveness of conventional breeding. Gene-based markers are particularly useful for introgressing genes whose expression is highly affected by the environment, such as genes for useful physiological traits that cannot easily be screened (e.g., root architecture traits), as well as for gene pyramiding. The most common situations in which marker-assisted selection (MAS) confers an advantage are: (1) when accurate measurement of the phenotype is expensive or difficult; (2) when multiple genes conferring a similar phenotype are being combined; and (3) when there is a need for rapid removal of donor chromosome segments in a backcrossing programme (Nelson et al., 2004). Most important traits (yield, stress adaptation, etc.) are governed by multiple genes, each producing a relatively small individual effect. MAS for these “quantitative traits” is challenging because many quantitative trait loci (QTLs) identified in mapping population studies are cross-specific, subject to genotype-by-environment interaction (GEI) effects.

QTL estimation often spans several centimorgans, and hundreds of genes underlie a region of this size. The size of such a region can be reduced through a number of approaches, such as the use of high resolution crosses, or the development of near-isogenic lines (NILs) for small chromosomal segments across the putative QTL region (Nelson et al., 2004). Linkage disequilibrium (LD) mapping offers another alternative, exploiting the long history of recombination, and rich allelic diversity in germplasm collections (Remington et al., 2001; Buckler and Thornsberry, 2002). Genome sequencing for various crops would improve the quality of molecular markers used for MAS by helping breeders to target the gene of interest, rather than a nearby sequence (Dubcovsky, 2004). Continuing efforts to sequence expressed genes will provide data for SNP markers for individual alleles, making MAS more cost-efficient (Dubcovsky, 2004).

For MAS to be useful, proper phenotyping is required and the evaluation of yield and relevant physiological traits should be done in conditions similar those of the target environment. An ecophysiological understanding of the traits in question and of how to measure them is crucial (Araus et al., 2003a,b; Slafer, 2003).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

พันธุ์งานสำหรับสภาพแวดล้อมที่เสี่ยงภัยแล้งได้ประจักษ์วัน ส่วนใหญ่ มีผลผลิตเมล็ดข้าวติดหลักสำหรับการเลือกในโปรแกรมการปรับปรุงพันธุ์ข้าวสาลี อย่างไรก็ตาม บรีดเดอร์สส่วนใหญ่เลือกขอสำหรับลักษณะอื่นนอกเหนือจากผลผลิตในรุ่น segregating ต้น และอัตราผลตอบแทนการทดสอบเฉพาะในขั้นตอนต่อไป เมื่อระดับ homozygosity ได้รับความ และปริมาณเมล็ดพอมี มักจะเป็นการตัดสินใจล่วงหน้า หรือปฏิเสธลักษณะทางพันธุกรรมซับซ้อน และ ในแง่ปฏิบัติ บรีดเดอร์สมักใช้ระบบเลือกตัดหลาย ๆ ในรุ่นแรก พวกเขาเลือกศึกษาจีโนไทป์ที่ สันนิษฐาน บรรลุระดับจำเป็นสำหรับลักษณะหลักประเมินในเอ็กซ์ปอร์ตประชากร (ชนิดพืช พืชสูง วงจรการเจริญเติบโต ความอุดมสมบูรณ์ของสไปค์ ฯลฯ)เมื่อโครงการปรับปรุงพันธุ์สำหรับภัยแล้งปรับตัวได้ช่วยเลือกวิเคราะห์ แบบจำลองแนวคิดที่ใช้พิจารณาผลตอบแทนภายใต้ภัยแล้งเป็น ฟังก์ชันของ: ศักยภาพผลผลิต (1) (2) วันดอก (ซึ่งบ่งชี้ว่า พืชจะหลีกเลี่ยงความเครียดภัยแล้ง); และลักษณะรอง (3) ที่มีความต้านทานภัยแล้ง สามารถใช้สำหรับการเลือกผู้ปกครองรองลักษณะสรีรวิทยาการข้ามบล็อค รวมเป็นเกณฑ์การเลือกโดยตรงสำหรับตรวจในจำนวนมากของ (เช่น เอ็กซ์ปอร์ตประชากร) หรือเมื่อจำนวนเมล็ดมีขนาดเล็กเกินไปเพื่อเรียกใช้ฟิลด์การทดลองกับระยะ ขณะทำงานเร่งรัดอย่างต่อเนื่องถูกดำเนิน โดย physiologists ในพื้นที่ภัยแล้งปรับ บรีดเดอร์สน้อยใช้เกณฑ์สรีรวิทยาเป็นประจำในกับของโครงการปรับปรุงพันธุ์ ในสถานที่แรก การประเมินของลักษณะการนำเสนอ โดย physiologists โรงงานจะใช้เวลานาน หรือมีราคาแพง นี่ไม่ใช่ทางปฏิบัติสำหรับการพันรายการที่ประกอบด้วยรุ่น segregating โปรแกรมการผสมพันธุ์ แล้ว มูลค่าแท้จริงของติดให้อาจเท่านั้นถูกประเมิน โดยกำหนดกำไรทางพันธุกรรมในประชากรตามตัวเลือก ไม่มีหลายลักษณะในการศึกษาจีโนไทป์ดีดัดแปลง และตรวจสอบความต้องการพัฒนาวัสดุผสมพันธุ์ที่เหมาะสม ซึ่งเป็นอีกค่าใช้จ่าย และเสียเวลาบ่อย ๆ (Royo et al., 2005) การเอ็กซ์ปอร์ต ในที่สุด เลือกในเอ็กซ์ปอร์ตประชากรต้องคัดกรอง ในระดับโรงงาน หรือ ระหว่าง ผืนเล็กมาก ดังนั้น ขัดขวางการใช้ลักษณะที่ฟิลด์ขนาดใหญ่ลงจุดสำหรับการประเมินของพวกเขาใช้ยีนเครื่องหมายสร้างจากยีนลำดับข้อมูล เช่น "โกเครื่องหมาย" สามารถใช้กับจอภาพจำนวนมากของรายการสำหรับติดเฉพาะที่ปรับปรุงประสิทธิภาพและประสิทธิผลของการปรับปรุงพันธุ์แบบเดิม ใช้ยีนเครื่องหมายจะมีประโยชน์สำหรับนิพจน์ที่สูงได้รับผลกระทบจากสิ่งแวดล้อม เช่นยีนสำหรับลักษณะสรีรวิทยาประโยชน์ที่ไม่ได้มีฉายยีน introgressing (เช่น รากลักษณะสถาปัตยกรรม), เช่นกันเป็นสำหรับ pyramiding ยีน สถานการณ์ทั่วไปซึ่งช่วยทำเครื่องหมายเลือก (มาส) confers ข้อดีคือ: (1) เมื่อวัดความถูกต้องของ phenotype แพง หรือ ยาก (2) เมื่อมีการรวมหลายยีน conferring phenotype คล้าย และ (3) เมื่อมีความจำเป็นสำหรับการเอาออกอย่างรวดเร็วของกลุ่มโครโมโซมผู้บริจาคในโครงการ backcrossing (เนลสัน et al., 2004) ลักษณะสำคัญ (ผลผลิต การปรับตัวความเครียด ฯลฯ) อยู่ภายใต้หลายยีน ผลิตผลแต่ละค่อนข้างเล็กแต่ละ มาสในลักษณะเหล่านี้"เชิงปริมาณ" เป็นความท้าทายเพราะในเชิงปริมาณติด loci (QTLs) ระบุในแมปประชากรข้ามเฉพาะ ขึ้นอยู่กับลักษณะทางพันธุกรรมโดยระบบโต้ตอบ (GEI) ผลQTL ประเมินมักจะครอบคลุมหลาย centimorgans และของยีนอยู่ภายใต้พื้นที่ขนาดนี้ ขนาดของพื้นที่ดังกล่าวสามารถลดลงได้ ด้วยจำนวนวิธี เช่นใช้ตัดความละเอียดสูง หรือพัฒนาใกล้-isogenic บรรทัด (NILs) สำหรับเซ็กเมนต์ของโครโมโซมขนาดเล็กทั่วทั้งภูมิภาค QTL putative (เนลสัน et al., 2004) แม็ป disequilibrium (LD) เชื่อมโยงนำเสนอทางเลือกอื่น exploiting นาน recombination และความหลากหลาย allelic รวยในคอลเลกชัน germplasm (เรมิงตันและ al., 2001 Buckler และ Thornsberry, 2002) จีโนมลำดับสำหรับพืชต่าง ๆ ต้องปรับปรุงคุณภาพของเครื่องหมายโมเลกุลที่ใช้ในมาสช่วยบรีดเดอร์สกับเป้าหมายยีนน่าสนใจ แทนลำดับใกล้เคียง (Dubcovsky, 2004) ต่อความพยายามที่จะแสดงลำดับยีนจะให้ข้อมูลสำหรับ SNP เครื่องหมายสำหรับแต่ละ alleles ทำมาสมากประหยัด (Dubcovsky, 2004)สำหรับมาสให้เป็นประโยชน์ phenotyping เหมาะสมเป็นสิ่งจำเป็น และการประเมินผลผลิตและลักษณะสรีรวิทยาที่เกี่ยวข้องควรทำในสภาพที่คล้ายคลึงกันของสิ่งแวดล้อมเป้าหมาย ความเข้าใจ ecophysiological ลักษณะคำถาม และวิธีการวัดได้เป็นสำคัญ (Araus et al., 2003a, b Slafer, 2003)

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

การทำงานของการปรับปรุงพันธุ์สำหรับสภาพแวดล้อมที่แห้งแล้งมีแนวโน้มได้รับการทดลองส่วนใหญ่จะวันที่มีผลผลิตข้าวเป็นลักษณะหลักสำหรับการเลือกในโปรแกรมการปรับปรุงพันธุ์ข้าวสาลี แต่ส่วนใหญ่เลือกพ่อพันธุ์แม่พันธุ์อย่างยิ่งสำหรับลักษณะอื่นนอกเหนือจากผลผลิตในรุ่นแยกต้นและไม่เพียง แต่การทดสอบผลผลิตในขั้นตอนต่อมาเมื่อระดับหนึ่งของ homozygosity ได้รับความสำเร็จและขนาดใหญ่ปริมาณเมล็ดพันธุ์ที่พอมีอยู่ การตัดสินใจที่จะก้าวไปหรือปฏิเสธจีโนไทป์มักจะมีความซับซ้อนและในแง่การปฏิบัติพ่อพันธุ์แม่พันธุ์ส่วนใหญ่มักจะใช้ระบบการทำงานของหลายตัดหนี้สูญ ในรุ่นก่อนที่พวกเขาเลือกยีนที่สมมุติให้บรรลุระดับที่จำเป็นสำหรับลักษณะหลักของการประเมินในประชากรแยก (ชนิดพืช, ความสูงของพืชวงจรการเจริญเติบโตขัดขวางความอุดมสมบูรณ์และอื่น ๆ ). เมื่อโปรแกรมพันธุ์สำหรับการปรับตัวในฤดูแล้งคือการช่วยเหลือจาก เลือกการวิเคราะห์รูปแบบความคิดที่ใช้พิจารณาให้ผลผลิตภายใต้ภัยแล้งที่จะเป็นฟังก์ชั่น (1) ผลผลิตที่อาจเกิดขึ้น (2) วันที่ดอก (ซึ่งบ่งชี้ว่าการเพาะปลูกจะหลีกเลี่ยงความเครียดภัยแล้ง); และ (3) ลักษณะรองที่ให้ความต้านทานภัยแล้ง ลักษณะทางสรีรวิทยารองสามารถนำมาใช้สำหรับการเลือกของผู้ปกครองที่จะถูกรวมอยู่ในบล็อกข้ามเป็นเกณฑ์การคัดเลือกโดยตรงสำหรับการคัดกรองในหมู่จำนวนมากของยีน (เช่นแยกประชากร) และ / หรือเมื่อปริมาณของเมล็ดพันธุ์ที่มีขนาดเล็กเกินไปที่จะ ดำเนินการทดลองภาคสนามด้วยซ้ำ ในขณะที่การทำงานอย่างเข้มข้นอย่างต่อเนื่องได้รับการดำเนินการโดย physiologists ในพื้นที่ภัยแล้งของการปรับตัวพ่อพันธุ์แม่พันธุ์ไม่กี่ประจำใช้หลักเกณฑ์ทางสรีรวิทยาในโปรแกรมการปรับปรุงพันธุ์หลักของพวกเขา ในครั้งแรกที่การประเมินผลของบางส่วนของลักษณะที่เสนอโดย physiologists พืชที่ใช้เวลานานหรือมีราคาแพง นี้ไม่ได้ในทางปฏิบัติสำหรับการประยุกต์ใช้ในหลายพันรายการที่ประกอบด้วยรุ่นแยกของโปรแกรมการปรับปรุงพันธุ์ จากนั้นมูลค่าที่แท้จริงของลักษณะที่ได้รับอาจจะได้รับการประเมินโดยการกำหนดกำไรทางพันธุกรรมในประชากรที่แยกตัวเลือกต่อไปนี้ในขณะที่หลายลักษณะไม่สามารถใช้ได้ในยีนปรับตัวได้ดีและการตรวจสอบของพวกเขามักจะต้องมีการพัฒนาของวัสดุเพาะพันธุ์ที่เหมาะสมซึ่งเป็นค่าใช้จ่ายอีกครั้ง และใช้เวลานาน (Royo et al., 2005) สุดท้ายเลือกในประชากรแยกต้องมีการตรวจคัดกรองในระดับโรงงานหรือระหว่างแปลงขนาดเล็กมากจึงเป็นอุปสรรคต่อการใช้งานในลักษณะที่ต้องแปลงสนามใหญ่สำหรับการประเมินของพวกเขา. เครื่องหมายยีนที่ใช้สร้างขึ้นจากข้อมูลลำดับยีนคือ "เครื่องหมายที่สมบูรณ์แบบ" สามารถ จะใช้ในการคัดกรองจำนวนมากรายการสำหรับลักษณะโดยเฉพาะอย่างยิ่งการปรับปรุงประสิทธิภาพและประสิทธิผลของการปรับปรุงพันธุ์แบบเดิม ยีนเครื่องหมายที่ใช้เป็นประโยชน์อย่างยิ่งสำหรับ introgressing ยีนที่มีการแสดงออกที่ได้รับผลกระทบอย่างมากจากสภาพแวดล้อมเช่นยีนสำหรับลักษณะทางสรีรวิทยาที่มีประโยชน์ที่ไม่สามารถได้รับการคัดเลือก (เช่นลักษณะสถาปัตยกรรม root) เช่นเดียวกับยีน pyramiding สถานการณ์ที่พบมากที่สุดในการเลือกที่ช่วยเครื่องหมาย (MAS) ฟาโรห์ประโยชน์คือ (1) เมื่อวัดที่ถูกต้องของฟีโนไทป์ที่มีราคาแพงหรือยาก; (2) เมื่อยีนหลายหารือฟีโนไทป์ที่คล้ายกันที่มีการรวมกัน; และ (3) เมื่อมีความจำเป็นในการกำจัดอย่างรวดเร็วของกลุ่มผู้บริจาคโครโมโซมในโปรแกรมผสมกลับ (เนลสัน et al., 2004) ลักษณะที่สำคัญที่สุด (อัตราผลตอบแทนปรับตัวความเครียด ฯลฯ ) ถูกควบคุมโดยยีนหลายแต่ละผลิตแต่ละผลมีขนาดค่อนข้างเล็ก MAS เหล่านี้ "ลักษณะเชิงปริมาณ" เป็นสิ่งที่ท้าทายเพราะหลายตำแหน่งลักษณะเชิงปริมาณ (QTLs) ระบุในการศึกษาการทำแผนที่ประชากรจะข้ามเฉพาะเรื่องการจีโนไทป์โดยสภาพแวดล้อมการทำงานร่วมกัน (GEI) ผลกระทบ. การประมาณค่า QTL มักจะมีช่วง centimorgans หลายและหลายร้อย ยีนรองรับภูมิภาคขนาดนี้ ขนาดของภูมิภาคดังกล่าวสามารถลดลงได้ถึงจำนวนของวิธีเช่นการใช้ข้ามความละเอียดสูงหรือการพัฒนาสายพันธุ์ใกล้ (นิลส์) สำหรับกลุ่มโครโมโซมขนาดเล็กทั่วภูมิภาค QTL สมมุติ (เนลสัน et al., 2004) สมดุลเชื่อมโยง (LD) การทำแผนที่มีอีกทางเลือกหนึ่ง, การใช้ประโยชน์จากประวัติศาสตร์อันยาวนานของการรวมตัวกันและความหลากหลาย allelic อุดมไปด้วยคอลเลกชันเชื้อพันธุกรรม (เรมิงตัน et al, 2001;. และโล่ Thornsberry, 2002) ลำดับจีโนมสำหรับพืชต่างๆจะปรับปรุงคุณภาพของเครื่องหมายโมเลกุลที่ใช้สำหรับ MAS โดยช่วยให้พ่อพันธุ์แม่พันธุ์ที่จะกำหนดเป้าหมายของยีนที่น่าสนใจมากกว่าลำดับใกล้เคียง (Dubcovsky, 2004) ความพยายามอย่างต่อเนื่องเพื่อแสดงลำดับยีนจะให้ข้อมูลสำหรับเครื่องหมาย SNP สำหรับอัลลีลของแต่ละบุคคลทำให้ MAS มากขึ้นค่าใช้จ่ายที่มีประสิทธิภาพ (Dubcovsky, 2004). สำหรับ MAS ที่จะเป็นประโยชน์ phenotyping ที่เหมาะสมเป็นสิ่งจำเป็นและการประเมินผลของผลผลิตและลักษณะทางสรีรวิทยาที่เกี่ยวข้องควรจะทำ ในสภาพที่คล้ายกันเหล่านั้นเป้าหมายของสภาพแวดล้อม เข้าใจ ecophysiological ของลักษณะในคำถามและวิธีการวัดพวกเขาเป็นสิ่งสำคัญ (Araus, et al, 2003a, ข. Slafer 2003)

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การปรับปรุงพันธุ์สำหรับภัยแล้งมีแนวโน้มสภาพแวดล้อมส่วนใหญ่ได้รับประจักษ์ถึงวันที่กับผลผลิตเป็นคุณลักษณะหลักสำหรับการเลือกในข้าวสาลีโครงการปรับปรุงพันธุ์ อย่างไรก็ตาม ผู้เลี้ยงส่วนใหญ่จะเลือกขอลักษณะนอกจากผลผลิตในช่วงต้น แยกรุ่น และทำทดสอบผลผลิตในขั้นตอนต่อมาเมื่อระดับของ homozygosity ได้ประสบ และปริมาณเมล็ดพันธุ์ที่มากพอจะใช้ได้ การตัดสินใจที่จะเลื่อนหรือปฏิเสธพันธุกรรมมักจะซับซ้อนและในแง่ปฏิบัติ ผู้เลี้ยงส่วนใหญ่มักใช้ระบบหลายตัดเสนอราคา ในช่วงต้นยุค พวกเขาเลือกพันธุ์นั้น สันนิษฐานว่าบรรลุระดับที่จำเป็นสำหรับการประเมินในการแยกลักษณะประชากร ( พืชชนิด ความสูง วงจรชีวิต , Spike ความอุดมสมบูรณ์และอื่น ๆ )

เมื่อผสมพันธุ์โครงการการปรับตัวภัยแล้งจะช่วยเหลือ โดยการเลือกใช้รูปแบบเชิงวิเคราะห์ แนวคิดพิจารณาผลผลิตภายใต้ความแห้งแล้ง เป็นฟังก์ชันของ ( 1 ) ผลผลิตศักยภาพ( 2 ) วันออกดอก ( ซึ่งระบุว่าพืชจะหลีกเลี่ยงแล้ง ) ; และ ( 3 ) คุณลักษณะมัธยมที่ให้ความต้านทานแล้ง สรีรวิทยาลักษณะทุติยภูมิสามารถใช้สำหรับการเลือกของพ่อแม่ จะ รวม อยู่ ใน ข้าม บล็อก เป็นเกณฑ์ในการเลือกโดยตรงในการคัดกรองของตัวเลขขนาดใหญ่ของพันธุ์ ( เช่นแยกจำนวนประชากร ) และ / หรือ เมื่อปริมาณของเมล็ดมีขนาดเล็กเกินไปที่จะดำเนินการทดลองภาคสนามด้วยซ้ำ ในขณะที่ทำงานอย่างเข้มข้นอย่างต่อเนื่องจะถูกดำเนินการโดยอุตุนิยมวิทยาในพื้นที่ของการปรับตัวภัยแล้ง , พ่อพันธุ์แม่พันธุ์ไม่กี่ตรวจใช้เกณฑ์หลักสรีรวิทยาของโครงการปรับปรุงพันธุ์ ในสถานที่แรกการประเมินผลของบางส่วนของคุณลักษณะที่เสนอโดย physiologists พืชจะใช้เวลานาน หรือราคาแพง นี้ไม่ได้เป็นประโยชน์สำหรับการประยุกต์ใช้กับหลายพันรายการที่ประกอบด้วยการแยกรุ่นของโครงการปรับปรุงพันธุ์ แล้ว มูลค่าที่แท้จริงของการระบุคุณลักษณะอาจจะประเมินโดยกำหนดได้รับพันธุกรรมในประชากรแยกตามการเลือกในขณะที่คุณลักษณะหลายไม่ได้มีอยู่ในสายพันธุ์ และการปรับตัวของพวกเขาบ่อยต้องมีการพัฒนาวัสดุเพาะที่เหมาะสม ซึ่งเป็นอีกครั้งที่ราคาแพงและใช้เวลานาน ( royo et al . , 2005 ) ในที่สุด , เลือกในการแยกประชากรต้องมีการกลั่นกรองในระดับโรงงาน หรือระหว่างแปลงขนาดเล็กมากจึงขัดขวางการใช้คุณลักษณะที่ต้องการแปลงสนามขนาดใหญ่สำหรับการประเมินของพวกเขา .

ตามลำดับยีนยีนเครื่องหมายที่สร้างขึ้นจากข้อมูล เช่น ที่สมบูรณ์แบบ " เครื่องหมาย " สามารถใช้หน้าจอตัวเลขขนาดใหญ่ของรายการสำหรับคุณลักษณะเฉพาะการปรับปรุงประสิทธิภาพและประสิทธิผลของการปรับปรุงพันธุ์แบบดั้งเดิมยีนที่ใช้เครื่องหมายเป็นประโยชน์อย่างยิ่งสำหรับ introgressing ยีนที่มีการแสดงออกสูงได้รับผลกระทบจากสิ่งแวดล้อม เช่น ยีนที่เป็นประโยชน์ทางสรีรวิทยาลักษณะที่ไม่สามารถจะคัดกรอง ( เช่นรากสถาปัตยกรรมลักษณะ ) , เช่นเดียวกับยีน pyramiding . ที่พบมากที่สุดในสถานการณ์ที่เครื่องหมายช่วยเลือก ( MAS ) confers ข้อดีคือ :( 1 ) เมื่อวัดจากการถูกต้อง ราคาแพงหรือยาก ; ( 2 ) เมื่อหลายยีนพระราชทานการที่คล้ายกันจะถูกรวม และ ( 3 ) เมื่อมีความต้องการสำหรับการกำจัดอย่างรวดเร็วของโครโมโซมกลุ่มผู้บริจาคในโครงการทดสอบ ( Nelson et al . , 2004 ) ลักษณะที่สำคัญที่สุด ( ผลผลิต , ความเครียด การปรับตัว ฯลฯ ) จะถูกควบคุมโดยหลายยีนในการผลิตที่ค่อนข้างเล็กแต่ละผล แต่สำหรับ " คุณลักษณะ " เป็นเรื่องที่ท้าทาย เพราะลักษณะของปริมาณปริมาณมาก ( ยีน ) ระบุในประชากรศึกษาแผนที่จะข้ามเฉพาะเรื่องปฏิสัมพันธ์ระหว่างพันธุกรรมกับสภาพแวดล้อม ( มาก ) ผล

ความประมาณมักจะขยายหลาย centimorgans และร้อยของยีนต่างๆพื้นที่ขนาดนี้ขนาดของภูมิภาคดังกล่าวสามารถลดลงได้ผ่านหลายวิธี เช่น การใช้ความละเอียดสูงข้าม หรือพัฒนา ใกล้เส้น isogenic ( บริษัท ) สำหรับกลุ่มโครโมโซมขนาดเล็กทั่วทั้งภูมิภาคความการแสดงออก ( Nelson et al . , 2004 ) การเชื่อมโยงการเก็บน้ำ ( LD ) แผนที่เสนอทางเลือกอื่น การใช้ประโยชน์จากประวัติศาสตร์อันยาวนานของ recombinationและความหลากหลายของ allelic อุดมไปด้วยคอลเลกชันพันธุกรรม ( เรมิงตัน et al . , 2001 ; ดั้ง และ thornsberry , 2002 ) ลำดับจีโนมพืชชนิดต่าง ๆที่จะช่วยปรับปรุงคุณภาพของเครื่องหมายโมเลกุลที่ใช้สำหรับ Mas โดยช่วยให้พ่อพันธุ์แม่พันธุ์เพื่อเป้าหมายยีนที่น่าสนใจมากกว่าลำดับใกล้เคียง ( dubcovsky , 2004 )ความพยายามอย่างต่อเนื่องเพื่อแสดงลำดับยีนจะให้ข้อมูลสำหรับแต่ละเครื่องหมาย SNP สำหรับอัลลีลที่ทำให้แต่ต้นทุนมีประสิทธิภาพมากขึ้น ( dubcovsky , 2004 ) .

สำหรับ Mas เป็นประโยชน์ เหมาะสมอ ถูก ต้อง และการประเมินผลของผลผลิตและลักษณะทางสรีรวิทยาที่เกี่ยวข้อง ควรทำในเงื่อนไขที่คล้ายกันของสภาพแวดล้อมที่เป้าหมายการ ecophysiological ความเข้าใจลักษณะคำถามของวิธีการวัดเป็นสําคัญ ( araus et al . , 2003a , B ; slafer , 2003 )