Determination of nucleotide sequenc

Determination of nucleotide sequence of 16S rDNA
Genomic DNA was extracted by Genome DNA Simax Kit (Beijing SBS Genetech Co., Ltd., China). The PCR amplification was carried out in a DNA thermo cycler TP 600 (TaKaRa
Bio Inc., Otsu, Shiga, Japan) with universal primers: 16F27 (5’AGA GTT TGA TCC TGG CTC AG-3’) and 16R1522 (5’-AAG GAG GTG ATC CAG CCG CA-3’). The method was used
according to the manufacturer’s instructions. The PCR conditions consisted of 35 cycles of 94°C for 1 min, 55°C for 1 min and 72°C for 2 min. Nucleotide sequencing was commercially
serviced by Macrogen Inc. co. Ltd. (Seoul, Korea). The obtained 16S rDNA sequence was compared with those in the database and the phylogenic tree was made using Neighbor
Joining tree, PHYLIP Version 3.5 (see http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html, accessed July 23, 2009)

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

การกำหนดลำดับเบสของ 16S rDNA
จีโนมดีเอ็นเอถูกสกัดโดยจีโนมดีเอ็นเอ Simax Kit (ปักกิ่ง SBS GENETECH จำกัด จีน) ขยาย PCR ได้ดำเนินการใน Cycler เทอร์โมดีเอ็นเอ TP 600 (Takara
Bio อิงค์โอตสึชิ, ญี่ปุ่น) ด้วยไพรเมอร์สากล: 16F27 (5'AGA GTT TGA ทีซีซี CTC TGG AG-3) และ 16R1522 (5'- AAG GAG GTG ATC CAG CCG CA-3 ') วิธีการที่ใช้ตามคำแนะนำของผู้ผลิต
เงื่อนไข PCR ประกอบด้วย 35 รอบของ 94 ° C เป็นเวลา 1 นาที 55 ° C เป็นเวลา 1 นาทีและ 72 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 2 นาที ลำดับเบสได้ในเชิงพาณิชย์ให้บริการโดย Macrogen อิงค์ร่วม
จำกัด (กรุงโซลประเทศเกาหลี) ที่ได้ลำดับ 16S rDNA
ถูกเมื่อเทียบกับผู้ที่อยู่ในฐานข้อมูลและต้นไม้วิวัฒนาการที่ถูกสร้างขึ้นโดยใช้เพื่อนบ้านเข้าร่วมต้นไม้PHYLIP เวอร์ชั่น 3.5 (ดู http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html เข้าถึง 23 กรกฎาคม 2009)

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การหาลำดับนิวคลีโอไทด์ของ 16S rDNA
genomic DNA ที่สกัดจากไซแมคดีเอ็นเอจีโนม ( ชุดปักกิ่ง SBS genetech Co . , Ltd . , China ) ร่วมดำเนินการใน DNA amplification thermo cycler TP 600 ( Takara
ไบโอ อิงค์ ออทึซุ ชิงะ , ญี่ปุ่น ) ด้วยไพรเมอร์ที่เป็นสากล 16f27 ( 5'aga gtt TGA TCC tgg CTC ag-3 ' ) และ 16r1522 ( 5 ' - AAG ( GTG ATC CAG ccg ca-3 ' ) วิธีการคือใช้
ตามคำแนะนำของผู้ผลิต สภาพโดยรอบจำนวน 35 94 ° C เป็นเวลา 1 นาที 55 ° C เป็นเวลา 1 นาที 72 ° C 2 นาทีการวิเคราะห์ลำดับนิวคลีโอไทด์เป็นในเชิงพาณิชย์
บริการโดย macrogen อิงค์ จำกัด โซล , เกาหลี ) การวิเคราะห์ 16S rDNA sequence คือเปรียบเทียบกับฐานข้อมูลและต้นไม้วิวัฒนาการให้ใช้เพื่อนบ้าน
เข้าต้นไม้ phylip รุ่น 3.5 ( ดู http :/ / evolution.genetics.washington.edu/phylip.html เข้าถึง 23 กรกฎาคม 2009 )